help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21 <title>What's new ?</title>
  22 </head>
  23 <body>
  24         <p>
  25                 <strong>What's new ?</strong><br /> Jalview 2.8.0b1 is a bugfix
  26                 release for Jalview version 2.8. <br /> As usual you can find the
  27                 highlights below, and the comprehensive list is given in the <a
  28                         href="releases.html#Jalview2.8.0b1">Jalview 2.8.0b1 Release Notes</a>.
  29         </p>
  30   <p>
  31     This bug fix release includes numerous minor enhancements made over
  32     the last 12 months. Importantly, it is also the first release that
  33     provides Jalview as a trusted application, signed with a certificate
  34     donated to us by <a href="certum.eu">Certum</a>.
  35   </p>
  36   <strong>Enhancements and new features</strong>
  37         <ul>
  38                 <li>Allow disorder predictions to be made on the current
  39                         selection (or visible selection) in the same way that JPred works</li>
  40                 <li>allow import of data from gzipped files</li>
  41     <li>Improved per-sequence 'colour-by-annotation' performance</li>
  42                 <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick files</li>
  43                 <li>group options for JABAWS service by command line name</li>
  44                 <li>Select primary source when selecting authority in database
  45                         fetcher GUI</li>
  46     <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and GROUP_REF
  47       scope to group annotation rows</li>
  48                 <li>add .mfa to FASTA file extensions recognised by Jalview</li>
  49                 <li>groovy scripting for headless jalview operation</li>
  50                 <li>Output in Stockholm format</li>
  51         </ul>
  52         <strong>Bug fixes</strong>
  53         <ul>
  54                 <li>Uniprot and PDB database cross-reference fetching works
  55                         properly</li>
  56                 <li>'View all structures' in the desktop is more reliable</li>
  57                 <li>Web services parameter dialog box shows the options enabled
  58                         for different presets</li>
  59                 <li>Interactive creation of RNA secondary structure works more
  60                         smoothly</li>
  61                 <li>Keyboard mode 'P' command jumps to the right place</li>
  62                 <li>Improved support for parsing database cross-references via
  63                         Stockholm and Rfam database</li>
  64                 <li>Improved semantics in annotation files for grouping
  65                         annotation rows associated with particular sequences and groups</li>
  66                 <li>More robust DNA->Amino acid translation</li>
  67                 <li>Improved Headless-mode operation for DAS annotation
  68                         retrieval, groovy script execution and alignment figure generation</li>
  69     <li>annotation label tooltip text needs to be wrapped</li>
  70         </ul>
  71 </body>
  72 </html>