src/MCview/rotCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class rotCanvas extends JPanel implements KeyListener, MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean depthcue = true;\r
  57     boolean wire = false;\r
  58     boolean bymolecule = false;\r
  59     boolean zbuffer = true;\r
  60     boolean dragging;\r
  61     int xstart;\r
  62     int xend;\r
  63     int ystart;\r
  64     int yend;\r
  65     int xmid;\r
  66     int ymid;\r
  67     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  68 \r
  69     public rotCanvas(PDBfile pdb, Sequence sequence,\r
  70         jalview.gui.AlignViewport av) throws IOException {\r
  71         int max = -10;\r
  72         int maxchain = -1;\r
  73         int pdbstart = 0;\r
  74         int pdbend = 0;\r
  75         int seqstart = 0;\r
  76         int seqend = 0;\r
  77 \r
  78         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  79             // Now lets compare the sequences to get\r
  80             // the start and end points.\r
  81             java.util.StringTokenizer str = new java.util.StringTokenizer(sequence.getSequence(),\r
  82                     ".");\r
  83             String newString = "";\r
  84 \r
  85             while (str.hasMoreTokens()) {\r
  86                 newString += str.nextToken();\r
  87             }\r
  88 \r
  89             // Align the sequence to the pdb\r
  90             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
  91                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
  92             as.calcScoreMatrix();\r
  93             as.traceAlignment();\r
  94             as.printAlignment();\r
  95 \r
  96             if (as.maxscore > max) {\r
  97                 max = as.maxscore;\r
  98                 maxchain = i;\r
  99 \r
 100                 pdbstart = as.seq2start;\r
 101                 pdbend = as.seq2end;\r
 102                 seqstart = as.seq1start - 1;\r
 103                 seqend = as.seq1end - 1;\r
 104             }\r
 105 \r
 106             System.out.println("PDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
 107             System.out.println("SEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
 108         }\r
 109 \r
 110         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 111         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 112         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 113         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 114         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 115         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 116         ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).colourBySequence(av,\r
 117             sequence);\r
 118 \r
 119         this.pdb = pdb;\r
 120         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 121 \r
 122         //Initialize the matrices to identity\r
 123         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 124             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 125                 if (i != j) {\r
 126                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 127                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 128                 } else {\r
 129                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 130                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 131                 }\r
 132             }\r
 133         }\r
 134 \r
 135         addMouseMotionListener(this);\r
 136         addMouseListener(this);\r
 137         addKeyListener(this);\r
 138 \r
 139         addPDBfile();\r
 140         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 141     }\r
 142 \r
 143     public void addPDBfile() {\r
 144         findCentre();\r
 145         findWidth();\r
 146 \r
 147         scale = findScale();\r
 148 \r
 149         System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
 150     }\r
 151 \r
 152     public void deleteBonds() {\r
 153         scale = 0;\r
 154         maxwidth = 0;\r
 155 \r
 156         width[0] = 0;\r
 157         width[1] = 0;\r
 158         width[2] = 0;\r
 159 \r
 160         centre[0] = 0;\r
 161         centre[1] = 0;\r
 162         centre[2] = 0;\r
 163 \r
 164         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 165             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 166         }\r
 167     }\r
 168 \r
 169     public void findWidth() {\r
 170         float[] max = new float[3];\r
 171         float[] min = new float[3];\r
 172 \r
 173         max[0] = (float) -1e30;\r
 174         max[1] = (float) -1e30;\r
 175         max[2] = (float) -1e30;\r
 176 \r
 177         min[0] = (float) 1e30;\r
 178         min[1] = (float) 1e30;\r
 179         min[2] = (float) 1e30;\r
 180 \r
 181         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 182             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 183                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 184 \r
 185                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 186                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 187 \r
 188                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 189                         max[0] = tmp.start[0];\r
 190                     }\r
 191 \r
 192                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 193                         max[1] = tmp.start[1];\r
 194                     }\r
 195 \r
 196                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 197                         max[2] = tmp.start[2];\r
 198                     }\r
 199 \r
 200                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 201                         min[0] = tmp.start[0];\r
 202                     }\r
 203 \r
 204                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 205                         min[1] = tmp.start[1];\r
 206                     }\r
 207 \r
 208                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 209                         min[2] = tmp.start[2];\r
 210                     }\r
 211 \r
 212                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 213                         max[0] = tmp.end[0];\r
 214                     }\r
 215 \r
 216                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 217                         max[1] = tmp.end[1];\r
 218                     }\r
 219 \r
 220                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 221                         max[2] = tmp.end[2];\r
 222                     }\r
 223 \r
