src/MCview/PDBChain.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PDBChain {\r
  31     public String id;\r
  32     public Vector bonds = new Vector();\r
  33     public Vector atoms = new Vector();\r
  34     public Vector residues = new Vector();\r
  35     public int offset;\r
  36     public Sequence sequence;\r
  37     public boolean isVisible = false;\r
  38     public int pdbstart = 0;\r
  39     public int pdbend = 0;\r
  40     public int seqstart = 0;\r
  41     public int seqend = 0;\r
  42 \r
  43     //public DrawableSequence ds;\r
  44     public PDBChain(String id) {\r
  45         this.id = id;\r
  46     }\r
  47 \r
  48     public String print() {\r
  49         String tmp = "";\r
  50 \r
  51         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
  52             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +\r
  53                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +\r
  54                 "\n";\r
  55         }\r
  56 \r
  57         return tmp;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     public void makeCaBondList() {\r
  61         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++) {\r
  62             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);\r
  63             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);\r
  64             myAtom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  65             myAtom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
  66 \r
  67             if ((at1 != null) && (at2 != null)) {\r
  68                 if (at1.chain.equals(at2.chain)) {\r
  69                     makeBond(at1, at2);\r
  70                 }\r
  71             }\r
  72         }\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public void makeBond(myAtom at1, myAtom at2) {\r
  76         float[] start = new float[3];\r
  77         float[] end = new float[3];\r
  78 \r
  79         start[0] = at1.x;\r
  80         start[1] = at1.y;\r
  81         start[2] = at1.z;\r
  82 \r
  83         end[0] = at2.x;\r
  84         end[1] = at2.y;\r
  85         end[2] = at2.z;\r
  86 \r
  87         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));\r
  88     }\r
  89 \r
  90     public void makeResidueList() {\r
  91         int count = 0;\r
  92         String seq = "";\r
  93 \r
  94         for (int i = 0; i < atoms.size(); i++) {\r
  95             myAtom tmp = (myAtom) atoms.elementAt(i);\r
  96             String resName = tmp.resName;\r
  97             int resNumber = tmp.resNumber;\r
  98             int res = resNumber;\r
  99 \r
 100             if (i == 0) {\r
 101                 offset = resNumber;\r
 102             }\r
 103 \r
 104             Vector resAtoms = new Vector();\r
 105 \r
 106             resAtoms.addElement((myAtom) atoms.elementAt(i));\r
 107             i++;\r
 108             resNumber = ((myAtom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 109 \r
 110             //Add atoms to a vector while the residue number\r
 111             //remains the same\r
 112             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 113                 resAtoms.addElement((myAtom) atoms.elementAt(i));\r
 114                 i++;\r
 115 \r
 116                 if (i < atoms.size()) {\r
 117                     resNumber = ((myAtom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 118                 } else {\r
 119                     resNumber++;\r
 120                 }\r
 121             }\r
 122 \r
 123             //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 124             i--;\r
 125 \r
 126             //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 127             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));\r
 128             count++;\r
 129 \r
 130             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();\r
 131             myAtom tmpat = (myAtom) tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 132 \r
 133             // Keep totting up the sequence\r
 134             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null) {\r
 135                 System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +\r
 136                     tmpat.resName);\r
 137             } else {\r
 138                 String tmpres2 = ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()\r
 139                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()];\r
 140                 seq = seq + tmpres2;\r
 141             }\r
 142 \r
 143             //      System.out.println(tmpat.resName + " " + tmpres2);\r
 144         }\r
 145 \r
 146         sequence = new Sequence("PDB_seq", seq, 1, seq.length());\r
 147         System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 148         System.out.println("No of residues = " + residues.size());\r
 149     }\r
 150 \r
 151     public void setChargeColours() {\r
 152         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 153             try {\r
 154                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 155 \r
 156                 if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 157                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 158                     b.startCol = Color.red;\r
 159                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 160                         b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 161                     b.startCol = Color.blue;\r
