src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import jalview.analysis.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31
  32 public class PDBCanvas
  33     extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener
  34 {
  35   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  36   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  37   boolean redrawneeded = true;
  38   int omx = 0;
  39   int mx = 0;
  40   int omy = 0;
  41   int my = 0;
  42   public PDBfile pdb;
  43   int bsize;
  44   Image img;
  45   Graphics ig;
  46   Dimension prefsize;
  47   float[] centre = new float[3];
  48   float[] width = new float[3];
  49   float maxwidth;
  50   float scale;
  51   String inStr;
  52   String inType;
  53   boolean bysequence = true;
  54   boolean depthcue = true;
  55   boolean wire = false;
  56   boolean bymolecule = false;
  57   boolean zbuffer = true;
  58   boolean dragging;
  59   int xstart;
  60   int xend;
  61   int ystart;
  62   int yend;
  63   int xmid;
  64   int ymid;
  65   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  66   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
  67   public Sequence sequence;
  68   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  69   PDBChain mainchain;
  70   Vector highlightRes;
  71   boolean pdbAction = false;
  72   boolean seqColoursReady = false;
  73   jalview.gui.FeatureRenderer fr;
  74   Color backgroundColour = Color.black;
  75
  76   public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  77   {
  78     this.seqcanvas = seqcanvas;
  79     this.sequence = seq;
  80   }
  81
  82   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
  83   {
  84     int max = -10;
  85     int maxchain = -1;
  86     int pdbstart = 0;
  87     int pdbend = 0;
  88     int seqstart = 0;
  89     int seqend = 0;
  90     AlignSeq maxAlignseq = null;
  91
  92     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
  93     {
  94
  95       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
  96                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
  97                             getSequenceAsString());
  98       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
  99                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 100                             "\n\n");
 101
 102       // Now lets compare the sequences to get
 103       // the start and end points.
 104       // Align the sequence to the pdb
 105       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 106                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 107                                  AlignSeq.PEP);
 108       as.calcScoreMatrix();
 109       as.traceAlignment();
 110       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 111       {
 112         public void print(String x)
 113         {
 114           mappingDetails.append(x);
 115         }
 116
 117         public void println()
 118         {
 119           mappingDetails.append("\n");
 120         }
 121       };
 122
 123       as.printAlignment(ps);
 124
 125       if (as.maxscore > max)
 126       {
 127         max = as.maxscore;
 128         maxchain = i;
 129         pdbstart = as.seq2start;
 130         pdbend = as.seq2end;
 131         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 132         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 133         maxAlignseq = as;
 134       }
 135
 136       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 137       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 138     }
 139
 140     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 141
 142     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 143     mainchain.pdbend = pdbend;
 144     mainchain.seqstart = seqstart;
 145     mainchain.seqend = seqend;
 146     mainchain.isVisible = true;
 147     mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 148     mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 149     seqcanvas.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 150     this.pdb = pdb;
 151     this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());
 152
 153     //Initialize the matrices to identity
 154     for (int i = 0; i < 3; i++)
 155     {
 156       for (int j = 0; j < 3; j++)
 157       {
 158         if (i != j)
 159         {
 160           idmat.addElement(i, j, 0);
 161           objmat.addElement(i, j, 0);
 162         }
 163         else
 164         {
 165           idmat.addElement(i, j, 1);
 166           objmat.addElement(i, j, 1);
 167         }
 168       }
 169     }
 170
 171     addMouseMotionListener(this);
 172     addMouseListener(this);
 173
 174     addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()
 175     {
 176       public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 177       {
 178         if (e.getWheelRotation() > 0)
 179         {
 180           scale = (float) (scale * 1.1);
 181           redrawneeded = true;
 182           repaint();
 183         }
 184
 185         else
 186         {
 187           scale = (float) (scale * 0.9);
 188           redrawneeded = true;
 189           repaint();
 190         }
 191       }
 192     });
 193
 194     findCentre();
 195     findWidth();
 196
 197     setupBonds();
 198
 199     scale = findScale();
 200
 201     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 202     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 203     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 204   }
 205
 206   Vector visiblebonds;
 207   void setupBonds()
 208   {
 209     seqColoursReady = false;
 210     // Sort the bonds by z coord
 211     visiblebonds = new Vector();
 212
 213     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 214     {
 215       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 216       {
 217         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 218
 219         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 220         {
 221           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 222         }
 223       }
 224     }
 225
 226     updateSeqColours();
 227     seqColoursReady = true;
 228     redrawneeded = true;
