src/MCview/rotCanvas.java

   1 package MCview;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import java.io.*;\r
   7 import javax.swing.*;\r
   8 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
   9 import jalview.datamodel.*;\r
  10 \r
  11 public class rotCanvas extends JPanel implements KeyListener,\r
  12                                                  MouseListener,\r
  13                                                  MouseMotionListener {\r
  14   MCMatrix  idmat  = new MCMatrix(3,3);\r
  15   MCMatrix  objmat = new MCMatrix(3,3);\r
  16 \r
  17   boolean redrawneeded =true;\r
  18 \r
  19   int omx = 0;\r
  20   int mx = 0;\r
  21   int omy = 0;\r
  22   int my = 0;\r
  23 \r
  24   public PDBfile pdb;\r
  25 \r
  26   int bsize;\r
  27 \r
  28   Image img;\r
  29   Graphics ig;\r
  30 \r
  31   Dimension prefsize;\r
  32 \r
  33   float centre[] = new float[3];\r
  34   float width[]  = new float[3];\r
  35 \r
  36   float maxwidth;\r
  37   float scale;\r
  38 \r
  39   String inStr;\r
  40   String inType;\r
  41 \r
  42   boolean depthcue   = true;\r
  43   boolean wire       = false;\r
  44   boolean bymolecule = false;\r
  45   boolean zbuffer    = true;\r
  46 \r
  47   boolean dragging;\r
  48 \r
  49   int xstart;\r
  50   int xend;\r
  51   int ystart;\r
  52   int yend;\r
  53   int xmid;\r
  54   int ymid;\r
  55 \r
  56   Font font = new Font("Helvetica",Font.PLAIN,10);\r
  57 \r
  58   public rotCanvas(PDBfile pdb, Sequence sequence, jalview.gui.AlignViewport av) throws IOException {\r
  59 \r
  60     int max = -10;\r
  61     int maxchain = -1;\r
  62     int pdbstart=0, pdbend=0,  seqstart =0,  seqend=0;\r
  63 \r
  64 \r
  65     for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  66       // Now lets compare the sequences to get\r
  67       // the start and end points.\r
  68 \r
  69     java.util.StringTokenizer str = new java.util.StringTokenizer(sequence.getSequence(), ".");\r
  70     String newString = "";\r
  71 \r
  72     while (str.hasMoreTokens()) {\r
  73         newString += str.nextToken();\r
  74     }\r
  75       // Align the sequence to the pdb\r
  76       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).sequence,"pep");\r
  77       as.calcScoreMatrix();\r
  78       as.traceAlignment();\r
  79       as.printAlignment();\r
  80 \r
  81       if (as.maxscore > max) {\r
  82         max = as.maxscore;\r
  83         maxchain = i;\r
  84 \r
  85         pdbstart = as.seq2start;\r
  86         pdbend = as.seq2end;\r
  87         seqstart = as.seq1start  - 1 ;\r
  88         seqend = as.seq1end  -1;\r
  89       }\r
  90 \r
  91       System.out.println("PDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
  92       System.out.println("SEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
  93     }\r
  94 \r
  95 \r
  96     ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
  97     ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
  98     ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
  99      ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 100      ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 101      ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 102      ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).colourBySequence(av, sequence);\r
 103 \r
 104 \r
 105 \r
 106     this.pdb      = pdb;\r
 107     this.prefsize = new Dimension( getWidth(), getHeight());\r
 108 \r
 109     //Initialize the matrices to identity\r
 110 \r
 111     for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 112       for (int j = 0; j < 3 ; j++) {\r
 113         if (i != j) {\r
 114           idmat.addElement(i,j,0);\r
 115           objmat.addElement(i,j,0);\r
 116         } else {\r
 117           idmat.addElement(i,j,1);\r
 118           objmat.addElement(i,j,1);\r
 119         }\r
 120       }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     addMouseMotionListener(this);\r
 124     addMouseListener(this);\r
 125     addKeyListener(this);\r
 126 \r
 127     addPDBfile();\r
 128     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 129 \r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void addPDBfile() {\r
 133     findCentre();\r
 134     findWidth();\r
 135 \r
 136     scale = findScale();\r
 137 \r
 138     System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void deleteBonds() {\r
 142     scale     = 0;\r
 143     maxwidth  = 0;\r
 144 \r
 145     width[0] = 0;\r
 146     width[1] = 0;\r
 147     width[2] = 0;\r
 148 \r
 149     centre[0] = 0;\r
 150     centre[1] = 0;\r
