src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     String appletToolTip = null;\r
  73     int toolx, tooly;\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75     Vector highlightRes;\r
  76     boolean pdbAction = false;\r
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78     boolean errorLoading = false;\r
  79     boolean seqColoursReady = false;\r
  80 \r
  81     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  82     {\r
  83       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  84       this.sequence = seq;\r
  85 \r
  86       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  87       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  88       {\r
  89 \r
  90         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  91         {\r
  92           doKeyPressed(evt);\r
  93         }\r
  94       });\r
  95     }\r
  96 \r
  97 \r
  98   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  99    {\r
 100         int max = -10;\r
 101         int maxchain = -1;\r
 102         int pdbstart = 0;\r
 103         int pdbend = 0;\r
 104         int seqstart = 0;\r
 105         int seqend = 0;\r
 106         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
 107 \r
 108         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 109         {\r
 110 \r
 111           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 112           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 113 \r
 114             // Now lets compare the sequences to get\r
 115             // the start and end points.\r
 116             // Align the sequence to the pdb\r
 117             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 118                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 119             as.calcScoreMatrix();\r
 120             as.traceAlignment();\r
 121             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 122            {\r
 123               public void print(String x) {\r
 124                    mappingDetails.append(x);\r
 125                }\r
 126                public void println()\r
 127                {\r
 128                  mappingDetails.append("\n");\r
 129                }\r
 130             };\r
 131 \r
 132             as.printAlignment(ps);\r
 133 \r
 134             if (as.maxscore > max) {\r
 135                 max = as.maxscore;\r
 136                 maxchain = i;\r
 137 \r
 138                 pdbstart = as.seq2start;\r
 139                 pdbend = as.seq2end;\r
 140                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 141                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 142                 maxAlignseq = as;\r
 143             }\r
 144 \r
 145             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 146             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 147         }\r
 148 \r
 149         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 150 \r
 151         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 152         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 153         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 154         mainchain.seqend = seqend;\r
 155         mainchain.isVisible = true;\r
 156         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 157 \r
 158         this.pdb = pdb;\r
 159         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 160 \r
 161         //Initialize the matrices to identity\r
 162         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 163             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 164                 if (i != j) {\r
 165                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 166                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 167                 } else {\r
 168                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 169                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 170                 }\r
 171             }\r
 172         }\r
 173 \r
 174         addMouseMotionListener(this);\r
 175         addMouseListener(this);\r
 176 \r
 177 \r
 178         findCentre();\r
 179         findWidth();\r
 180 \r
 181         setupBonds();\r
 182 \r
 183         scale = findScale();\r
 184     }\r
 185 \r
 186 \r
 187     Vector visiblebonds;\r
 188     void setupBonds()\r
 189     {\r
 190       seqColoursReady = false;\r
 191       // Sort the bonds by z coord\r
 192       visiblebonds = new Vector();\r
 193 \r
 194       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 195       {\r
 196         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 197         {\r
 198           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 199 \r
 200           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 201           {\r
 202             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 203           }\r
 204         }\r
 205       }\r
 206       updateSeqColours();\r
 207       seqColoursReady = true;\r
 208       redrawneeded = true;\r
 209       repaint();\r
 210     }\r
 211 \r
 212 \r
 213     public void findWidth() {\r
 214         float[] max = new float[3];\r
 215         float[] min = new float[3];\r
 216 \r
 217         max[0] = (float) -1e30;\r
 218         max[1] = (float) -1e30;\r
 219         max[2] = (float) -1e30;\r
 220 \r
 221         min[0] = (float) 1e30;\r
 222         min[1] = (float) 1e30;\r
 223         min[2] = (float) 1e30;\r
 224 \r
 225         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 226             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 227                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 228 \r
 229                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 230                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 231 \r
 232                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 233                         max[0] = tmp.start[0];\r
 234                     }\r
 235 \r
 236                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 237                         max[1] = tmp.start[1];\r
 238                     }\r
 239 \r
 240                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 241                         max[2] = tmp.start[2];\r
 242                     }\r
 243 \r
 244                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 245                         min[0] = tmp.start[0];\r
 246                     }\r
 247 \r
 248                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 249                         min[1] = tmp.start[1];\r