 229     repaint();
 230   }
 231
 232   public void findWidth()
 233   {
 234     float[] max = new float[3];
 235     float[] min = new float[3];
 236
 237     max[0] = (float) - 1e30;
 238     max[1] = (float) - 1e30;
 239     max[2] = (float) - 1e30;
 240
 241     min[0] = (float) 1e30;
 242     min[1] = (float) 1e30;
 243     min[2] = (float) 1e30;
 244
 245     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 246     {
 247       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 248       {
 249         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 250
 251         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 252         {
 253           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 254
 255           if (tmp.start[0] >= max[0])
 256           {
 257             max[0] = tmp.start[0];
 258           }
 259
 260           if (tmp.start[1] >= max[1])
 261           {
 262             max[1] = tmp.start[1];
 263           }
 264
 265           if (tmp.start[2] >= max[2])
 266           {
 267             max[2] = tmp.start[2];
 268           }
 269
 270           if (tmp.start[0] <= min[0])
 271           {
 272             min[0] = tmp.start[0];
 273           }
 274
 275           if (tmp.start[1] <= min[1])
 276           {
 277             min[1] = tmp.start[1];
 278           }
 279
 280           if (tmp.start[2] <= min[2])
 281           {
 282             min[2] = tmp.start[2];
 283           }
 284
 285           if (tmp.end[0] >= max[0])
 286           {
 287             max[0] = tmp.end[0];
 288           }
 289
 290           if (tmp.end[1] >= max[1])
 291           {
 292             max[1] = tmp.end[1];
 293           }
 294
 295           if (tmp.end[2] >= max[2])
 296           {
 297             max[2] = tmp.end[2];
 298           }
 299
 300           if (tmp.end[0] <= min[0])
 301           {
 302             min[0] = tmp.end[0];
 303           }
 304
 305           if (tmp.end[1] <= min[1])
 306           {
 307             min[1] = tmp.end[1];
 308           }
 309
 310           if (tmp.end[2] <= min[2])
 311           {
 312             min[2] = tmp.end[2];
 313           }
 314         }
 315       }
 316     }
 317     /*
 318              System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 319              System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 320              System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/
 321
 322     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 323     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 324     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 325
 326     maxwidth = width[0];
 327
 328     if (width[1] > width[0])
 329     {
 330       maxwidth = width[1];
 331     }
 332
 333     if (width[2] > width[1])
 334     {
 335       maxwidth = width[2];
 336     }
 337
 338     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 339   }
 340
 341   public float findScale()
 342   {
 343     int dim;
 344     int width;
 345     int height;
 346
 347     if (getWidth() != 0)
 348     {
 349       width = getWidth();
 350       height = getHeight();
 351     }
 352     else
 353     {
 354       width = prefsize.width;
 355       height = prefsize.height;
 356     }
 357
 358     if (width < height)
 359     {
 360       dim = width;
 361     }
 362     else
 363     {
 364       dim = height;
 365     }
 366
 367     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 368   }
 369
 370   public void findCentre()
 371   {
 372     float xtot = 0;
 373     float ytot = 0;
 374     float ztot = 0;
 375
 376     int bsize = 0;
 377
 378     //Find centre coordinate
 379     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 380     {
 381       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 382       {
 383         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 384
 385         bsize += bonds.size();
 386
 387         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 388         {
 389           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 390               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 391
 392           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 393               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 394
 395           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 396               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 397         }
 398       }
 399     }
 400
 401     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 402     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 403     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 404   }
 405
 406   public void paintComponent(Graphics g)
 407   {
 408     super.paintComponent(g);
 409
 410     if (!seqColoursReady)
 411     {
 412       g.setColor(Color.black);
 413       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 414       g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight() / 2);
 415       return;
 416     }
 417
 418     //Only create the image at the beginning -
 419     //this saves much memory usage
 420     if ( (img == null)
 421         || (prefsize.width != getWidth())
 422         || (prefsize.height != getHeight()))
 423
 424     {
 425       prefsize.width = getWidth();
 426       prefsize.height = getHeight();
 427
 428       scale = findScale();
 429       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 430       ig = img.getGraphics();
 431       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 432
 433       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 434                            RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 435
 436       redrawneeded = true;
 437     }
 438
 439     if (redrawneeded)
 440     {
 441       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 442       redrawneeded = false;
 443     }
 444
 445     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 446
 447     pdbAction = false;
 448   }
 449
 450   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 451   {
 452     g.setColor(backgroundColour);
 453     g.fillRect(0, 0, width, height);
 454     drawScene(g);
 455     drawLabels(g);
 456   }
