help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.1 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.10.1 was released on 24th November 2016. Full details are
  31     in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.1">Jalview 2.10.1
  32       Release Notes</a>, but the highlights are below. This is also the
  33     first release to include contributions from Kira Mour&atilde;o, who
  34     joined Jalview's core development team in October 2016.
  35   </p>
  36   <ul>
  37     <li><strong>More memory efficient</strong><br />We've slimmed
  38       down the consensus analysis data structures used by Jalview so
  39       even wider alignments can be worked with.</li>
  40     <li><strong>Select highlighted region</strong><br />Press 'B'
  41       or use the new menu option in the alignment window's Select menu
  42       to mark columns containing highlighted regions generated from
  43       structure selections, mouse-overs, or resulting from a
  44       Find operation.</li>
  45     <li><strong>New custom link mechanism for opening URLs
  46         for database cross references.</strong><br /> If you have customised URL
  47       links in your Jalview preferences, then you may already have seen
  48       the <a href="webServices/urllinks.html">Update your links
  49         warning dialog.</a></li>
  50     <li><strong>New command line export option for BioJS
  51         MSAviewer</strong><br />A number of small bugs with the HTML export
  52       functions from the Jalview desktop were also fixed.</li>
  53     <li><strong>Small but significant changes to the
  54         physicochemical properties and consensus calculations</strong><br />Threonine
  55       is no longer considered a non-hydrophobic residue in the protein
  56       conservation calculation, and minor bugs addressed in PID and
  57       consensus colouring.</li>
  58   </ul>
  59
  60 </body>
  61 </html>