src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33
  34 public class AppletPDBCanvas
  35     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener, StructureListener
  36 {
  37
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40   boolean redrawneeded = true;
  41   int omx = 0;
  42   int mx = 0;
  43   int omy = 0;
  44   int my = 0;
  45   public PDBfile pdb;
  46   PDBEntry pdbentry;
  47   int bsize;
  48   Image img;
  49   Graphics ig;
  50   Dimension prefsize;
  51   float[] centre = new float[3];
  52   float[] width = new float[3];
  53   float maxwidth;
  54   float scale;
  55   String inStr;
  56   String inType;
  57   boolean bysequence = true;
  58   boolean depthcue = true;
  59   boolean wire = false;
  60   boolean bymolecule = false;
  61   boolean zbuffer = true;
  62   boolean dragging;
  63   int xstart;
  64   int xend;
  65   int ystart;
  66   int yend;
  67   int xmid;
  68   int ymid;
  69   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  70   public SequenceI [] sequence;
  71   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72   String appletToolTip = null;
  73   int toolx, tooly;
  74   PDBChain mainchain;
  75   Vector highlightRes;
  76   boolean pdbAction = false;
  77   Bond highlightBond1, highlightBond2;
  78   boolean errorLoading = false;
  79   boolean seqColoursReady = false;
  80   FeatureRenderer fr;
  81   AlignmentPanel ap;
  82   StructureSelectionManager ssm;
  83
  84   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry,
  85                          SequenceI[] seq,
  86                          String [] chains,
  87                          AlignmentPanel ap,
  88                          String protocol)
  89
  90   {
  91     this.ap = ap;
  92     this.pdbentry = pdbentry;
  93     this.sequence = seq;
  94
  95     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
  96
  97     try{
  98       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
  99
 100       if(protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 101        pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 102
 103     }catch(Exception ex)
 104     {
 105       ex.printStackTrace();
 106       return;
 107     }
 108
 109     pdbentry.setId(pdb.id);
 110
 111     ssm.addStructureViewerListener(this);
 112
 113     colourBySequence();
 114
 115     int max = -10;
 116     int maxchain = -1;
 117     int pdbstart = 0;
 118     int pdbend = 0;
 119     int seqstart = 0;
 120     int seqend = 0;
 121
 122     //JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 123     SequenceI sequence = seq[0];
 124
 125     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 126     {
 127
 128       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
 129                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
 130                             getSequenceAsString());
 131       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
 132                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 133                             "\n\n");
 134
 135       // Now lets compare the sequences to get
 136       // the start and end points.
 137       // Align the sequence to the pdb
 138       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 139                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 140                                  "pep");
 141       as.calcScoreMatrix();
 142       as.traceAlignment();
 143       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 144       {
 145         public void print(String x)
 146         {
 147           mappingDetails.append(x);
 148         }
 149
 150         public void println()
 151         {
 152           mappingDetails.append("\n");
 153         }
 154       };
 155
 156       as.printAlignment(ps);
 157
 158       if (as.maxscore > max)
 159       {
 160         max = as.maxscore;
 161         maxchain = i;
 162
 163         pdbstart = as.seq2start;
 164         pdbend = as.seq2end;
 165         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 166         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 167        }
 168
 169       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 170       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 171     }
 172
 173     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 174
 175     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 176     mainchain.pdbend = pdbend;
 177     mainchain.seqstart = seqstart;
 178     mainchain.seqend = seqend;
 179     mainchain.isVisible = true;
 180   //  mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 181   //  mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 182     this.pdb = pdb;
 183     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 184
 185     //Initialize the matrices to identity
 186     for (int i = 0; i < 3; i++)
 187     {
 188       for (int j = 0; j < 3; j++)
 189       {
 190         if (i != j)
 191         {
 192           idmat.addElement(i, j, 0);
 193           objmat.addElement(i, j, 0);
 194         }
 195         else
 196         {
 197           idmat.addElement(i, j, 1);
 198           objmat.addElement(i, j, 1);
 199         }
 200       }
 201     }
 202
 203     addMouseMotionListener(this);
 204     addMouseListener(this);
 205
 206     addKeyListener(new KeyAdapter()
 207     {
 208       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 209       {
 210         doKeyPressed(evt);
 211       }
 212     });
 213
 214     findCentre();
 215     findWidth();
 216
 217     setupBonds();
 218
 219     scale = findScale();
 220   }
 221
 222   Vector visiblebonds;
 223   void setupBonds()
 224   {
 225     seqColoursReady = false;
 226     // Sort the bonds by z coord
 227     visiblebonds = new Vector();
 228
 229     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 230     {
 231       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 232       {
 233         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 234
 235         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 236         {
 237           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 238         }
 239       }
 240     }
 241     seqColoursReady = true;
 242     colourBySequence();
 243     redrawneeded = true;
 244     repaint();
 245   }
 246
 247   public void findWidth()
 248   {
 249     float[] max = new float[3];
 250     float[] min = new float[3];
 251
 252     max[0] = (float) - 1e30;
 253     max[1] = (float) - 1e30;
 254     max[2] = (float) - 1e30;
 255
 256     min[0] = (float) 1e30;
