src/MCview/PDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26 import java.util.BitSet;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.gui.*;
  30 import jalview.io.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32
  33 import org.jmol.api.*;
  34 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  35 import org.jmol.util.Logger;
  36 import org.jmol.popup.*;
  37
  38 public class PDBViewer
  39     extends JInternalFrame implements Runnable
  40 {
  41   PDBEntry pdb;
  42   /**
  43    * The associated sequence in an alignment
  44    */
  45   Sequence sequence;
  46   PDBCanvas pdbcanvas;
  47   String tmpPDBFile;
  48
  49   public PDBViewer(PDBEntry entry,
  50                    Sequence seq,
  51                    SeqCanvas seqcanvas)
  52   {
  53    /* try
  54     {
  55       jbInit();
  56     }
  57     catch (Exception ex)
  58     {
  59       ex.printStackTrace();
  60     }
  61
  62     if (entry == null)
  63     {
  64       return;
  65     }
  66     pdb = entry;
  67     sequence = seq;
  68     pdbcanvas = new PDBCanvas(seqcanvas, sequence);
  69
  70     if (pdb.getFile() != null)
  71     {
  72       try
  73       {
  74         tmpPDBFile = pdb.getFile();
  75         PDBfile pdbfile = new PDBfile(tmpPDBFile,
  76                                       jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  77         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
  78
  79       }
  80       catch (java.io.IOException ex)
  81       {
  82         ex.printStackTrace();
  83       }
  84     }
  85     else
  86     {
  87       Thread worker = new Thread(this);
  88       worker.start();
  89     }
  90
  91       public void run()
  92       {
  93         try
  94         {
  95           EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
  96           String query = "pdb:" + pdb.getId();
  97           tmpPDBFile = ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw").getAbsolutePath();
  98           if (tmpPDBFile != null)
  99           {
 100             PDBfile pdbfile = new PDBfile(tmpPDBFile,
 101                                           jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 102             pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
 103           }
 104           else
 105           {
 106             throw new Exception("Empty result for WSDbFetch Query: " + query);
 107           }
 108         }
 109         catch (Exception ex)
 110         {
 111           ex.printStackTrace();
 112           showErrorMessage("Failed to retrieve PDB structure.");
 113 //      this.dispose();
 114         }
 115       }
 116
 117
 118     setContentPane(pdbcanvas);
 119     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence.getName() + ":" + pdb.getId());
 120     if (pdb.getProperty() != null)
 121     {
 122       if (pdb.getProperty().get("method") != null)
 123       {
 124         title.append(" Method: ");
 125         title.append(pdb.getProperty().get("method"));
 126       }
 127       if (pdb.getProperty().get("chains") != null)
 128       {
 129         title.append(" Chain:");
 130         title.append(pdb.getProperty().get("chains"));
 131       }
 132     }
 133     */
 134
 135      Container contentPane = getContentPane();
 136      JmolPanel jmolPanel = new JmolPanel();
 137      contentPane.add(jmolPanel);
 138
 139      JmolViewer viewer = jmolPanel.viewer;
 140
 141
 142      System.out.println(entry.getFile()+" "+entry.getId());
 143      viewer.openFile(entry.getFile());
 144
 145
 146      StringBuffer string = new StringBuffer();
 147
 148      for(int i=0; i<seq.getLength(); i++)
 149      {
 150        Color col = seqcanvas.getSequenceRenderer().getResidueBoxColour(seq, i);
 151
 152        string.append("select " + i + "B; color [" +
 153                      col.getRed()+","
 154                      +col.getGreen()+","
 155                      +col.getBlue()+"]; ");
 156      }
 157     System.out.println(string);
 158
 159     viewer.evalString(string.toString());
 160
 161
 162      String strError = viewer.getOpenFileError();
 163      if (strError != null)
 164        Logger.error(strError);
 165
 166
 167   //   Desktop.addInternalFrame(this,
 168    //                           seq.getName() + ":1GAQ"
 169    //                           , 400, 400);
 170
 171   }
 172
 173
 174
 175
 176   static class JmolPanel
 177       extends JPanel implements JmolSelectionListener
