src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29
  30 import jalview.appletgui.*;
  31 import jalview.structure.*;
  32
  33 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  34         MouseMotionListener, StructureListener
  35 {
  36
  37   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  38
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40
  41   boolean redrawneeded = true;
  42
  43   int omx = 0;
  44
  45   int mx = 0;
  46
  47   int omy = 0;
  48
  49   int my = 0;
  50
  51   public PDBfile pdb;
  52
  53   PDBEntry pdbentry;
  54
  55   int bsize;
  56
  57   Image img;
  58
  59   Graphics ig;
  60
  61   Dimension prefsize;
  62
  63   float[] centre = new float[3];
  64
  65   float[] width = new float[3];
  66
  67   float maxwidth;
  68
  69   float scale;
  70
  71   String inStr;
  72
  73   String inType;
  74
  75   boolean bysequence = true;
  76
  77   boolean depthcue = true;
  78
  79   boolean wire = false;
  80
  81   boolean bymolecule = false;
  82
  83   boolean zbuffer = true;
  84
  85   boolean dragging;
  86
  87   int xstart;
  88
  89   int xend;
  90
  91   int ystart;
  92
  93   int yend;
  94
  95   int xmid;
  96
  97   int ymid;
  98
  99   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 100
 101   public SequenceI[] sequence;
 102
 103   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 104
 105   String appletToolTip = null;
 106
 107   int toolx, tooly;
 108
 109   PDBChain mainchain;
 110
 111   Vector highlightRes;
 112
 113   boolean pdbAction = false;
 114
 115   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 116
 117   boolean errorLoading = false;
 118
 119   boolean seqColoursReady = false;
 120
 121   FeatureRenderer fr;
 122
 123   AlignmentPanel ap;
 124
 125   StructureSelectionManager ssm;
 126
 127   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 128           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 129
 130   {
 131     this.ap = ap;
 132     this.pdbentry = pdbentry;
 133     this.sequence = seq;
 134
 135     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 136
 137     try
 138     {
 139       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 140
 141       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 142         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 143
 144     } catch (Exception ex)
 145     {
 146       ex.printStackTrace();
 147       return;
 148     }
 149
 150     pdbentry.setId(pdb.id);
 151
 152     ssm.addStructureViewerListener(this);
 153
 154     colourBySequence();
 155
 156     int max = -10;
 157     int maxchain = -1;
 158     int pdbstart = 0;
 159     int pdbend = 0;
 160     int seqstart = 0;
 161     int seqend = 0;
 162
 163     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 164     SequenceI sequence = seq[0];
 165
 166     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 167     {
 168
 169       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 170               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 171                       .getSequenceAsString());
 172       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 173               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 174               + "\n\n");
 175
 176       // Now lets compare the sequences to get
 177       // the start and end points.
 178       // Align the sequence to the pdb
 179       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence, ((PDBChain) pdb.chains
 180               .elementAt(i)).sequence, "pep");
 181       as.calcScoreMatrix();
 182       as.traceAlignment();
 183       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 184       {
 185         public void print(String x)
 186         {
 187           mappingDetails.append(x);
 188         }
 189
 190         public void println()
 191         {
 192           mappingDetails.append("\n");
 193         }
 194       };
 195
 196       as.printAlignment(ps);
 197
 198       if (as.maxscore > max)
 199       {
 200         max = as.maxscore;
 201         maxchain = i;
 202
 203         pdbstart = as.seq2start;
 204         pdbend = as.seq2end;
 205         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 206         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 207       }
 208
 209       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 210       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 211     }
 212
 213     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 214
 215     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 216     mainchain.pdbend = pdbend;
 217     mainchain.seqstart = seqstart;
 218     mainchain.seqend = seqend;
 219     mainchain.isVisible = true;
 220     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 221     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 222     this.pdb = pdb;
 223     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 224
 225     // Initialize the matrices to identity
 226     for (int i = 0; i < 3; i++)
 227     {
 228       for (int j = 0; j < 3; j++)
 229       {
 230         if (i != j)
 231         {
 232           idmat.addElement(i, j, 0);
 233           objmat.addElement(i, j, 0);
 234         }
 235         else
 236         {
 237           idmat.addElement(i, j, 1);
 238           objmat.addElement(i, j, 1);
 239         }
 240       }
 241     }
 242
 243     addMouseMotionListener(this);
 244     addMouseListener(this);
 245
 246     addKeyListener(new KeyAdapter()
 247     {
 248       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 249       {
 250         doKeyPressed(evt);
 251       }
 252     });
 253
 254     findCentre();
 255     findWidth();
 256
 257     setupBonds();
 258
 259     scale = findScale();
 260   }
 261
 262   Vector visiblebonds;
 263
 264   void setupBonds()
 265   {
 266     seqColoursReady = false;
 267     // Sort the bonds by z coord
 268     visiblebonds = new Vector();
 269
 270     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 271     {
 272       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 273       {
 274         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 275
 276         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 277         {
 278           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 279         }
 280       }
 281     }
 282     seqColoursReady = true;
 283     colourBySequence();
