src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     String appletToolTip = null;\r
  73     int toolx, tooly;\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75     Vector highlightRes;\r
  76     boolean pdbAction = false;\r
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78     boolean errorLoading = false;\r
  79     boolean seqColoursReady = false;\r
  80 \r
  81     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  82     {\r
  83       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  84       this.sequence = seq;\r
  85 \r
  86       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  87       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  88       {\r
  89 \r
  90         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  91         {\r
  92           doKeyPressed(evt);\r
  93         }\r
  94       });\r
  95     }\r
  96 \r
  97 \r
  98   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  99    {\r
 100         int max = -10;\r
 101         int maxchain = -1;\r
 102         int pdbstart = 0;\r
 103         int pdbend = 0;\r
 104         int seqstart = 0;\r
 105         int seqend = 0;\r
 106         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
 107 \r
 108         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 109         {\r
 110 \r
 111           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 112           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 113 \r
 114             // Now lets compare the sequences to get\r
 115             // the start and end points.\r
 116             // Align the sequence to the pdb\r
 117             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 118                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 119             as.calcScoreMatrix();\r
 120             as.traceAlignment();\r
 121             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 122            {\r
 123               public void print(String x) {\r
 124                    mappingDetails.append(x);\r
 125                }\r
 126                public void println()\r
 127                {\r
 128                  mappingDetails.append("\n");\r
 129                }\r
 130             };\r
 131 \r
 132             as.printAlignment(ps);\r
 133 \r
 134             if (as.maxscore > max) {\r
 135                 max = as.maxscore;\r
 136                 maxchain = i;\r
 137 \r
 138                 pdbstart = as.seq2start;\r
 139                 pdbend = as.seq2end;\r
 140                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 141                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 142                 maxAlignseq = as;\r
 143             }\r
 144 \r
 145             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 146             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 147         }\r
 148 \r
 149         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 150 \r
 151         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 152         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 153         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 154         mainchain.seqend = seqend;\r
 155         mainchain.isVisible = true;\r
 156         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 157 \r
 158         this.pdb = pdb;\r
 159         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 160 \r
 161         //Initialize the matrices to identity\r
 162         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 163             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 164                 if (i != j) {\r
 165                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 166                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 167                 } else {\r
 168                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 169                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 170                 }\r
 171             }\r
 172         }\r
 173 \r
 174         addMouseMotionListener(this);\r
 175         addMouseListener(this);\r
 176 \r
 177 \r
 178         findCentre();\r
 179         findWidth();\r
 180 \r
 181         setupBonds();\r
 182 \r
 183         scale = findScale();\r
 184     }\r
 185 \r
 186 \r
 187     Vector visiblebonds;\r
 188     void setupBonds()\r
 189     {\r
 190       seqColoursReady = false;\r
 191       // Sort the bonds by z coord\r
 192       visiblebonds = new Vector();\r
 193 \r
 194       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 195       {\r
 196         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 197         {\r
 198           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 199 \r
 200           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 201           {\r
 202             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 203           }\r
 204         }\r
 205       }\r
 206       updateSeqColours();\r
 207       seqColoursReady = true;\r
 208       redrawneeded = true;\r
 209       repaint();\r
 210     }\r
 211 \r
 212 \r
 213     public void findWidth() {\r
 214         float[] max = new float[3];\r
 215         float[] min = new float[3];\r
 216 \r
 217         max[0] = (float) -1e30;\r
 218         max[1] = (float) -1e30;\r
 219         max[2] = (float) -1e30;\r
 220 \r
 221         min[0] = (float) 1e30;\r
 222         min[1] = (float) 1e30;\r
 223         min[2] = (float) 1e30;\r
 224 \r
 225         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 226             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 227                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 228 \r
 229                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 230                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 231 \r
 232                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 233                         max[0] = tmp.start[0];\r
 234                     }\r
 235 \r
 236                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 237                         max[1] = tmp.start[1];\r
 238                     }\r
 239 \r
 240                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 241                         max[2] = tmp.start[2];\r
 242                     }\r
 243 \r
 244                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 245                         min[0] = tmp.start[0];\r
 246                     }\r
 247 \r
 248                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 249                         min[1] = tmp.start[1];\r
 250                     }\r
 251 \r
 252                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 253                         min[2] = tmp.start[2];\r
 254                     }\r
 255 \r
 256                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 257                         max[0] = tmp.end[0];\r
 258                     }\r
 259 \r
 260                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 261                         max[1] = tmp.end[1];\r
 262                     }\r
 263 \r
 264                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 265                         max[2] = tmp.end[2];\r
 266                     }\r
 267 \r
 268                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 269                         min[0] = tmp.end[0];\r
 270                     }\r
 271 \r
 272                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 273                         min[1] = tmp.end[1];\r
 274                     }\r
 275 \r
 276                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 277                         min[2] = tmp.end[2];\r
 278                     }\r
 279                 }\r
 280             }\r
 281         }\r
 282 \r
 283         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 284         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 285         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 286 \r
 287         maxwidth = width[0];\r
 288 \r
 289         if (width[1] > width[0]) {\r
 290             maxwidth = width[1];\r
 291         }\r
 292 \r
 293         if (width[2] > width[1]) {\r