 178   {
 179     JmolViewer viewer;
 180     JmolAdapter adapter;
 181     JmolPanel()
 182     {
 183       adapter = new SmarterJmolAdapter(null);
 184       viewer = org.jmol.viewer.Viewer.allocateViewer(this, adapter);
 185       viewer.addSelectionListener(this);
 186
 187       MyStatusListener myStatusListener;
 188       myStatusListener = new MyStatusListener();
 189       viewer.setJmolStatusListener(myStatusListener);
 190
 191       JFrame frame = new JFrame("script window");
 192      // scriptWindow = new ScriptWindow(viewer, frame);
 193
 194       myStatusListener.jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 195     }
 196      public ScriptWindow scriptWindow;
 197  class MyStatusListener implements JmolStatusListener
 198  {
 199
 200    JmolPopup jmolpopup ;
 201
 202
 203    public String eval(String strEval) {
 204      return "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 205    }
 206
 207    public void createImage(String file, String type, int quality) {
 208    System.out.println("CREATE IMAGE");
 209      // ImageCreator c = new ImageCreator(viewer, status);
 210    //  c.createImage(file, type, quality);
 211    }
 212
 213    public void setCallbackFunction(String callbackType, String callbackFunction) {
 214      // applet only?
 215    }
 216
 217    public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 218                                 String modelName, Object clientFile,
 219                                 String errorMsg) {
 220
 221    }
 222
 223    public void notifyFrameChanged(int frameNo) {
 224      // Note: twos-complement. To get actual frame number, use
 225      // Math.max(frameNo, -2 - frameNo)
 226      // -1 means all frames are now displayed
 227
 228      boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 229
 230    }
 231
 232    public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo) {
 233      //System.out.println("notifyScriptStart:" + statusMessage + (additionalInfo == "" ? "" : additionalInfo));
 234    }
 235
 236    public void sendConsoleEcho(String strEcho) {
 237      if (scriptWindow != null)
 238        scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 239    }
 240
 241    public void sendConsoleMessage(String strStatus) {
 242      if (scriptWindow != null)
 243        scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 244    }
 245
 246    public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime) {
 247      if (scriptWindow != null)
 248        scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 249    }
 250
 251    public void handlePopupMenu(int x, int y) {
 252      jmolpopup.show(x, y);
 253    }
 254
 255    public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure) {
 256      notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 257    }
 258
 259    public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo) {
 260    //  measurementTable.updateTables();
 261    }
 262
 263    public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo) {
 264
 265      System.out.println("ATOM PICKED "+atomIndex+" "+strInfo);
 266      if (scriptWindow != null) {
 267        scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 268        scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 269      }
 270    }
 271
 272    public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo) {
 273 System.out.println("HOVER "+atomIndex+" "+strInfo);
 274    }
 275
 276    public void sendSyncScript(String script, String appletName) {
 277    }
 278
 279    public void showUrl(String url) {
 280    }
 281
 282    public void showConsole(boolean showConsole) {
 283      System.out.println("SHOW CONSOLE" +(scriptWindow==null));
 284      if (scriptWindow == null)
 285        return;
 286      if (showConsole)
 287        scriptWindow.show();
 288      else
 289        scriptWindow.hide();
 290    }
 291
 292    public float functionXY(String functionName, int x, int y) {
 293      return 0;  // for user-defined isosurface functions (testing only -- bob hanson)
 294    }
 295
 296     }
 297
 298
 299     class ScriptWindowAction extends AbstractAction {
 300
 301       public ScriptWindowAction() {
 302         super("BLAH");
 303       }
 304
 305       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 306         if (scriptWindow != null)
 307         scriptWindow.show();
 308       }
 309     }
 310
 311     /**
 312      * Called when the selected atoms change
