src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75     boolean seqColoursReady = false;\r
  76 \r
  77     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  78     {\r
  79       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  80       this.sequence = seq;\r
  81       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  82     }\r
  83 \r
  84   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  85    {\r
  86         int max = -10;\r
  87         int maxchain = -1;\r
  88         int pdbstart = 0;\r
  89         int pdbend = 0;\r
  90         int seqstart = 0;\r
  91         int seqend = 0;\r
  92         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  93 \r
  94         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  95         {\r
  96 \r
  97           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  98           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
  99 \r
 100             // Now lets compare the sequences to get\r
 101             // the start and end points.\r
 102             // Align the sequence to the pdb\r
 103             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 104                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 105             as.calcScoreMatrix();\r
 106             as.traceAlignment();\r
 107             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 108            {\r
 109               public void print(String x) {\r
 110                    mappingDetails.append(x);\r
 111                }\r
 112                public void println()\r
 113                {\r
 114                  mappingDetails.append("\n");\r
 115                }\r
 116             };\r
 117 \r
 118             as.printAlignment(ps);\r
 119 \r
 120 \r
 121 \r
 122             if (as.maxscore > max)\r
 123             {\r
 124                 max = as.maxscore;\r
 125                 maxchain = i;\r
 126                 pdbstart = as.seq2start;\r
 127                 pdbend = as.seq2end;\r
 128                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 129                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 130                 maxAlignseq = as;\r
 131             }\r
 132 \r
 133             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 134             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 135         }\r
 136 \r
 137         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 138 \r
 139         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 140         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 141         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 142         mainchain.seqend = seqend;\r
 143         mainchain.isVisible = true;\r
 144         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 145 \r
 146         this.pdb = pdb;\r
 147         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 148 \r
 149         //Initialize the matrices to identity\r
 150         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 151             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 152                 if (i != j) {\r
 153                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 154                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 155                 } else {\r
 156                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 157                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 158                 }\r
 159             }\r
 160         }\r
 161 \r
 162         addMouseMotionListener(this);\r
 163         addMouseListener(this);\r
 164 \r
 165         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 166         {\r
 167           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 168           {\r
 169             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 170             {\r
 171               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 172               redrawneeded = true;\r
 173               repaint();\r
 174             }\r
 175 \r
 176             else\r
 177             {\r
 178               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 179               redrawneeded = true;\r
 180               repaint();\r
 181             }\r
 182           }\r
 183        });\r
 184 \r
 185 \r
 186         findCentre();\r
 187         findWidth();\r
 188 \r
 189         setupBonds();\r
 190 \r
 191         scale = findScale();\r
 192 \r
 193         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 194         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 195         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 196     }\r
 197 \r
 198 \r
 199     Vector visiblebonds;\r
 200     void setupBonds()\r
 201     {\r
 202       seqColoursReady = false;\r
 203       // Sort the bonds by z coord\r
 204       visiblebonds = new Vector();\r
 205 \r
 206       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 207       {\r
 208         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 209         {\r
 210           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 211 \r
 212           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 213           {\r
 214             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 215           }\r
 216         }\r
 217       }\r
 218 \r
 219       updateSeqColours();\r
 220       seqColoursReady = true;\r
 221       redrawneeded = true;\r
 222       repaint();\r
 223     }\r
 224 \r
 225 \r
 226     public void findWidth() {\r
 227         float[] max = new float[3];\r
 228         float[] min = new float[3];\r
 229 \r
 230         max[0] = (float) -1e30;\r
 231         max[1] = (float) -1e30;\r
 232         max[2] = (float) -1e30;\r
 233 \r
 234         min[0] = (float) 1e30;\r
 235         min[1] = (float) 1e30;\r
 236         min[2] = (float) 1e30;\r
 237 \r
 238         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 239             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 240                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 241 \r
 242                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 243                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 244 \r
 245                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 246                         max[0] = tmp.start[0];\r
 247                     }\r
 248 \r
 249                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 250                         max[1] = tmp.start[1];\r
 251                     }\r
 252 \r
 253                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 254                         max[2] = tmp.start[2];\r
 255                     }\r
 256 \r
 257                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 258                         min[0] = tmp.start[0];\r
 259                     }\r
 260 \r
 261                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 262                         min[1] = tmp.start[1];\r
 263                     }\r
 264 \r
 265                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 266                         min[2] = tmp.start[2];\r
 267                     }\r
 268 \r
 269                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 270                         max[0] = tmp.end[0];\r
 271                     }\r
 272 \r
 273                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 274                         max[1] = tmp.end[1];\r
 275                     }\r
 276 \r
 277                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 278                         max[2] = tmp.end[2];\r
 279                     }\r
 280 \r
 281                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 282                         min[0] = tmp.end[0];\r
 283                     }\r
 284 \r
 285                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 286                         min[1] = tmp.end[1];\r
 287                     }\r
 288 \r
 289                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 290                         min[2] = tmp.end[2];\r
 291                     }\r
 292                 }\r
 293             }\r
 294         }\r
 295         /*\r
 296         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 297         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 298         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 299 \r
