JAL-3201 restore group colours correctly from project
[jalview.git] / src / MCview / Atom.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package MCview;
22
23 import jalview.schemes.ResidueProperties;
24
25 import java.awt.Color;
26
27 public class Atom
28 {
29   public float x;
30
31   public float y;
32
33   public float z;
34
35   public int number;
36
37   public String name;
38
39   public String resName;
40
41   public int resNumber;
42
43   public char insCode = ' ';
44
45   public String resNumIns = null;
46
47   public int type;
48
49   Color color = Color.lightGray;
50
51   public String chain;
52
53   /**
54    * this is a temporary value - designed to store the position in sequence that
55    * this atom corresponds to after aligning the chain to a SequenceI object. Do
56    * not rely on its value being correct when visualizing sequence colourings on
57    * the structure - use the StructureSelectionManager's mapping instead.
58    */
59   public int alignmentMapping = -1;
60
61   public int atomIndex;
62
63   public float occupancy = 0;
64
65   public float tfactor = 0;
66
67   // need these if we ever want to export Atom data
68   // public boolean tfacset=true,occset=true;
69   public boolean isSelected = false;
70
71   public Atom(String str)
72   {
73     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
74
75     name = str.substring(12, 15).trim();
76
77     resName = str.substring(17, 20);
78     // JAL-1828 treat MSE Selenomethionine as MET (etc)
79     resName = ResidueProperties.getCanonicalAminoAcid(resName);
80
81     chain = str.substring(21, 22);
82
83     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
84     resNumIns = str.substring(22, 27).trim();
85     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
86     this.x = (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
87     this.y = (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
88     this.z = (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
89     // optional entries - see JAL-730
90     String tm = str.substring(54, 60).trim();
91     if (tm.length() > 0)
92     {
93       occupancy = (new Float(tm)).floatValue();
94     }
95     else
96     {
97       occupancy = 1f; // default occupancy
98       // see note above: occset=false;
99     }
100     tm = str.substring(60, 66).trim();
101     if (tm.length() > 0)
102     {
103       tfactor = (new Float(tm).floatValue());
104     }
105     else
106     {
107       tfactor = 1f;
108       // see note above: tfacset=false;
109     }
110   }
111
112   @Override
113   public boolean equals(Object that)
114   {
115     if (this == that || that == null)
116     {
117       return true;
118     }
119     if (that instanceof Atom)
120     {
121       Atom other = (Atom) that;
122       return other.resName.equals(this.resName)
123               && other.resNumber == this.resNumber
124               && other.resNumIns.equals(this.resNumIns)
125               && other.chain.equals(this.chain);
126     }
127     return false;
128   }
129
130   public Atom(float x, float y, float z)
131   {
132     this.x = x;
133     this.y = y;
134     this.z = z;
135   }
136 }