 294             maxwidth = width[2];\r
 295         }\r
 296 \r
 297        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 298     }\r
 299 \r
 300     public float findScale() {\r
 301         int dim;\r
 302         int width;\r
 303         int height;\r
 304 \r
 305         if (getSize().width != 0) {\r
 306             width = getSize().width;\r
 307             height = getSize().height;\r
 308         } else {\r
 309             width = prefsize.width;\r
 310             height = prefsize.height;\r
 311         }\r
 312 \r
 313         if (width < height) {\r
 314             dim = width;\r
 315         } else {\r
 316             dim = height;\r
 317         }\r
 318 \r
 319         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 320     }\r
 321 \r
 322     public void findCentre() {\r
 323         float xtot = 0;\r
 324         float ytot = 0;\r
 325         float ztot = 0;\r
 326 \r
 327         int bsize = 0;\r
 328 \r
 329         //Find centre coordinate\r
 330         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 331             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 332                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 333 \r
 334                 bsize += bonds.size();\r
 335 \r
 336                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 337                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 338                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 339 \r
 340                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 341                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 342 \r
 343                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 344                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 345                 }\r
 346             }\r
 347         }\r
 348 \r
 349         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 350         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 351         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 352     }\r
 353 \r
 354     public void paint(Graphics g)\r
 355     {\r
 356 \r
 357       if(errorLoading)\r
 358       {\r
 359         g.setColor(Color.white);\r
 360         g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);\r
 361         g.setColor(Color.black);\r
 362         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 363         g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 364         return;\r
 365       }\r
 366       else if( !seqColoursReady )\r
 367       {\r
 368         g.setColor(Color.black);\r
 369         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 370         g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height/2);\r
 371         return;\r
 372       }\r
 373 \r
 374 \r
 375 \r
 376         //Only create the image at the beginning -\r
 377         //this saves much memory usage\r
 378         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 379                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 380 \r
 381          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 382            prefsize.height = getSize().height;\r
 383 \r
 384            scale = findScale();\r
 385            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 386            ig = img.getGraphics();\r
 387 \r
 388            redrawneeded = true;\r
 389          }catch(Exception ex)\r
 390          {\r
 391            ex.printStackTrace();\r
 392          }\r
 393         }\r
 394 \r
 395 \r
 396         if (redrawneeded)\r
 397         {\r
 398           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 399           redrawneeded = false;\r
 400         }\r
 401         if(appletToolTip!=null)\r
 402         {\r
 403           ig.setColor(Color.red);\r
 404           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 405         }\r
 406 \r
 407         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 408 \r
 409         pdbAction = false;\r
 410     }\r
 411 \r
 412     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 413     {\r
 414       ig.setColor(Color.black);\r
 415       ig.fillRect(0, 0, width, height);\r
 416       drawScene(ig);\r
 417       drawLabels(ig);\r
 418     }\r
 419 \r
 420 \r
 421     public void updateSeqColours()\r
 422     {\r
 423       if (pdbAction)\r
 424       {\r
 425         return;\r
 426       }\r
 427 \r
 428       if(bysequence && pdb!=null)\r
 429       {\r
 430         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 431         {\r
 432           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 433         }\r
 434       }\r
 435 \r
 436       redrawneeded=true;\r
 437       repaint();\r
 438     }\r
 439 \r
 440 \r
 441     int findTrueIndex(int pos)\r
 442     {\r
 443       // returns the alignment position for a residue\r
 444       int j = sequence.getStart();\r
 445       int i = 0;\r
 446 \r
 447       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 448       {\r
 449         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 450         {\r
 451           j++;\r
 452         }\r
 453 \r
 454         i++;\r
 455       }\r
 456 \r
 457       if(i>1)\r
 458          i--;\r
 459 \r
 460       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 461       {\r
 462         return sequence.getEnd() + 1;\r
 463       }\r
 464       else\r
 465       {\r
 466         return i;\r
 467       }\r
 468     }\r
 469 \r
 470 \r
 471     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 472     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 473     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 474     {\r
 475       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 476       {\r
 477         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 478         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 479         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 480         if(chain!=mainchain)\r
 481           continue;\r
 482 \r
 483         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 484             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 485         {\r
 486 \r
 487           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 488                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 489             if (index != -1)\r
 490             {\r
 491               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 492                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 493 \r
 494           //    tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 495          //         findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 496             }\r
 497         }\r
 498 \r
 499         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 500             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 501         if (index != -1)\r
 502         {\r
 503           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 504               getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 505         //  tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 506         //      findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 507         }\r
 508       }\r
 509     }\r
 510 \r
 511 \r
 512     public void drawScene(Graphics g)\r
 513     {\r
 514 \r
 515         if (zbuffer) {\r
 516             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 517         }\r
 518 \r
 519 \r
 520         Bond tmpBond=null;\r
 521         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 522         {\r
 523             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 524 \r
 525 \r
 526             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 527                 (getSize().width / 2));\r
 528             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 529                 (getSize().height / 2));\r
 530 \r
 531             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 532                 (getSize().width / 2));\r
 533             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 534                 (getSize().height / 2));\r
 535 \r
 536             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 537             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 538 \r