 300         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 301         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 302         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 303 \r
 304         maxwidth = width[0];\r
 305 \r
 306         if (width[1] > width[0]) {\r
 307             maxwidth = width[1];\r
 308         }\r
 309 \r
 310         if (width[2] > width[1]) {\r
 311             maxwidth = width[2];\r
 312         }\r
 313 \r
 314        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 315     }\r
 316 \r
 317     public float findScale() {\r
 318         int dim;\r
 319         int width;\r
 320         int height;\r
 321 \r
 322         if (getWidth() != 0) {\r
 323             width = getWidth();\r
 324             height = getHeight();\r
 325         } else {\r
 326             width = prefsize.width;\r
 327             height = prefsize.height;\r
 328         }\r
 329 \r
 330         if (width < height) {\r
 331             dim = width;\r
 332         } else {\r
 333             dim = height;\r
 334         }\r
 335 \r
 336         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 337     }\r
 338 \r
 339     public void findCentre() {\r
 340         float xtot = 0;\r
 341         float ytot = 0;\r
 342         float ztot = 0;\r
 343 \r
 344         int bsize = 0;\r
 345 \r
 346         //Find centre coordinate\r
 347         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 348             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 349                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 350 \r
 351                 bsize += bonds.size();\r
 352 \r
 353                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 354                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 355                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 356 \r
 357                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 358                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 359 \r
 360                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 361                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 362                 }\r
 363             }\r
 364         }\r
 365 \r
 366         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 367         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 368         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 369     }\r
 370 \r
 371     public void paintComponent(Graphics g)\r
 372     {\r
 373       super.paintComponent(g);\r
 374 \r
 375       if(!seqColoursReady)\r
 376       {\r
 377         g.setColor(Color.black);\r
 378         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 379         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 380         return;\r
 381       }\r
 382 \r
 383 \r
 384         //Only create the image at the beginning -\r
 385         //this saves much memory usage\r
 386         if ((img == null)\r
 387             || (prefsize.width != getWidth())\r
 388             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 389 \r
 390       {\r
 391             prefsize.width = getWidth();\r
 392             prefsize.height = getHeight();\r
 393 \r
 394             scale = findScale();\r
 395             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 396             ig = img.getGraphics();\r
 397             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 398 \r
 399             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 400                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 401 \r
 402             redrawneeded = true;\r
 403         }\r
 404 \r
 405 \r
 406         if (redrawneeded)\r
 407         {\r
 408           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 409           redrawneeded = false;\r
 410         }\r
 411 \r
 412         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 413 \r
 414         pdbAction = false;\r
 415     }\r
 416 \r
 417     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 418     {\r
 419       g.setColor(Color.black);\r
 420       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 421       drawScene(g);\r
 422       drawLabels(g);\r
 423     }\r
 424 \r
 425 \r
 426     public void updateSeqColours()\r
 427     {\r
 428       if(pdbAction)\r
 429       {\r
 430         return;\r
 431       }\r
 432 \r
 433      // System.out.println("update seq colours");\r
 434       if(bysequence && pdb!=null)\r
 435       {\r
 436         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 437         {\r
 438           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 439         }\r
 440       }\r
 441 \r
 442       redrawneeded=true;\r
 443       repaint();\r
 444     }\r
 445 \r
 446     int findTrueIndex(int pos)\r
 447     {\r
 448       // returns the alignment position for a residue\r
 449       int j = sequence.getStart();\r
 450       int i = 0;\r
 451 \r
 452       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 453       {\r
 454         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 455         {\r
 456           j++;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         i++;\r
 460       }\r
 461 \r
 462       if(i>1)\r
 463          i--;\r
 464 \r
 465       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 466       {\r
 467         return sequence.getEnd() + 1;\r
 468       }\r
 469       else\r
 470       {\r
 471         return i;\r
 472       }\r
 473     }\r
 474 \r
 475     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 476     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 477     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 478     {\r
 479      // System.out.println("colour by seq");\r
 480       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 481       {\r
 482         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 483         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 484         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 485 \r
 486         if(chain!=mainchain)\r
 487           continue;\r
 488 \r
 489         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 490             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 491         {\r
 492             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 493                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 494             if (index != -1)\r
 495             {\r
 496               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 497                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 498               if(tmp.startCol==null)\r
 499                 tmp.startCol = Color.white;\r
 500 \r
 501               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 502                   findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 503             }\r
 504         }\r
 505 \r
 506         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 507             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 508         {\r
 509 \r
 510             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 511                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 512             if (index != -1)\r
 513             {\r
 514               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 515                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 516               if(tmp.endCol==null)\r
 517                 tmp.endCol = Color.white;\r
 518               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 519                   findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 520             }\r
 521         }\r
 522       }\r
 523     }\r
 524 \r
 525 \r
 526     public void drawScene(Graphics g)\r
 527     {\r
 528         if (zbuffer)\r
 529         {\r
 530             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 531         }\r
 532 \r
 533         Bond tmpBond=null;\r
 534         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 535         {\r
 536             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 537 \r
 538             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 539                 (getWidth() / 2));\r
