src/MCview/Bond.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 public class Bond\r
  24 {\r
  25   float[] start;\r
  26   float[] end;\r
  27   Color startCol = Color.lightGray;\r
  28   Color endCol = Color.lightGray;\r
  29   public Atom at1;\r
  30   public Atom at2;\r
  31 \r
  32   public Bond(float[] start, float[] end, Atom at1, Atom at2)\r
  33   {\r
  34     this.start = start;\r
  35     this.end = end;\r
  36     this.startCol = at1.color;\r
  37     this.endCol = at2.color;\r
  38     this.at1 = at1;\r
  39     this.at2 = at2;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   /*  public Bond(Bond bond) {\r
  43         this.start = new float[3];\r
  44 \r
  45         this.start[0] = bond.start[0];\r
  46         this.start[1] = bond.start[1];\r
  47         this.start[2] = bond.start[2];\r
  48 \r
  49         this.end = new float[3];\r
  50 \r
  51         this.end[0] = bond.end[0];\r
  52         this.end[1] = bond.end[1];\r
  53         this.end[2] = bond.end[2];\r
  54 \r
  55         this.startCol = bond.startCol;\r
  56         this.endCol = bond.endCol;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public float length() {\r
  60         float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] - start[0])) +\r
  61             ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) +\r
  62             ((end[2] - start[2]) * (end[2] - start[2]));\r
  63 \r
  64         len = (float) (Math.sqrt(len));\r
  65 \r
  66         return len;\r
  67     }*/\r
  68 \r
  69   public void translate(float x, float y, float z)\r
  70   {\r
  71     start[0] = (start[0] + x);\r
  72     end[0] = (end[0] + x);\r
  73 \r
  74     start[1] = (start[1] + y);\r
  75     end[1] = (end[1] + y);\r
  76 \r
  77     start[2] = (start[2] + z);\r
  78     end[2] = (end[2] + z);\r
  79   }\r
  80 }\r