JAL-1632 dialog to calculate either Tree or PCA
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
8 action.show_html_source = Show HTML Source
9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
11 action.cancel_job = Cancel Job
12 action.start_job = Start Job
13 action.revert = Revert
14 action.move_down = Move Down
15 action.move_up = Move Up
16 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
17 action.add_return_datatype = Add return datatype
18 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
19 action.add_input_parameter = Add input parameter
20 action.edit = Edit
21 action.new = New
22 action.open_file = Open file
23 action.show_unconserved = Show Unconserved
24 action.open_new_alignment = Open new alignment
25 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
26 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
27 action.close_all = Close all
28 action.load_project = Load Project
29 action.save_project = Save Project
30 action.quit = Quit
31 action.expand_views = Expand Views
32 action.gather_views = Gather Views
33 action.page_setup = Page Setup...
34 action.reload = Reload
35 action.load = Load
36 action.open = Open
37 action.cancel = Cancel
38 action.create = Create
39 action.update = Update
40 action.delete = Delete
41 action.clear = Clear
42 action.accept = Accept
43 action.select_ddbb = --- Select Database ---
44 action.undo = Undo
45 action.redo = Redo
46 action.reset = Reset
47 action.remove_left = Remove left
48 action.remove_right = Remove right
49 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
50 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
51 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
52 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
53 action.boxes = Boxes
54 action.text = Text
55 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
56 action.by_id = By Id
57 action.by_length = By Length
58 action.by_group = By Group
59 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
60 action.set_as_reference = Set as Reference 
61 action.remove = Remove
62 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
63 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
64 action.user_defined = User Defined...
65 action.by_conservation = By Conservation
66 action.wrap = Wrap
67 action.show_gaps = Show Gaps
68 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
69 action.find = Find
70 action.undefine_groups = Undefine Groups
71 action.create_groups = Create Groups
72 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
73 action.copy = Copy
74 action.cut = Cut
75 action.font = Font...
76 action.scale_above = Scale Above
77 action.scale_left = Scale Left
78 action.scale_right = Scale Right
79 action.by_tree_order = By Tree Order
80 action.sort = Sort
81 action.calculate_tree = Calculate Tree...
82 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
83 action.help = Help
84 action.by_annotation = By Annotation...
85 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
86 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
87 action.show = Show
88 action.hide = Hide
89 action.ok = OK
90 action.set_defaults = Defaults
91 action.create_group = Create Group
92 action.remove_group = Remove Group
93 action.edit_group = Edit Group
94 action.border_colour = Border colour
95 action.edit_new_group = Edit New Group
96 action.hide_sequences = Hide Sequences
97 action.sequences = Sequences
98 action.ids = IDS
99 action.ids_sequences = IDS and sequences
100 action.reveal_all = Reveal All
101 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
102 action.find_all = Find all
103 action.find_next = Find next
104 action.file = File
105 action.view = View
106 action.annotations = Annotations
107 action.change_params = Change Parameters
108 action.apply = Apply
109 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
110 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
111 action.by_chain = By Chain
112 action.by_sequence = By Sequence
113 action.paste_annotations = Paste Annotations
114 action.format = Format
115 action.select = Select
116 action.new_view = New View
117 action.close = Close
118 action.add = Add
119 action.save_as_default = Save as default
120 action.save_as = Save as...
