src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile {\r
  30     public Vector chains;\r
  31     public String id;\r
  32 \r
  33     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException\r
  34     {\r
  35         super(inFile, inType);\r
  36     }\r
  37 \r
  38     public String print()\r
  39     {\r
  40       return null;\r
  41     }\r
  42 \r
  43     public void parse() throws IOException\r
  44     {\r
  45       try{\r
  46         chains = new Vector();\r
  47 \r
  48         PDBChain tmpchain;\r
  49         String line;\r
  50         boolean modelFlag = false;\r
  51         boolean terFlag = false;\r
  52 \r
  53         int index = 0;\r
  54         while ( (line = nextLine()) != null)\r
  55         {\r
  56           if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  57           {\r
  58             id = line.substring(62, 67).trim();\r
  59             continue;\r
  60           }\r
  61 \r
  62           if (line.indexOf("MODEL") == 0)\r
  63             modelFlag = true;\r
  64 \r
  65           if (line.indexOf("TER") == 0)\r
  66             terFlag = true;\r
  67 \r
  68           if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)\r
  69             break;\r
  70 \r
  71           if (line.indexOf("ATOM") == 0\r
  72               || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag)\r
  73               )\r
  74           {\r
  75             terFlag = false;\r
  76 \r
  77             //Jalview is only interested in CA bonds????\r
  78             if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))\r
  79             {\r
  80               continue;\r
  81             }\r
  82 \r
  83             Atom tmpatom = new Atom(line);\r
  84             tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
  85             if (tmpchain != null)\r
  86             {\r
  87               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  88             }\r
  89             else\r
  90             {\r
  91               tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  92               chains.addElement(tmpchain);\r
  93               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  94             }\r
  95           }\r
  96           index++;\r
  97         }\r
  98 \r
  99         makeResidueList();\r
 100         makeCaBondList();\r
 101 \r
 102         if (id == null)\r
 103         {\r
 104           id = inFile.getName();\r
 105         }\r
 106         for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 107         {\r
 108           SequenceI seq = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).\r
 109               sequence;\r
 110           seq.setName(id + "|" + seq.getName());\r
 111           Sequence dataset = new Sequence(seq.\r
 112                                           getName(),\r
 113                                           seq.getSequence().toString(),\r
 114                                           seq.getStart(), seq.getEnd());\r
 115 \r
 116           PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
 117           entry.setId(id);\r
 118           if (inFile != null)\r
 119             entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());\r
 120 \r
 121           seq.setDatasetSequence(dataset);\r
 122           dataset.addPDBId(entry);\r
 123 \r
 124           getSeqs().addElement(seq);\r
 125         }\r
 126       }catch(OutOfMemoryError er)\r
 127       {\r
 128         System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");\r
 129         throw new IOException("Out of memory loading PDB File");\r
 130       }\r
 131     }\r
 132 \r
 133     public void makeResidueList() {\r
 134         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 135             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 136         }\r
 137     }\r
 138 \r
 139     public void makeCaBondList() {\r
 140         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 141             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 142         }\r
 143     }\r
 144 \r
 145     public PDBChain findChain(String id) {\r
 146         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 147             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 148                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 149             }\r
 150         }\r
 151 \r
 152         return null;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     public void setChargeColours() {\r
 156         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 157             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 158         }\r
 159     }\r
 160 \r
 161     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {\r
 162         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 163             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);\r
 164         }\r
 165     }\r
 166 \r
 167     public void setChainColours()\r
 168     {\r
 169        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 170        {\r
 171             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 172                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 173                 );\r
 174         }\r
 175     }\r
 176 }\r