 257     min[1] = (float) 1e30;
 258     min[2] = (float) 1e30;
 259
 260     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 261     {
 262       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 263       {
 264         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 265
 266         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 267         {
 268           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 269
 270           if (tmp.start[0] >= max[0])
 271           {
 272             max[0] = tmp.start[0];
 273           }
 274
 275           if (tmp.start[1] >= max[1])
 276           {
 277             max[1] = tmp.start[1];
 278           }
 279
 280           if (tmp.start[2] >= max[2])
 281           {
 282             max[2] = tmp.start[2];
 283           }
 284
 285           if (tmp.start[0] <= min[0])
 286           {
 287             min[0] = tmp.start[0];
 288           }
 289
 290           if (tmp.start[1] <= min[1])
 291           {
 292             min[1] = tmp.start[1];
 293           }
 294
 295           if (tmp.start[2] <= min[2])
 296           {
 297             min[2] = tmp.start[2];
 298           }
 299
 300           if (tmp.end[0] >= max[0])
 301           {
 302             max[0] = tmp.end[0];
 303           }
 304
 305           if (tmp.end[1] >= max[1])
 306           {
 307             max[1] = tmp.end[1];
 308           }
 309
 310           if (tmp.end[2] >= max[2])
 311           {
 312             max[2] = tmp.end[2];
 313           }
 314
 315           if (tmp.end[0] <= min[0])
 316           {
 317             min[0] = tmp.end[0];
 318           }
 319
 320           if (tmp.end[1] <= min[1])
 321           {
 322             min[1] = tmp.end[1];
 323           }
 324
 325           if (tmp.end[2] <= min[2])
 326           {
 327             min[2] = tmp.end[2];
 328           }
 329         }
 330       }
 331     }
 332
 333     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 334     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 335     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 336
 337     maxwidth = width[0];
 338
 339     if (width[1] > width[0])
 340     {
 341       maxwidth = width[1];
 342     }
 343
 344     if (width[2] > width[1])
 345     {
 346       maxwidth = width[2];
 347     }
 348
 349     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 350   }
 351
 352   public float findScale()
 353   {
 354     int dim;
 355     int width;
 356     int height;
 357
 358     if (getSize().width != 0)
 359     {
 360       width = getSize().width;
 361       height = getSize().height;
 362     }
 363     else
 364     {
 365       width = prefsize.width;
 366       height = prefsize.height;
 367     }
 368
 369     if (width < height)
 370     {
 371       dim = width;
 372     }
 373     else
 374     {
 375       dim = height;
 376     }
 377
 378     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 379   }
 380
 381   public void findCentre()
 382   {
 383     float xtot = 0;
 384     float ytot = 0;
 385     float ztot = 0;
 386
 387     int bsize = 0;
 388
 389     //Find centre coordinate
 390     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 391     {
 392       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 393       {
 394         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 395
 396         bsize += bonds.size();
 397
 398         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 399         {
 400           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 401               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 402
 403           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 404               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 405
 406           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 407               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 408         }
 409       }
 410     }
 411
 412     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 413     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 414     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 415   }
 416
 417   public void paint(Graphics g)
 418   {
 419
 420     if (errorLoading)
 421     {
 422       g.setColor(Color.white);
 423       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 424       g.setColor(Color.black);
 425       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 426       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 427       return;
 428     }
 429
 430     if (!seqColoursReady)
 431     {
 432       g.setColor(Color.black);
 433       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 434       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 435       return;
 436     }
 437
 438     //Only create the image at the beginning -
 439     //this saves much memory usage
 440     if ( (img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||
 441         (prefsize.height != getSize().height))
 442     {
 443
 444       try
 445       {
 446         prefsize.width = getSize().width;
 447         prefsize.height = getSize().height;
 448
 449         scale = findScale();
 450         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 451         ig = img.getGraphics();
 452
 453         redrawneeded = true;
 454       }
 455       catch (Exception ex)
 456       {
 457         ex.printStackTrace();
 458       }
 459     }
 460
 461     if (redrawneeded)
 462     {
 463       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 464       redrawneeded = false;
 465     }
 466     if (appletToolTip != null)
 467     {
 468       ig.setColor(Color.red);
 469       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 470     }
 471
 472     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 473
 474     pdbAction = false;
 475   }
 476
 477   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 478   {
 479     ig.setColor(Color.black);
 480     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 481     drawScene(ig);
 482     drawLabels(ig);
 483   }
 484
 485   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 486   {
 487     bysequence = false;
 488     pdb.setColours(cs);
 489     redrawneeded = true;
 490     repaint();
 491   }
 492
 493
 494
 495   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 496   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 497   void colourBySequence()
 498   {
 499     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 500
 501     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 502
