src/MCview/PDBChain.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  24
  25 import java.awt.*;
  26
  27 import java.util.*;
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;
  29
  30
  31 public class PDBChain {
  32     /**
  33      * SequenceFeature group for PDB File features added to sequences
  34      */
  35     private static final String PDBFILEFEATURE = "PDBFile";
  36     private static final String IEASTATUS = "IEA:jalview";
  37     public String id;
  38     public Vector bonds = new Vector();
  39     public Vector atoms = new Vector();
  40     public Vector residues = new Vector();
  41     public int offset;
  42     public Sequence sequence;
  43     public boolean isVisible = true;
  44     public int pdbstart = 0;
  45     public int pdbend = 0;
  46     public int seqstart = 0;
  47     public int seqend = 0;
  48     public String pdbid="";
  49     public PDBChain(String pdbid, String id) {
  50         this.pdbid=pdbid.toLowerCase();
  51         this.id = id;
  52     }
  53
  54     public String print() {
  55         String tmp = "";
  56
  57         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
  58             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +
  59                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +
  60                 "\n";
  61         }
  62
  63         return tmp;
  64     }
  65
  66     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)
  67     {
  68         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;
  69         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;
  70
  71         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)
  72         {
  73             if (as.astr1.charAt(i) != '-')
  74             {
  75               alignpos++;
  76             }
  77
  78             if (as.astr2.charAt(i) != '-')
  79             {
  80               pdbpos++;
  81             }
  82
  83             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))
  84             {
  85                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);
  86                 Enumeration en = res.atoms.elements();
  87                 while (en.hasMoreElements())
  88                 {
  89                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();
  90                   atom.alignmentMapping = alignpos;
  91                 }
  92             }
  93         }
  94     }
  95     /**
  96      * copy over the RESNUM seqfeatures from the internal chain sequence to the mapped sequence
  97      * @param seq
  98      * @param status The Status of the transferred annotation
  99      */
 100     public void transferRESNUMFeatures(SequenceI seq, String status) {
 101         SequenceI sq = seq;
 102         while (sq!=null) {
 103             if (sq==sequence)
 104                 return;
 105             sq = sq.getDatasetSequence();
 106         }
 107         /**
 108          * Remove any existing features for this chain if they exist ?
 109          * SequenceFeature[] seqsfeatures=seq.getSequenceFeatures();
 110             int totfeat=seqsfeatures.length;
 111             // Remove any features for this exact chain ?
 112             for (int i=0; i<seqsfeatures.length; i++) {
 113             } */
 114         if (status==null)
 115             status = PDBChain.IEASTATUS;
 116         SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 117         for (int i=0; i<features.length; i++) {
 118             if (features[i].getFeatureGroup().equals(PDBChain.PDBFILEFEATURE)) {
 119                 SequenceFeature tx = new SequenceFeature(features[i]);
 120                 tx.setBegin(1+((Atom)((Residue)residues.elementAt(tx.getBegin()-offset)).atoms.elementAt(0)).alignmentMapping);
 121                 tx.setEnd(1+((Atom)((Residue)residues.elementAt(tx.getEnd()-offset)).atoms.elementAt(0)).alignmentMapping);
 122                 tx.setStatus(status+((tx.getStatus()==null || tx.getStatus().length()==0) ? "" : ":"+tx.getStatus()));
 123                 seq.addSequenceFeature(tx);
 124             }
 125         }
 126     }
 127
 128     public void makeCaBondList()
 129     {
 130         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)
 131         {
 132             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);
 133             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);
 134             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");
 135             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");
 136
 137             if ((at1 != null) && (at2 != null))
 138             {
 139                 if (at1.chain.equals(at2.chain))
 140                 {
 141                     makeBond(at1, at2);
 142                 }
 143             }
 144             else
 145               System.out.println("not found "+i);
 146         }
 147     }
 148
 149     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {
 150         float[] start = new float[3];
 151         float[] end = new float[3];
 152
 153         start[0] = at1.x;
 154         start[1] = at1.y;
 155         start[2] = at1.z;
 156
 157         end[0] = at2.x;
 158         end[1] = at2.y;
 159         end[2] = at2.z;
 160
 161         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));
 162     }
 163
 164     public void makeResidueList() {
 165         int count = 0;
 166         StringBuffer seq = new StringBuffer();
 167         Vector resFeatures=new Vector();
 168         int i, iSize = atoms.size()-1;
 169         int resNumber=-1;
 170         for (i = 0; i <= iSize; i++)
 171         {
 172             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);
 173             resNumber = tmp.resNumber;
 174             int res = resNumber;
 175