 457
 458   public void updateSeqColours()
 459   {
 460     if (pdbAction)
 461     {
 462       return;
 463     }
 464
 465     // System.out.println("update seq colours");
 466     if (bysequence && pdb != null)
 467     {
 468       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 469       {
 470         colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 471       }
 472     }
 473
 474     redrawneeded = true;
 475     repaint();
 476   }
 477
 478   int findTrueIndex(int pos)
 479   {
 480     // returns the alignment position for a residue
 481     int j = sequence.getStart(); // first position in PDB atom coordinate sequence
 482     int i = 0;
 483
 484     while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= pos + 1))
 485     {
 486       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 487       {
 488         j++;
 489       }
 490
 491       i++;
 492     }
 493
 494     if (i > 1)
 495     {
 496       i--;
 497     }
 498
 499     if (j < pos)
 500     {
 501       return sequence.getEnd() + 1;
 502     }
 503     else
 504     {
 505       return i;
 506     }
 507   }
 508
 509   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 510   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 511   void colourBySequence(PDBChain chain)
 512   {
 513     // System.out.println("colour by seq");
 514     boolean showFeatures = false;
 515     if (seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 516     {
 517       showFeatures = true;
 518       if (fr == null)
 519       {
 520         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 521       }
 522
 523       fr.transferSettings(seqcanvas.getFeatureRenderer());
 524     }
 525
 526     Bond tmp;
 527     for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 528     {
 529       tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 530
 531       if (chain != mainchain)
 532       {
 533         continue;
 534       }
 535
 536       //if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 537       //    (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 538       {
 539         int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 540         //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 541         if (index != -1)
 542         {
 543           tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 544               getResidueBoxColour(sequence, index);
 545
 546           if (showFeatures)
 547           {
 548             tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 549           }
 550
 551           if (tmp.startCol == null)
 552           {
 553             tmp.startCol = Color.white;
 554           }
 555         }
 556       }
 557
 558       //if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 559       //    (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))
 560       {
 561
 562         int index = findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 563         //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 564         if (index != -1)
 565         {
 566           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 567               getResidueBoxColour(sequence, index);
 568
 569           if (showFeatures)
 570           {
 571             tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 572           }
 573
 574           if (tmp.endCol == null)
 575           {
 576             tmp.endCol = Color.white;
 577           }
 578         }
 579       }
 580     }
 581   }
 582
 583   Zsort zsort;
 584   public void drawScene(Graphics g)
 585   {
 586     if (zbuffer)
 587     {
 588       if (zsort == null)
 589       {
 590         zsort = new Zsort();
 591       }
 592
 593       zsort.Zsort(visiblebonds);
 594     }
 595
 596     Bond tmpBond = null;
 597     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 598     {
 599       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 600
 601       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 602                       (getWidth() / 2));
 603       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 604                       (getHeight() / 2));
 605
 606       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 607                     (getWidth() / 2));
 608       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 609                     (getHeight() / 2));
 610
 611       xmid = (xend + xstart) / 2;
 612       ymid = (yend + ystart) / 2;
 613       if (depthcue && !bymolecule)
 614       {
 615         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 616         {
 617
 618           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 619           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 620           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 621           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 622
 623         }
 624         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 625         {
 626           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 627           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 628
 629           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 630           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 631         }
 632         else
 633         {
 634           g.setColor(tmpBond.startCol);
 635           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 636
 637           g.setColor(tmpBond.endCol);
 638           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 639         }
 640       }
 641       else if (depthcue && bymolecule)
 642       {
 643         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 644         {
 645           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 646           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 647         }
 648         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 649         {
 650           g.setColor(Color.green.darker());
 651           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 652         }
 653         else
 654         {
 655           g.setColor(Color.green);
 656           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 657         }
 658       }