 151     centre[2] = 0;\r
 152 \r
 153     for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 154       ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 155     }\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void findWidth() {\r
 159     float max[] = new float[3];\r
 160     float min[] = new float[3];\r
 161 \r
 162     max[0] = (float)-1e30;\r
 163     max[1] = (float)-1e30;\r
 164     max[2] = (float)-1e30;\r
 165 \r
 166     min[0] = (float)1e30;\r
 167     min[1] = (float)1e30;\r
 168     min[2] = (float)1e30;\r
 169 \r
 170     for (int ii=0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 171       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 172 \r
 173         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 174 \r
 175         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 176           Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 177 \r
 178           if (tmp.start[0] >= max[0])\r
 179             max[0] = tmp.start[0];\r
 180           if (tmp.start[1] >= max[1])\r
 181             max[1] = tmp.start[1];\r
 182           if (tmp.start[2] >= max[2])\r
 183             max[2] = tmp.start[2];\r
 184           if (tmp.start[0] <= min[0])\r
 185             min[0] = tmp.start[0];\r
 186           if (tmp.start[1] <= min[1])\r
 187             min[1] = tmp.start[1];\r
 188           if (tmp.start[2] <= min[2])\r
 189             min[2] = tmp.start[2];\r
 190 \r
 191           if (tmp.end[0] >= max[0])\r
 192             max[0] = tmp.end[0];\r
 193           if (tmp.end[1] >= max[1])\r
 194             max[1] = tmp.end[1];\r
 195           if (tmp.end[2] >= max[2])\r
 196             max[2] = tmp.end[2];\r
 197           if (tmp.end[0] <= min[0])\r
 198             min[0] = tmp.end[0];\r
 199           if (tmp.end[1] <= min[1])\r
 200             min[1] = tmp.end[1];\r
 201           if (tmp.end[2] <= min[2])\r
 202             min[2] = tmp.end[2];\r
 203         }\r
 204       }\r
 205     }\r
 206 \r
 207     System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 208     System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 209     System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 210 \r
 211     width[0] = (float)Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 212     width[1] = (float)Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 213     width[2] = (float)Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 214 \r
 215     maxwidth = width[0];\r
 216 \r
 217     if (width[1] > width[0])\r
 218       maxwidth = width[1];\r
 219     if (width[2] > width[1])\r
 220       maxwidth = width[2];\r
 221 \r
 222     System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public float findScale() {\r
 226     int dim, width, height;\r
 227 \r
 228     if ( getWidth() != 0) {\r
 229       width  = getWidth();\r
 230       height = getHeight();\r
 231 \r
 232     } else {\r
 233       width  = prefsize.width;\r
 234       height = prefsize.height;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     if (width < height) {\r
 238       dim = width;\r
 239     } else {\r
 240       dim = height;\r
 241     }\r
 242 \r
 243     return (float)(dim/(1.5d*maxwidth));\r
 244   }\r
 245 \r
 246 \r
 247 \r
 248   public void findCentre() {\r
 249     float xtot = 0;\r
 250     float ytot = 0;\r
 251     float ztot = 0;\r
 252 \r
 253     int bsize  = 0;\r
 254     //Find centre coordinate\r
 255 \r
 256     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 257       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 258 \r
 259         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 260 \r
 261         bsize += bonds.size();\r
 262 \r
 263         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 264 \r
 265           xtot = xtot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 266                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 267 \r
 268           ytot = ytot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 269                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 270 \r
 271           ztot = ztot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 272                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 273         }\r
 274       }\r
 275     }\r
 276 \r
 277     centre[0] = xtot / (2 * (float)bsize);\r
 278     centre[1] = ytot / (2 * (float)bsize);\r
 279     centre[2] = ztot / (2 * (float)bsize);\r
 280   }\r
 281 \r
 282   public void paint(Graphics g) {\r
 283     //Only create the image at the beginning -\r
