src/MCview/PDBChain.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  24
  25 import java.awt.*;
  26
  27 import java.util.*;
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;
  29
  30
  31 public class PDBChain {
  32     /**
  33      * SequenceFeature group for PDB File features added to sequences
  34      */
  35     private static final String PDBFILEFEATURE = "PDBFile";
  36     public String id;
  37     public Vector bonds = new Vector();
  38     public Vector atoms = new Vector();
  39     public Vector residues = new Vector();
  40     public int offset;
  41     public Sequence sequence;
  42     public boolean isVisible = true;
  43     public int pdbstart = 0;
  44     public int pdbend = 0;
  45     public int seqstart = 0;
  46     public int seqend = 0;
  47
  48     public PDBChain(String id) {
  49         this.id = id;
  50     }
  51
  52     public String print() {
  53         String tmp = "";
  54
  55         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
  56             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +
  57                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +
  58                 "\n";
  59         }
  60
  61         return tmp;
  62     }
  63
  64     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)
  65     {
  66         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;
  67         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;
  68
  69         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)
  70         {
  71             if (as.astr1.charAt(i) != '-')
  72             {
  73               alignpos++;
  74             }
  75
  76             if (as.astr2.charAt(i) != '-')
  77             {
  78               pdbpos++;
  79             }
  80
  81             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))
  82             {
  83                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);
  84                 Enumeration en = res.atoms.elements();
  85                 while (en.hasMoreElements())
  86                 {
  87                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();
  88                   atom.alignmentMapping = alignpos;
  89                 }
  90             }
  91         }
  92     }
  93     /**
  94      * copy over the RESNUM seqfeatures from the internal chain sequence to the mapped sequence
  95      * @param seq
  96      */
  97     public void transferRESNUMFeatures(SequenceI seq, String status) {
  98         if (seq != sequence) {
  99             /** SequenceFeature[] seqsfeatures=seq.getSequenceFeatures();
 100             int totfeat=seqsfeatures.length;
 101             // Remove any features for this exact chain ?
 102             for (int i=0; i<seqsfeatures.length; i++) {
 103
 104             } */
 105             if (status==null)
 106                 status = "IEA:jalview";
 107             SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 108             for (int i=0; i<features.length; i++) {
 109                 if (features[i].getFeatureGroup().equals(PDBChain.PDBFILEFEATURE)) {
 110                     SequenceFeature tx = new SequenceFeature(features[i]);
 111                     tx.setBegin(1+((Atom)((Residue)residues.elementAt(tx.getBegin()-offset)).atoms.elementAt(0)).alignmentMapping);
 112                     tx.setEnd(1+((Atom)((Residue)residues.elementAt(tx.getEnd()-offset)).atoms.elementAt(0)).alignmentMapping);
 113                     tx.setStatus(status+((tx.getStatus()==null || tx.getStatus().length()==0) ? "" : ":"+tx.getStatus()));
 114                     seq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(tx);
 115                 }
 116             }
 117
 118         }
 119     }
 120
 121     public void makeCaBondList()
 122     {
 123         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)
 124         {
 125             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);
 126             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);
 127             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");
 128             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");
 129
 130             if ((at1 != null) && (at2 != null))
 131             {
 132                 if (at1.chain.equals(at2.chain))
 133                 {
 134                     makeBond(at1, at2);
 135                 }
 136             }
 137             else
 138               System.out.println("not found "+i);
 139         }
 140     }
 141
 142     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {
 143         float[] start = new float[3];
 144         float[] end = new float[3];
 145
 146         start[0] = at1.x;
 147         start[1] = at1.y;
 148         start[2] = at1.z;
 149
 150         end[0] = at2.x;
 151         end[1] = at2.y;
 152         end[2] = at2.z;
 153
 154         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));
 155     }
 156
 157     public void makeResidueList() {
 158         int count = 0;
 159         StringBuffer seq = new StringBuffer();
 160         Vector resFeatures=new Vector();
 161         int i, iSize = atoms.size()-1;
 162         int resNumber=-1;
 163         for (i = 0; i <= iSize; i++)
 164         {
 165             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);
 166             resNumber = tmp.resNumber;
 167             int res = resNumber;
 168
 169             if (i == 0) {
 170                 offset = resNumber;
 171             }
 172
 173             Vector resAtoms = new Vector();
 174             //Add atoms to a vector while the residue number
 175             //remains the same as the first atom's resNumber (res)
 176             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {
 177                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));
 178                 i++;
 179
 180                 if (i < atoms.size()) {
 181                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;
 182                 } else {
 183                     resNumber++;
 184                 }
 185             }
 186
 187             //We need this to keep in step with the outer for i = loop
 188             i--;
 189
 190             //Make a new Residue object with the new atoms vector
 191             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));
 192
 193             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();
 194             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);
 195             // Make A new SequenceFeature for the current residue numbering
 196             SequenceFeature sf =
 197                 new SequenceFeature("RESNUM",tmpat.resName+":"+tmpat.resNumIns,
 198                         "",offset+count,offset+count,MCview.PDBChain.PDBFILEFEATURE);
 199             resFeatures.addElement(sf);
 200             // Keep totting up the sequence
 201             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)
 202             {
 203                 seq.append("X") ;
 204                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +
 205                //     tmpat.resName);
 206             } else {
 207
 208                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()
 209                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);
 210             }
 211             count++;
 212         }
 213
 214         if(id.length()<1 || id.equals(" "))
 215            id = "_";
 216
 217         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), offset, resNumber); // resNumber-offset ~= seq.size()
 218       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);
 219      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());
 220         for (i=0,iSize=resFeatures.size(); i<iSize; i++) {
 221             sequence.addSequenceFeature((SequenceFeature) resFeatures.elementAt(i));
 222             resFeatures.setElementAt(null, i);
 223         }
 224    }
 225
 226     public void setChargeColours() {
 227         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 228             try {
 229                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 230
 231                 if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 232                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 233                     b.startCol = Color.red;
 234                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 235                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 236                     b.startCol = Color.blue;
 237                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 238                     b.startCol = Color.yellow;
 239                 } else {
 240                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();
 241                     b.startCol = Color.lightGray;
 242                 }
 243
 244                 if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 245                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 246                     b.endCol = Color.red;
 247                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 248                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 249                     b.endCol = Color.blue;
 250                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 251                     b.endCol = Color.yellow;
 252                 } else {
 253                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();
 254                     b.endCol = Color.lightGray;
 255                 }
 256             } catch (Exception e) {
 257                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 258                 b.startCol = Color.gray;
 259                 b.endCol = Color.gray;
 260             }
 261         }
 262     }
 263
 264
 265     public void setChainColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 266     {
 267         Bond b;
 268         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 269             try {
 270               b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 271
 272             /*  ( (Bond) bonds.elementAt(i)).startCol = cs.findColour(
 273                   ResidueProperties.codonTranslate(
 274                       ResidueProperties.aa3Hash.get(b.at1.resName).toString().charAt(0)
 275                   );
 276
 277               b.endCol = cs.findColour(
 278                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.
 279                                          get(b.at2.resName)).intValue()]
 280                   );*/
 281
 282             } catch (Exception e)
 283             {
 284                 b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 285                 b.startCol = Color.gray;
 286                 b.endCol = Color.gray;
 287             }
 288         }
 289     }
 290
 291
 292
 293     public void setChainColours(Color col)
 294     {
 295         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 296         {
 297             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 298             tmp.startCol = col;
 299             tmp.endCol = col;
 300         }
 301     }
 302 }