src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 \r
  22 public class MCMatrix {\r
  23   float matrix[][];\r
  24   float tmp[][];\r
  25 \r
  26   float mycos;\r
  27   float mysin;\r
  28   float myconst = (float)(Math.PI/180);\r
  29 \r
  30   public MCMatrix(int rows, int cols) {\r
  31     matrix = new float[rows][cols];\r
  32     tmp    = new float[rows][cols];\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public void addElement(int i, int j, float value) {\r
  36     matrix[i][j] = value;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void print() {\r
  40     System.out.println(matrix[0][0] + " " + matrix[0][1] + " " + matrix[0][2]);\r
  41     System.out.println(matrix[1][0] + " " + matrix[1][1] + " " + matrix[1][2]);\r
  42     System.out.println(matrix[2][0] + " " + matrix[2][1] + " " + matrix[2][2]);\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public void rotatex(float degrees) {\r
  46     mycos = (float)(Math.cos(degrees*myconst));\r
  47     mysin = (float)(Math.sin(degrees*myconst));\r
  48 \r
  49     tmp[0][0] = 1;\r
  50     tmp[0][1] = 0;\r
  51     tmp[0][2] = 0;\r
  52     tmp[1][0] = 0;\r
  53     tmp[1][1] = mycos;\r
  54     tmp[1][2] = mysin;\r
  55     tmp[2][0] = 0;\r
  56     tmp[2][1] = -mysin;\r
  57     tmp[2][2] = mycos;\r
  58     preMultiply(tmp);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void rotatez(float degrees) {\r
  62     mycos = (float)(Math.cos(degrees*myconst));\r
  63     mysin = (float)(Math.sin(degrees*myconst));\r
  64 \r
  65     tmp[0][0] = mycos;\r
  66     tmp[0][1] = -mysin;\r
  67     tmp[0][2] = 0;\r
  68     tmp[1][0] = mysin;\r
  69     tmp[1][1] = mycos;\r
  70     tmp[1][2] = 0;\r
  71     tmp[2][0] = 0;\r
  72     tmp[2][1] = 0;\r
  73     tmp[2][2] = 1;\r
  74 \r
  75     preMultiply(tmp);\r
  76   }\r
  77 \r
  78   public void rotatey(float degrees) {\r
  79     mycos = (float)(Math.cos(degrees*myconst));\r
  80     mysin = (float)(Math.sin(degrees*myconst));\r
  81 \r
  82     tmp[0][0] = mycos;\r
  83     tmp[0][1] = 0;\r
  84     tmp[0][2] = -mysin;\r
  85     tmp[1][0] = 0;\r
  86     tmp[1][1] = 1;\r
  87     tmp[1][2] = 0;\r
  88     tmp[2][0] = mysin;\r
  89     tmp[2][1] = 0;\r
  90     tmp[2][2] = mycos;\r
  91 \r
  92     preMultiply(tmp);\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public float[] vectorMultiply(float[] vect) {\r
  96     float temp[] = new float[3];\r
  97 \r
  98     temp[0] = vect[0];\r
  99     temp[1] = vect[1];\r
 100     temp[2] = vect[2];\r
 101 \r
 102     for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 103       temp[i] = (float)matrix[i][0]*vect[0] + (float)matrix[i][1]*vect[1] +(float)matrix[i][2]*vect[2];\r
 104     }\r
 105 \r
 106     vect[0] = temp[0];\r
 107     vect[1] = temp[1];\r
 108     vect[2] = temp[2];\r
 109 \r
 110     return vect;\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void preMultiply(float mat[][]) {\r
 114     float tmp[][]  = new float[3][3];\r
 115 \r
 116     for (int i = 0; i < 3 ; i++) {\r
 117       for (int j = 0; j < 3; j++ ) {\r
 118         tmp[i][j] = mat[i][0]*matrix[0][j] +\r
 119                     mat[i][1]*matrix[1][j] +\r
 120                     mat[i][2]*matrix[2][j];\r
 121       }\r
 122     }\r
 123 \r
 124     for (int i = 0; i < 3 ; i++) {\r
 125       for (int j = 0; j < 3; j++ ) {\r
 126         matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 127       }\r
 128     }\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void postMultiply(float mat[][]) {\r
 132     float tmp[][]  = new float[3][3];\r
 133 \r
 134     for (int i = 0; i < 3 ; i++) {\r
 135       for (int j = 0; j < 3; j++ ) {\r
 136         tmp[i][j] = matrix[i][0]*mat[0][j] +\r
 137                     matrix[i][1]*mat[1][j] +\r
 138                     matrix[i][2]*mat[2][j];\r
 139       }\r
 140     }\r
 141 \r
 142     for (int i = 0; i < 3 ; i++) {\r
 143       for (int j = 0; j < 3; j++ ) {\r
 144         matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 145       }\r
 146     }\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void setIdentity() {\r
 150     matrix[0][0] = 1;\r
 151     matrix[1][1] = 1;\r
 152     matrix[2][2] = 1;\r
 153     matrix[0][1] = 0;\r
 154     matrix[0][2] = 0;\r
 155     matrix[1][0] = 0;\r
 156     matrix[1][2] = 0;\r
 157     matrix[2][0] = 0;\r
 158     matrix[2][1] = 0;\r
 159   }\r
 160 }\r
 161 \r
 162 \r