src/MCview/rotCanvas.java

   1 package MCview;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import java.io.*;\r
   7 import javax.swing.*;\r
   8 \r
   9 public class rotCanvas extends JPanel implements KeyListener,\r
  10                                                  MouseListener,\r
  11                                                  MouseMotionListener {\r
  12   MCMatrix  idmat  = new MCMatrix(3,3);\r
  13   MCMatrix  objmat = new MCMatrix(3,3);\r
  14 \r
  15   boolean redrawneeded =true;\r
  16 \r
  17   int omx = 0;\r
  18   int mx = 0;\r
  19   int omy = 0;\r
  20   int my = 0;\r
  21 \r
  22   public PDBfile pdb;\r
  23 \r
  24   int bsize;\r
  25 \r
  26   Image img;\r
  27   Graphics ig;\r
  28 \r
  29   Dimension prefsize;\r
  30 \r
  31   float centre[] = new float[3];\r
  32   float width[]  = new float[3];\r
  33 \r
  34   float maxwidth;\r
  35   float scale;\r
  36 \r
  37   String inStr;\r
  38   String inType;\r
  39 \r
  40   boolean depthcue   = true;\r
  41   boolean wire       = false;\r
  42   boolean bymolecule = false;\r
  43   boolean zbuffer    = true;\r
  44 \r
  45   boolean dragging;\r
  46 \r
  47   int xstart;\r
  48   int xend;\r
  49   int ystart;\r
  50   int yend;\r
  51   int xmid;\r
  52   int ymid;\r
  53 \r
  54   Font font = new Font("Helvetica",Font.PLAIN,10);\r
  55 \r
  56   public rotCanvas(PDBfile pdb) throws IOException {\r
  57 \r
  58     this.pdb      = pdb;\r
  59     this.prefsize = new Dimension( getWidth(), getHeight());\r
  60 \r
  61     //Initialize the matrices to identity\r
  62 \r
  63     for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
  64       for (int j = 0; j < 3 ; j++) {\r
  65         if (i != j) {\r
  66           idmat.addElement(i,j,0);\r
  67           objmat.addElement(i,j,0);\r
  68         } else {\r
  69           idmat.addElement(i,j,1);\r
  70           objmat.addElement(i,j,1);\r
  71         }\r
  72       }\r
  73     }\r
  74 \r
  75     addMouseMotionListener(this);\r
  76     addMouseListener(this);\r
  77     addKeyListener(this);\r
  78 \r
  79     addPDBfile();\r
  80     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81 \r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void addPDBfile() {\r
  85     findCentre();\r
  86     findWidth();\r
  87 \r
  88     scale = findScale();\r
  89 \r
  90     System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public void deleteBonds() {\r
  94     scale     = 0;\r
  95     maxwidth  = 0;\r
  96 \r
  97     width[0] = 0;\r
  98     width[1] = 0;\r
  99     width[2] = 0;\r
 100 \r
 101     centre[0] = 0;\r
 102     centre[1] = 0;\r
 103     centre[2] = 0;\r
 104 \r
 105     for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 106       ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 107     }\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void findWidth() {\r
 111     float max[] = new float[3];\r
 112     float min[] = new float[3];\r
 113 \r
 114     max[0] = (float)-1e30;\r
 115     max[1] = (float)-1e30;\r
 116     max[2] = (float)-1e30;\r
 117 \r
 118     min[0] = (float)1e30;\r
 119     min[1] = (float)1e30;\r
 120     min[2] = (float)1e30;\r
 121 \r
 122     for (int ii=0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 123       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 124 \r
 125         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 126 \r
 127         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 128           Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 129 \r
 130           if (tmp.start[0] >= max[0])\r
 131             max[0] = tmp.start[0];\r
 132           if (tmp.start[1] >= max[1])\r
 133             max[1] = tmp.start[1];\r
 134           if (tmp.start[2] >= max[2])\r
 135             max[2] = tmp.start[2];\r
 136           if (tmp.start[0] <= min[0])\r
 137             min[0] = tmp.start[0];\r
 138           if (tmp.start[1] <= min[1])\r
 139             min[1] = tmp.start[1];\r
 140           if (tmp.start[2] <= min[2])\r
 141             min[2] = tmp.start[2];\r
 142 \r
 143           if (tmp.end[0] >= max[0])\r
 144             max[0] = tmp.end[0];\r
 145           if (tmp.end[1] >= max[1])\r
 146             max[1] = tmp.end[1];\r
 147           if (tmp.end[2] >= max[2])\r
 148             max[2] = tmp.end[2];\r
 149           if (tmp.end[0] <= min[0])\r
 150             min[0] = tmp.end[0];\r
 151           if (tmp.end[1] <= min[1])\r
 152             min[1] = tmp.end[1];\r
 153           if (tmp.end[2] <= min[2])\r
 154             min[2] = tmp.end[2];\r
 155         }\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 160     System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 161     System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 162 \r
 163     width[0] = (float)Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 164     width[1] = (float)Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 165     width[2] = (float)Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 166 \r
 167     maxwidth = width[0];\r
 168 \r
 169     if (width[1] > width[0])\r
 170       maxwidth = width[1];\r
 171     if (width[2] > width[1])\r
 172       maxwidth = width[2];\r
 173 \r
 174     System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public float findScale() {\r
 178     int dim, width, height;\r
 179 \r
 180     if ( getWidth() != 0) {\r
 181       width  = getWidth();\r
 182       height = getHeight();\r
 183 \r
 184     } else {\r
 185       width  = prefsize.width;\r
