src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.io.FileParse;
  28
  29 public class PDBfile
  30     extends jalview.io.AlignFile
  31 {
  32   public Vector chains;
  33   public String id;
  34
  35   /**
  36    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  37    */
  38   boolean VisibleChainAnnotation=false;
  39   public PDBfile(String inFile, String inType)
  40       throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, inType);
  43   }
  44
  45   public PDBfile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   public String print()
  51   {
  52     return null;
  53   }
  54
  55   public void parse()
  56       throws IOException
  57   {
  58     // TODO set the filename sensibly
  59     id = (inFile==null) ? "PDBFILE" : inFile.getName();
  60     try
  61     {
  62       chains = new Vector();
  63
  64       PDBChain tmpchain;
  65       String line;
  66       boolean modelFlag = false;
  67       boolean terFlag = false;
  68
  69       int index = 0;
  70       while ( (line = nextLine()) != null)
  71       {
  72         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  73         {
  74           id = line.substring(62, 67).trim();
  75           continue;
  76         }
  77         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  78         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  79         {
  80         }
  81
  82         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  83         {
  84           modelFlag = true;
  85         }
  86
  87         if (line.indexOf("TER") == 0)
  88         {
  89           terFlag = true;
  90         }
  91
  92         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  93         {
  94           break;
  95         }
  96         if (line.indexOf("ATOM") == 0
  97             || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag)
  98             )
  99         {
 100           terFlag = false;
 101
 102           //Jalview is only interested in CA bonds????
 103           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
 104           {
 105             continue;
 106           }
 107
 108           Atom tmpatom = new Atom(line);
 109           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 110           if (tmpchain != null)
 111           {
 112             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 113           }
 114           else
 115           {
 116             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 117             chains.addElement(tmpchain);
 118             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 119           }
 120         }
 121         index++;
 122       }
 123
 124       makeResidueList();
 125       makeCaBondList();
 126
 127       if (id == null)
 128       {
 129         id = inFile.getName();
 130       }
 131       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 132       {
 133         SequenceI dataset = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).
 134             sequence;
 135         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 136         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 137         entry.setId(id);
 138         if (inFile != null)
 139         {
 140           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 141         }
 142         dataset.addPDBId(entry);
 143         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects maintain reference to dataset
 144         seqs.addElement(chainseq);
 145         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 146         if (chainannot!=null)
 147         {
 148           for (int ai=0; ai<chainannot.length; ai++)
 149           {
 150             chainannot[ai].visible=VisibleChainAnnotation;
 151             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 152           }
 153         }
 154       }
 155     }
 156     catch (OutOfMemoryError er)
 157     {
 158       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 159       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 160     }
 161   }
 162
 163   public void makeResidueList()
 164   {
 165     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 166     {
 167       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 168     }
 169   }
 170
 171   public void makeCaBondList()
 172   {
 173     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 174     {
 175       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 176     }
 177   }
 178
 179   public PDBChain findChain(String id)
 180   {
 181     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 182     {
 183       if ( ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 184       {
 185         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 186       }
 187     }
 188
 189     return null;
 190   }
 191
 192   public void setChargeColours()
 193   {
 194     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 195     {
 196       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 197     }
 198   }
 199
 200   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 201   {
 202     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 203     {
 204       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 205     }
 206   }
 207
 208   public void setChainColours()
 209   {
 210     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 211     {
 212       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(
 213           Color.getHSBColor(1.0f / (float) i, .4f, 1.0f)
 214           );
 215     }
 216   }
 217 }