src/MCview/PDBChain.java

   1 /* Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   2  *\r
   3  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   4  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   5  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   6  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   7  *\r
   8  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
   9  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  10  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  11  * GNU General Public License for more details.\r
  12  *\r
  13  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  14  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  15  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  16  */\r
  17 package MCview;\r
  18 \r
  19 import jalview.datamodel.*;\r
  20 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class PDBChain {\r
  27 \r
  28   public String id;\r
  29   public Vector bonds = new Vector();\r
  30   public Vector atoms = new Vector();\r
  31   public Vector residues = new Vector();\r
  32   public int offset;\r
  33 \r
  34   public Sequence sequence;\r
  35   public boolean isVisible = false;\r
  36 \r
  37   //public DrawableSequence ds;\r
  38 \r
  39   public PDBChain(String id) {\r
  40     this.id = id;\r
  41   }\r
  42 \r
  43 \r
  44   public String print() {\r
  45     String tmp = "";\r
  46     for (int i=0; i < bonds.size() ;i++) {\r
  47       tmp = tmp + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resNumber +" " + offset+ "\n";\r
  48     }\r
  49     return tmp;\r
  50   }\r
  51   public void makeCaBondList() {\r
  52     for (int i = 0; i < (residues.size() - 1) ; i++) {\r
  53       Residue tmpres = (Residue)residues.elementAt(i);\r
  54       Residue tmpres2 = (Residue)residues.elementAt(i+1);\r
  55       myAtom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  56       myAtom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
  57       if ((at1 != null) && (at2 != null)) {\r
  58         if (at1.chain.equals(at2.chain)) {\r
  59           makeBond(at1,at2);\r
  60         }\r
  61       }\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void makeBond(myAtom at1, myAtom at2) {\r
  66     float[] start = new float[3];\r
  67     float[] end = new float[3];\r
  68 \r
  69     start[0] = at1.x;\r
  70     start[1] = at1.y;\r
  71     start[2] = at1.z;\r
  72 \r
  73     end[0] = at2.x;\r
  74     end[1] = at2.y;\r
  75     end[2] = at2.z;\r
  76 \r
  77     bonds.addElement(new Bond(start, end, at1,at2));\r
  78   }\r
  79 \r
  80   public void makeResidueList() {\r
  81     int count = 0;\r
  82     String seq = "";\r
  83     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++) {\r
  84 \r
  85       myAtom tmp = (myAtom)atoms.elementAt(i);\r
  86       String resName = tmp.resName;\r
  87       int resNumber = tmp.resNumber;\r
  88       int res = resNumber;\r
  89 \r
  90       if (i ==0) {\r
  91         offset = resNumber;\r
  92       }\r
  93       Vector resAtoms = new Vector();\r
  94 \r
  95       resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
  96       i++;\r
  97       resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
  98 \r
  99       //Add atoms to a vector while the residue number\r
 100       //remains the same\r
 101       while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 102 \r
 103         resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
 104         i++;\r
 105         if (i < atoms.size()) {\r
 106           resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 107         } else {\r
 108           resNumber++;\r
 109         }\r
 110       }\r
 111 \r
 112       //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 113       i--;\r
 114 \r
 115       //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 116       residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1,count));\r
 117       count++;\r
 118       Residue tmpres = (Residue)residues.lastElement();\r
 119       myAtom tmpat = (myAtom)tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 120 \r
 121       // Keep totting up the sequence\r
 122       if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null) {\r
 123         System.out.println("Null aa3Hash for " + tmpat.resName);\r
 124       } else {\r
 125         String tmpres2 =\r
 126           ResidueProperties.aa[((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName)).intValue()];\r
 127         seq = seq + tmpres2;\r
 128       }\r
 129       //      System.out.println(tmpat.resName + " " + tmpres2);\r
 130     }\r
 131     sequence = new Sequence("PDB_seq",seq,1,seq.length());\r
 132     System.out.println("Sequence = " + seq);\r
 133     System.out.println("No of residues = " +residues.size());\r
 134   }\r
 135 \r