121 action.save = Save
122 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
123 action.change_font = Change Font
124 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
125 action.colour = Colour
126 action.calculate = Calculate
127 action.select_all = Select all
128 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
129 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
130 action.deselect_all = Deselect all
131 action.invert_selection = Invert selection
132 action.using_jmol = Using Jmol
133 action.link = Link
134 action.group_link = Group Link
135 action.show_chain = Show Chain
136 action.show_group = Show Group
137 action.fetch_db_references = Fetch DB References
138 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
139 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
140 label.structures_manager = Structures Manager
141 label.nickname = Nickname:
142 label.url = URL
143 label.url\: = URL:
144 label.input_file_url = Enter URL or Input File
145 label.select_feature = Select feature
146 label.name = Name
147 label.name\: = Name:
148 label.name_param = Name: {0}
149 label.group = Group
150 label.group\: = Group:
151 label.group_name = Group Name
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153 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
154 label.colour = Colour:
155 label.description = Description
156 label.description\: = Description:
157 label.start = Start:
158 label.end = End:
159 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
160 label.service_action = Service Action:
161 label.post_url = POST URL:
162 label.url_suffix = URL Suffix
163 label.sequence_source = Sequence Source
164 label.per_seq = per Sequence
165 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
166 label.amend = Amend
167 label.undo_command = Undo {0}
168 label.redo_command = Redo {0}
169 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
170 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
171 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
172 label.choose_tree = Choose Tree Calculation
173 label.treecalc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.select_score_model = Select score model
177 label.score_model_pid = % Identity
178 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
179 label.score_model_pam250 = PAM 250
180 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
181 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
182 label.status_bar = Status bar
183 label.out_to_textbox = Output to Textbox
184 # delete Clustal - use FileFormat name instead
185 label.clustal = Clustal
186 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
187 label.colourScheme_clustal = Clustalx
188 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
189 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
190 label.colourScheme_zappo = Zappo
191 label.colourScheme_taylor = Taylor
192 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
193 label.colourScheme_helix_propensity = Helix Propensity
194 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
195 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
196 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
197 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
198 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
199 label.colourScheme_t-coffee_scores = T-Coffee Scores
200 label.colourScheme_rna_helices = By RNA Helices
201 label.blc = BLC
202 label.fasta = Fasta
203 label.msf = MSF
204 label.pfam = PFAM
205 label.pileup = Pileup
206 label.pir = PIR
207 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
208 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
209 label.show_annotations = Show annotations
210 label.hide_annotations = Hide annotations
211 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
212 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
213 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
214 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
215 label.hide_all = Hide all
216 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
217 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
218 label.colour_text = Colour Text
219 label.show_non_conserved = Show nonconserved
220 label.overview_window = Overview Window
221 label.none = None
222 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
223 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
224 label.nucleotide = Nucleotide
225 label.protein = Protein
226 label.nucleotides = Nucleotides
227 label.proteins = Proteins
228 label.to_new_alignment = To New Alignment
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230 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
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232 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
233 label.input_from_textbox = Input from textbox
234 label.centre_column_labels = Centre column labels
235 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
236 label.documentation = Documentation
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238 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
239 action.feature_settings = Feature Settings...
240 label.feature_settings = Feature Settings
241 label.all_columns = All Columns
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249 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
250 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
251 label.group_consensus = Group Consensus
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253 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
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256 label.apply_all_groups = Apply to all groups
257 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
258 label.show_first = Show first
259 label.show_last = Show last
260 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
261 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
262 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
263 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
264 label.structure_viewer = Default structure viewer
265 label.chimera_path = Path to Chimera program
266 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
267 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
268 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
269 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
270 label.min_colour = Minimum Colour
271 label.max_colour = Maximum Colour
272 label.use_original_colours = Use Original Colours
273 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
274 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
275 label.selection = Selection
276 label.group_colour = Group Colour
277 label.sequence = Sequence
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279 label.min = Min:
280 label.max = Max:
281 label.colour_by_label = Colour by label
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285 label.labels = Labels
286 label.output_values = Output Values...
287 label.output_points = Output points...
288 label.output_transformed_points = Output transformed points
289 label.input_data = Input Data...
290 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
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292 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
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295 label.fit_to_window = Fit To Window
296 label.newick_format = Newick Format
297 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
298 label.colours = Colours
299 label.view_mapping = View Mapping
300 label.wireframe = Wireframe
301 label.depthcue = Depthcue
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304 label.all_chains_visible = All Chains Visible
305 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
306 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
307 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
308 label.removed_columns = Removed {0} columns.