 224                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 225                         min[0] = tmp.end[0];\r
 226                     }\r
 227 \r
 228                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 229                         min[1] = tmp.end[1];\r
 230                     }\r
 231 \r
 232                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 233                         min[2] = tmp.end[2];\r
 234                     }\r
 235                 }\r
 236             }\r
 237         }\r
 238 \r
 239         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 240         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 241         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 242 \r
 243         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 244         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 245         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 246 \r
 247         maxwidth = width[0];\r
 248 \r
 249         if (width[1] > width[0]) {\r
 250             maxwidth = width[1];\r
 251         }\r
 252 \r
 253         if (width[2] > width[1]) {\r
 254             maxwidth = width[2];\r
 255         }\r
 256 \r
 257         System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 258     }\r
 259 \r
 260     public float findScale() {\r
 261         int dim;\r
 262         int width;\r
 263         int height;\r
 264 \r
 265         if (getWidth() != 0) {\r
 266             width = getWidth();\r
 267             height = getHeight();\r
 268         } else {\r
 269             width = prefsize.width;\r
 270             height = prefsize.height;\r
 271         }\r
 272 \r
 273         if (width < height) {\r
 274             dim = width;\r
 275         } else {\r
 276             dim = height;\r
 277         }\r
 278 \r
 279         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 280     }\r
 281 \r
 282     public void findCentre() {\r
 283         float xtot = 0;\r
 284         float ytot = 0;\r
 285         float ztot = 0;\r
 286 \r
 287         int bsize = 0;\r
 288 \r
 289         //Find centre coordinate\r
 290         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 291             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 292                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 293 \r
 294                 bsize += bonds.size();\r
 295 \r
 296                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 297                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 298                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 299 \r
 300                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 301                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 302 \r
 303                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 304                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 305                 }\r
 306             }\r
 307         }\r
 308 \r
 309         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 310         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 311         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 312     }\r
 313 \r
 314     public void paint(Graphics g) {\r
 315         //Only create the image at the beginning -\r
 316         //this saves much memory usage\r
 317         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 318                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 319             prefsize.width = getWidth();\r
 320             prefsize.height = getHeight();\r
 321 \r
 322             scale = findScale();\r
 323             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 324             ig = img.getGraphics();\r
 325 \r
 326             redrawneeded = true;\r
 327         }\r
 328 \r
 329         if (redrawneeded == true) {\r
 330             drawBackground(ig, Color.black);\r
 331             drawScene(ig);\r
 332             redrawneeded = false;\r
 333         } else {\r
 334             ig = img.getGraphics();\r
 335         }\r
 336 \r
 337         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 338     }\r
 339 \r
 340     public void drawBackground(Graphics g, Color col) {\r
 341         g.setColor(col);\r
 342         g.fillRect(0, 0, prefsize.width, prefsize.height);\r
 343     }\r
 344 \r
 345     public void drawScene(Graphics g) {\r
 346         // Sort the bonds by z coord\r
 347         Vector bonds = new Vector();\r
 348 \r
 349         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 350             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 351                 Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 352 \r
 353                 for (int i = 0; i < tmp.size(); i++) {\r
 354                     bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 355                 }\r
 356             }\r
 357         }\r
 358 \r
 359         if (zbuffer) {\r
 360             Zsort.Zsort(bonds);\r
 361         }\r
 362 \r
 363         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 364             Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 365 \r
 366             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 367                 (getWidth() / 2));\r
 368             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 369                 (getHeight() / 2));\r
 370 \r
 371             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 372                 (getWidth() / 2));\r
 373             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 374                 (getHeight() / 2));\r
 375 \r
 376             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 377             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 378 \r
 379             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 380                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 381                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 382                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 383 \r
 384                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 385                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 386                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 387                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 388                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 389 \r
 390                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 391                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 392                 } else {\r