 284     //this saves much memory usage\r
 285     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) || (prefsize.height != getHeight())) {\r
 286       prefsize.width  = getWidth();\r
 287       prefsize.height = getHeight();\r
 288 \r
 289       scale = findScale();\r
 290       img   = createImage(prefsize.width,prefsize.height);\r
 291       ig    = img.getGraphics();\r
 292 \r
 293       redrawneeded = true;\r
 294     }\r
 295 \r
 296     if (redrawneeded == true) {\r
 297       drawBackground(ig,Color.black);\r
 298       drawScene(ig);\r
 299       redrawneeded = false;\r
 300     } else {\r
 301       ig = img.getGraphics();\r
 302     }\r
 303 \r
 304     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void drawBackground(Graphics g, Color col) {\r
 308     g.setColor(col);\r
 309     g.fillRect(0,0,prefsize.width,prefsize.height);\r
 310   }\r
 311 \r
 312 \r
 313   public void drawScene(Graphics g) {\r
 314     // Sort the bonds by z coord\r
 315 \r
 316     Vector bonds = new Vector();\r
 317 \r
 318 \r
 319     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 320       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 321 \r
 322         Vector tmp = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 323 \r
 324         for (int i=0; i < tmp.size(); i++) {\r
 325           bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 326         }\r
 327       }\r
 328     }\r
 329 \r
 330     if (zbuffer) {\r
 331       Zsort.Zsort(bonds);\r
 332     }\r
 333 \r
 334     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 335       Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 336 \r
 337       xstart = (int)((tmpBond.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 338       ystart = (int)((tmpBond.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 339 \r
 340       xend = (int)((tmpBond.end[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 341       yend = (int)((tmpBond.end[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 342 \r
 343       xmid = (xend+xstart)/2;\r
 344       ymid = (yend+ystart)/2;\r
 345 \r
 346 \r
 347       if (depthcue && !bymolecule) {\r
 348 \r
 349         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - maxwidth/6))  {\r
 350           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 351           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 352 \r
 353           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 354           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 355         } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2]+maxwidth/6)) {\r
 356           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 357           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 358 \r
 359           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 360           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 361         } else {\r
 362           g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 363           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 364 \r
 365           g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 366           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 367         }\r
 368       } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 369         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - maxwidth/6))  {\r
 370           g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 371           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 372 \r
 373         } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2]+maxwidth/6)) {\r
 374           g.setColor(Color.green.darker());\r
 375           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 376 \r
 377         } else {\r
 378           g.setColor(Color.green);\r
 379           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 380 \r
 381         }\r
 382       } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 383         g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 384         drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 385         g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 386         drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 387 \r
 388       } else {\r
 389         drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 390       }\r
 391     }\r
 392   }\r
 393 \r
 394   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 395     if (!wire) {\r
 396 \r
 397       if (((float)Math.abs(y2-y1)/(float)Math.abs(x2-x1)) < 0.5) {\r
 398 \r
 399         g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 400         g.drawLine(x1+1,y1+1,x2+1,y2+1);\r