 176             if (i == 0) {
 177                 offset = resNumber;
 178             }
 179
 180             Vector resAtoms = new Vector();
 181             //Add atoms to a vector while the residue number
 182             //remains the same as the first atom's resNumber (res)
 183             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {
 184                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));
 185                 i++;
 186
 187                 if (i < atoms.size()) {
 188                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;
 189                 } else {
 190                     resNumber++;
 191                 }
 192             }
 193
 194             //We need this to keep in step with the outer for i = loop
 195             i--;
 196
 197             //Make a new Residue object with the new atoms vector
 198             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));
 199
 200             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();
 201             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);
 202             // Make A new SequenceFeature for the current residue numbering
 203             SequenceFeature sf =
 204                 new SequenceFeature("RESNUM",tmpat.resName+":"+tmpat.resNumIns+" "+pdbid+id,
 205                         "",offset+count,offset+count,MCview.PDBChain.PDBFILEFEATURE);
 206             resFeatures.addElement(sf);
 207             // Keep totting up the sequence
 208             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)
 209             {
 210                 seq.append("X") ;
 211                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +
 212                //     tmpat.resName);
 213             } else {
 214
 215                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()
 216                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);
 217             }
 218             count++;
 219         }
 220
 221         if(id.length()<1 || id.equals(" "))
 222            id = "_";
 223
 224         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), offset, resNumber-1); // Note: resNumber-offset ~= seq.size()
 225       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);
 226      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());
 227         for (i=0,iSize=resFeatures.size(); i<iSize; i++) {
 228             sequence.addSequenceFeature((SequenceFeature) resFeatures.elementAt(i));
 229             resFeatures.setElementAt(null, i);
 230         }
 231    }
 232
 233     public void setChargeColours() {
 234         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 235             try {
 236                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 237
 238                 if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 239                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 240                     b.startCol = Color.red;
 241                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 242                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 243                     b.startCol = Color.blue;
 244                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 245                     b.startCol = Color.yellow;
 246                 } else {
 247                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();
 248                     b.startCol = Color.lightGray;
 249                 }
 250
 251                 if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||
 252                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {
 253                     b.endCol = Color.red;
 254                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||
 255                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {
 256                     b.endCol = Color.blue;
 257                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {
 258                     b.endCol = Color.yellow;
 259                 } else {
 260                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();
 261                     b.endCol = Color.lightGray;
 262                 }
 263             } catch (Exception e) {
 264                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 265                 b.startCol = Color.gray;
 266                 b.endCol = Color.gray;
 267             }
 268         }
 269     }
 270
 271
 272     public void setChainColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 273     {
 274         Bond b;
 275         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 276             try {
 277               b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 278
 279             /*  ( (Bond) bonds.elementAt(i)).startCol = cs.findColour(
 280                   ResidueProperties.codonTranslate(
 281                       ResidueProperties.aa3Hash.get(b.at1.resName).toString().charAt(0)
 282                   );
 283
 284               b.endCol = cs.findColour(
 285                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.
 286                                          get(b.at2.resName)).intValue()]
 287                   );*/
 288
 289             } catch (Exception e)
 290             {
 291                 b = (Bond) bonds.elementAt(i);
 292                 b.startCol = Color.gray;
 293                 b.endCol = Color.gray;
 294             }
 295         }
 296     }
 297
 298
 299
 300     public void setChainColours(Color col)
 301     {
 302         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 303         {
 304             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 305             tmp.startCol = col;
 306             tmp.endCol = col;
 307         }
 308     }
 309 }