 540             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 541                 (getHeight() / 2));\r
 542 \r
 543             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 544                 (getWidth() / 2));\r
 545             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 546                 (getHeight() / 2));\r
 547 \r
 548             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 549             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 550 \r
 551             if (depthcue && !bymolecule)\r
 552             {\r
 553                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 554                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 555                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 556                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 557                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 558                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 559                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 560                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 561 \r
 562                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 563                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 564                 } else {\r
 565                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 566                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 567 \r
 568                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 569                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 570                 }\r
 571             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 572                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 573                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 574                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 575                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 576                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 577                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 578                 } else {\r
 579                     g.setColor(Color.green);\r
 580                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 581                 }\r
 582             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 583                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 584                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 585                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 586                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 587             } else {\r
 588                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 589             }\r
 590 \r
 591             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 592             {\r
 593               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 594               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 595             }\r
 596 \r
 597             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 598             {\r
 599               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 600               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 601             }\r
 602 \r
 603         }\r
 604 \r
 605 \r
 606     }\r
 607 \r
 608     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 609         if (!wire) {\r
 610             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 611                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 612                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 613                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 614             } else {\r
 615                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 616                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 617                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 618                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 619             }\r
 620         } else {\r
 621             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 622         }\r
 623     }\r
 624 \r
 625     public Dimension minimumsize() {\r
 626         return prefsize;\r
 627     }\r
 628 \r
 629     public Dimension preferredsize() {\r
 630         return prefsize;\r
 631     }\r
 632 \r
 633     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 634     {\r
 635       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 636       {\r
 637         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 638         redrawneeded = true;\r
 639         repaint();\r
 640       }\r
 641       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 642       {\r
 643         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 644         redrawneeded = true;\r
 645         repaint();\r
 646       }\r
 647     }\r
 648 \r
 649     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 650     {\r
 651         pdbAction = true;\r
 652         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 653         if(fatom!=null)\r
 654         {\r
 655           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 656 \r
 657           redrawneeded = true;\r
 658           repaint();\r
 659           if (foundchain != -1)\r
 660           {\r
 661             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 662             if (chain == mainchain)\r
 663             {\r
 664               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 665               {\r
 666                 if (highlightRes == null)\r
 667                   highlightRes = new Vector();\r
 668 \r
 669                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 670                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 671                 else\r
 672                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 673               }\r
 674             }\r
 675           }\r
 676 \r
 677         }\r
 678         mx = e.getX();\r
 679         my = e.getY();\r
 680         omx = mx;\r
 681         omy = my;\r
 682         dragging = false;\r
 683     }\r
 684 \r
 685     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 686     {\r
 687       pdbAction = true;\r
 688       if(highlightBond1!=null)\r
 689       {\r
 690         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 691         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 692         highlightBond1 = null;\r
 693         highlightBond2 = null;\r
 694       }\r
 695 \r
 696         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 697 \r
 698         PDBChain chain = null;\r
 699         if(foundchain!=-1)\r
 700         {\r
 701           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 702           if(chain == mainchain)\r
 703           {\r
 704             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 705           }\r
 706         }\r
 707 \r
 708         if (fatom != null)\r
 709         {\r
 710             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 711         } else\r
 712         {\r
 713             highlightSeqcanvas( -1);\r
 714             this.setToolTipText(null);\r
 715         }\r
 716     }\r
 717 \r
 718 \r
 719     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 720     {\r
 721       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 722 \r
 723       int size = pos==-1?0:3;\r
 724 \r
 725       if(highlightRes!=null)\r
 726         size += highlightRes.size()*3;\r
 727 \r
 728       int [] array = new int[size];\r
 729       int i=0;\r
 730       if(highlightRes!=null)\r
 731       {\r
 732         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 733         {\r
 734           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 735               i).toString())+1;\r
 736           array[i * 3] = index;\r
 737           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 738           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 739         }\r
 740       }\r
 741 \r
 742       if(pos!=-1)\r
 743       {\r
 744         array[i * 3] = index;\r
 745         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 746         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 747       }\r
 748 \r
 749       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 750     }\r