 250                     }\r
 251 \r
 252                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 253                         min[2] = tmp.start[2];\r
 254                     }\r
 255 \r
 256                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 257                         max[0] = tmp.end[0];\r
 258                     }\r
 259 \r
 260                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 261                         max[1] = tmp.end[1];\r
 262                     }\r
 263 \r
 264                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 265                         max[2] = tmp.end[2];\r
 266                     }\r
 267 \r
 268                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 269                         min[0] = tmp.end[0];\r
 270                     }\r
 271 \r
 272                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 273                         min[1] = tmp.end[1];\r
 274                     }\r
 275 \r
 276                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 277                         min[2] = tmp.end[2];\r
 278                     }\r
 279                 }\r
 280             }\r
 281         }\r
 282 \r
 283         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 284         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 285         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 286 \r
 287         maxwidth = width[0];\r
 288 \r
 289         if (width[1] > width[0]) {\r
 290             maxwidth = width[1];\r
 291         }\r
 292 \r
 293         if (width[2] > width[1]) {\r
 294             maxwidth = width[2];\r
 295         }\r
 296 \r
 297        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 298     }\r
 299 \r
 300     public float findScale() {\r
 301         int dim;\r
 302         int width;\r
 303         int height;\r
 304 \r
 305         if (getSize().width != 0) {\r
 306             width = getSize().width;\r
 307             height = getSize().height;\r
 308         } else {\r
 309             width = prefsize.width;\r
 310             height = prefsize.height;\r
 311         }\r
 312 \r
 313         if (width < height) {\r
 314             dim = width;\r
 315         } else {\r
 316             dim = height;\r
 317         }\r
 318 \r
 319         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 320     }\r
 321 \r
 322     public void findCentre() {\r
 323         float xtot = 0;\r
 324         float ytot = 0;\r
 325         float ztot = 0;\r
 326 \r
 327         int bsize = 0;\r
 328 \r
 329         //Find centre coordinate\r
 330         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 331             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 332                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 333 \r
 334                 bsize += bonds.size();\r
 335 \r
 336                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 337                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 338                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 339 \r
 340                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 341                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 342 \r
 343                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 344                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 345                 }\r
 346             }\r
 347         }\r
 348 \r
 349         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 350         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 351         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 352     }\r
 353 \r
 354     public void paint(Graphics g)\r
 355     {\r
 356 \r
 357       if(errorLoading)\r
 358       {\r
 359         g.setColor(Color.white);\r
 360         g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);\r
 361         g.setColor(Color.black);\r
 362         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 363         g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 364         return;\r
 365       }\r
 366 \r
 367       if( !seqColoursReady )\r
 368       {\r
 369         g.setColor(Color.black);\r
 370         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 371         g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height/2);\r
 372         return;\r
 373       }\r
 374 \r
 375 \r
 376 \r
 377         //Only create the image at the beginning -\r
 378         //this saves much memory usage\r
 379         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 380                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 381 \r
 382          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 383            prefsize.height = getSize().height;\r
 384 \r
 385            scale = findScale();\r
 386            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 387            ig = img.getGraphics();\r
 388 \r
 389            redrawneeded = true;\r
 390          }catch(Exception ex)\r
 391          {\r
 392            ex.printStackTrace();\r
 393          }\r
 394         }\r
 395 \r
 396 \r
 397         if (redrawneeded)\r
 398         {\r
 399           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 400           redrawneeded = false;\r
 401         }\r
 402         if(appletToolTip!=null)\r
 403         {\r
 404           ig.setColor(Color.red);\r
 405           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 406         }\r
 407 \r
 408         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 409 \r
 410         pdbAction = false;\r
 411     }\r
 412 \r
 413     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 414     {\r
 415       ig.setColor(Color.black);\r
 416       ig.fillRect(0, 0, width, height);\r
 417       drawScene(ig);\r
 418       drawLabels(ig);\r
 419     }\r
 420 \r
 421 \r
 422     public void updateSeqColours()\r
 423     {\r
 424       if (pdbAction)\r
 425       {\r
 426         return;\r
 427       }\r
 428 \r
 429       if(bysequence && pdb!=null)\r
 430       {\r
 431         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 432         {\r
 433           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 434         }\r
 435       }\r
 436 \r
 437       redrawneeded=true;\r
 438       repaint();\r
 439     }\r
 440 \r
 441 \r
 442     int findTrueIndex(int pos)\r
 443     {\r
 444       // returns the alignment position for a residue\r
 445       int j = sequence.getStart();\r
 446       int i = 0;\r
 447 \r
 448       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 449       {\r
