src/MCview/Residue.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 public class Residue\r
  24 {\r
  25   Vector atoms = new Vector();\r
  26   int number;\r
  27   int count;\r
  28   int seqnumber;\r
  29 \r
  30   public Residue(Vector atoms, int number, int count)\r
  31   {\r
  32     this.atoms = atoms;\r
  33     this.number = number;\r
  34     this.count = count;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public Atom findAtom(String name)\r
  38   {\r
  39     for (int i = 0; i < atoms.size(); i++)\r
  40     {\r
  41       if ( ( (Atom) atoms.elementAt(i)).name.equals(name))\r
  42       {\r
  43         return (Atom) atoms.elementAt(i);\r
  44       }\r
  45     }\r
  46 \r
  47     return null;\r
  48   }\r
  49 }\r