 503     boolean showFeatures = false;
 504     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 505     {
 506       if (fr == null)
 507       {
 508         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 509       }
 510
 511       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 512
 513       showFeatures = true;
 514     }
 515
 516     PDBChain chain;
 517     if (bysequence && pdb != null)
 518     {
 519       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 520       {
 521         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 522
 523         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 524         {
 525           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 526           tmp.startCol = Color.lightGray;
 527           tmp.endCol = Color.lightGray;
 528           if (chain != mainchain)
 529           {
 530             continue;
 531           }
 532
 533           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 534           {
 535             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 536             {
 537               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 538               {
 539                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber)-1;
 540                 if (pos > 0)
 541                 {
 542                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 543                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 544                   if (showFeatures)
 545                   {
 546                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 547                                                         sequence[s],
 548                                                         pos);
 549                   }
 550                 }
 551                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber)-1;
 552                 if (pos > 0)
 553                 {
 554                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 555                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 556                   if (showFeatures)
 557                   {
 558                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 559                                                         sequence[s],
 560                                                         pos);
 561                   }
 562                 }
 563
 564               }
 565             }
 566           }
 567         }
 568       }
 569     }
 570   }
 571
 572   Zsort zsort;
 573   public void drawScene(Graphics g)
 574   {
 575     if (zbuffer)
 576     {
 577       if (zsort == null)
 578       {
 579         zsort = new Zsort();
 580       }
 581
 582       zsort.Zsort(visiblebonds);
 583     }
 584
 585     Bond tmpBond = null;
 586     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 587     {
 588       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 589
 590       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 591                       (getSize().width / 2));
 592       ystart = (int) ( ( (centre[1] - tmpBond.start[1] ) * scale) +
 593                       (getSize().height / 2));
 594
 595       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 596                     (getSize().width / 2));
 597       yend = (int) ( ( (centre[1] - tmpBond.end[1] ) * scale) +
 598                     (getSize().height / 2));
 599
 600       xmid = (xend + xstart) / 2;
 601       ymid = (yend + ystart) / 2;
 602
 603       if (depthcue && !bymolecule)
 604       {
 605         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 606         {
 607           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 608           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 609
 610           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 611           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 612         }
 613         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 614         {
 615           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 616           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 617
 618           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 619           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 620         }
 621         else
 622         {
 623           g.setColor(tmpBond.startCol);
 624           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 625
 626           g.setColor(tmpBond.endCol);
 627           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 628         }
 629
 630       }
 631       else if (depthcue && bymolecule)
 632       {
 633         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 634         {
 635           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 636           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 637         }
 638         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 639         {
 640           g.setColor(Color.green.darker());
 641           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 642         }
 643         else
 644         {
 645           g.setColor(Color.green);
 646           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 647         }
 648       }
 649       else if (!depthcue && !bymolecule)
 650       {
 651         g.setColor(tmpBond.startCol);
 652         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 653         g.setColor(tmpBond.endCol);
 654         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 655       }
 656       else
 657       {
 658         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 659       }
 660
 661       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 662       {
 663         g.setColor(Color.white);
 664         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 665       }
 666
 667       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 668       {
 669         g.setColor(Color.white);
 670         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 671       }
 672
 673     }
 674   }
 675
 676   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 677   {
 678     if (!wire)
 679     {
 680       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 681       {
 682         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 683         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 684         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 685       }
 686       else
 687       {
 688         g.setColor(g.getColor().brighter());
