src/MCview/PDBChain.java

   1 /* Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   2  *\r
   3  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   4  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   5  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   6  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   7  *\r
   8  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
   9  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  10  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  11  * GNU General Public License for more details.\r
  12  *\r
  13  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  14  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  15  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  16  */\r
  17 package MCview;\r
  18 \r
  19 import jalview.datamodel.*;\r
  20 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 \r
  26 \r
  27 public class PDBChain {\r
  28 \r
  29   public String id;\r
  30   public Vector bonds = new Vector();\r
  31   public Vector atoms = new Vector();\r
  32   public Vector residues = new Vector();\r
  33   public int offset;\r
  34 \r
  35   public Sequence sequence;\r
  36   public boolean isVisible = false;\r
  37 \r
  38   //public DrawableSequence ds;\r
  39 \r
  40   public PDBChain(String id) {\r
  41     this.id = id;\r
  42   }\r
  43 \r
  44 \r
  45   public String print() {\r
  46     String tmp = "";\r
  47     for (int i=0; i < bonds.size() ;i++) {\r
  48       tmp = tmp + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " + ((Bond)bonds.elementAt(i)).at1.resNumber +" " + offset+ "\n";\r
  49     }\r
  50     return tmp;\r
  51   }\r
  52   public void makeCaBondList() {\r
  53     for (int i = 0; i < (residues.size() - 1) ; i++) {\r
  54       Residue tmpres = (Residue)residues.elementAt(i);\r
  55       Residue tmpres2 = (Residue)residues.elementAt(i+1);\r
  56       myAtom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  57       myAtom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
  58       if ((at1 != null) && (at2 != null)) {\r
  59         if (at1.chain.equals(at2.chain)) {\r
  60           makeBond(at1,at2);\r
  61         }\r
  62       }\r
  63     }\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void makeBond(myAtom at1, myAtom at2) {\r
  67     float[] start = new float[3];\r
  68     float[] end = new float[3];\r
  69 \r
  70     start[0] = at1.x;\r
  71     start[1] = at1.y;\r
  72     start[2] = at1.z;\r
  73 \r
  74     end[0] = at2.x;\r
  75     end[1] = at2.y;\r
  76     end[2] = at2.z;\r
  77 \r
  78     bonds.addElement(new Bond(start, end, at1,at2));\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public void makeResidueList() {\r
  82     int count = 0;\r
  83     String seq = "";\r
  84     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++) {\r
  85 \r
  86       myAtom tmp = (myAtom)atoms.elementAt(i);\r
  87       String resName = tmp.resName;\r
  88       int resNumber = tmp.resNumber;\r
  89       int res = resNumber;\r
  90 \r
  91       if (i ==0) {\r
  92         offset = resNumber;\r
  93       }\r
  94       Vector resAtoms = new Vector();\r
  95 \r
  96       resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
  97       i++;\r
  98       resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
  99 \r
 100       //Add atoms to a vector while the residue number\r
 101       //remains the same\r
 102       while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 103 \r
 104         resAtoms.addElement((myAtom)atoms.elementAt(i));\r
 105         i++;\r
 106         if (i < atoms.size()) {\r
 107           resNumber = ((myAtom)atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 108         } else {\r
 109           resNumber++;\r
 110         }\r
 111       }\r
 112 \r
 113       //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 114       i--;\r
 115 \r
 116       //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 117       residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1,count));\r
 118       count++;\r
 119       Residue tmpres = (Residue)residues.lastElement();\r
 120       myAtom tmpat = (myAtom)tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 121 \r
 122       // Keep totting up the sequence\r
 123       if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null) {\r
 124         System.out.println("Null aa3Hash for " + tmpat.resName);\r
 125       } else {\r
 126         String tmpres2 =\r
 127           ResidueProperties.aa[((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName)).intValue()];\r
 128         seq = seq + tmpres2;\r
 129       }\r
 130       //      System.out.println(tmpat.resName + " " + tmpres2);\r
 131     }\r
 132     sequence = new Sequence("PDB_seq",seq,1,seq.length());\r
 133     System.out.println("Sequence = " + seq);\r
 134     System.out.println("No of residues = " +residues.size());\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void setChargeColours() {\r
 138     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 139       try {\r