 450         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 451         {\r
 452           j++;\r
 453         }\r
 454 \r
 455         i++;\r
 456       }\r
 457 \r
 458       if(i>1)\r
 459          i--;\r
 460 \r
 461       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 462       {\r
 463         return sequence.getEnd() + 1;\r
 464       }\r
 465       else\r
 466       {\r
 467         return i;\r
 468       }\r
 469     }\r
 470 \r
 471 \r
 472     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 473     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 474     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 475     {\r
 476       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 477       {\r
 478         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 479         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 480         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 481         if(chain!=mainchain)\r
 482           continue;\r
 483 \r
 484         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 485             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 486         {\r
 487 \r
 488           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 489                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 490             if (index != -1)\r
 491             {\r
 492               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 493                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 494 \r
 495           //    tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 496          //         findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 497             }\r
 498         }\r
 499 \r
 500         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 501             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 502         if (index != -1)\r
 503         {\r
 504           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 505               getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 506         //  tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 507         //      findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 508         }\r
 509       }\r
 510     }\r
 511 \r
 512 \r
 513     public void drawScene(Graphics g)\r
 514     {\r
 515 \r
 516         if (zbuffer) {\r
 517             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 518         }\r
 519 \r
 520 \r
 521         Bond tmpBond=null;\r
 522         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 523         {\r
 524             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 525 \r
 526 \r
 527             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 528                 (getSize().width / 2));\r
 529             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 530                 (getSize().height / 2));\r
 531 \r
 532             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 533                 (getSize().width / 2));\r
 534             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 535                 (getSize().height / 2));\r
 536 \r
 537             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 538             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 539 \r
 540             if (depthcue && !bymolecule)\r
 541             {\r
 542                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 543                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 544                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 545 \r
 546                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 547                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 548                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 549                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 550                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 551 \r
 552                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 553                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 554                 } else {\r
 555                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 556                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 557 \r
 558                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 559                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 560                 }\r
 561 \r
 562             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 563                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 564                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 565                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 566                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 567                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 568                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 569                 } else {\r
 570                     g.setColor(Color.green);\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 572                 }\r
 573             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 574                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 575                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 576                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 577                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 578             } else {\r
 579                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 580             }\r
 581 \r
 582             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 583             {\r
 584               g.setColor(Color.white);\r
 585               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 586             }\r
 587 \r
 588             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 589             {\r
 590               g.setColor(Color.white);\r
 591               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 592             }\r
 593 \r
 594         }\r
 595     }\r
 596 \r
 597     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 598         if (!wire) {\r
 599             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 600                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 601                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 602                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 603             } else {\r