 689         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 690         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 691         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 692       }
 693     }
 694     else
 695     {
 696       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 697     }
 698   }
 699
 700   public Dimension minimumsize()
 701   {
 702     return prefsize;
 703   }
 704
 705   public Dimension preferredsize()
 706   {
 707     return prefsize;
 708   }
 709
 710   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 711   {
 712     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 713     {
 714       scale = (float) (scale * 1.1);
 715       redrawneeded = true;
 716       repaint();
 717     }
 718     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 719     {
 720       scale = (float) (scale * 0.9);
 721       redrawneeded = true;
 722       repaint();
 723     }
 724   }
 725
 726   public void mousePressed(MouseEvent e)
 727   {
 728     pdbAction = true;
 729     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 730     if (fatom != null)
 731     {
 732       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 733
 734       redrawneeded = true;
 735       repaint();
 736       if (foundchain != -1)
 737       {
 738         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 739         if (chain == mainchain)
 740         {
 741           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 742           {
 743             if (highlightRes == null)
 744             {
 745               highlightRes = new Vector();
 746             }
 747
 748             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 749             {
 750               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 751             }
 752             else
 753             {
 754               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 755             }
 756           }
 757         }
 758       }
 759
 760     }
 761     mx = e.getX();
 762     my = e.getY();
 763     omx = mx;
 764     omy = my;
 765     dragging = false;
 766   }
 767
 768   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 769   {
 770     pdbAction = true;
 771     if (highlightBond1 != null)
 772     {
 773       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 774       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 775       highlightBond1 = null;
 776       highlightBond2 = null;
 777     }
 778
 779     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 780
 781     PDBChain chain = null;
 782     if (foundchain != -1)
 783     {
 784       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 785       if (chain == mainchain)
 786       {
 787         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 788       }
 789     }
 790
 791     if (fatom != null)
 792     {
 793       toolx = e.getX();
 794       tooly = e.getY();
 795
 796       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " + fatom.resName;
 797       redrawneeded = true;
 798       repaint();
 799     }
 800     else
 801     {
 802       mouseOverStructure(-1, chain!=null?chain.id:null);
 803       appletToolTip = null;
 804       redrawneeded = true;
 805       repaint();
 806     }
 807   }
 808
 809   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 810   {
 811   }
 812
 813   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 814   {
 815   }
 816
 817   public void mouseExited(MouseEvent e)
 818   {
 819   }
 820
 821   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 822   {
 823     int x = evt.getX();
 824     int y = evt.getY();
 825     mx = x;
 826     my = y;
 827
 828     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 829     objmat.setIdentity();
 830
 831     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 832     {
 833       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 834     }
 835     else
 836     {
 837       objmat.rotatex( (float) ( (omy - my)));
 838       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 839     }
 840
 841     //Alter the bonds
 842     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 843     {
 844       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 845
 846       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 847       {
 848         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 849
 850         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 851         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 852
 853         //Now apply the rotation matrix
 854         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 855         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 856
 857         //Now translate back again
 858         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 859       }
 860     }
 861
 862     objmat = null;
 863
 864     omx = mx;
 865     omy = my;
 866
 867     dragging = true;
 868
 869     redrawneeded = true;
 870
 871     repaint();
 872   }
 873
 874   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 875   {
 876     dragging = false;
 877     return;
 878   }
 879
 880   void drawLabels(Graphics g)
 881   {
 882
 883     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 884     {
 885       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 886
 887       if (chain.isVisible)
 888       {
 889         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 890
 891         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 892         {
 893           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 894
 895           if (tmpBond.at1.isSelected)
 896           {
 897             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 898           }
 899
 900           if (tmpBond.at2.isSelected)
 901           {
 902
 903             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 904           }
 905         }
 906       }
 907     }
 908   }
 909
 910   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 911   {
 912     g.setFont(font);
 913
 914     if (n == 1)
 915     {
 916       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 917                           (getSize().width / 2));
 918       int ystart = (int) ( ( (centre[1] - b.start[1]) * scale) +
 919                           (getSize().height / 2));
 920
 921       g.setColor(Color.red);
 922       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 923     }
 924
 925     if (n == 2)
 926     {
 927       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 928                           (getSize().width / 2));