 186       height = prefsize.height;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     if (width < height) {\r
 190       dim = width;\r
 191     } else {\r
 192       dim = height;\r
 193     }\r
 194 \r
 195     return (float)(dim/(1.5d*maxwidth));\r
 196   }\r
 197 \r
 198 \r
 199 \r
 200   public void findCentre() {\r
 201     float xtot = 0;\r
 202     float ytot = 0;\r
 203     float ztot = 0;\r
 204 \r
 205     int bsize  = 0;\r
 206     //Find centre coordinate\r
 207 \r
 208     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 209       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 210 \r
 211         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 212 \r
 213         bsize += bonds.size();\r
 214 \r
 215         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 216 \r
 217           xtot = xtot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 218                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 219 \r
 220           ytot = ytot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 221                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 222 \r
 223           ztot = ztot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 224                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 225         }\r
 226       }\r
 227     }\r
 228 \r
 229     centre[0] = xtot / (2 * (float)bsize);\r
 230     centre[1] = ytot / (2 * (float)bsize);\r
 231     centre[2] = ztot / (2 * (float)bsize);\r
 232   }\r
 233 \r
 234   public void paintComponent(Graphics g) {\r
 235     //Only create the image at the beginning -\r
 236     //this saves much memory usage\r
 237     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) || (prefsize.height != getHeight())) {\r
 238       prefsize.width  = getWidth();\r
 239       prefsize.height = getHeight();\r
 240 \r
 241       scale = findScale();\r
 242       img   = createImage(prefsize.width,prefsize.height);\r
 243       ig    = img.getGraphics();\r
 244 \r
 245       redrawneeded = true;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     if (redrawneeded == true) {\r
 249       drawBackground(ig,Color.black);\r
 250       drawScene(ig);\r
 251       redrawneeded = false;\r
 252     } else {\r
 253       ig = img.getGraphics();\r
 254     }\r
 255 \r
 256     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 257   }\r
 258 \r
 259   public void drawBackground(Graphics g, Color col) {\r
 260     g.setColor(col);\r
 261     g.fillRect(0,0,prefsize.width,prefsize.height);\r
 262   }\r
 263 \r
 264 \r
 265   public void drawScene(Graphics g) {\r
 266     // Sort the bonds by z coord\r
 267 \r
 268     Vector bonds = new Vector();\r
 269 \r
 270 \r
 271     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 272       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 273 \r
 274         Vector tmp = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 275 \r
 276         for (int i=0; i < tmp.size(); i++) {\r
 277           bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 278         }\r
 279       }\r
 280     }\r
 281 \r
 282     if (zbuffer) {\r
 283       Zsort.Zsort(bonds);\r
 284     }\r
 285 \r
 286     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 287       Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 288 \r
 289       xstart = (int)((tmpBond.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 290       ystart = (int)((tmpBond.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 291 \r
 292       xend = (int)((tmpBond.end[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 293       yend = (int)((tmpBond.end[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 294 \r
 295       xmid = (xend+xstart)/2;\r
 296       ymid = (yend+ystart)/2;\r
 297 \r
 298 \r
 299       if (depthcue && !bymolecule) {\r
 300 \r
 301         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - maxwidth/6))  {\r
 302           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 303           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 304 \r
 305           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 306           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 307         } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2]+maxwidth/6)) {\r
 308           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 309           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 310 \r
 311           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 312           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 313         } else {\r
 314           g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 315           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 316 \r
 317           g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 318           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 319         }\r
 320       } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 321         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - maxwidth/6))  {\r
 322           g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 323           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 324 \r
 325         } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2]+maxwidth/6)) {\r
 326           g.setColor(Color.green.darker());\r
 327           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 328 \r
 329         } else {\r
 330           g.setColor(Color.green);\r
 331           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 332 \r