 604                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 605                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 606                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 607                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 608             }\r
 609         } else {\r
 610             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 611         }\r
 612     }\r
 613 \r
 614     public Dimension minimumsize() {\r
 615         return prefsize;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public Dimension preferredsize() {\r
 619         return prefsize;\r
 620     }\r
 621 \r
 622     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 623     {\r
 624       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 625       {\r
 626         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 627         redrawneeded = true;\r
 628         repaint();\r
 629       }\r
 630       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 631       {\r
 632         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 633         redrawneeded = true;\r
 634         repaint();\r
 635       }\r
 636     }\r
 637 \r
 638     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 639       pdbAction = true;\r
 640       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 641       if(fatom!=null)\r
 642       {\r
 643         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 644 \r
 645         redrawneeded = true;\r
 646         repaint();\r
 647         if (foundchain != -1)\r
 648         {\r
 649           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 650           if (chain == mainchain)\r
 651           {\r
 652             if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 653             {\r
 654               if (highlightRes == null)\r
 655                 highlightRes = new Vector();\r
 656 \r
 657               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 658                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 659               else\r
 660                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 661             }\r
 662           }\r
 663         }\r
 664 \r
 665         }\r
 666         mx = e.getX();\r
 667         my = e.getY();\r
 668         omx = mx;\r
 669         omy = my;\r
 670         dragging = false;\r
 671     }\r
 672 \r
 673     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 674       pdbAction = true;\r
 675       if(highlightBond1!=null)\r
 676       {\r
 677         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 678         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 679         highlightBond1 = null;\r
 680         highlightBond2 = null;\r
 681       }\r
 682 \r
 683         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 684 \r
 685         PDBChain chain = null;\r
 686         if(foundchain!=-1)\r
 687         {\r
 688           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 689           if(chain == mainchain)\r
 690           {\r
 691             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 692           }\r
 693         }\r
 694 \r
 695         if (fatom != null) {\r
 696             toolx = e.getX();\r
 697             tooly = e.getY();\r
 698 \r
 699             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 700             redrawneeded = true;\r
 701             repaint();\r
 702         } else {\r
 703             highlightSeqcanvas( -1);\r
 704             appletToolTip = null;\r
 705             redrawneeded = true;\r
 706             repaint();\r
 707         }\r
 708     }\r
 709 \r
 710 \r
 711     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 712     {\r
 713       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 714 \r
 715       int size = pos==-1?0:3;\r
 716 \r
 717       if(highlightRes!=null)\r
 718         size += highlightRes.size()*3;\r
 719 \r
 720       int [] array = new int[size];\r
 721       int i=0;\r
 722       if(highlightRes!=null)\r
 723       {\r
 724         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 725         {\r
 726           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 727               i).toString())+1;\r
 728           array[i * 3] = index;\r
 729           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 730           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 731         }\r
 732       }\r
 733 \r
 734       if(pos!=-1)\r
 735       {\r
 736         array[i * 3] = index;\r
 737         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 738         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 739       }\r
 740 \r
 741       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 742     }\r
 743 \r
 744 \r
 745     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 746     }\r
 747 \r
 748     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 749     }\r
 750 \r
 751     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 752     }\r
 753 \r
 754     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 755         int x = evt.getX();\r
 756         int y = evt.getY();\r
 757         mx = x;\r
 758         my = y;\r
 759 \r
 760         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 761         objmat.setIdentity();\r
 762 \r
 763         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 764             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 765         } else {\r
 766             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 767             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 768         }\r
 769 \r
 770         //Alter the bonds\r
 771         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 772             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 773 \r
 774             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 775                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 776 \r
 777                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 778                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 779 \r
 780                 //Now apply the rotation matrix\r
 781                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 782                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 783 \r
 784                 //Now translate back again\r
 785                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 786             }\r
 787         }\r
 788 \r
 789         objmat = null;\r
 790 \r
 791         omx = mx;\r
 792         omy = my;\r
 793 \r
 794         dragging = true;\r
 795 \r
 796         redrawneeded = true;\r
 797 \r