 136   public void setChargeColours() {\r
 137     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 138       try {\r
 139         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 140 \r
 141         if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 142           b.startCol = Color.red;\r
 143         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 144           b.startCol = Color.blue;\r
 145         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 146           b.startCol = Color.yellow;\r
 147         } else {\r
 148           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 149           b.startCol = Color.lightGray;\r
 150         }\r
 151         if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 152           b.endCol = Color.red;\r
 153         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 154           b.endCol = Color.blue;\r
 155         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 156           b.endCol = Color.yellow;\r
 157         } else {\r
 158           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 159           b.endCol = Color.lightGray;\r
 160         }\r
 161       } catch (Exception e) {\r
 162         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 163         b.startCol = Color.gray;\r
 164         b.endCol = Color.gray;\r
 165       }\r
 166     }\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void setHydrophobicityColours() {\r
 170     float hydmin = (float)ResidueProperties.getHydmin();\r
 171     float hydmax = (float)ResidueProperties.getHydmax();\r
 172     double[] hyd  = ResidueProperties.getHyd();\r
 173 \r
 174     Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 175 \r
 176     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 177       try {\r
 178         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 179 \r
 180         int   atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 181         float red  = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 182 \r
 183         if (red > (float)1.0) {\r
 184           red = (float)1.0;\r
 185         }\r
 186         if (red < (float)0.0) {\r
 187           red = (float)0.0;\r
 188         }\r
 189 \r
 190         b.startCol = new Color(red,(float)0.0,(float)1.0-red);\r
 191         atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 192 \r
 193         red = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 194 \r
 195         if (red > (float)1.0) {\r
 196           red = (float)1.0;\r
 197         }\r
 198         if (red < (float)0.0) {\r
 199           red = (float)0.0;\r
 200         }\r
 201 \r
 202         b.endCol = new Color(red,(float)0.2,(float)1.0-red);\r
 203       } catch (Exception e) {\r
 204         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 205         b.startCol = Color.gray;\r
 206         b.endCol = Color.gray;\r
 207       }\r
 208     }\r
 209   }\r
 210 \r
 211 \r
 212   public void colourBySequence(Sequence seq) {\r
 213 \r
 214 //    for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 215 //      Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 216 //      try {\r
 217 //\r
 218 //        if (tmp.at1.resNumber >= (offset + seq.pdbstart - 1) && tmp.at1.resNumber <= (offset + seq.pdbend - 1)) {\r
 219 //\r
 220 //          int pos   = seq.seqtart() + (tmp.at1.resNumber - seq.pdbstart - offset) ;\r
 221 //          int index = seq.findIndex(pos);\r
 222 //\r
 223 //          tmp.startCol = (Color)seq.getResidueBoxColour(index);\r
 224 //\r
 225 //        } else {\r
 226 //          tmp.startCol = Color.gray;\r
 227 //        }\r
 228 //\r
 229 //        if (tmp.at2.resNumber >= (offset + seq.pdbstart -1) && tmp.at2.resNumber <= (seq.pdbend+offset-1)) {\r
 230 //\r
 231 //          int pos    = seq.seqstart + (tmp.at2.resNumber - seq.pdbstart-offset);\r
 232 //          int index  = seq.findIndex(pos);\r
 233 //\r
 234 //          tmp.endCol = (Color)seq.getResidueBoxColour(index);\r
 235 //\r
 236 //        } else {\r
 237 //          tmp.endCol = Color.gray;\r
 238 //        }\r
 239 //      } catch (Exception e) {\r
 240 //        tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 241 //        tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 242 //      }\r
 243 //    }\r
 244   }\r
 245 \r
 246   public void setChainColours() {\r
 247     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 248       Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 249       try {\r
 250         tmp.startCol = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 251         tmp.endCol   = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 252       } catch (Exception e) {\r
 253         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 254         tmp.endCol   = Color.lightGray;\r
 255       }\r
 256     }\r
 257   }\r
 258 }\r
 259 \r
 260 \r