 284     redrawneeded = true;
 285     repaint();
 286   }
 287
 288   public void findWidth()
 289   {
 290     float[] max = new float[3];
 291     float[] min = new float[3];
 292
 293     max[0] = (float) -1e30;
 294     max[1] = (float) -1e30;
 295     max[2] = (float) -1e30;
 296
 297     min[0] = (float) 1e30;
 298     min[1] = (float) 1e30;
 299     min[2] = (float) 1e30;
 300
 301     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 302     {
 303       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 304       {
 305         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 306
 307         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 308         {
 309           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 310
 311           if (tmp.start[0] >= max[0])
 312           {
 313             max[0] = tmp.start[0];
 314           }
 315
 316           if (tmp.start[1] >= max[1])
 317           {
 318             max[1] = tmp.start[1];
 319           }
 320
 321           if (tmp.start[2] >= max[2])
 322           {
 323             max[2] = tmp.start[2];
 324           }
 325
 326           if (tmp.start[0] <= min[0])
 327           {
 328             min[0] = tmp.start[0];
 329           }
 330
 331           if (tmp.start[1] <= min[1])
 332           {
 333             min[1] = tmp.start[1];
 334           }
 335
 336           if (tmp.start[2] <= min[2])
 337           {
 338             min[2] = tmp.start[2];
 339           }
 340
 341           if (tmp.end[0] >= max[0])
 342           {
 343             max[0] = tmp.end[0];
 344           }
 345
 346           if (tmp.end[1] >= max[1])
 347           {
 348             max[1] = tmp.end[1];
 349           }
 350
 351           if (tmp.end[2] >= max[2])
 352           {
 353             max[2] = tmp.end[2];
 354           }
 355
 356           if (tmp.end[0] <= min[0])
 357           {
 358             min[0] = tmp.end[0];
 359           }
 360
 361           if (tmp.end[1] <= min[1])
 362           {
 363             min[1] = tmp.end[1];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[2] <= min[2])
 367           {
 368             min[2] = tmp.end[2];
 369           }
 370         }
 371       }
 372     }
 373
 374     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 375     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 376     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 377
 378     maxwidth = width[0];
 379
 380     if (width[1] > width[0])
 381     {
 382       maxwidth = width[1];
 383     }
 384
 385     if (width[2] > width[1])
 386     {
 387       maxwidth = width[2];
 388     }
 389
 390     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 391   }
 392
 393   public float findScale()
 394   {
 395     int dim;
 396     int width;
 397     int height;
 398
 399     if (getSize().width != 0)
 400     {
 401       width = getSize().width;
 402       height = getSize().height;
 403     }
 404     else
 405     {
 406       width = prefsize.width;
 407       height = prefsize.height;
 408     }
 409
 410     if (width < height)
 411     {
 412       dim = width;
 413     }
 414     else
 415     {
 416       dim = height;
 417     }
 418
 419     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 420   }
 421
 422   public void findCentre()
 423   {
 424     float xtot = 0;
 425     float ytot = 0;
 426     float ztot = 0;
 427
 428     int bsize = 0;
 429
 430     // Find centre coordinate
 431     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 432     {
 433       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 434       {
 435         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 436
 437         bsize += bonds.size();
 438
 439         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 440         {
 441           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 442                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 443
 444           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 445                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 446
 447           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 448                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 449         }
 450       }
 451     }
 452
 453     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 454     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 455     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 456   }
 457
 458   public void paint(Graphics g)
 459   {
 460
 461     if (errorLoading)
 462     {
 463       g.setColor(Color.white);
 464       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 465       g.setColor(Color.black);
 466       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 467       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 468       return;
 469     }
 470
 471     if (!seqColoursReady)
 472     {
 473       g.setColor(Color.black);
 474       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 475       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 476       return;
 477     }
 478
 479     // Only create the image at the beginning -
 480     // this saves much memory usage
 481     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 482             || (prefsize.height != getSize().height))
 483     {
 484
 485       try
 486       {
 487         prefsize.width = getSize().width;
 488         prefsize.height = getSize().height;
 489
 490         scale = findScale();
 491         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 492         ig = img.getGraphics();
 493
 494         redrawneeded = true;
 495       } catch (Exception ex)
 496       {
 497         ex.printStackTrace();
 498       }
 499     }
 500
 501     if (redrawneeded)
 502     {
 503       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 504       redrawneeded = false;
 505     }
 506     if (appletToolTip != null)
 507     {
 508       ig.setColor(Color.red);
 509       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 510     }
 511
 512     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 513
 514     pdbAction = false;
 515   }
 516
 517   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 518   {
 519     ig.setColor(Color.black);
 520     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 521     drawScene(ig);
 522     drawLabels(ig);
 523   }
 524
 525   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 526   {