309 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
310 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
311 label.order_by_params = Order by {0}
312 label.html_content = <html>{0}</html>
313 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
314 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
315 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
316 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
317 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
318 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
319 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
320 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
321 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
322 label.paste_your = Paste your
323 label.finished_searching = Finished searching
324 label.search_results= Search results {0} : {1}
325 label.found_match_for = Found match for {0}
326 label.font = Font:
327 label.size = Size:
328 label.style = Style:
329 label.calculating = Calculating....
330 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
331 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
332 label.set_this_label_text = set this label text
333 label.sequences_from = Sequences from {0}
334 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
335 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
336 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
337 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
338 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
339 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
340 label.source_to_target = {0} ... {1}
341 label.per_sequence_only= Per-sequence only
342 label.to_file = to File
343 label.to_textbox = to Textbox
344 label.jalview = Jalview
345 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
346 label.status = Status
347 label.channels = Channels
348 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
349 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
350 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
351 label.session_update = Session Update
352 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
353 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
354 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
355 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
356 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
357 label.groovy_console = Groovy Console...
358 label.lineart = Lineart
359 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
360 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
361 label.invert_selection = Invert Selection
362 label.optimise_order = Optimise Order
363 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
364 label.load_colours = Load Colours
365 label.save_colours = Save Colours
366 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
367 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
368 label.database_param = Database: {0}
369 label.example = Example
370 label.example_param = Example: {0}
371 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
372 label.file_format_not_specified = File format not specified
373 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
374 label.error_saving_file = Error Saving File
375 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
376 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
377 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
378 label.invalid_selection = Invalid Selection
379 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
380 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
381 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
382 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
383 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
384 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
385 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
386 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
387 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
388 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
389 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
390 label.translation_failed = Translation Failed
391 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
392 label.implementation_error  = Implementation error:
393 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
394 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
395 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
396 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
397 label.view_name_original = Original
398 label.enter_view_name = Enter View Name
399 label.enter_label = Enter label
400 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
401 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
402 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
403 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
404 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
405 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
406 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
407 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
408 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
409 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
410 label.error_parsing_text = Error parsing text
411 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
412 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
413 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
414 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
415 label.input_alignment = Input Alignment
416 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
417 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
418 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
419 label.url_not_found = URL not found
420 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
421 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
422 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
423 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
424 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
425 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
426 label.invalid_url = Invalid URL !
427 label.error_loading_file = Error loading file
428 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
429 label.file_open_error = File open error
430 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
431 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
432 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
433 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
434 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
435 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
436 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
437 label.alignment_props = Alignment Properties
438 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
439 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
440 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
441 label.annotations = Annotations
442 label.structure_options = Structure Options
443 label.features = Features
444 label.overview_params = Overview {0}
445 label.paste_newick_file = Paste Newick file
446 label.load_tree_from_file = From File - 
447 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
448 label.selection_output_command = Selection output - {0}
449 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
450 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
451 label.pca_details = PCA details
452 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
453 label.user_defined_colours = User defined colours
454 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
455 label.jaview_build_date = Build date: {0}
456 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
457 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
458 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
459 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
460 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
461 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
462 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
463 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
464 label.right_click = Right click
465 label.to_add_annotation = to add annotation
466 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
467 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
468 label.label = Label
469 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
470 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
471 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
472 label.calculating_pca= Calculating PCA
473 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
474 label.jalview_applet = Jalview applet
475 label.loading_data = Loading data
476 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
477 label.calculating_tree = Calculating tree
478 label.state_queueing = queuing
479 label.state_running = running
480 label.state_completed = finished
481 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
482 label.state_job_error = job error!
483 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
484 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
485 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
486 label.structure_type = Structure type
487 label.settings_for_type = Settings for {0}
488 label.view_full_application = View in Full Application
489 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
490 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
491 label.export_features = Export Features...
492 label.export_annotations = Export Annotations...