 313      * @param selection bit set giving selection of atom indexes
 314      */
 315     public void selectionChanged(BitSet selection)
 316     {
 317   System.out.println("SELECTION: "+selection);
 318     }
 319
 320
 321     public JmolSimpleViewer getViewer()
 322     {
 323       return viewer;
 324     }
 325
 326     final Dimension currentSize = new Dimension();
 327     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 328
 329     public void paint(Graphics g)
 330     {
 331
 332       getSize(currentSize);
 333       g.getClipBounds(rectClip);
 334       viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 335     }
 336   }
 337
 338
 339   public void run()
 340   {
 341     try
 342     {
 343       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 344       String query = "pdb:" + pdb.getId();
 345       tmpPDBFile = ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw").getAbsolutePath();
 346       if (tmpPDBFile != null)
 347       {
 348         PDBfile pdbfile = new PDBfile(tmpPDBFile,
 349                                       jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 350         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
 351       }
 352       else
 353       {
 354         throw new Exception("Empty result for WSDbFetch Query: " + query);
 355       }
 356     }
 357     catch (Exception ex)
 358     {
 359       ex.printStackTrace();
 360       showErrorMessage("Failed to retrieve PDB structure.");
 361 //      this.dispose();
 362     }
 363   }
 364
 365   private void jbInit()
 366       throws Exception
 367   {
 368     this.addKeyListener(new KeyAdapter()
 369     {
 370       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 371       {
 372         pdbcanvas.keyPressed(evt);
 373       }
 374     });
 375
 376     this.setJMenuBar(jMenuBar1);
 377     fileMenu.setText("File");
 378     coloursMenu.setText("Colours");
 379     saveMenu.setActionCommand("Save Image");
 380     saveMenu.setText("Save As");
 381     png.setText("PNG");
 382     png.addActionListener(new ActionListener()
 383     {
 384       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 385       {
 386         png_actionPerformed(e);
 387       }
 388     });
 389     eps.setText("EPS");
 390     eps.addActionListener(new ActionListener()
 391     {
 392       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 393       {
 394         eps_actionPerformed(e);
 395       }
 396     });
 397     mapping.setText("View Mapping");
 398     mapping.addActionListener(new ActionListener()
 399     {
 400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 401       {
 402         mapping_actionPerformed(e);
 403       }
 404     });
 405     wire.setText("Wireframe");
 406     wire.addActionListener(new ActionListener()
 407     {
 408       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 409       {
 410         wire_actionPerformed(e);
 411       }
 412     });
 413     depth.setSelected(true);
 414     depth.setText("Depthcue");
 415     depth.addActionListener(new ActionListener()
 416     {
 417       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 418       {
 419         depth_actionPerformed(e);
 420       }
 421     });
 422     zbuffer.setSelected(true);
 423     zbuffer.setText("Z Buffering");
 424     zbuffer.addActionListener(new ActionListener()
 425     {
 426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 427       {
 428         zbuffer_actionPerformed(e);
 429       }
 430     });
 431     charge.setText("Charge & Cysteine");
 432     charge.addActionListener(new ActionListener()
 433     {
 434       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 435       {
 436         charge_actionPerformed(e);
 437       }
 438     });
 439     chain.setText("By Chain");
 440     chain.addActionListener(new ActionListener()
 441     {
 442       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 443       {
 444         chain_actionPerformed(e);
 445       }
 446     });
 447     seqButton.setSelected(true);
 448     seqButton.setText("By Sequence");
 449     seqButton.addActionListener(new ActionListener()
 450     {
 451       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 452       {
 453         seqButton_actionPerformed(e);
 454       }
 455     });
 456     allchains.setSelected(true);
 457     allchains.setText("Show All Chains");
 458     allchains.addItemListener(new ItemListener()
 459     {
 460       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 461       {