 527     bysequence = false;
 528     pdb.setColours(cs);
 529     redrawneeded = true;
 530     repaint();
 531   }
 532
 533   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 534   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 535   void colourBySequence()
 536   {
 537     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 538
 539     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 540
 541     boolean showFeatures = false;
 542     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 543     {
 544       if (fr == null)
 545       {
 546         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 547       }
 548
 549       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 550
 551       showFeatures = true;
 552     }
 553
 554     PDBChain chain;
 555     if (bysequence && pdb != null)
 556     {
 557       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 558       {
 559         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 560
 561         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 562         {
 563           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 564           tmp.startCol = Color.lightGray;
 565           tmp.endCol = Color.lightGray;
 566           if (chain != mainchain)
 567           {
 568             continue;
 569           }
 570
 571           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 572           {
 573             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 574             {
 575               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 576               {
 577                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 578                 if (pos > 0)
 579                 {
 580                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 581                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 582                   if (showFeatures)
 583                   {
 584                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 585                             sequence[s], pos);
 586                   }
 587                 }
 588                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 589                 if (pos > 0)
 590                 {
 591                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 592                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 593                   if (showFeatures)
 594                   {
 595                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 596                             sequence[s], pos);
 597                   }
 598                 }
 599
 600               }
 601             }
 602           }
 603         }
 604       }
 605     }
 606   }
 607
 608   Zsort zsort;
 609
 610   public void drawScene(Graphics g)
 611   {
 612     if (zbuffer)
 613     {
 614       if (zsort == null)
 615       {
 616         zsort = new Zsort();
 617       }
 618
 619       zsort.Zsort(visiblebonds);
 620     }
 621
 622     Bond tmpBond = null;
 623     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 624     {
 625       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 626
 627       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 628       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 629
 630       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 631       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 632
 633       xmid = (xend + xstart) / 2;
 634       ymid = (yend + ystart) / 2;
 635
 636       if (depthcue && !bymolecule)
 637       {
 638         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 639         {
 640           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 641           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 642
 643           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 644           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 645         }
 646         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 647         {
 648           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 649           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 650
 651           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 652           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 653         }
 654         else
 655         {
 656           g.setColor(tmpBond.startCol);
 657           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 658
 659           g.setColor(tmpBond.endCol);
 660           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 661         }
 662
 663       }
 664       else if (depthcue && bymolecule)
 665       {
 666         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 667         {
 668           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 669           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 670         }
 671         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 672         {
 673           g.setColor(Color.green.darker());
 674           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 675         }
 676         else
 677         {
 678           g.setColor(Color.green);
 679           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 680         }
 681       }
 682       else if (!depthcue && !bymolecule)
 683       {
 684         g.setColor(tmpBond.startCol);
 685         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 686         g.setColor(tmpBond.endCol);
 687         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 688       }
 689       else
 690       {
 691         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 692       }
 693
 694       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 695       {
 696         g.setColor(Color.white);
 697         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 698       }
 699
 700       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 701       {
 702         g.setColor(Color.white);
 703         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 704       }
 705
 706     }
 707   }
 708
 709   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 710   {
 711     if (!wire)
 712     {
 713       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 714       {
 715         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 716         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 717         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 718       }
