src/MCview/PDBChain.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  24
  25 import java.awt.*;
  26
  27 import java.util.*;
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;
  29
  30
  31 public class PDBChain {
  32     /**
  33      * SequenceFeature group for PDB File features added to sequences
  34      */
  35     private static final String PDBFILEFEATURE = "PDBFile";
  36     private static final String IEASTATUS = "IEA:jalview";
  37     public String id;
  38     public Vector bonds = new Vector();
  39     public Vector atoms = new Vector();
  40     public Vector residues = new Vector();
  41     public int offset;
  42     public Sequence sequence;
  43     public boolean isVisible = true;
  44     public int pdbstart = 0;
  45     public int pdbend = 0;
  46     public int seqstart = 0;
  47     public int seqend = 0;
  48     public String pdbid="";
  49     public PDBChain(String pdbid, String id) {
  50         this.pdbid=pdbid.toLowerCase();
  51         this.id = id;
  52     }
  53
  54     public String print() {
  55         String tmp = "";
  56
  57         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
  58             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +
  59                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +
  60                 "\n";
  61         }
  62
  63         return tmp;
  64     }
  65
  66     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)
  67     {
  68         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;
  69         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;
  70
  71         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)
  72         {
  73             if (as.astr1.charAt(i) != '-')
  74             {
  75               alignpos++;
  76             }
  77
  78             if (as.astr2.charAt(i) != '-')
  79             {
  80               pdbpos++;
  81             }
  82
  83             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))
  84             {
  85                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);
  86                 Enumeration en = res.atoms.elements();
  87                 while (en.hasMoreElements())
  88                 {
  89                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();
  90                   atom.alignmentMapping = alignpos;
  91                 }
  92             }
  93         }
  94     }
  95     /**
  96      * copy over the RESNUM seqfeatures from the internal chain sequence to the mapped sequence
  97      * @param seq
  98      * @param status The Status of the transferred annotation
  99      * @return the features added to sq (or its dataset)
 100      */
 101     public SequenceFeature[] transferRESNUMFeatures(SequenceI seq, String status) {
 102         SequenceI sq = seq;
 103         while (sq!=null) {
 104             if (sq==sequence)
 105                 return null;
 106             sq = sq.getDatasetSequence();
 107         }
 108         /**
 109          * Remove any existing features for this chain if they exist ?
 110          * SequenceFeature[] seqsfeatures=seq.getSequenceFeatures();
 111             int totfeat=seqsfeatures.length;
 112             // Remove any features for this exact chain ?
 113             for (int i=0; i<seqsfeatures.length; i++) {
 114             } */
 115         if (status==null)
 116             status = PDBChain.IEASTATUS;
 117         SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 118         for (int i=0; i<features.length; i++) {
 119             if (features[i].getFeatureGroup().equals(PDBChain.PDBFILEFEATURE)) {
 120                 SequenceFeature tx = new SequenceFeature(features[i]);
 121                 tx.setBegin(1+((Atom)((Residue)residues.elementAt(tx.getBegin()-offset)).atoms.elementAt(0)).alignmentMapping);
 122                 tx.setEnd(1+((Atom)((Residue)residues.elementAt(tx.getEnd()-offset)).atoms.elementAt(0)).alignmentMapping);
 123                 tx.setStatus(status+((tx.getStatus()==null || tx.getStatus().length()==0) ? "" : ":"+tx.getStatus()));
 124                 seq.addSequenceFeature(tx);
 125             }
 126         }
 127         return features;
 128     }
 129
 130     public void makeCaBondList()
 131     {
 132         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)
 133         {
 134             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);
 135             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);
 136             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");
 137             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");
 138
 139             if ((at1 != null) && (at2 != null))
 140             {
 141                 if (at1.chain.equals(at2.chain))
 142                 {
 143                     makeBond(at1, at2);
 144                 }
 145             }
 146             else
 147               System.out.println("not found "+i);
 148         }
 149     }
 150
 151     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {
 152         float[] start = new float[3];
 153         float[] end = new float[3];
 154
 155         start[0] = at1.x;
 156         start[1] = at1.y;
 157         start[2] = at1.z;
 158
 159         end[0] = at2.x;
 160         end[1] = at2.y;
 161         end[2] = at2.z;
 162
 163         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));
 164     }
 165
 166     public void makeResidueList() {
 167         int count = 0;
 168         StringBuffer seq = new StringBuffer();
 169         Vector resFeatures=new Vector();
 170         int i, iSize = atoms.size()-1;
 171         int resNumber=-1;
 172         for (i = 0; i <= iSize; i++)
 173         {
 174             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);
 175             resNumber = tmp.resNumber;
