src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Graphics2D;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.RenderingHints;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.ToolTipManager;
  57
  58 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  59         MouseMotionListener, StructureListener
  60 {
  61   boolean redrawneeded = true;
  62
  63   int omx = 0;
  64
  65   int mx = 0;
  66
  67   int omy = 0;
  68
  69   int my = 0;
  70
  71   public StructureFile pdb;
  72
  73   PDBEntry pdbentry;
  74
  75   int bsize;
  76
  77   Image img;
  78
  79   Graphics ig;
  80
  81   Dimension prefsize;
  82
  83   float[] centre = new float[3];
  84
  85   float[] width = new float[3];
  86
  87   float maxwidth;
  88
  89   float scale;
  90
  91   String inStr;
  92
  93   String inType;
  94
  95   boolean bysequence = true;
  96
  97   boolean depthcue = true;
  98
  99   boolean wire = false;
 100
 101   boolean bymolecule = false;
 102
 103   boolean zbuffer = true;
 104
 105   boolean dragging;
 106
 107   int xstart;
 108
 109   int xend;
 110
 111   int ystart;
 112
 113   int yend;
 114
 115   int xmid;
 116
 117   int ymid;
 118
 119   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 120
 121   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   PDBChain mainchain;
 128
 129   Vector<String> highlightRes;
 130
 131   boolean pdbAction = false;
 132
 133   boolean seqColoursReady = false;
 134
 135   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 136
 137   Color backgroundColour = Color.black;
 138
 139   AlignmentPanel ap;
 140
 141   StructureSelectionManager ssm;
 142
 143   String errorMessage;
 144
 145   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 146           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 147   {
 148     this.ap = ap;
 149     this.pdbentry = pdbentry;
 150     this.sequence = seq;
 151
 152     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 153
 154     try
 155     {
 156       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol,
 157               ap.alignFrame);
 158
 159       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 160       {
 161         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 162       }
 163
 164     } catch (Exception ex)
 165     {
 166       ex.printStackTrace();
 167       return;
 168     }
 169
 170     if (pdb == null)
 171     {
 172       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 173       return;
 174     }
 175     pdbentry.setId(pdb.getId());
 176
 177     ssm.addStructureViewerListener(this);
 178
 179     colourBySequence();
 180
 181     int max = -10;
 182     int maxchain = -1;
 183     int pdbstart = 0;
 184     int pdbend = 0;
 185     int seqstart = 0;
 186     int seqend = 0;
 187
 188     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 189     SequenceI sequence = seq[0];
 190
 191     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 192     {
 193
 194       mappingDetails
 195               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 196                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 197                               .getSequenceAsString());
 198       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 199               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 200
 201       // Now lets compare the sequences to get
 202       // the start and end points.
 203       // Align the sequence to the pdb
 204       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 205               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 206       as.calcScoreMatrix();
 207       as.traceAlignment();
 208       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 209       {
 210         @Override
 211         public void print(String x)
 212         {
 213           mappingDetails.append(x);
 214         }
 215
 216         @Override
 217         public void println()
 218         {
 219           mappingDetails.append("\n");
 220         }
 221       };
 222
 223       as.printAlignment(ps);
 224
 225       if (as.maxscore > max)
 226       {
 227         max = as.maxscore;
 228         maxchain = i;
 229
 230         pdbstart = as.seq2start;
 231         pdbend = as.seq2end;
 232         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 233         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 234       }
 235
 236       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 237       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 238     }
 239
 240     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 241
 242     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 243     mainchain.pdbend = pdbend;
 244     mainchain.seqstart = seqstart;
 245     mainchain.seqend = seqend;
 246     mainchain.isVisible = true;
 247
 248     this.pdb = pdb;
 249     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 250
 251     addMouseMotionListener(this);
 252     addMouseListener(this);
 253
 254     addKeyListener(new KeyAdapter()
 255     {
 256       @Override
 257       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 258       {
 259         keyPressed(evt);
 260       }
 261     });
 262
 263     findCentre();
 264     findWidth();
 265
 266     setupBonds();
 267
 268     scale = findScale();
 269
 270     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 271     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 272     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 273   }
 274
 275   Vector<Bond> visiblebonds;
 276
 277   void setupBonds()
 278   {
 279     seqColoursReady = false;
 280     // Sort the bonds by z coord
 281     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 282
 283     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 284     {
 285       if (chain.isVisible)
 286       {
 287         for (Bond bond : chain.bonds)
 288         {
 289           visiblebonds.addElement(bond);
 290         }
 291       }
 292     }
 293
 294     updateSeqColours();
 295     seqColoursReady = true;
 296     redrawneeded = true;
 297     repaint();
 298   }
 299
 300   public void findWidth()
 301   {
 302     float[] max = new float[3];
 303     float[] min = new float[3];
 304
 305     max[0] = (float) -1e30;
 306     max[1] = (float) -1e30;