 719       else
 720       {
 721         g.setColor(g.getColor().brighter());
 722         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 723         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 724         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 725       }
 726     }
 727     else
 728     {
 729       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 730     }
 731   }
 732
 733   public Dimension minimumsize()
 734   {
 735     return prefsize;
 736   }
 737
 738   public Dimension preferredsize()
 739   {
 740     return prefsize;
 741   }
 742
 743   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 744   {
 745     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 746     {
 747       scale = (float) (scale * 1.1);
 748       redrawneeded = true;
 749       repaint();
 750     }
 751     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 752     {
 753       scale = (float) (scale * 0.9);
 754       redrawneeded = true;
 755       repaint();
 756     }
 757   }
 758
 759   public void mousePressed(MouseEvent e)
 760   {
 761     pdbAction = true;
 762     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 763     if (fatom != null)
 764     {
 765       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 766
 767       redrawneeded = true;
 768       repaint();
 769       if (foundchain != -1)
 770       {
 771         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 772         if (chain == mainchain)
 773         {
 774           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 775           {
 776             if (highlightRes == null)
 777             {
 778               highlightRes = new Vector();
 779             }
 780
 781             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 782             {
 783               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 784             }
 785             else
 786             {
 787               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 788             }
 789           }
 790         }
 791       }
 792
 793     }
 794     mx = e.getX();
 795     my = e.getY();
 796     omx = mx;
 797     omy = my;
 798     dragging = false;
 799   }
 800
 801   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 802   {
 803     pdbAction = true;
 804     if (highlightBond1 != null)
 805     {
 806       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 807       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 808       highlightBond1 = null;
 809       highlightBond2 = null;
 810     }
 811
 812     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 813
 814     PDBChain chain = null;
 815     if (foundchain != -1)
 816     {
 817       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 818       if (chain == mainchain)
 819       {
 820         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 821       }
 822     }
 823
 824     if (fatom != null)
 825     {
 826       toolx = e.getX();
 827       tooly = e.getY();
 828
 829       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 830               + fatom.resName;
 831       redrawneeded = true;
 832       repaint();
 833     }
 834     else
 835     {
 836       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 837       appletToolTip = null;
 838       redrawneeded = true;
 839       repaint();
 840     }
 841   }
 842
 843   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 844   {
 845   }
 846
 847   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 848   {
 849   }
 850
 851   public void mouseExited(MouseEvent e)
 852   {
 853   }
 854
 855   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 856   {
 857     int x = evt.getX();
 858     int y = evt.getY();
 859     mx = x;
 860     my = y;
 861
 862     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 863     objmat.setIdentity();
 864
 865     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 866     {
 867       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 868     }
 869     else
 870     {
 871       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 872       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 873     }
 874
 875     // Alter the bonds
 876     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 877     {
 878       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 879
 880       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 881       {
 882         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 883
 884         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 885         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 886
 887         // Now apply the rotation matrix
 888         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 889         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 890
 891         // Now translate back again
 892         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 893       }
 894     }
 895
 896     objmat = null;
 897
 898     omx = mx;
 899     omy = my;
 900
 901     dragging = true;
 902
 903     redrawneeded = true;
 904
 905     repaint();
 906   }
 907
 908   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 909   {
 910     dragging = false;
 911     return;
 912   }
 913
 914   void drawLabels(Graphics g)
 915   {
 916
 917     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 918     {
 919       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 920
 921       if (chain.isVisible)
 922       {
 923         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 924
 925         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 926         {
 927           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 928
 929           if (tmpBond.at1.isSelected)
 930           {
 931             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 932           }
 933
 934           if (tmpBond.at2.isSelected)
 935           {
 936
 937             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 938           }
 939         }
 940       }
 941     }
 942   }
 943
 944   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 945   {
 946     g.setFont(font);
 947
 948     if (n == 1)
 949     {
 950       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 951       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 952
 953       g.setColor(Color.red);