 176             int res = resNumber;
 177
 178             if (i == 0) {
 179                 offset = resNumber;
 180             }
 181
 182             Vector resAtoms = new Vector();
 183             //Add atoms to a vector while the residue number
 184             //remains the same as the first atom's resNumber (res)
 185             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {
 186                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));
 187                 i++;
 188
 189                 if (i < atoms.size()) {
 190                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;
 191                 } else {
 192                     resNumber++;
 193                 }
 194             }
 195
 196             //We need this to keep in step with the outer for i = loop
 197             i--;
 198
 199             //Make a new Residue object with the new atoms vector
 200             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));
 201
 202             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();
 203             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);
 204             // Make A new SequenceFeature for the current residue numbering
 205             SequenceFeature sf =
 206                 new SequenceFeature("RESNUM",tmpat.resName+":"+tmpat.resNumIns+" "+pdbid+id,
 207                         "",offset+count,offset+count,MCview.PDBChain.PDBFILEFEATURE);
 208             resFeatures.addElement(sf);
 209             // Keep totting up the sequence
 210             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)
 211             {
 212                 seq.append("X") ;
 213                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +
 214                //     tmpat.resName);
 215             } else {
 216
 217                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()
 218                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);
 219             }
 220             count++;
 221         }
 222
 223         if(id.length()<1 || id.equals(" "))
 224            id = "_";
 225
 226         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), offset, resNumber-1); // Note: resNumber-offset ~= seq.size()
 227       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);
 228      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());
 229         for (i=0,iSize=resFeatures.size(); i<iSize; i++) {
 230             sequence.addSequenceFeature((SequenceFeature) resFeatures.elementAt(i));
 231             resFeatures.setElementAt(null, i);
 232         }
 233    }
 234
 235     public void setChargeColours() {
 236         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 237             try {
 238                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 239
 240                 if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 241                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 242                     b.startCol = Color.red;
 243                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 244                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 245                     b.startCol = Color.blue;
 246                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 247                     b.startCol = Color.yellow;
 248                 } else {
 249                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();
 250                     b.startCol = Color.lightGray;
 251                 }
 252
 253                 if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 254                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 255                     b.endCol = Color.red;
 256                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 257                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 258                     b.endCol = Color.blue;
 259                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 260                     b.endCol = Color.yellow;
 261                 } else {
 262                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();
 263                     b.endCol = Color.lightGray;
 264                 }
 265             } catch (Exception e) {
 266                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 267                 b.startCol = Color.gray;
 268                 b.endCol = Color.gray;
 269             }
 270         }
 271     }
 272
 273
 274     public void setChainColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 275     {
 276         Bond b;
 277         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 278             try {
 279               b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 280
 281             /*  ( (Bond) bonds.elementAt(i)).startCol = cs.findColour(
 282                   ResidueProperties.codonTranslate(
 283                       ResidueProperties.aa3Hash.get(b.at1.resName).toString().charAt(0)
 284                   );
 285
 286               b.endCol = cs.findColour(
 287                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.
 288                                          get(b.at2.resName)).intValue()]
 289                   );*/
 290
 291             } catch (Exception e)
 292             {
 293                 b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 294                 b.startCol = Color.gray;
 295                 b.endCol = Color.gray;
 296             }
 297         }
 298     }
 299
 300
 301
 302     public void setChainColours(Color col)
 303     {
 304         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 305         {
 306             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 307             tmp.startCol = col;
 308             tmp.endCol = col;
 309         }
 310     }
 311 }