src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class PDBfile
  29     extends jalview.io.AlignFile
  30 {
  31   public Vector chains;
  32   public String id;
  33
  34   /**
  35    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  36    */
  37   boolean VisibleChainAnnotation=false;
  38   public PDBfile(String inFile, String inType)
  39       throws IOException
  40   {
  41     super(inFile, inType);
  42   }
  43
  44   public String print()
  45   {
  46     return null;
  47   }
  48
  49   public void parse()
  50       throws IOException
  51   {
  52     // TODO set the filename sensibly
  53     id = (inFile==null) ? "PDBFILE" : inFile.getName();
  54     try
  55     {
  56       chains = new Vector();
  57
  58       PDBChain tmpchain;
  59       String line;
  60       boolean modelFlag = false;
  61       boolean terFlag = false;
  62
  63       int index = 0;
  64       while ( (line = nextLine()) != null)
  65       {
  66         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  67         {
  68           id = line.substring(62, 67).trim();
  69           continue;
  70         }
  71         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
  72         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
  73         {
  74         }
  75
  76         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
  77         {
  78           modelFlag = true;
  79         }
  80
  81         if (line.indexOf("TER") == 0)
  82         {
  83           terFlag = true;
  84         }
  85
  86         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
  87         {
  88           break;
  89         }
  90         if (line.indexOf("ATOM") == 0
  91             || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag)
  92             )
  93         {
  94           terFlag = false;
  95
  96           //Jalview is only interested in CA bonds????
  97           if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
  98           {
  99             continue;
 100           }
 101
 102           Atom tmpatom = new Atom(line);
 103           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 104           if (tmpchain != null)
 105           {
 106             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 107           }
 108           else
 109           {
 110             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 111             chains.addElement(tmpchain);
 112             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 113           }
 114         }
 115         index++;
 116       }
 117
 118       makeResidueList();
 119       makeCaBondList();
 120
 121       if (id == null)
 122       {
 123         id = inFile.getName();
 124       }
 125       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 126       {
 127         SequenceI dataset = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).
 128             sequence;
 129         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 130         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 131         entry.setId(id);
 132         if (inFile != null)
 133         {
 134           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 135         }
 136         dataset.addPDBId(entry);
 137         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects maintain reference to dataset
 138         seqs.addElement(chainseq);
 139         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 140         if (chainannot!=null)
 141         {
 142           for (int ai=0; ai<chainannot.length; ai++)
 143           {
 144             chainannot[ai].visible=VisibleChainAnnotation;
 145             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 146           }
 147         }
 148       }
 149     }
 150     catch (OutOfMemoryError er)
 151     {
 152       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 153       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 154     }
 155   }
 156
 157   public void makeResidueList()
 158   {
 159     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 160     {
 161       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 162     }
 163   }
 164
 165   public void makeCaBondList()
 166   {
 167     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 168     {
 169       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 170     }
 171   }
 172
 173   public PDBChain findChain(String id)
 174   {
 175     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 176     {
 177       if ( ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 178       {
 179         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 180       }
 181     }
 182
 183     return null;
 184   }
 185
 186   public void setChargeColours()
 187   {
 188     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 189     {
 190       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 191     }
 192   }
 193
 194   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 195   {
 196     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 197     {
 198       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 199     }
 200   }
 201
 202   public void setChainColours()
 203   {
 204     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 205     {
 206       ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(
 207           Color.getHSBColor(1.0f / (float) i, .4f, 1.0f)
 208           );
 209     }
 210   }
 211 }