 307     max[2] = (float) -1e30;
 308
 309     min[0] = (float) 1e30;
 310     min[1] = (float) 1e30;
 311     min[2] = (float) 1e30;
 312
 313     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 314     {
 315       if (chain.isVisible)
 316       {
 317         for (Bond tmp : chain.bonds)
 318         {
 319           if (tmp.start[0] >= max[0])
 320           {
 321             max[0] = tmp.start[0];
 322           }
 323
 324           if (tmp.start[1] >= max[1])
 325           {
 326             max[1] = tmp.start[1];
 327           }
 328
 329           if (tmp.start[2] >= max[2])
 330           {
 331             max[2] = tmp.start[2];
 332           }
 333
 334           if (tmp.start[0] <= min[0])
 335           {
 336             min[0] = tmp.start[0];
 337           }
 338
 339           if (tmp.start[1] <= min[1])
 340           {
 341             min[1] = tmp.start[1];
 342           }
 343
 344           if (tmp.start[2] <= min[2])
 345           {
 346             min[2] = tmp.start[2];
 347           }
 348
 349           if (tmp.end[0] >= max[0])
 350           {
 351             max[0] = tmp.end[0];
 352           }
 353
 354           if (tmp.end[1] >= max[1])
 355           {
 356             max[1] = tmp.end[1];
 357           }
 358
 359           if (tmp.end[2] >= max[2])
 360           {
 361             max[2] = tmp.end[2];
 362           }
 363
 364           if (tmp.end[0] <= min[0])
 365           {
 366             min[0] = tmp.end[0];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[1] <= min[1])
 370           {
 371             min[1] = tmp.end[1];
 372           }
 373
 374           if (tmp.end[2] <= min[2])
 375           {
 376             min[2] = tmp.end[2];
 377           }
 378         }
 379       }
 380     }
 381     /*
 382      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 383      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 384      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 385      */
 386
 387     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 388     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 389     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 390
 391     maxwidth = width[0];
 392
 393     if (width[1] > width[0])
 394     {
 395       maxwidth = width[1];
 396     }
 397
 398     if (width[2] > width[1])
 399     {
 400       maxwidth = width[2];
 401     }
 402
 403     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 404   }
 405
 406   public float findScale()
 407   {
 408     int dim;
 409     int width;
 410     int height;
 411
 412     if (getWidth() != 0)
 413     {
 414       width = getWidth();
 415       height = getHeight();
 416     }
 417     else
 418     {
 419       width = prefsize.width;
 420       height = prefsize.height;
 421     }
 422
 423     if (width < height)
 424     {
 425       dim = width;
 426     }
 427     else
 428     {
 429       dim = height;
 430     }
 431
 432     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 433   }
 434
 435   public void findCentre()
 436   {
 437     float xtot = 0;
 438     float ytot = 0;
 439     float ztot = 0;
 440
 441     int bsize = 0;
 442
 443     // Find centre coordinate
 444     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 445     {
 446       if (chain.isVisible)
 447       {
 448         bsize += chain.bonds.size();
 449
 450         for (Bond bond : chain.bonds)
 451         {
 452           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 453           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 454           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 455         }
 456       }
 457     }
 458
 459     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 461     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 462   }
 463
 464   @Override
 465   public void paintComponent(Graphics g)
 466   {
 467     super.paintComponent(g);
 468
 469     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 470     {
 471       g.setColor(Color.black);
 472       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 473       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 474               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 475       return;
 476     }
 477
 478     // Only create the image at the beginning -
 479     // this saves much memory usage
 480     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 481             || (prefsize.height != getHeight()))
 482
 483     {
 484       prefsize.width = getWidth();
 485       prefsize.height = getHeight();
 486
 487       scale = findScale();
 488       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 489       ig = img.getGraphics();
 490       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 491
 492       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 493               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 494
 495       redrawneeded = true;
 496     }
 497
 498     if (redrawneeded)
 499     {
 500       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 501       redrawneeded = false;
 502     }
 503
 504     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 505
 506     pdbAction = false;
 507   }
 508
 509   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 510   {
 511     g.setColor(backgroundColour);
 512     g.fillRect(0, 0, width, height);
 513     drawScene(g);
 514     drawLabels(g);
 515   }
 516
 517   public void updateSeqColours()
 518   {
 519     if (pdbAction)
 520     {
 521       return;
 522     }
 523
 524     colourBySequence();
 525
 526     redrawneeded = true;
 527     repaint();
 528   }
 529
 530   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 531   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 532   void colourBySequence()
 533   {
 534     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 535
 536     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 537
 538     boolean showFeatures = false;
 539     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 540     {
 541       if (fr == null)
 542       {
 543         fr = new FeatureRenderer(ap);
 544       }
 545
 546       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 547
 548       showFeatures = true;
 549     }
 550