493 label.to_upper_case = To Upper Case
494 label.to_lower_case = To Lower Case
495 label.toggle_case = Toggle Case
496 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
497 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
498 label.edit_sequence = Edit Sequence
499 label.edit_sequences = Edit Sequences
500 label.sequence_details = Sequence Details
501 label.jmol_help = Jmol Help
502 label.chimera_help = Chimera Help
503 label.close_viewer = Close Viewer
504 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
505 label.all = All
506 label.sort_by = Sort alignment by
507 label.sort_by_score = Sort by Score
508 label.sort_by_density = Sort by Density
509 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
510 label.sort_ann_by = Sort annotations by
511 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
512 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
513 label.reveal = Reveal
514 label.hide_columns = Hide Columns
515 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
516 label.load_tree_file = Load a tree file
517 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
518 label.standard_databases = Standard Databases
519 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
520 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
521 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
522 label.connect_to_session = Connect to session {0}
523 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
524 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
525 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
526 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
527 label.adjust_threshold = Adjust threshold
528 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
529 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
530 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
531 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
532 label.open_url_param = Open URL {0}
533 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
534 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
535 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
536 label.dark_colour = Dark Colour
537 label.light_colour = Light Colour
538 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
539 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
540 label.copy_format_from = Copy format from
541 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
542 label.select_all_views = Select all views
543 label.select_many_views = Select many views
544 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
545 label.open_local_file = Open local file
546 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
547 label.listen_for_selections = Listen for selections
548 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
549 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
550 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
551 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
552 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
553 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
554 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
555 label.no_services = <No Services>
556 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
557 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
558 label.connect_to = Connect to
559 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
560 label.from_url = from URL
561 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
562 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
563 label.from_textbox = from Textbox
564 label.window = Window
565 label.preferences = Preferences
566 label.tools = Tools
567 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
568 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
569 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
570 label.collect_garbage = Collect Garbage
571 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
572 label.show_java_console = Show Java Console
573 label.show_jalview_news = Show Jalview News
574 label.take_snapshot = Take snapshot
575 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
576 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
577 label.monospaced_font= Monospaced
578 label.quality = Quality
579 label.maximize_window = Maximize Window
580 label.conservation = Conservation
581 label.consensus = Consensus
582 label.histogram = Histogram
583 label.logo = Logo
584 label.non_positional_features = List Non-positional Features
585 label.database_references = List Database References
586 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
587 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
588 label.gap_symbol = Gap Symbol
589 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
590 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
591 label.address = Address
592 label.port = Port
593 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
594 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
595 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
596 label.check_for_latest_version = Check for latest version
597 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
598 label.use_proxy_server = Use a proxy server
599 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
600 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
601 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
602 label.smooth_font = Smooth Font
603 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
604 label.pad_gaps = Pad Gaps
605 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
606 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
607 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
608 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
609 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
610 label.right_align_ids = Right Align Ids
611 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
612 label.open_overview = Open Overview
613 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
614 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
615 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
616 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
617 label.visual = Visual
618 label.connections = Connections
619 label.output = Output
620 label.editing = Editing
621 label.das_settings = DAS Settings
622 label.web_services = Web Services
623 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
624 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
625 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
626 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
627 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
628 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
629 label.new_service_url = New Service URL
630 label.edit_service_url = Edit Service URL
631 label.delete_service_url = Delete Service URL
632 label.details = Details
633 label.options = Options
634 label.parameters = Parameters
635 label.available_das_sources = Available DAS Sources
636 label.full_details = Full Details
637 label.authority = Authority
638 label.type = Type
639 label.proxy_server = Proxy Server
640 label.file_output = File Output
641 label.select_input_type = Select input type
642 label.set_options_for_type = Set options for type
643 label.data_input_parameters = Data input parameters
644 label.data_returned_by_service = Data returned by service
645 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
646 label.parsing_errors = Parsing errors
647 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
648 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
649 label.input_parameter_name = Input Parameter name
650 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
651 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
652 label.brief_description_service = Brief description of service
653 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
654 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
655 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
656 label.gap_character = Gap character
657 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
658 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
659 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
660 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
661 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
662 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
663 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
664 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
665 label.input_output = Input/Output
666 label.cut_paste = Cut'n'Paste
667 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
668 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
669 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
670 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
671 label.from_file = From File
672 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
673 label.text_colour = Text Colour
674 action.set_text_colour = Text Colour...