 462         allchains_itemStateChanged(e);
 463       }
 464     });
 465     zappo.setText("Zappo");
 466     zappo.addActionListener(new ActionListener()
 467     {
 468       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 469       {
 470         zappo_actionPerformed(e);
 471       }
 472     });
 473     taylor.setText("Taylor");
 474     taylor.addActionListener(new ActionListener()
 475     {
 476       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 477       {
 478         taylor_actionPerformed(e);
 479       }
 480     });
 481     hydro.setText("Hydro");
 482     hydro.addActionListener(new ActionListener()
 483     {
 484       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 485       {
 486         hydro_actionPerformed(e);
 487       }
 488     });
 489     helix.setText("Helix");
 490     helix.addActionListener(new ActionListener()
 491     {
 492       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 493       {
 494         helix_actionPerformed(e);
 495       }
 496     });
 497     strand.setText("Strand");
 498     strand.addActionListener(new ActionListener()
 499     {
 500       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 501       {
 502         strand_actionPerformed(e);
 503       }
 504     });
 505     turn.setText("Turn");
 506     turn.addActionListener(new ActionListener()
 507     {
 508       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 509       {
 510         turn_actionPerformed(e);
 511       }
 512     });
 513     buried.setText("Buried");
 514     buried.addActionListener(new ActionListener()
 515     {
 516       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 517       {
 518         buried_actionPerformed(e);
 519       }
 520     });
 521     user.setText("User Defined...");
 522     user.addActionListener(new ActionListener()
 523     {
 524       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 525       {
 526         user_actionPerformed(e);
 527       }
 528     });
 529     viewMenu.setText("View");
 530     background.setText("Background Colour...");
 531     background.addActionListener(new ActionListener()
 532     {
 533       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 534       {
 535         background_actionPerformed(e);
 536       }
 537     });
 538     savePDB.setText("PDB File");
 539     savePDB.addActionListener(new ActionListener()
 540     {
 541       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 542       {
 543         savePDB_actionPerformed(e);
 544       }
 545     });
 546     jMenuBar1.add(fileMenu);
 547     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 548     jMenuBar1.add(viewMenu);
 549     fileMenu.add(saveMenu);
 550     fileMenu.add(mapping);
 551     saveMenu.add(savePDB);
 552     saveMenu.add(png);
 553     saveMenu.add(eps);
 554     coloursMenu.add(seqButton);
 555     coloursMenu.add(chain);
 556     coloursMenu.add(charge);
 557     coloursMenu.add(zappo);
 558     coloursMenu.add(taylor);
 559     coloursMenu.add(hydro);
 560     coloursMenu.add(helix);
 561     coloursMenu.add(strand);
 562     coloursMenu.add(turn);
 563     coloursMenu.add(buried);
 564     coloursMenu.add(user);
 565     coloursMenu.add(background);
 566     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
 567     bg.add(seqButton);
 568     bg.add(chain);
 569     bg.add(charge);
 570     bg.add(zappo);
 571     bg.add(taylor);
 572     bg.add(hydro);
 573     bg.add(helix);
 574     bg.add(strand);
 575     bg.add(turn);
 576     bg.add(buried);
 577     bg.add(user);
 578
 579     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)
 580     {
 581       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.
 582           getUserColourSchemes().keys();
 583
 584       while (userColours.hasMoreElements())
 585       {
 586         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(
 587             userColours.
 588             nextElement().toString());
 589         radioItem.setName("USER_DEFINED");
 590         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()
 591         {
 592           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 593           {
 594             if (evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 595             {
 596               radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);
 597
 598               int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.