 551     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 552     PDBChain chain;
 553     if (bysequence && pdb != null)
 554     {
 555       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 556       {
 557         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 558
 559         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 560         {
 561           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 562           tmp.startCol = Color.lightGray;
 563           tmp.endCol = Color.lightGray;
 564           if (chain != mainchain)
 565           {
 566             continue;
 567           }
 568
 569           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 570           {
 571             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 572             {
 573               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 574               {
 575                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 576                 if (pos > 0)
 577                 {
 578                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 579                   tmp.startCol = sr.getResidueColour(sequence[s], pos,
 580                           finder);
 581                 }
 582                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 583                 if (pos > 0)
 584                 {
 585                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 586                   tmp.endCol = sr
 587                           .getResidueColour(sequence[s], pos, finder);
 588                 }
 589
 590               }
 591             }
 592           }
 593         }
 594       }
 595     }
 596   }
 597
 598   Zsort zsort;
 599
 600   public void drawScene(Graphics g)
 601   {
 602     if (zbuffer)
 603     {
 604       if (zsort == null)
 605       {
 606         zsort = new Zsort();
 607       }
 608
 609       zsort.sort(visiblebonds);
 610     }
 611
 612     Bond tmpBond = null;
 613     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 614     {
 615       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 616
 617       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 618       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 619
 620       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 621       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 622
 623       xmid = (xend + xstart) / 2;
 624       ymid = (yend + ystart) / 2;
 625       if (depthcue && !bymolecule)
 626       {
 627         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 628         {
 629
 630           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 631           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 632           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 633           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 634
 635         }
 636         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 637         {
 638           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 639           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 640
 641           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 642           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 643         }
 644         else
 645         {
 646           g.setColor(tmpBond.startCol);
 647           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 648
 649           g.setColor(tmpBond.endCol);
 650           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 651         }
 652       }
 653       else if (depthcue && bymolecule)
 654       {
 655         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 656         {
 657           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 658           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 659         }
 660         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 661         {
 662           g.setColor(Color.green.darker());
 663           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 664         }
 665         else
 666         {
 667           g.setColor(Color.green);
 668           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 669         }
 670       }
 671       else if (!depthcue && !bymolecule)
 672       {
 673         g.setColor(tmpBond.startCol);
 674         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 675         g.setColor(tmpBond.endCol);
 676         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 677       }
 678       else
 679       {
 680         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 681       }
 682
 683       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 684       {
 685         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 686                 .brighter());
 687         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 688       }
 689
 690       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 691       {
 692         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 693                 .brighter());
 694         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 695       }
 696
 697     }
 698
 699   }
 700
 701   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 702   {
 703     if (!wire)
 704     {
 705       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 706       {
 707         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 708         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 709         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 710       }
 711       else
 712       {
 713         g.setColor(g.getColor().brighter());
 714         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 715         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 716         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 717       }
 718     }
 719     else
 720     {
 721       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 722     }
 723   }
 724
 725   public Dimension minimumsize()
 726   {
 727     return prefsize;
 728   }
 729
 730   public Dimension preferredsize()
 731   {
 732     return prefsize;
 733   }
 734
 735   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 736   {
 737     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 738     {
 739       scale = (float) (scale * 1.1);