675 label.structure = Structure
676 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
677 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
678 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
679 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
680 label.sequence_name = Sequence Name
681 label.sequence_description = Sequence Description
682 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
683 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
684 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
685 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
686 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
687 label.web_browser_not_found = Web browser not found
688 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
689 label.html = HTML
690 label.wrap = Wrap
691 label.show_database_refs = Show Database Refs
692 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
693 label.save_png_image = Save As PNG Image
694 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
695 label.export_image = Export Image
696 label.vamsas_store = VAMSAS store
697 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
698 label.reverse = Reverse
699 label.reverse_complement = Reverse Complement
700 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
701 label.extract_scores = Extract Scores
702 label.get_cross_refs = Get Cross-References
703 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
704 label.add_sequences = Add Sequences
705 label.new_window = New Window
706 label.split_window = Split Window
707 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
708 label.use_registry = Use Registry
709 label.add_local_source = Add Local Source
710 label.set_as_default = Set as Default
711 label.show_labels = Show labels
712 action.background_colour = Background Colour...
713 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
714 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
715 label.link_name = Link Name
716 label.pdb_file = PDB file
717 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
718 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
719 label.align_structures = Align Structures
720 label.jmol = Jmol
721 label.chimera = Chimera
722 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
723 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
724 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
725 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
726 label.case_sensitive = Case Sensitive
727 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
728 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
729 label.index_by_host = Index by Host
730 label.index_by_type = Index by Type
731 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
732 label.display_warnings = Display Warnings
733 label.move_url_up = Move URL Up
734 label.move_url_down = Move URL Down
735 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
736 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
737 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
738 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
739 label.sequences_updated = Sequences updated
740 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
741 label.show_all_chains = Show all chains
742 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
743 label.paste_new_window = Paste To New Window
744 label.settings_for_param = Settings for {0}
745 label.view_params = View {0}
746 label.aacon_calculations = AACon Calculations
747 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
748 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
749 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
750 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
751 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
752 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
753 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
754 label.all_views = All Views
755 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
756 label.realign_with_params = Realign with {0}
757 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
758 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
759 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
760 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
761 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
762 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
763 label.view_documentation = View documentation
764 label.select_return_type = Select return type
765 label.translation_of_params = Translation of {0}
766 label.features_for_params = Features for - {0}
767 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
768 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
769 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
770 label.varna_params = VARNA - {0}
771 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
772 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
773 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
774 label.points_for_params = Points for {0}
775 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
776 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
777 label.select_background_colour = Select Background Colour
778 label.invalid_font = Invalid Font
779 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
780 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
781 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
782 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
783 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
784 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
785 label.example_query_param = Example query: {0}
786 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
787 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
788 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
789 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
790 label.select_columns_containing = Select columns containing
791 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
792 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
793 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
794 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
795 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
796 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
797 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
798 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
799 label.use_sequence_id_4 = 
800 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
801 label.switch_server = Switch server
802 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
803 label.services_at = Services at {0}
804 label.rest_client_submit = {0} using {1}
805 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
806 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
807 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
808 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
809 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
810 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
811 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
812 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
813 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
814 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
815 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
816 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
817 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
818 label.user_preset = User Preset
819 label.service_preset = Service Preset
820 label.run_with_preset = Run {0} with preset
821 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
822 action.by_title_param = By {0}
823 label.source_from_db_source = Sources from {0}
824 label.from_msname = from {0}
825 label.superpose_with = Superpose with
826 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
827 label.add_new_row = Add New Row
828 label.edit_label_description = Edit Label/Description
829 label.hide_row = Hide This Row
830 label.delete_row = Delete This Row
831 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
832 label.export_annotation = Export Annotation
833 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
834 label.helix = Helix
835 label.sheet = Sheet
836 label.rna_helix = RNA Helix
837 label.remove_annotation = Remove Annotation
838 label.colour_by = Colour by...