 333         }\r
 334       } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 335         g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 336         drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 337         g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 338         drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 339 \r
 340       } else {\r
 341         drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 342       }\r
 343     }\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 347     if (!wire) {\r
 348 \r
 349       if (((float)Math.abs(y2-y1)/(float)Math.abs(x2-x1)) < 0.5) {\r
 350 \r
 351         g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 352         g.drawLine(x1+1,y1+1,x2+1,y2+1);\r
 353         g.drawLine(x1,y1-1,x2,y2-1);\r
 354       } else {\r
 355         g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 356         g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 357         g.drawLine(x1+1,y1,x2+1,y2);\r
 358         g.drawLine(x1-1,y1,x2-1,y2);\r
 359 \r
 360       }\r
 361     } else {\r
 362       g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 363     }\r
 364   }\r
 365 \r
 366   public Dimension minimumsize() {\r
 367     return prefsize;\r
 368   }\r
 369   public Dimension preferredsize() {\r
 370     return prefsize;\r
 371   }\r
 372 \r
 373   public void keyTyped(KeyEvent evt) { }\r
 374   public void keyReleased(KeyEvent evt) { }\r
 375   public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 376     int key = evt.getKeyChar();\r
 377 \r
 378     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP) {\r
 379       scale        = (float)(scale * 1.1);\r
 380       redrawneeded = true;\r
 381       repaint();\r
 382 \r
 383     } else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN) {\r
 384       scale        = (float)(scale * 0.9);\r
 385       redrawneeded = true;\r
 386       repaint();\r
 387 \r
 388     } else if (key == 'w') {\r
 389 \r
 390       wire = !wire;\r
 391       System.out.println("wireframe " + wire);\r
 392       redrawneeded = true;\r
 393       repaint();\r
 394 \r
 395     } else if (key == 'd') {\r
 396       depthcue = !depthcue;\r
 397       System.out.println("Depth cueing is " + depthcue);\r
 398       redrawneeded = true;\r
 399       repaint();\r
 400 \r
 401     } else if (key == 'm') {\r
 402       bymolecule = !bymolecule;\r
 403       System.out.println("Bymolecule is " + bymolecule);\r
 404       redrawneeded = true;\r
 405       repaint();\r
 406 \r
 407     } else if (key == 'z') {\r
 408       zbuffer = !zbuffer;\r
 409       System.out.println("Z buffering is " + zbuffer);\r
 410       redrawneeded = true;\r
 411       repaint();\r
 412 \r
 413     } else if (key == 'c') {\r
 414       bymolecule = false;\r
 415       pdb.setChainColours();\r
 416       System.out.println("Colouring by chain");\r
 417       redrawneeded = true;\r
 418       repaint();\r
 419 \r
 420     } else if (key == 'h') {\r
 421       bymolecule = false;\r
 422       pdb.setHydrophobicityColours();\r
 423       System.out.println("Colouring by hydrophobicity");\r
 424       redrawneeded = true;\r
 425       repaint();\r
 426 \r
 427     } else if (key == 'q') {\r
 428       bymolecule = false;\r
 429       pdb.setChargeColours();\r
 430       System.out.println("Colouring charges and cysteines");\r
 431       redrawneeded = true;\r
 432       repaint();\r
 433 \r
 434     }\r
 435     return;\r
 436   }\r
 437 \r
 438   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 439   {\r
 440 \r
 441       mx = e.getX();\r
 442       my = e.getY();\r
 443       omx = mx;\r
 444       omy = my;\r
 445       dragging = false;\r
 446 }\r
 447 \r
 448   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 449   {\r
 450     myAtom fatom = null;\r
 451     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 452     {\r
 453 \r
 454       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 455       if (chain.isVisible)\r
 456       {\r
 457         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 458         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 459         {\r
 460           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 461           int truex = (int) ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale +\r
 462                              getWidth() / 2);\r
 463           if (Math.abs(truex - e.getX()) <= 2)\r
 464           {\r
 465             int truey = (int) ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale +\r
 466                                getHeight() / 2);\r
 467             if (Math.abs(truey - e.getY()) <= 2)\r
 468               fatom = tmpBond.at1;\r
 469           }\r
 470         }\r
 471       }\r
 472     }\r
 473     if(fatom!=null)\r
 474      {\r
 475        this.setToolTipText(fatom.resName);\r
 476        System.out.println(fatom.resName);\r
 477      }\r
 478      else\r
 479         this.setToolTipText(null);\r
 480   }\r
 481 \r
 482   public void mouseClicked(MouseEvent e) { }\r
 483   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 484   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 485 \r
 486   public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 487     int x = evt.getX();\r
 488     int y = evt.getY();\r
 489     mx = x;\r
 490     my = y;\r
 491 \r
 492     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3,3);\r
 493     objmat.setIdentity();\r
 494 \r
 495     if ((evt.getModifiers()  & Event.META_MASK) != 0) {\r