 929       int ystart = (int) ( ( (centre[1] - b.end[1]) * scale) +
 930                           (getSize().height / 2));
 931
 932       g.setColor(Color.red);
 933       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 934     }
 935   }
 936
 937   int foundchain = -1;
 938   public Atom findAtom(int x, int y)
 939   {
 940     Atom fatom = null;
 941
 942     foundchain = -1;
 943
 944     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 945     {
 946       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 947       int truex;
 948       Bond tmpBond = null;
 949
 950       if (chain.isVisible)
 951       {
 952         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 953
 954         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 955         {
 956           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 957
 958           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 959                          (getSize().width / 2));
 960
 961           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 962           {
 963             int truey = (int) ( ( (centre[1] - tmpBond.start[1] ) * scale) +
 964                                (getSize().height / 2));
 965
 966             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 967             {
 968               fatom = tmpBond.at1;
 969               foundchain = ii;
 970               break;
 971             }
 972           }
 973         }
 974
 975         // Still here? Maybe its the last bond
 976
 977         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 978                        (getSize().width / 2));
 979
 980         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 981         {
 982           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 983                              (getSize().height / 2));
 984
 985           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 986           {
 987             fatom = tmpBond.at2;
 988             foundchain = ii;
 989             break;
 990           }
 991         }
 992
 993       }
 994
 995       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 996       {
 997         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 998       }
 999     }
1000
1001     return fatom;
1002   }
1003
1004   public void update(Graphics g)
1005   {
1006     paint(g);
1007   }
1008
1009   public void highlightRes(int ii)
1010   {
1011     if (!seqColoursReady)
1012     {
1013       return;
1014     }
1015
1016     if (highlightRes != null
1017         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1018     {
1019       return;
1020     }
1021
1022     int index = -1;
1023     Bond tmpBond;
1024     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1025     {
1026       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1027       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1028       {
1029         if (highlightBond1 != null)
1030         {
1031           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1032         }
1033
1034         if (highlightBond2 != null)
1035         {
1036           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1037         }
1038
1039         highlightBond1 = null;
1040         highlightBond2 = null;
1041
1042         if (index > 0)
1043         {
1044           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1045           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1046         }
1047
1048         if (index != mainchain.bonds.size())
1049         {
1050           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1051           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1052         }
1053
1054         break;
1055       }
1056     }
1057
1058     redrawneeded = true;
1059     repaint();
1060   }
1061
1062   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1063   {
1064     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1065     {
1066       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1067       chain.isVisible = b;
1068     }
1069     mainchain.isVisible = true;
1070     findCentre();
1071     setupBonds();
1072   }
1073
1074
1075   //////////////////////////////////
1076   ///StructureListener
1077   public String getPdbFile()
1078   {
1079     return pdbentry.getFile();
1080   }
1081
1082
1083   String lastMessage;
1084   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1085   {
1086       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum+chain))
1087         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1088
1089       lastMessage = pdbResNum+chain;
1090   }
1091
1092   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1093   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1094
1095   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1096   {
1097     if (!seqColoursReady)
1098     {
1099       return;
1100     }
1101
1102     if (highlightRes != null
1103         && highlightRes.contains( (atomIndex - 1) + ""))
1104     {
1105       return;
1106     }
1107
1108     int index = -1;
1109     Bond tmpBond;
1110     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1111     {
1112       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1113       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1114       {
1115         if (highlightBond1 != null)
1116         {
1117           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1118         }
1119
1120         if (highlightBond2 != null)
1121         {
1122           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1123         }
1124
1125         highlightBond1 = null;
1126         highlightBond2 = null;
1127
1128         if (index > 0)
1129         {
1130           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1131           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1132         }
1133
1134         if (index != mainchain.bonds.size())
1135         {
1136           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1137           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1138         }
1139
1140         break;
1141       }
1142     }
1143
1144     redrawneeded = true;
1145     repaint();
1146   }
1147
1148
1149   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
1150   {
1151     return Color.white;
1152    // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1153    //   return null;
1154
1155     //return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1156   }
1157
1158   public void updateColours(Object source)
1159   {
1160     colourBySequence();
1161     redrawneeded = true;
1162     repaint();
1163   }
1164
1165
1166 }