 740       redrawneeded = true;
 741       repaint();
 742     }
 743     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 744     {
 745       scale = (float) (scale * 0.9);
 746       redrawneeded = true;
 747       repaint();
 748     }
 749   }
 750
 751   @Override
 752   public void mousePressed(MouseEvent e)
 753   {
 754     pdbAction = true;
 755     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 756     if (fatom != null)
 757     {
 758       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 759
 760       redrawneeded = true;
 761       repaint();
 762       if (foundchain != -1)
 763       {
 764         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 765         if (chain == mainchain)
 766         {
 767           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 768           {
 769             if (highlightRes == null)
 770             {
 771               highlightRes = new Vector<String>();
 772             }
 773
 774             final String atomString = Integer
 775                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 776             if (highlightRes.contains(atomString))
 777             {
 778               highlightRes.remove(atomString);
 779             }
 780             else
 781             {
 782               highlightRes.add(atomString);
 783             }
 784           }
 785         }
 786       }
 787
 788     }
 789     mx = e.getX();
 790     my = e.getY();
 791     omx = mx;
 792     omy = my;
 793     dragging = false;
 794   }
 795
 796   @Override
 797   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 798   {
 799     pdbAction = true;
 800     if (highlightBond1 != null)
 801     {
 802       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 803       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 804       highlightBond1 = null;
 805       highlightBond2 = null;
 806     }
 807
 808     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 809
 810     PDBChain chain = null;
 811     if (foundchain != -1)
 812     {
 813       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 814       if (chain == mainchain)
 815       {
 816         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 817       }
 818     }
 819
 820     if (fatom != null)
 821     {
 822       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 823               + fatom.resName);
 824     }
 825     else
 826     {
 827       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 828       this.setToolTipText(null);
 829     }
 830   }
 831
 832   @Override
 833   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 834   {
 835   }
 836
 837   @Override
 838   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 839   {
 840   }
 841
 842   @Override
 843   public void mouseExited(MouseEvent e)
 844   {
 845   }
 846
 847   @Override
 848   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 849   {
 850     int x = evt.getX();
 851     int y = evt.getY();
 852     mx = x;
 853     my = y;
 854
 855     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 856     objmat.setIdentity();
 857
 858     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 859     {
 860       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 861     }
 862     else
 863     {
 864       objmat.rotatex(((my - omy)));
 865       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 866     }
 867
 868     // Alter the bonds
 869     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 870     {
 871       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 872       {
 873         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 874         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 875
 876         // Now apply the rotation matrix
 877         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 878         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 879
 880         // Now translate back again
 881         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 882       }
 883     }
 884
 885     objmat = null;
 886
 887     omx = mx;
 888     omy = my;
 889
 890     dragging = true;
 891
 892     redrawneeded = true;
 893
 894     repaint();
 895   }
 896
 897   @Override
 898   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 899   {
 900     dragging = false;
 901     return;
 902   }
 903
 904   void drawLabels(Graphics g)
 905   {
 906
 907     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 908     {
 909       if (chain.isVisible)
 910       {
 911         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 912         {
 913           if (tmpBond.at1.isSelected)
 914           {
 915             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 916           }
 917
 918           if (tmpBond.at2.isSelected)
 919           {
 920             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 921           }
 922         }
 923       }
 924     }
 925   }
 926
 927   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 928   {
 929     g.setFont(font);
 930     g.setColor(Color.red);
 931     if (n == 1)
 932     {
 933       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 934       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 935
 936       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 937     }
 938
 939     if (n == 2)
 940     {
 941       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 942       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 943
 944       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 945     }
 946   }
 947
 948   int foundchain = -1;
 949
 950   public Atom findAtom(int x, int y)
 951   {
 952     Atom fatom = null;
 953
 954     foundchain = -1;
 955
 956     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 957     {
 958       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 959       int truex;
 960       Bond tmpBond = null;
 961
 962       if (chain.isVisible)
 963       {
 964         for (Bond bond : chain.bonds)
 965         {
 966           tmpBond = bond;
 967
 968           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 969
 970           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 971           {
 972             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 973
