src/MCview/Bond.java

   1 package MCview;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 \r
   5 public class Bond {\r
   6 \r
   7   float start[];\r
   8   float end[];\r
   9 \r
  10   Color startCol;\r
  11   Color endCol;\r
  12 \r
  13   public myAtom at1;\r
  14   public myAtom at2;\r
  15 \r
  16   public Bond(float[] start, float[] end, myAtom at1, myAtom at2) {\r
  17     this.start    = start;\r
  18     this.end      = end;\r
  19     this.startCol = at1.color;\r
  20     this.endCol   = at2.color;\r
  21     this.at1      = at1;\r
  22     this.at2      = at2;\r
  23   }\r
  24   public Bond(Bond bond) {\r
  25     this.start    = new float[3];\r
  26 \r
  27     this.start[0] = bond.start[0];\r
  28     this.start[1] = bond.start[1];\r
  29     this.start[2] = bond.start[2];\r
  30 \r
  31     this.end    = new float[3];\r
  32 \r
  33     this.end[0] = bond.end[0];\r
  34     this.end[1] = bond.end[1];\r
  35     this.end[2] = bond.end[2];\r
  36 \r
  37     this.startCol = bond.startCol;\r
  38     this.endCol   = bond.endCol;\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void print() {\r
  42     System.out.println("Start " + start[0] + " "+ start[1] + " " + start[2]);\r
  43     System.out.println("End   " + end[0] + " "+ end[1] + " " + end[2]);\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public float length() {\r
  47     float len = (end[0] - start[0])*(end[0] - start[0]) +\r
  48                 (end[1] - start[1])*(end[1] - start[1]) +\r
  49                 (end[2] - start[2])*(end[2] - start[2]);\r
  50 \r
  51     len = (float)(Math.sqrt(len));\r
  52 \r
  53     return len;\r
  54   }\r
  55   public void translate(float x, float y, float z) {\r
  56     start[0] = (start[0] + x);\r
  57     end[0]   = (end[0] + x);\r
  58 \r
  59     start[1] = (start[1] + y);\r
  60     end[1]   = (end[1] + y);\r
  61 \r
  62     start[2] = (start[2] + z);\r
  63     end[2]   = (end[2] + z);\r
  64   }\r
  65 }\r