src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 public class MCMatrix {\r
  22     float[][] matrix;\r
  23     float[][] tmp;\r
  24     float mycos;\r
  25     float mysin;\r
  26     float myconst = (float) (Math.PI / 180);\r
  27 \r
  28     public MCMatrix(int rows, int cols) {\r
  29         matrix = new float[rows][cols];\r
  30         tmp = new float[rows][cols];\r
  31     }\r
  32 \r
  33     public void addElement(int i, int j, float value) {\r
  34         matrix[i][j] = value;\r
  35     }\r
  36 \r
  37     public void print() {\r
  38         System.out.println(matrix[0][0] + " " + matrix[0][1] + " " +\r
  39             matrix[0][2]);\r
  40         System.out.println(matrix[1][0] + " " + matrix[1][1] + " " +\r
  41             matrix[1][2]);\r
  42         System.out.println(matrix[2][0] + " " + matrix[2][1] + " " +\r
  43             matrix[2][2]);\r
  44     }\r
  45 \r
  46     public void rotatex(float degrees) {\r
  47         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  48         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  49 \r
  50         tmp[0][0] = 1;\r
  51         tmp[0][1] = 0;\r
  52         tmp[0][2] = 0;\r
  53         tmp[1][0] = 0;\r
  54         tmp[1][1] = mycos;\r
  55         tmp[1][2] = mysin;\r
  56         tmp[2][0] = 0;\r
  57         tmp[2][1] = -mysin;\r
  58         tmp[2][2] = mycos;\r
  59         preMultiply(tmp);\r
  60     }\r
  61 \r
  62     public void rotatez(float degrees) {\r
  63         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  64         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  65 \r
  66         tmp[0][0] = mycos;\r
  67         tmp[0][1] = -mysin;\r
  68         tmp[0][2] = 0;\r
  69         tmp[1][0] = mysin;\r
  70         tmp[1][1] = mycos;\r
  71         tmp[1][2] = 0;\r
  72         tmp[2][0] = 0;\r
  73         tmp[2][1] = 0;\r
  74         tmp[2][2] = 1;\r
  75 \r
  76         preMultiply(tmp);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     public void rotatey(float degrees) {\r
  80         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  81         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  82 \r
  83         tmp[0][0] = mycos;\r
  84         tmp[0][1] = 0;\r
  85         tmp[0][2] = -mysin;\r
  86         tmp[1][0] = 0;\r
  87         tmp[1][1] = 1;\r
  88         tmp[1][2] = 0;\r
  89         tmp[2][0] = mysin;\r
  90         tmp[2][1] = 0;\r
  91         tmp[2][2] = mycos;\r
  92 \r
  93         preMultiply(tmp);\r
  94     }\r
  95 \r
  96     public float[] vectorMultiply(float[] vect) {\r
  97         float[] temp = new float[3];\r
  98 \r
  99         temp[0] = vect[0];\r
 100         temp[1] = vect[1];\r
 101         temp[2] = vect[2];\r
 102 \r
 103         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 104             temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0]) +\r
 105                 ((float) matrix[i][1] * vect[1]) +\r
 106                 ((float) matrix[i][2] * vect[2]);\r
 107         }\r
 108 \r
 109         vect[0] = temp[0];\r
 110         vect[1] = temp[1];\r
 111         vect[2] = temp[2];\r
 112 \r
 113         return vect;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     public void preMultiply(float[][] mat) {\r
 117         float[][] tmp = new float[3][3];\r
 118 \r
 119         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 120             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 121                 tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) +\r
 122                     (mat[i][1] * matrix[1][j]) + (mat[i][2] * matrix[2][j]);\r
 123             }\r
 124         }\r
 125 \r
 126         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 127             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 128                 matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 129             }\r
 130         }\r
 131     }\r
 132 \r
 133     public void postMultiply(float[][] mat) {\r
 134         float[][] tmp = new float[3][3];\r
 135 \r
 136         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 137             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 138                 tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) +\r
 139                     (matrix[i][1] * mat[1][j]) + (matrix[i][2] * mat[2][j]);\r
 140             }\r
 141         }\r
 142 \r
 143         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 144             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 145                 matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 146             }\r
 147         }\r
 148     }\r
 149 \r
 150     public void setIdentity() {\r
 151         matrix[0][0] = 1;\r
 152         matrix[1][1] = 1;\r
 153         matrix[2][2] = 1;\r
 154         matrix[0][1] = 0;\r
 155         matrix[0][2] = 0;\r
 156         matrix[1][0] = 0;\r
 157         matrix[1][2] = 0;\r
 158         matrix[2][0] = 0;\r
 159         matrix[2][1] = 0;\r
 160     }\r
 161 }\r