 140         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 141 \r
 142         if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 143           b.startCol = Color.red;\r
 144         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at1.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 145           b.startCol = Color.blue;\r
 146         } else if (b.at1.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 147           b.startCol = Color.yellow;\r
 148         } else {\r
 149           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 150           b.startCol = Color.lightGray;\r
 151         }\r
 152         if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("ASP") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("GLU")) {\r
 153           b.endCol = Color.red;\r
 154         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("LYS") || b.at2.resName.toUpperCase().equals("ARG")) {\r
 155           b.endCol = Color.blue;\r
 156         } else if (b.at2.resName.toUpperCase().equals("CYS")) {\r
 157           b.endCol = Color.yellow;\r
 158         } else {\r
 159           int atno = ((Integer)ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 160           b.endCol = Color.lightGray;\r
 161         }\r
 162       } catch (Exception e) {\r
 163         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 164         b.startCol = Color.gray;\r
 165         b.endCol = Color.gray;\r
 166       }\r
 167     }\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void setHydrophobicityColours() {\r
 171     float hydmin = (float)ResidueProperties.getHydmin();\r
 172     float hydmax = (float)ResidueProperties.getHydmax();\r
 173     double[] hyd  = ResidueProperties.getHyd();\r
 174 \r
 175     Hashtable AA3Hash = ResidueProperties.getAA3Hash();\r
 176 \r
 177     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 178       try {\r
 179         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 180 \r
 181         int   atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 182         float red  = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 183 \r
 184         if (red > (float)1.0) {\r
 185           red = (float)1.0;\r
 186         }\r
 187         if (red < (float)0.0) {\r
 188           red = (float)0.0;\r
 189         }\r
 190 \r
 191         b.startCol = new Color(red,(float)0.0,(float)1.0-red);\r
 192         atno = ((Integer)AA3Hash.get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 193 \r
 194         red = ((float)hyd[atno] - hydmin)/(hydmax - hydmin);\r
 195 \r
 196         if (red > (float)1.0) {\r
 197           red = (float)1.0;\r
 198         }\r
 199         if (red < (float)0.0) {\r
 200           red = (float)0.0;\r
 201         }\r
 202 \r
 203         b.endCol = new Color(red,(float)0.2,(float)1.0-red);\r
 204       } catch (Exception e) {\r
 205         Bond b = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 206         b.startCol = Color.gray;\r
 207         b.endCol = Color.gray;\r
 208       }\r
 209     }\r
 210   }\r
 211 \r
 212 \r
 213   public void colourBySequence(DrawableSequence seq) {\r
 214 \r
 215 //    for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 216 //      Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 217 //      try {\r
 218 //\r
 219 //        if (tmp.at1.resNumber >= (offset + seq.pdbstart - 1) && tmp.at1.resNumber <= (offset + seq.pdbend - 1)) {\r
 220 //\r
 221 //          int pos   = seq.seqtart() + (tmp.at1.resNumber - seq.pdbstart - offset) ;\r
 222 //          int index = seq.findIndex(pos);\r
 223 //\r
 224 //          tmp.startCol = (Color)seq.getResidueBoxColour(index);\r
 225 //\r
 226 //        } else {\r
 227 //          tmp.startCol = Color.gray;\r
 228 //        }\r
 229 //\r
 230 //        if (tmp.at2.resNumber >= (offset + seq.pdbstart -1) && tmp.at2.resNumber <= (seq.pdbend+offset-1)) {\r
 231 //\r
 232 //          int pos    = seq.seqstart + (tmp.at2.resNumber - seq.pdbstart-offset);\r
 233 //          int index  = seq.findIndex(pos);\r
 234 //\r
 235 //          tmp.endCol = (Color)seq.getResidueBoxColour(index);\r
 236 //\r
 237 //        } else {\r
 238 //          tmp.endCol = Color.gray;\r
 239 //        }\r
 240 //      } catch (Exception e) {\r
 241 //        tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 242 //        tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 243 //      }\r
 244 //    }\r
 245   }\r
 246 \r
 247   public void setChainColours() {\r
 248     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 249       Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 250       try {\r
 251         tmp.startCol = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 252         tmp.endCol   = (Color) ResidueProperties.getChainColours().get(id);\r
 253       } catch (Exception e) {\r
 254         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 255         tmp.endCol   = Color.lightGray;\r
 256       }\r
 257     }\r
 258   }\r
 259 }\r
 260 \r
 261 \r