 954       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 955     }
 956
 957     if (n == 2)
 958     {
 959       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 960       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 961
 962       g.setColor(Color.red);
 963       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 964     }
 965   }
 966
 967   int foundchain = -1;
 968
 969   public Atom findAtom(int x, int y)
 970   {
 971     Atom fatom = null;
 972
 973     foundchain = -1;
 974
 975     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 976     {
 977       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 978       int truex;
 979       Bond tmpBond = null;
 980
 981       if (chain.isVisible)
 982       {
 983         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 984
 985         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 986         {
 987           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 988
 989           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 990
 991           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 992           {
 993             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 994
 995             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 996             {
 997               fatom = tmpBond.at1;
 998               foundchain = ii;
 999               break;
1000             }
1001           }
1002         }
1003
1004         // Still here? Maybe its the last bond
1005
1006         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1007
1008         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1009         {
1010           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1011
1012           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1013           {
1014             fatom = tmpBond.at2;
1015             foundchain = ii;
1016             break;
1017           }
1018         }
1019
1020       }
1021
1022       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1023       {
1024         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1025       }
1026     }
1027
1028     return fatom;
1029   }
1030
1031   public void update(Graphics g)
1032   {
1033     paint(g);
1034   }
1035
1036   public void highlightRes(int ii)
1037   {
1038     if (!seqColoursReady)
1039     {
1040       return;
1041     }
1042
1043     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1044     {
1045       return;
1046     }
1047
1048     int index = -1;
1049     Bond tmpBond;
1050     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1051     {
1052       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1053       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1054       {
1055         if (highlightBond1 != null)
1056         {
1057           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1058         }
1059
1060         if (highlightBond2 != null)
1061         {
1062           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1063         }
1064
1065         highlightBond1 = null;
1066         highlightBond2 = null;
1067
1068         if (index > 0)
1069         {
1070           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1071           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1072         }
1073
1074         if (index != mainchain.bonds.size())
1075         {
1076           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1077           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1078         }
1079
1080         break;
1081       }
1082     }
1083
1084     redrawneeded = true;
1085     repaint();
1086   }
1087
1088   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1089   {
1090     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1091     {
1092       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1093       chain.isVisible = b;
1094     }
1095     mainchain.isVisible = true;
1096     findCentre();
1097     setupBonds();
1098   }
1099
1100   // ////////////////////////////////
1101   // /StructureListener
1102   public String getPdbFile()
1103   {
1104     return pdbentry.getFile();
1105   }
1106
1107   String lastMessage;
1108
1109   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1110   {
1111     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1112       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1113
1114     lastMessage = pdbResNum + chain;
1115   }
1116
1117   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1118
1119   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1120
1121   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1122           String pdbfile)
1123   {
1124     if (!seqColoursReady)
1125     {
1126       return;
1127     }
1128
1129     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1130     {
1131       return;
1132     }
1133
1134     int index = -1;
1135     Bond tmpBond;
1136     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1137     {
1138       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1139       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1140       {
1141         if (highlightBond1 != null)
1142         {
1143           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1144         }
1145
1146         if (highlightBond2 != null)
1147         {
1148           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1149         }
1150
1151         highlightBond1 = null;
1152         highlightBond2 = null;
1153
1154         if (index > 0)
1155         {
1156           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1157           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1158         }
1159
1160         if (index != mainchain.bonds.size())
1161         {
1162           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1163           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1164         }
1165
1166         break;
1167       }
1168     }
1169
1170     redrawneeded = true;
1171     repaint();
1172   }
1173
1174   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1175           String pdbfile)
1176   {
1177     return Color.white;
1178     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1179     // return null;
1180
1181     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1182   }
1183
1184   public void updateColours(Object source)
1185   {
1186     colourBySequence();
1187     redrawneeded = true;
1188     repaint();
1189   }
1190
1191 }