 659       else if (!depthcue && !bymolecule)
 660       {
 661         g.setColor(tmpBond.startCol);
 662         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 663         g.setColor(tmpBond.endCol);
 664         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 665       }
 666       else
 667       {
 668         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 669       }
 670
 671       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 672       {
 673         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 674         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 675       }
 676
 677       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 678       {
 679         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 680         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 681       }
 682
 683     }
 684
 685   }
 686
 687   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 688   {
 689     if (!wire)
 690     {
 691       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 692       {
 693         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 694         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 695         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 696       }
 697       else
 698       {
 699         g.setColor(g.getColor().brighter());
 700         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 701         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 702         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 703       }
 704     }
 705     else
 706     {
 707       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 708     }
 709   }
 710
 711   public Dimension minimumsize()
 712   {
 713     return prefsize;
 714   }
 715
 716   public Dimension preferredsize()
 717   {
 718     return prefsize;
 719   }
 720
 721   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 722   {
 723     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 724     {
 725       scale = (float) (scale * 1.1);
 726       redrawneeded = true;
 727       repaint();
 728     }
 729     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 730     {
 731       scale = (float) (scale * 0.9);
 732       redrawneeded = true;
 733       repaint();
 734     }
 735   }
 736
 737   public void mousePressed(MouseEvent e)
 738   {
 739     pdbAction = true;
 740     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 741     if (fatom != null)
 742     {
 743       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 744
 745       redrawneeded = true;
 746       repaint();
 747       if (foundchain != -1)
 748       {
 749         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 750         if (chain == mainchain)
 751         {
 752           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 753           {
 754             if (highlightRes == null)
 755             {
 756               highlightRes = new Vector();
 757             }
 758
 759             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + ""))
 760             {
 761               highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 762             }
 763             else
 764             {
 765               highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 766             }
 767           }
 768         }
 769       }
 770
 771     }
 772     mx = e.getX();
 773     my = e.getY();
 774     omx = mx;
 775     omy = my;
 776     dragging = false;
 777   }
 778
 779   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 780   {
 781     pdbAction = true;
 782     if (highlightBond1 != null)
 783     {
 784       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 785       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 786       highlightBond1 = null;
 787       highlightBond2 = null;
 788     }
 789
 790     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 791
 792     PDBChain chain = null;
 793     if (foundchain != -1)
 794     {
 795       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 796       if (chain == mainchain)
 797       {
 798         highlightSeqcanvas(fatom.alignmentMapping);
 799       }
 800     }
 801
 802     if (fatom != null)
 803     {
 804       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " +
 805                           fatom.resName);
 806     }
 807     else
 808     {
 809       highlightSeqcanvas( -1);
 810       this.setToolTipText(null);
 811     }
 812   }
 813
 814   void highlightSeqcanvas(int pos)
 815   {
 816     SearchResults searchResults = new SearchResults();
 817     if (highlightRes != null)
 818     {
 819       for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 820       {
 821         int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 822             i).toString()) + 1;
 823
 824         searchResults.addResult(sequence, a, a);
 825       }
 826     }
 827
 828     if (pos != -1)
 829     {
 830       searchResults.addResult(sequence, pos + 1, pos + 1);
 831     }
 832
 833     seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 834   }
 835
 836   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 837   {}
 838
 839   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 840   {}
 841
 842   public void mouseExited(MouseEvent e)
 843   {}
 844
 845   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 846   {
 847     int x = evt.getX();
 848     int y = evt.getY();
 849     mx = x;
 850     my = y;
 851
 852     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 853     objmat.setIdentity();
 854
 855     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 856     {
 857       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 858     }
 859     else
 860     {
 861       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 862       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 863     }
 864
 865     //Alter the bonds
 866     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 867     {
 868       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 869
 870       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 871       {
 872         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 873