 162                 } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 163                     b.startCol = Color.yellow;\r
 164                 } else {\r
 165                     int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 166                     b.startCol = Color.lightGray;\r
 167                 }\r
 168 \r
 169                 if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") ||\r
 170                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 171                     b.endCol = Color.red;\r
 172                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") ||\r
 173                         b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 174                     b.endCol = Color.blue;\r
 175                 } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 176                     b.endCol = Color.yellow;\r
 177                 } else {\r
 178                     int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 179                     b.endCol = Color.lightGray;\r
 180                 }\r
 181             } catch (Exception e) {\r
 182                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 183                 b.startCol = Color.gray;\r
 184                 b.endCol = Color.gray;\r
 185             }\r
 186         }\r
 187     }\r
 188 \r
 189     public void setHydrophobicityColours() {\r
 190         float hydmin = (float) ResidueProperties.getHydmin();\r
 191         float hydmax = (float) ResidueProperties.getHydmax();\r
 192         double[] hyd = ResidueProperties.getHyd();\r
 193 \r
 194         Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 195 \r
 196         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 197             try {\r
 198                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 199 \r
 200                 int atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 201                 float red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 202 \r
 203                 if (red > (float) 1.0) {\r
 204                     red = (float) 1.0;\r
 205                 }\r
 206 \r
 207                 if (red < (float) 0.0) {\r
 208                     red = (float) 0.0;\r
 209                 }\r
 210 \r
 211                 b.startCol = new Color(red, (float) 0.0, (float) 1.0 - red);\r
 212                 atno = ((Integer) AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 213 \r
 214                 red = ((float) hyd[atno] - hydmin) / (hydmax - hydmin);\r
 215 \r
 216                 if (red > (float) 1.0) {\r
 217                     red = (float) 1.0;\r
 218                 }\r
 219 \r
 220                 if (red < (float) 0.0) {\r
 221                     red = (float) 0.0;\r
 222                 }\r
 223 \r
 224                 b.endCol = new Color(red, (float) 0.2, (float) 1.0 - red);\r
 225             } catch (Exception e) {\r
 226                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 227                 b.startCol = Color.gray;\r
 228                 b.endCol = Color.gray;\r
 229             }\r
 230         }\r
 231     }\r
 232 \r
 233     public void colourBySequence(jalview.gui.AlignViewport av, Sequence seq) {\r
 234         jalview.gui.SequenceRenderer sr = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);\r
 235 \r
 236         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 237             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 238 \r
 239             try {\r
 240                 if ((tmp.at1.resNumber >= ((offset + pdbstart) - 1)) &&\r
 241                         (tmp.at1.resNumber <= ((offset + pdbend) - 1))) {\r
 242                     int pos = seqstart +\r
 243                         (tmp.at1.resNumber - pdbstart - offset);\r
 244                     int index = seq.findIndex(pos);\r
 245 \r
 246                     tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(),\r
 247                             seq, index);\r
 248                 } else {\r
 249                     tmp.startCol = Color.gray;\r
 250                 }\r
 251 \r
 252                 if ((tmp.at2.resNumber >= ((offset + pdbstart) - 1)) &&\r
 253                         (tmp.at2.resNumber <= ((pdbend + offset) - 1))) {\r
 254                     int pos = seqstart +\r
 255                         (tmp.at2.resNumber - pdbstart - offset);\r
 256                     int index = seq.findIndex(pos);\r
 257 \r
 258                     tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(),\r
 259                             seq, index);\r
 260                 } else {\r
 261                     tmp.endCol = Color.gray;\r
 262                 }\r
 263             } catch (Exception e) {\r
 264                 tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 265                 tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 266             }\r
 267         }\r
 268     }\r
 269 \r
 270     public void setChainColours() {\r
 271         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 272             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 273 \r
 274             try {\r
 275                 tmp.startCol = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 276                 tmp.endCol = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 277             } catch (Exception e) {\r
 278                 tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 279                 tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 280             }\r
 281         }\r
 282     }\r
 283 }\r