 393                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 394                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 395 \r
 396                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 397                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 398                 }\r
 399             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 400                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 401                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 402                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 403                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 404                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 405                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 406                 } else {\r
 407                     g.setColor(Color.green);\r
 408                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 409                 }\r
 410             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 411                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 412                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 413                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 414                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 415             } else {\r
 416                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 417             }\r
 418         }\r
 419     }\r
 420 \r
 421     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 422         if (!wire) {\r
 423             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 424                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 425                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 426                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 427             } else {\r
 428                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 429                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 430                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 431                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 432             }\r
 433         } else {\r
 434             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 435         }\r
 436     }\r
 437 \r
 438     public Dimension minimumsize() {\r
 439         return prefsize;\r
 440     }\r
 441 \r
 442     public Dimension preferredsize() {\r
 443         return prefsize;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     public void keyTyped(KeyEvent evt) {\r
 447     }\r
 448 \r
 449     public void keyReleased(KeyEvent evt) {\r
 450     }\r
 451 \r
 452     public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 453         int key = evt.getKeyChar();\r
 454 \r
 455         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP) {\r
 456             scale = (float) (scale * 1.1);\r
 457             redrawneeded = true;\r
 458             repaint();\r
 459         } else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN) {\r
 460             scale = (float) (scale * 0.9);\r
 461             redrawneeded = true;\r
 462             repaint();\r
 463         } else if (key == 'w') {\r
 464             wire = !wire;\r
 465             System.out.println("wireframe " + wire);\r
 466             redrawneeded = true;\r
 467             repaint();\r
 468         } else if (key == 'd') {\r
 469             depthcue = !depthcue;\r
 470             System.out.println("Depth cueing is " + depthcue);\r
 471             redrawneeded = true;\r
 472             repaint();\r
 473         } else if (key == 'm') {\r
 474             bymolecule = !bymolecule;\r
 475             System.out.println("Bymolecule is " + bymolecule);\r
 476             redrawneeded = true;\r
 477             repaint();\r
 478         } else if (key == 'z') {\r
 479             zbuffer = !zbuffer;\r
 480             System.out.println("Z buffering is " + zbuffer);\r
 481             redrawneeded = true;\r
 482             repaint();\r
 483         } else if (key == 'c') {\r
 484             bymolecule = false;\r
 485             pdb.setChainColours();\r
 486             System.out.println("Colouring by chain");\r
 487             redrawneeded = true;\r
 488             repaint();\r
 489         } else if (key == 'h') {\r
 490             bymolecule = false;\r
 491             pdb.setHydrophobicityColours();\r
 492             System.out.println("Colouring by hydrophobicity");\r
 493             redrawneeded = true;\r
 494             repaint();\r
 495         } else if (key == 'q') {\r
 496             bymolecule = false;\r
 497             pdb.setChargeColours();\r
 498             System.out.println("Colouring charges and cysteines");\r
 499             redrawneeded = true;\r
 500             repaint();\r
 501         }\r
 502 \r
 503         return;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 507         mx = e.getX();\r
 508         my = e.getY();\r
 509         omx = mx;\r
 510         omy = my;\r
 511         dragging = false;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 515         myAtom fatom = null;\r
 516 \r
 517         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 518             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 519 \r
 520             if (chain.isVisible) {\r
 521                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 522 \r
 523                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 524                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 525                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 526                         (getWidth() / 2));\r
 527 \r
 528                     if (Math.abs(truex - e.getX()) <= 2) {\r
 529                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 530                             (getHeight() / 2));\r
 531 \r
 532                         if (Math.abs(truey - e.getY()) <= 2) {\r
 533                             fatom = tmpBond.at1;\r
 534                         }\r
 535                     }\r
 536                 }\r
 537             }\r
 538         }\r
 539 \r
 540         if (fatom != null) {\r
 541             this.setToolTipText(fatom.resName);\r
 542         } else {\r
 543             this.setToolTipText(null);\r
 544         }\r
 545     }\r
 546 \r
 547     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 548     }\r
 549 \r
 550     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 551     }\r
 552 \r
 553     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 554     }\r