839 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
840 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
841 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
842 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
843 label.multiharmony = Multi-Harmony
844 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
845 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
846 label.prompt_each_time = Prompt each time
847 label.use_source = Use Source
848 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
849 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
850 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
851 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
852 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
853 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
854 label.invalid_name = Invalid name
855 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
856 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
857 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
858 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
859 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
860 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
861 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
862 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
863 label.feature_type = Feature Type
864 label.display = Display
865 label.service_url = Service URL
866 label.copied_sequences = Copied sequences
867 label.cut_sequences = Cut Sequences
868 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
869 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
870 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
871 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
872 label.save_features_to_file = Save Features to File
873 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
874 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
875 label.save_pdb_file = Save PDB File
876 label.save_text_to_file = Save Text to File
877 label.save_state = Save State
878 label.restore_state = Restore State
879 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
880 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
881 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
882 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
883 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
884 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
885 label.select_startup_file = Select startup file
886 label.select_default_browser = Select default web browser
887 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
888 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
889 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
890 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
891 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
892 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
893 label.save_as_html = Save as HTML
894 label.recently_opened = Recently Opened
895 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
896 label.tree = Tree
897 label.tree_from = Tree from {0}
898 label.webservice_job_title = {0} using {1}
899 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
900 label.visible = Visible
901 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
902 label.visible_region_of = visible region of
903 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
904 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
905 label.loading_file = Loading File: {0}
906 label.edit_params = Edit {0}
907 error.not_implemented = Not implemented
908 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
909 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
910 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
911 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
912 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
913 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
914 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
915 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
916 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
917 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
918 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
919 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
920 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
921 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
922 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
923 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
924 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
925 error.implementation_error = Implementation error
926 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
927 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
928 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
929 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
930 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
931 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
932 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
933 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
934 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
935 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
936 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
937 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
938 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
939 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
940 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
941 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
942 label.cancelled_params = Cancelled {0}
943 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
944 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
945 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
946 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
947 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
948 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
949 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
950 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
951 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
952 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
953 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
954 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
955 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
956 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
957 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
958 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
959 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
960 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
961 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
962 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
963 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
964 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
965 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
966 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
967 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
968 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
969 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
970 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
971 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
972 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
973 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
974 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
975 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
976 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
977 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
978 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
979 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
980 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
981 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
982 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
983 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
984 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
985 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
986 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
987 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
988 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
989 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
990 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
991 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
992 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
993 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
994 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
995 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
996 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
997 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
998 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
999 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1000 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1001 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1002 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1003 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1004 label.toggled = Toggled
1005 label.marked = Marked
1006 label.containing = containing
1007 label.not_containing = not containing
1008 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1009 label.submission_params = Submission {0}
1010 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1011 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1012 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1013 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1014 label.pca_calculating = Calculating PCA
1015 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1016 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1017 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1018 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1019 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1020 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1021 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1022 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1024 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1025 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1026 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1027 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1028 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1029 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1030 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1031 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1032 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1033 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1034 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1035 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1036 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1037 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1038 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1039 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1040 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1041 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1042 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1043 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1044 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1045 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1046 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1047 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1048 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1049 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1050 label.mapped = mapped
1051 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1052 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1053 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1054 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1055 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1056 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1057 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1058 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1059 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1060 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1061 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1062 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1063 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1064 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1065 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1066 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1067 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1068 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1069 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1070 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1071 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1072 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1073 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1074 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1075 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1076 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1077 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1078 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1079 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1080 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1081 label.remove_gaps = Remove Gaps
1082 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1083 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1084 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1085 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1086 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1087 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1088 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1089 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1090 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1091 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1092 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1093 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1094 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1095 warn.service_not_supported = Service not supported!