 798         repaint();\r
 799     }\r
 800 \r
 801     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 802         dragging = false;\r
 803         return;\r
 804     }\r
 805 \r
 806     void drawLabels(Graphics g) {\r
 807 \r
 808         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 809         {\r
 810             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 811 \r
 812             if (chain.isVisible)\r
 813             {\r
 814                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 815 \r
 816                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 817                 {\r
 818                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 819 \r
 820                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 821                     {\r
 822                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 823                     }\r
 824 \r
 825                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 826                     {\r
 827 \r
 828                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 829                     }\r
 830                 }\r
 831             }\r
 832         }\r
 833     }\r
 834 \r
 835     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 836         g.setFont(font);\r
 837 \r
 838         if (n == 1) {\r
 839             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 840                 (getSize().width / 2));\r
 841             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 842                 (getSize().height / 2));\r
 843 \r
 844             g.setColor(Color.red);\r
 845             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 846         }\r
 847 \r
 848         if (n == 2) {\r
 849             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 850                 (getSize().width / 2));\r
 851             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 852                 (getSize().height / 2));\r
 853 \r
 854             g.setColor(Color.red);\r
 855             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 856         }\r
 857     }\r
 858 \r
 859     int foundchain = -1;\r
 860     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 861         Atom fatom = null;\r
 862 \r
 863         foundchain = -1;\r
 864 \r
 865         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 866         {\r
 867             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 868             int truex;\r
 869             Bond tmpBond=null;\r
 870 \r
 871             if (chain.isVisible)\r
 872             {\r
 873                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 874 \r
 875                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 876                 {\r
 877                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 878 \r
 879                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 880                         (getSize().width / 2));\r
 881 \r
 882                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 883                     {\r
 884                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 885                             (getSize().height / 2));\r
 886 \r
 887                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 888                         {\r
 889                             fatom = tmpBond.at1;\r
 890                             foundchain = ii;\r
 891                             break;\r
 892                         }\r
 893                     }\r
 894                 }\r
 895 \r
 896                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 897 \r
 898                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 899                                (getSize().width / 2));\r
 900 \r
 901                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 902                 {\r
 903                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 904                                      (getSize().height / 2));\r
 905 \r
 906                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 907                   {\r
 908                     fatom = tmpBond.at2;\r
 909                     foundchain = ii;\r
 910                     break;\r
 911                   }\r
 912                 }\r
 913 \r
 914             }\r
 915 \r
 916             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 917              {\r
 918                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 919             }\r
 920         }\r
 921 \r
 922         return fatom;\r
 923     }\r
 924 \r
 925     public void update(Graphics g)\r
 926     {\r
 927       paint(g);\r
 928     }\r
 929 \r
 930     public void highlightRes(int ii)\r
 931    {\r
 932      if(!seqColoursReady)\r
 933        return;\r
 934 \r
 935      if (highlightRes != null\r
 936          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 937      {\r
 938        return;\r
 939      }\r
 940 \r
 941      int index = -1;\r
 942      Bond tmpBond;\r
 943      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 944      {\r
 945        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 946        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 947        {\r
 948          if (highlightBond1 != null)\r
 949            highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 950 \r
 951          if (highlightBond2 != null)\r
 952            highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 953 \r
 954          highlightBond1 = null;\r
 955          highlightBond2 = null;\r
 956 \r
 957          if (index > 0)\r
 958          {\r
 959            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 960            highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 961          }\r
 962 \r
 963          if (index != mainchain.bonds.size())\r
 964          {\r
 965            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 966            highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 967          }\r
 968 \r
 969          break;\r
 970        }\r
 971      }\r
 972 \r
 973      redrawneeded = true;\r
 974      repaint();\r
 975    }\r
 976 \r
 977 \r
 978     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 979     {\r
 980       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 981       {\r
 982         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 983         chain.isVisible = b;\r
 984       }\r
 985       mainchain.isVisible = true;\r
 986       findCentre();\r
 987       setupBonds();\r
 988     }\r
 989 \r
 990 }\r