 555 \r
 556     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 557         int x = evt.getX();\r
 558         int y = evt.getY();\r
 559         mx = x;\r
 560         my = y;\r
 561 \r
 562         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 563         objmat.setIdentity();\r
 564 \r
 565         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 566             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 567         } else {\r
 568             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 569             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 570         }\r
 571 \r
 572         //Alter the bonds\r
 573         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 574             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 575 \r
 576             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 577                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 578 \r
 579                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 580                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 581 \r
 582                 //Now apply the rotation matrix\r
 583                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 584                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 585 \r
 586                 //Now translate back again\r
 587                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 588             }\r
 589         }\r
 590 \r
 591         objmat = null;\r
 592 \r
 593         omx = mx;\r
 594         omy = my;\r
 595 \r
 596         redrawneeded = true;\r
 597 \r
 598         paint(this.getGraphics());\r
 599 \r
 600         dragging = true;\r
 601 \r
 602         return;\r
 603     }\r
 604 \r
 605     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 606         int x = evt.getX();\r
 607         int y = evt.getY();\r
 608 \r
 609         if (!dragging) {\r
 610             myAtom tmp = findAtom(x, y);\r
 611         }\r
 612 \r
 613         drawLabels();\r
 614 \r
 615         return;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public void drawLabels() {\r
 619         redrawneeded = true;\r
 620         paint(this.getGraphics());\r
 621 \r
 622         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 623             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 624 \r
 625             if (chain.isVisible) {\r
 626                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 627 \r
 628                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 629                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 630 \r
 631                     if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 632                         labelAtom(img.getGraphics(), tmpBond, 1);\r
 633                     }\r
 634 \r
 635                     if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 636                         labelAtom(img.getGraphics(), tmpBond, 2);\r
 637                     }\r
 638                 }\r
 639             }\r
 640         }\r
 641 \r
 642         this.getGraphics().drawImage(img, 0, 0, this);\r
 643 \r
 644         dragging = false;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 648         g.setFont(font);\r
 649 \r
 650         if (n == 1) {\r
 651             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 652                 (getWidth() / 2));\r
 653             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 654                 (getHeight() / 2));\r
 655 \r
 656             g.setColor(Color.red);\r
 657             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 658         }\r
 659 \r
 660         if (n == 2) {\r
 661             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 662                 (getWidth() / 2));\r
 663             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 664                 (getHeight() / 2));\r
 665 \r
 666             g.setColor(Color.red);\r
 667             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 668         }\r
 669     }\r
 670 \r
 671     public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 672         myAtom fatom = null;\r
 673 \r
 674         int foundchain = -1;\r
 675 \r
 676         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 677             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 678 \r
 679             if (chain.isVisible) {\r
 680                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 681 \r
 682                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 683                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 684 \r
 685                     int truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 686                         (getWidth() / 2));\r
 687 \r
 688                     if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 689                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 690                             (getHeight() / 2));\r
 691 \r
 692                         if (Math.abs(truey - y) <= 2) {\r
 693                             System.out.println("Found match");\r
 694                             System.out.println(x + " " + y);\r
 695                             System.out.println(truex + " " + truey);\r
 696                             System.out.println(tmpBond.start[0] + " " +\r
 697                                 tmpBond.start[1]);\r
 698                             System.out.println("Atom 1 = " +\r
 699                                 tmpBond.at1.resName + " " +\r
 700                                 tmpBond.at1.resNumber + " " +\r
 701                                 tmpBond.at1.chain);\r
 702                             fatom = tmpBond.at1;\r
 703                             fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 704                             foundchain = ii;\r
 705                         }\r
 706                     }\r
 707                 }\r
 708             }\r
 709 \r
 710             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 711              {\r
 712                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 713 \r
 714                 // SMJS TODO\r
 715                 // int tmp = chain.ds.seqstart + fatom.resNumber - chain.offset;\r
 716                 // int pos = chain.ds.findIndex(tmp);\r
 717                 // System.out.println("Found seq " + chain.ds.name + " "  + tmp + " " + pos);\r
 718             }\r
 719         }\r
 720 \r
 721         return fatom;\r
 722     }\r
 723 \r
 724     public void update(Graphics g) {\r
 725         paint(g);\r
 726     }\r
 727 }\r