1096 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1097 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1098 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1099 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1100 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1101 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1102 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1103 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1104 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1105 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1106 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1107 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1108 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1109 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1110 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1111 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1112 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1113 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1114 label.eps_file = EPS file
1115 label.png_image = PNG image
1116 status.saving_file = Saving {0}
1117 status.export_complete = {0} Export completed.
1118 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1119 status.refreshing_news = Refreshing news
1120 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1121 status.opening_params = Opening {0}
1122 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1123 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1124 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1125 status.finshed_querying = Finished querying
1126 status.parsing_results = Parsing results.
1127 status.processing = Processing...
1128 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1129 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1130 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1131 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1132 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1133 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1134 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1135 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1136 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1137 status.opening_file_for = opening file for
1138 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1139 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1140 label.font_too_small = Font size is too small
1141 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1142 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1143 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1144 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1145 label.out_of_memory = Out of memory
1146 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1147 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1148 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1149 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1150 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1151 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1152 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1153 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1154 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1155 label.test_server = Test Server?
1156 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1157 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1158 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1159 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1160 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1161 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1162 label.file_already_exists = File exists
1163 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1164 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1165 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1166 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1167 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1168 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1169 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1170 label.delete_all = Delete all sequences
1171 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1172 label.add_annotations_for = Add annotations for
1173 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1174 label.choose_annotations = Choose Annotations
1175 label.find = Find
1176 label.invalid_search = Search string invalid
1177 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1178 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1179 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1180 label.show_group_logo = Show Group Logo
1181 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1182 label.show_histogram = Show Histogram
1183 label.show_logo = Show Logo
1184 label.normalise_logo = Normalise Logo
1185 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1186 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1187 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1188 label.open_split_window = Open split window
1189 action.no = No
1190 action.yes = Yes
1191 label.for = for
1192 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1193 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1194 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1195 label.alpha_helix = Alpha Helix
1196 label.beta_strand = Beta Strand
1197 label.turn = Turn
1198 label.select_all = Select All
1199 label.structures_filter = Structures Filter
1200 label.search_filter = Search Filter
1201 label.include_description= Include Description
1202 action.back = Back
1203 label.hide_insertions = Hide Insertions
1204 label.mark_as_representative = Mark as representative
1205 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1206 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1207 label.result = result
1208 label.results = results
1209 label.structure_chooser = Structure Chooser
1210 label.select = Select : 
1211 label.invert = Invert 
1212 label.select_pdb_file = Select PDB File
1213 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1214 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1215 label.search_result = Search Result
1216 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1217 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1218 label.start_jalview = Start Jalview
1219 label.biojs_html_export = BioJS
1220 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1221 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1222 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1223 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1224 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1225 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1226 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1227 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1228 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1229 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1230 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1231 action.export_groups = Export Groups
1232 action.export_annotations = Export Annotations
1233 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1234 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1235 action.export_features = Export Features
1236 label.export_settings = Export Settings
1237 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1238 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1239 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1240 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1241 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1242 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1243 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1244 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1245 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1246 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1247 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1248 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1249 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1250 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1251 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1252 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1253 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1254 label.run_groovy = Run Groovy console script
1255 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1256 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1257 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1258 action.next_page= >> 
1259 action.prev_page= << 
1260 label.next_page_tooltip=Next Page
1261 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1262 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1263 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1264 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1265 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1266 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1267 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1268 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1269 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1270 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1271 label.column = Column
1272 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1273 label.operation_failed = Operation failed
1274 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1275 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1276 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1277 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1278 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1279 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1280 label.filter = Filter text:
1281 action.customfilter = Custom only
1282 action.showall = Show All
1283 label.insert = Insert:
1284 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1285 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1286 label.primary = Double Click
1287 label.inmenu = In Menu
1288 label.id = ID
1289 label.database = Database
1290 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1291 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1292 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1293 label.invalid_name = Invalid Name !
1294 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1295 label.urllinks = Links