 496       objmat.rotatez((float)((mx-omx)));\r
 497     } else {\r
 498       objmat.rotatex((float)((my-omy)));\r
 499       objmat.rotatey((float)((omx-mx)));\r
 500     }\r
 501 \r
 502     //Alter the bonds\r
 503     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 504       Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 505 \r
 506       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 507 \r
 508         Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 509 \r
 510         //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 511         tmpBond.translate(-centre[0],-centre[1],-centre[2]);\r
 512 \r
 513         //Now apply the rotation matrix\r
 514         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 515         tmpBond.end   = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 516 \r
 517         //Now translate back again\r
 518         tmpBond.translate(centre[0],centre[1],centre[2]);\r
 519       }\r
 520     }\r
 521 \r
 522     objmat = null;\r
 523 \r
 524     omx    = mx;\r
 525     omy    = my;\r
 526 \r
 527     redrawneeded = true;\r
 528 \r
 529     paint(this.getGraphics());\r
 530 \r
 531     dragging = true;\r
 532     return;\r
 533   }\r
 534 \r
 535   public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 536     int x = evt.getX();\r
 537     int y = evt.getY();\r
 538 \r
 539     if (!dragging) {\r
 540       myAtom tmp = findAtom(x,y);\r
 541     }\r
 542     drawLabels();\r
 543     return;\r
 544   }\r
 545 \r
 546   public void drawLabels() {\r
 547     redrawneeded = true;\r
 548     paint(this.getGraphics());\r
 549 \r
 550     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 551 \r
 552       PDBChain chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii);\r
 553 \r
 554       if (chain.isVisible) {\r
 555 \r
 556         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 557 \r
 558         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 559           Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 560 \r
 561           if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 562             labelAtom(img.getGraphics(),tmpBond,1);\r
 563           }\r
 564 \r
 565           if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 566             labelAtom(img.getGraphics(),tmpBond,2);\r
 567           }\r
 568 \r
 569         }\r
 570       }\r
 571     }\r
 572 \r
 573     this.getGraphics().drawImage(img,0,0,this);\r
 574 \r
 575     dragging = false;\r
 576 \r
 577   }\r
 578 \r
 579   public void labelAtom(Graphics g,Bond b, int n) {\r
 580 \r
 581     g.setFont(font);\r
 582 \r
 583     if (n ==1) {\r
 584 \r
 585       int xstart = (int)((b.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 586       int ystart = (int)((b.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 587 \r
 588       g.setColor(Color.red);\r
 589       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber,xstart,ystart);\r
 590     }\r
 591 \r
 592     if (n ==2) {\r
 593 \r
 594       int xstart = (int)((b.end[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 595       int ystart = (int)((b.end[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 596 \r
 597       g.setColor(Color.red);\r
 598       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber,xstart,ystart);\r
 599     }\r
 600   }\r
 601 \r
 602 \r
 603   public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 604     myAtom fatom = null;\r
 605 \r
 606     int foundchain = -1;\r
 607 \r
 608     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 609 \r
 610       PDBChain chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii);\r
 611 \r
 612       if (chain.isVisible) {\r
 613 \r
 614         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 615 \r
 616         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 617           Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 618 \r
 619           int truex = (int)((tmpBond.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 620 \r
 621           if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 622 \r
 623             int truey = (int)((tmpBond.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 624 \r
 625             if (Math.abs(truey - y) <= 2) {\r
 626 \r
 627               System.out.println("Found match");\r
 628               System.out.println(x + " " + y);\r
 629               System.out.println(truex + " " + truey);\r
 630               System.out.println(tmpBond.start[0] + " " + tmpBond.start[1]);\r
 631               System.out.println("Atom 1 = " + tmpBond.at1.resName + " " +\r
 632                                  tmpBond.at1.resNumber + " " + tmpBond.at1.chain);\r
 633               fatom = tmpBond.at1;\r
 634               fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 635               foundchain = ii;\r
 636             }\r
 637           }\r
 638         }\r
 639       }\r
 640 \r
 641       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 642       {\r
 643         chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 644         // SMJS TODO\r
 645         // int tmp = chain.ds.seqstart + fatom.resNumber - chain.offset;\r
 646         // int pos = chain.ds.findIndex(tmp);\r
 647         // System.out.println("Found seq " + chain.ds.name + " "  + tmp + " " + pos);\r
 648       }\r
 649 \r
 650     }\r
 651     return fatom;\r
 652   }\r
 653 \r
 654   public void update(Graphics g) {\r
 655     paint(g);\r
 656   }\r
 657 \r
 658 }\r