 539             if (depthcue && !bymolecule)\r
 540             {\r
 541                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 542                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 543                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 544 \r
 545                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 546                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 547                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 548                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 549                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 550 \r
 551                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 552                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 553                 } else {\r
 554                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 555                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 556 \r
 557                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 558                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 559                 }\r
 560 \r
 561             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 562                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 563                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 564                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 565                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 566                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 567                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 568                 } else {\r
 569                     g.setColor(Color.green);\r
 570                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 571                 }\r
 572             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 573                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 574                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 575                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 576                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 577             } else {\r
 578                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 579             }\r
 580 \r
 581             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 582             {\r
 583               g.setColor(Color.white);\r
 584               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 585             }\r
 586 \r
 587             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 588             {\r
 589               g.setColor(Color.white);\r
 590               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 591             }\r
 592 \r
 593         }\r
 594     }\r
 595 \r
 596     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 597         if (!wire) {\r
 598             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 599                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 600                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 601                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 602             } else {\r
 603                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 604                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 605                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 606                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 607             }\r
 608         } else {\r
 609             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 610         }\r
 611     }\r
 612 \r
 613     public Dimension minimumsize() {\r
 614         return prefsize;\r
 615     }\r
 616 \r
 617     public Dimension preferredsize() {\r
 618         return prefsize;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 622     {\r
 623       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 624       {\r
 625         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 626         redrawneeded = true;\r
 627         repaint();\r
 628       }\r
 629       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 630       {\r
 631         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 632         redrawneeded = true;\r
 633         repaint();\r
 634       }\r
 635     }\r
 636 \r
 637     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 638       pdbAction = true;\r
 639       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 640       if(fatom!=null)\r
 641       {\r
 642         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 643 \r
 644         redrawneeded = true;\r
 645         repaint();\r
 646         if (foundchain != -1)\r
 647         {\r
 648           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 649           if (chain == mainchain)\r
 650           {\r
 651             if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 652             {\r
 653               if (highlightRes == null)\r
 654                 highlightRes = new Vector();\r
 655 \r
 656               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 657                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 658               else\r
 659                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 660             }\r
 661           }\r
 662         }\r
 663 \r
 664         }\r
 665         mx = e.getX();\r
 666         my = e.getY();\r
 667         omx = mx;\r
 668         omy = my;\r
 669         dragging = false;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 673       pdbAction = true;\r
 674       if(highlightBond1!=null)\r
 675       {\r
 676         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 677         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 678         highlightBond1 = null;\r
 679         highlightBond2 = null;\r
 680       }\r
 681 \r
 682         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 683 \r
 684         PDBChain chain = null;\r
 685         if(foundchain!=-1)\r
 686         {\r
 687           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 688           if(chain == mainchain)\r
 689           {\r
 690             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 691           }\r
 692         }\r
 693 \r
 694         if (fatom != null) {\r
 695             toolx = e.getX();\r
 696             tooly = e.getY();\r
 697 \r
 698             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 699             redrawneeded = true;\r
 700             repaint();\r
 701         } else {\r
 702             highlightSeqcanvas( -1);\r
 703             appletToolTip = null;\r
 704             redrawneeded = true;\r
 705             repaint();\r
 706         }\r
 707     }\r
 708 \r
 709 \r
 710     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 711     {\r
 712       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 713 \r
 714       int size = pos==-1?0:3;\r
 715 \r
 716       if(highlightRes!=null)\r
 717         size += highlightRes.size()*3;\r
 718 \r
 719       int [] array = new int[size];\r
 720       int i=0;\r
 721       if(highlightRes!=null)\r
 722       {\r
 723         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 724         {\r
 725           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 726               i).toString())+1;\r
 727           array[i * 3] = index;\r
 728           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 729           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 730         }\r
 731       }\r
 732 \r
 733       if(pos!=-1)\r
 734       {\r
 735         array[i * 3] = index;\r
 736         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 737         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 738       }\r
 739 \r
 740       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 741     }\r
 742 \r
 743 \r
 744     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 745     }\r
 746 \r
 747     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 748     }\r
 749 \r
 750     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 751     }\r