 974             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 975             {
 976               fatom = tmpBond.at1;
 977               foundchain = ii;
 978               break;
 979             }
 980           }
 981         }
 982
 983         // Still here? Maybe its the last bond
 984
 985         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 986
 987         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 988         {
 989           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 990
 991           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 992           {
 993             fatom = tmpBond.at2;
 994             foundchain = ii;
 995             break;
 996           }
 997         }
 998
 999       }
1000
1001       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1002       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1003         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1004       }
1005     }
1006
1007     return fatom;
1008   }
1009
1010   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1011
1012   public void highlightRes(int ii)
1013   {
1014     if (!seqColoursReady)
1015     {
1016       return;
1017     }
1018
1019     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1020     {
1021       return;
1022     }
1023
1024     int index = -1;
1025     Bond tmpBond;
1026     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1027     {
1028       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1029       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1030       {
1031         if (highlightBond1 != null)
1032         {
1033           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1034         }
1035
1036         if (highlightBond2 != null)
1037         {
1038           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1039         }
1040
1041         highlightBond1 = null;
1042         highlightBond2 = null;
1043
1044         if (index > 0)
1045         {
1046           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1047           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1048         }
1049
1050         if (index != mainchain.bonds.size())
1051         {
1052           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1053           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1054         }
1055
1056         break;
1057       }
1058     }
1059
1060     redrawneeded = true;
1061     repaint();
1062   }
1063
1064   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1065   {
1066     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1067     {
1068       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1069       chain.isVisible = b;
1070     }
1071     mainchain.isVisible = true;
1072     findCentre();
1073     setupBonds();
1074   }
1075
1076   // ////////////////////////////////
1077   // /StructureListener
1078   @Override
1079   public String[] getStructureFiles()
1080   {
1081     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1082   }
1083
1084   String lastMessage;
1085
1086   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1087   {
1088     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1089     {
1090       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1091     }
1092
1093     lastMessage = pdbResNum + chain;
1094   }
1095
1096   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1097
1098   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1099
1100   /**
1101    * Highlight the specified atoms in the structure.
1102    *
1103    * @param atoms
1104    */
1105   @Override
1106   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1107   {
1108     if (!seqColoursReady)
1109     {
1110       return;
1111     }
1112
1113     for (AtomSpec atom : atoms)
1114     {
1115       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1116       if (highlightRes != null
1117               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1118       {
1119         continue;
1120       }
1121
1122       highlightAtom(atomIndex);
1123     }
1124
1125     redrawneeded = true;
1126     repaint();
1127   }
1128
1129   /**
1130    * Highlight the atom at the specified index.
1131    *
1132    * @param atomIndex
1133    */
1134   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1135   {
1136     int index = -1;
1137     Bond tmpBond;
1138     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1139     {
1140       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1141       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1142       {
1143         if (highlightBond1 != null)
1144         {
1145           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1146         }
1147
1148         if (highlightBond2 != null)
1149         {
1150           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1151         }
1152
1153         highlightBond1 = null;
1154         highlightBond2 = null;
1155
1156         if (index > 0)
1157         {
1158           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1159           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1160         }
1161
1162         if (index != mainchain.bonds.size())
1163         {
1164           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1165           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1166         }
1167
1168         break;
1169       }
1170     }
1171   }
1172
1173   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1174           String pdbfile)
1175   {
1176     return Color.white;
1177     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1178     // return null;
1179
1180     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1181   }
1182
1183   @Override
1184   public void updateColours(Object source)
1185   {
1186     colourBySequence();
1187     redrawneeded = true;
1188     repaint();
1189   }
1190
1191   @Override
1192   public void releaseReferences(Object svl)
1193   {
1194     // TODO Auto-generated method stub
1195
1196   }
1197
1198   @Override
1199   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1200   {
1201     if (sequence != null)
1202     {
1203       for (SequenceI s : sequence)
1204       {
1205         if (s == seq)
1206         {
1207           return true;
1208         }
1209       }
1210     }
1211     return false;
1212   }
1213 }