 751 \r
 752 \r
 753     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 754 \r
 755     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 756 \r
 757     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 758 \r
 759     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 760     {\r
 761         int x = evt.getX();\r
 762         int y = evt.getY();\r
 763         mx = x;\r
 764         my = y;\r
 765 \r
 766 \r
 767         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 768         objmat.setIdentity();\r
 769 \r
 770         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 771             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 772         } else {\r
 773             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 774             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 775         }\r
 776 \r
 777         //Alter the bonds\r
 778         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 779             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 780 \r
 781             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 782                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 783 \r
 784                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 785                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 786 \r
 787                 //Now apply the rotation matrix\r
 788                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 789                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 790 \r
 791                 //Now translate back again\r
 792                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 793             }\r
 794         }\r
 795 \r
 796         objmat = null;\r
 797 \r
 798         omx = mx;\r
 799         omy = my;\r
 800 \r
 801         dragging = true;\r
 802 \r
 803         redrawneeded = true;\r
 804 \r
 805         repaint();\r
 806     }\r
 807 \r
 808     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 809     {\r
 810         dragging = false;\r
 811         return;\r
 812     }\r
 813 \r
 814     void drawLabels(Graphics g) {\r
 815 \r
 816         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 817         {\r
 818             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 819 \r
 820             if (chain.isVisible)\r
 821             {\r
 822               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 823 \r
 824               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 825               {\r
 826                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 827 \r
 828                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 829                   {\r
 830                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 831                   }\r
 832 \r
 833                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 834                   {\r
 835 \r
 836                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 837                   }\r
 838                 }\r
 839             }\r
 840         }\r
 841     }\r
 842 \r
 843     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 844         g.setFont(font);\r
 845         g.setColor(Color.red);\r
 846         if (n == 1)\r
 847         {\r
 848             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 849                 (getWidth() / 2));\r
 850             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 851                 (getHeight() / 2));\r
 852 \r
 853             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 854         }\r
 855 \r
 856         if (n == 2) {\r
 857             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 858                 (getWidth() / 2));\r
 859             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 860                 (getHeight() / 2));\r
 861 \r
 862             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 863         }\r
 864     }\r
 865 \r
 866     int foundchain = -1;\r
 867     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 868         Atom fatom = null;\r
 869 \r
 870         foundchain = -1;\r
 871 \r
 872         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 873         {\r
 874             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 875             int truex;\r
 876             Bond tmpBond=null;\r
 877 \r
 878             if (chain.isVisible)\r
 879             {\r
 880                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 881 \r
 882                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 883                 {\r
 884                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 885 \r
 886                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 887                         (getWidth() / 2));\r
 888 \r
 889                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 890                     {\r
 891                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 892                             (getHeight() / 2));\r
 893 \r
 894                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 895                         {\r
 896                             fatom = tmpBond.at1;\r
 897                             foundchain = ii;\r
 898                             break;\r
 899                         }\r
 900                     }\r
 901                 }\r
 902 \r
 903                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 904 \r
 905                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 906                                (getWidth() / 2));\r
 907 \r
 908                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 909                 {\r
 910                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 911                                      (getHeight() / 2));\r
 912 \r
 913                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 914                   {\r
 915                     fatom = tmpBond.at2;\r
 916                     foundchain = ii;\r
 917                     break;\r
 918                   }\r
 919                 }\r
 920 \r
 921             }\r
 922 \r
 923             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 924              {\r
 925                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 926             }\r
 927         }\r
 928 \r
 929         return fatom;\r
 930     }\r
 931 \r
 932    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 933    public void highlightRes(int ii)\r
 934   {\r
 935     if( !seqColoursReady )\r
 936       return;\r
 937 \r
 938     if (highlightRes != null\r
 939         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 940     {\r
 941       return;\r
 942     }\r
 943 \r
 944     int index = -1;\r
 945     Bond tmpBond;\r
 946     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 947     {\r
 948       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 949       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 950       {\r
 951         if (highlightBond1 != null)\r
 952           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 953 \r
 954         if (highlightBond2 != null)\r
 955           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 956 \r
 957         highlightBond1 = null;\r
 958         highlightBond2 = null;\r
 959 \r
 960         if (index > 0)\r
 961         {\r
 962           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 963           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 964         }\r
 965 \r
 966         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 967         {\r
 968           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 969           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 970         }\r
 971 \r
 972         break;\r
 973       }\r
 974     }\r
 975 \r
 976     redrawneeded = true;\r
 977     repaint();\r
 978   }\r
 979 \r
 980     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 981     {\r
 982       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 983       {\r
 984         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 985         chain.isVisible = b;\r
 986       }\r
 987       mainchain.isVisible = true;\r
 988       findCentre();\r
 989       setupBonds();\r
 990     }\r
 991 }\r