 599                   Desktop.desktop,
 600                   "Remove from default list?",
 601                   "Remove user defined colour",
 602                   JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 603               if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 604               {
 605                 jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(
 606                     radioItem.getText());
 607                 coloursMenu.remove(radioItem);
 608               }
 609               else
 610               {
 611                 radioItem.addActionListener(new ActionListener()
 612                 {
 613                   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 614                   {
 615                     user_actionPerformed(evt);
 616                   }
 617                 });
 618               }
 619             }
 620           }
 621         });
 622         radioItem.addActionListener(new ActionListener()
 623         {
 624           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 625           {
 626             user_actionPerformed(evt);
 627           }
 628         });
 629         coloursMenu.add(radioItem);
 630         bg.add(radioItem);
 631       }
 632     }
 633
 634     viewMenu.add(wire);
 635     viewMenu.add(depth);
 636     viewMenu.add(zbuffer);
 637     viewMenu.add(allchains);
 638   }
 639
 640   JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
 641   JMenu fileMenu = new JMenu();
 642   JMenu coloursMenu = new JMenu();
 643   JMenu saveMenu = new JMenu();
 644   JMenuItem png = new JMenuItem();
 645   JMenuItem eps = new JMenuItem();
 646   JMenuItem mapping = new JMenuItem();
 647   JCheckBoxMenuItem wire = new JCheckBoxMenuItem();
 648   JCheckBoxMenuItem depth = new JCheckBoxMenuItem();
 649   JCheckBoxMenuItem zbuffer = new JCheckBoxMenuItem();
 650   JCheckBoxMenuItem allchains = new JCheckBoxMenuItem();
 651
 652   JRadioButtonMenuItem charge = new JRadioButtonMenuItem();
 653   JRadioButtonMenuItem chain = new JRadioButtonMenuItem();
 654   JRadioButtonMenuItem seqButton = new JRadioButtonMenuItem();
 655   JRadioButtonMenuItem hydro = new JRadioButtonMenuItem();
 656   JRadioButtonMenuItem taylor = new JRadioButtonMenuItem();
 657   JRadioButtonMenuItem zappo = new JRadioButtonMenuItem();
 658   JRadioButtonMenuItem user = new JRadioButtonMenuItem();
 659   JRadioButtonMenuItem buried = new JRadioButtonMenuItem();
 660   JRadioButtonMenuItem turn = new JRadioButtonMenuItem();
 661   JRadioButtonMenuItem strand = new JRadioButtonMenuItem();
 662   JRadioButtonMenuItem helix = new JRadioButtonMenuItem();
 663   JMenu viewMenu = new JMenu();
 664   JMenuItem background = new JMenuItem();
 665   JMenuItem savePDB = new JMenuItem();
 666
 667   /**
 668    * DOCUMENT ME!
 669    *
 670    * @param e DOCUMENT ME!
 671    */
 672   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 673   {
 674     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 675   }
 676
 677   /**
 678    * DOCUMENT ME!
 679    *
 680    * @param e DOCUMENT ME!
 681    */
 682   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 683   {
 684     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 685   }
 686
 687   void makePDBImage(int type)
 688   {
 689     int width = pdbcanvas.getWidth();
 690     int height = pdbcanvas.getHeight();
 691
 692     jalview.util.ImageMaker im;
 693
 694     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 695     {
 696       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 697                                        jalview.util.ImageMaker.PNG,
 698                                        "Make PNG image from view",
 699                                        width, height,
 700                                        null, null);
 701     }
 702     else
 703     {
 704       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 705                                        jalview.util.ImageMaker.EPS,
 706                                        "Make EPS file from view",
 707                                        width, height,
 708                                        null, this.getTitle());
 709     }
 710
 711     if (im.getGraphics() != null)
 712     {
 713       pdbcanvas.drawAll(im.getGraphics(), width, height);
 714       im.writeImage();
 715     }
 716   }
 717
 718   public void charge_actionPerformed(ActionEvent e)
 719   {
 720     pdbcanvas.bysequence = false;
 721     pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
 722     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 723     pdbcanvas.repaint();
 724   }
 725
 726   public void hydro_actionPerformed(ActionEvent e)
 727   {
 728     pdbcanvas.bysequence = false;
 729     pdbcanvas.pdb.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 730     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 731     pdbcanvas.repaint();
 732   }
 733
 734   public void chain_actionPerformed(ActionEvent e)
 735   {
 736     pdbcanvas.bysequence = false;
 737     pdbcanvas.pdb.setChainColours();
 738     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 739     pdbcanvas.repaint();
 740   }
 741
 742   public void zbuffer_actionPerformed(ActionEvent e)
 743   {
 744     pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 745     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 746     pdbcanvas.repaint();
 747   }
 748