 752 \r
 753     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 754         int x = evt.getX();\r
 755         int y = evt.getY();\r
 756         mx = x;\r
 757         my = y;\r
 758 \r
 759         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 760         objmat.setIdentity();\r
 761 \r
 762         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 763             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 764         } else {\r
 765             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 766             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 767         }\r
 768 \r
 769         //Alter the bonds\r
 770         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 771             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 772 \r
 773             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 774                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 775 \r
 776                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 777                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 778 \r
 779                 //Now apply the rotation matrix\r
 780                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 781                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 782 \r
 783                 //Now translate back again\r
 784                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 785             }\r
 786         }\r
 787 \r
 788         objmat = null;\r
 789 \r
 790         omx = mx;\r
 791         omy = my;\r
 792 \r
 793         dragging = true;\r
 794 \r
 795         redrawneeded = true;\r
 796 \r
 797         repaint();\r
 798     }\r
 799 \r
 800     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 801         dragging = false;\r
 802         return;\r
 803     }\r
 804 \r
 805     void drawLabels(Graphics g) {\r
 806 \r
 807         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 808         {\r
 809             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 810 \r
 811             if (chain.isVisible)\r
 812             {\r
 813                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 814 \r
 815                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 816                 {\r
 817                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 818 \r
 819                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 820                     {\r
 821                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 822                     }\r
 823 \r
 824                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 825                     {\r
 826 \r
 827                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 828                     }\r
 829                 }\r
 830             }\r
 831         }\r
 832     }\r
 833 \r
 834     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 835         g.setFont(font);\r
 836 \r
 837         if (n == 1) {\r
 838             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 839                 (getSize().width / 2));\r
 840             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 841                 (getSize().height / 2));\r
 842 \r
 843             g.setColor(Color.red);\r
 844             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 845         }\r
 846 \r
 847         if (n == 2) {\r
 848             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 849                 (getSize().width / 2));\r
 850             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 851                 (getSize().height / 2));\r
 852 \r
 853             g.setColor(Color.red);\r
 854             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 855         }\r
 856     }\r
 857 \r
 858     int foundchain = -1;\r
 859     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 860         Atom fatom = null;\r
 861 \r
 862         foundchain = -1;\r
 863 \r
 864         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 865         {\r
 866             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 867             int truex;\r
 868             Bond tmpBond=null;\r
 869 \r
 870             if (chain.isVisible)\r
 871             {\r
 872                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 873 \r
 874                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 875                 {\r
 876                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 877 \r
 878                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 879                         (getSize().width / 2));\r
 880 \r
 881                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 882                     {\r
 883                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 884                             (getSize().height / 2));\r
 885 \r
 886                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 887                         {\r
 888                             fatom = tmpBond.at1;\r
 889                             foundchain = ii;\r
 890                             break;\r
 891                         }\r
 892                     }\r
 893                 }\r
 894 \r
 895                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 896 \r
 897                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 898                                (getSize().width / 2));\r
 899 \r
 900                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 901                 {\r
 902                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 903                                      (getSize().height / 2));\r
 904 \r
 905                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 906                   {\r
 907                     fatom = tmpBond.at2;\r
 908                     foundchain = ii;\r
 909                     break;\r
 910                   }\r
 911                 }\r
 912 \r
 913             }\r
 914 \r
 915             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 916              {\r
 917                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 918             }\r
 919         }\r
 920 \r
 921         return fatom;\r
 922     }\r
 923 \r
 924     public void update(Graphics g)\r
 925     {\r
 926       paint(g);\r
 927     }\r
 928 \r
 929     public void highlightRes(int ii)\r
 930    {\r
 931 \r
 932      if (highlightRes != null\r
 933          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 934      {\r
 935        return;\r
 936      }\r
 937 \r
 938      int index = -1;\r
 939      Bond tmpBond;\r
 940      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 941      {\r
 942        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 943        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 944        {\r
 945          if (highlightBond1 != null)\r
 946            highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 947 \r
 948          if (highlightBond2 != null)\r
 949            highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 950 \r
 951          highlightBond1 = null;\r
 952          highlightBond2 = null;\r
 953 \r
 954          if (index > 0)\r
 955          {\r
 956            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 957            highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 958          }\r
 959 \r
 960          if (index != mainchain.bonds.size())\r
 961          {\r
 962            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 963            highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 964          }\r
 965 \r
 966          break;\r
 967        }\r
 968      }\r
 969 \r
 970      redrawneeded = true;\r
 971      repaint();\r
 972    }\r
 973 \r
 974 \r
 975     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 976     {\r
 977       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 978       {\r
 979         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 980         chain.isVisible = b;\r
 981       }\r
 982       mainchain.isVisible = true;\r
 983       findCentre();\r
 984       setupBonds();\r
 985     }\r
 986 \r
 987 }\r