 874         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 875         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 876
 877         //Now apply the rotation matrix
 878         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 879         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 880
 881         //Now translate back again
 882         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 883       }
 884     }
 885
 886     objmat = null;
 887
 888     omx = mx;
 889     omy = my;
 890
 891     dragging = true;
 892
 893     redrawneeded = true;
 894
 895     repaint();
 896   }
 897
 898   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 899   {
 900     dragging = false;
 901     return;
 902   }
 903
 904   void drawLabels(Graphics g)
 905   {
 906
 907     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 908     {
 909       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 910
 911       if (chain.isVisible)
 912       {
 913         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 914
 915         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 916         {
 917           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 918
 919           if (tmpBond.at1.isSelected)
 920           {
 921             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 922           }
 923
 924           if (tmpBond.at2.isSelected)
 925           {
 926
 927             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 928           }
 929         }
 930       }
 931     }
 932   }
 933
 934   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 935   {
 936     g.setFont(font);
 937     g.setColor(Color.red);
 938     if (n == 1)
 939     {
 940       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 941                           (getWidth() / 2));
 942       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 943                           (getHeight() / 2));
 944
 945       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 946     }
 947
 948     if (n == 2)
 949     {
 950       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 951                           (getWidth() / 2));
 952       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 953                           (getHeight() / 2));
 954
 955       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 956     }
 957   }
 958
 959   int foundchain = -1;
 960   public Atom findAtom(int x, int y)
 961   {
 962     Atom fatom = null;
 963
 964     foundchain = -1;
 965
 966     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 967     {
 968       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 969       int truex;
 970       Bond tmpBond = null;
 971
 972       if (chain.isVisible)
 973       {
 974         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 975
 976         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 977         {
 978           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 979
 980           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 981                          (getWidth() / 2));
 982
 983           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 984           {
 985             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 986                                (getHeight() / 2));
 987
 988             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 989             {
 990               fatom = tmpBond.at1;
 991               foundchain = ii;
 992               break;
 993             }
 994           }
 995         }
 996
 997         // Still here? Maybe its the last bond
 998
 999         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
1000                        (getWidth() / 2));
1001
1002         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1003         {
1004           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
1005                              (getHeight() / 2));
1006
1007           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1008           {
1009             fatom = tmpBond.at2;
1010             foundchain = ii;
1011             break;
1012           }
1013         }
1014
1015       }
1016
1017       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
1018       {
1019         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1020       }
1021     }
1022
1023     return fatom;
1024   }
1025
1026   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1027   public void highlightRes(int ii)
1028   {
1029     if (!seqColoursReady)
1030     {
1031       return;
1032     }
1033
1034     if (highlightRes != null
1035         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1036     {
1037       return;
1038     }
1039
1040     int index = -1;
1041     Bond tmpBond;
1042     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1043     {
1044       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1045       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1046       {
1047         if (highlightBond1 != null)
1048         {
1049           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1050         }
1051
1052         if (highlightBond2 != null)
1053         {
1054           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1055         }
1056
1057         highlightBond1 = null;
1058         highlightBond2 = null;
1059
1060         if (index > 0)
1061         {
1062           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1063           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1064         }
1065
1066         if (index != mainchain.bonds.size())
1067         {
1068           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1069           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1070         }
1071
1072         break;
1073       }
1074     }
1075
1076     redrawneeded = true;
1077     repaint();
1078   }
1079
1080   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1081   {
1082     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1083     {
1084       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1085       chain.isVisible = b;
1086     }
1087     mainchain.isVisible = true;
1088     findCentre();
1089     setupBonds();
1090   }
1091 }