 749   public void molecule_actionPerformed(ActionEvent e)
 750   {
 751     pdbcanvas.bymolecule = !pdbcanvas.bymolecule;
 752     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 753     pdbcanvas.repaint();
 754   }
 755
 756   public void depth_actionPerformed(ActionEvent e)
 757   {
 758     pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 759     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 760     pdbcanvas.repaint();
 761   }
 762
 763   public void wire_actionPerformed(ActionEvent e)
 764   {
 765     pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 766     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 767     pdbcanvas.repaint();
 768   }
 769
 770   public void seqButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 771   {
 772     pdbcanvas.bysequence = true;
 773     pdbcanvas.updateSeqColours();
 774   }
 775
 776   public void mapping_actionPerformed(ActionEvent e)
 777   {
 778     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 779   //  Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping", 550, 600);
 780     cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
 781   }
 782
 783   public void allchains_itemStateChanged(ItemEvent e)
 784   {
 785     pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 786   }
 787
 788   void showErrorMessage(String error)
 789   {
 790   //  JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 791   //                                        error, "PDB Viewer Error",
 792   //                                        JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 793   }
 794
 795   public void zappo_actionPerformed(ActionEvent e)
 796   {
 797     pdbcanvas.bysequence = false;
 798     pdbcanvas.pdb.setColours(new ZappoColourScheme());
 799     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 800     pdbcanvas.repaint();
 801   }
 802
 803   public void taylor_actionPerformed(ActionEvent e)
 804   {
 805     pdbcanvas.bysequence = false;
 806     pdbcanvas.pdb.setColours(new TaylorColourScheme());
 807     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 808     pdbcanvas.repaint();
 809   }
 810
 811   public void helix_actionPerformed(ActionEvent e)
 812   {
 813     pdbcanvas.bysequence = false;
 814     pdbcanvas.pdb.setColours(new HelixColourScheme());
 815     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 816     pdbcanvas.repaint();
 817   }
 818
 819   public void strand_actionPerformed(ActionEvent e)
 820   {
 821     pdbcanvas.bysequence = false;
 822     pdbcanvas.pdb.setColours(new StrandColourScheme());
 823     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 824     pdbcanvas.repaint();
 825   }
 826
 827   public void turn_actionPerformed(ActionEvent e)
 828   {
 829     pdbcanvas.bysequence = false;
 830     pdbcanvas.pdb.setColours(new TurnColourScheme());
 831     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 832     pdbcanvas.repaint();
 833   }
 834
 835   public void buried_actionPerformed(ActionEvent e)
 836   {
 837     pdbcanvas.bysequence = false;
 838     pdbcanvas.pdb.setColours(new BuriedColourScheme());
 839     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 840     pdbcanvas.repaint();
 841   }
 842
 843   public void user_actionPerformed(ActionEvent e)
 844   {
 845     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))
 846     {
 847       new UserDefinedColours(pdbcanvas, null);
 848     }
 849     else
 850     {
 851       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.
 852           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());
 853
 854       pdbcanvas.pdb.setColours(udc);
 855       pdbcanvas.redrawneeded = true;
 856       pdbcanvas.repaint();
 857     }
 858   }
 859
 860   public void background_actionPerformed(ActionEvent e)
 861   {
 862     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 863                                                   "Select Background Colour",
 864                                                   pdbcanvas.backgroundColour);
 865
 866     if (col != null)
 867     {
 868       pdbcanvas.backgroundColour = col;
 869       pdbcanvas.redrawneeded = true;
 870       pdbcanvas.repaint();
 871     }
 872   }
 873
 874   public void savePDB_actionPerformed(ActionEvent e)
 875   {
 876     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 877         jalview.bin.Cache.getProperty(
 878             "LAST_DIRECTORY"));
 879
 880     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 881     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 882     chooser.setToolTipText("Save");
 883
 884     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 885
 886     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 887     {
 888       try
 889       {
 890         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(tmpPDBFile));
 891         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 892
 893         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 894         String data;
 895         while ( (data = in.readLine()) != null)
 896         {
 897           if (
 898               ! (data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1)
 899               )
 900           {
 901             out.println(data);
 902           }
 903         }
 904         out.close();
 905       }
 906       catch (Exception ex)
 907       {
 908         ex.printStackTrace();
 909       }
 910     }
 911   }
 912 }