 401         g.drawLine(x1,y1-1,x2,y2-1);\r
 402       } else {\r
 403         g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 404         g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 405         g.drawLine(x1+1,y1,x2+1,y2);\r
 406         g.drawLine(x1-1,y1,x2-1,y2);\r
 407 \r
 408       }\r
 409     } else {\r
 410       g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 411     }\r
 412   }\r
 413 \r
 414   public Dimension minimumsize() {\r
 415     return prefsize;\r
 416   }\r
 417   public Dimension preferredsize() {\r
 418     return prefsize;\r
 419   }\r
 420 \r
 421   public void keyTyped(KeyEvent evt) { }\r
 422   public void keyReleased(KeyEvent evt) { }\r
 423   public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 424     int key = evt.getKeyChar();\r
 425 \r
 426     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP) {\r
 427       scale        = (float)(scale * 1.1);\r
 428       redrawneeded = true;\r
 429       repaint();\r
 430 \r
 431     } else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN) {\r
 432       scale        = (float)(scale * 0.9);\r
 433       redrawneeded = true;\r
 434       repaint();\r
 435 \r
 436     } else if (key == 'w') {\r
 437 \r
 438       wire = !wire;\r
 439       System.out.println("wireframe " + wire);\r
 440       redrawneeded = true;\r
 441       repaint();\r
 442 \r
 443     } else if (key == 'd') {\r
 444       depthcue = !depthcue;\r
 445       System.out.println("Depth cueing is " + depthcue);\r
 446       redrawneeded = true;\r
 447       repaint();\r
 448 \r
 449     } else if (key == 'm') {\r
 450       bymolecule = !bymolecule;\r
 451       System.out.println("Bymolecule is " + bymolecule);\r
 452       redrawneeded = true;\r
 453       repaint();\r
 454 \r
 455     } else if (key == 'z') {\r
 456       zbuffer = !zbuffer;\r
 457       System.out.println("Z buffering is " + zbuffer);\r
 458       redrawneeded = true;\r
 459       repaint();\r
 460 \r
 461     } else if (key == 'c') {\r
 462       bymolecule = false;\r
 463       pdb.setChainColours();\r
 464       System.out.println("Colouring by chain");\r
 465       redrawneeded = true;\r
 466       repaint();\r
 467 \r
 468     } else if (key == 'h') {\r
 469       bymolecule = false;\r
 470       pdb.setHydrophobicityColours();\r
 471       System.out.println("Colouring by hydrophobicity");\r
 472       redrawneeded = true;\r
 473       repaint();\r
 474 \r
 475     } else if (key == 'q') {\r
 476       bymolecule = false;\r
 477       pdb.setChargeColours();\r
 478       System.out.println("Colouring charges and cysteines");\r
 479       redrawneeded = true;\r
 480       repaint();\r
 481 \r
 482     }\r
 483     return;\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 487   {\r
 488 \r
 489       mx = e.getX();\r
 490       my = e.getY();\r
 491       omx = mx;\r
 492       omy = my;\r
 493       dragging = false;\r
 494 }\r
 495 \r
 496   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 497   {\r
 498     myAtom fatom = null;\r
 499     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 500     {\r
 501 \r
 502       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 503       if (chain.isVisible)\r
 504       {\r
 505         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 506         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 507         {\r
 508           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 509           int truex = (int) ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale +\r
 510                              getWidth() / 2);\r
 511           if (Math.abs(truex - e.getX()) <= 2)\r
 512           {\r
 513             int truey = (int) ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale +\r
 514                                getHeight() / 2);\r
 515             if (Math.abs(truey - e.getY()) <= 2)\r
 516               fatom = tmpBond.at1;\r
 517           }\r
 518         }\r
 519       }\r
 520     }\r
 521     if(fatom!=null)\r
 522      {\r
 523        this.setToolTipText(fatom.resName);\r
 524      }\r
 525      else\r
 526         this.setToolTipText(null);\r
 527   }\r
 528 \r
 529   public void mouseClicked(MouseEvent e) { }\r
 530   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 531   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 532 \r
 533   public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 534     int x = evt.getX();\r
 535     int y = evt.getY();\r
 536     mx = x;\r
 537     my = y;\r
 538 \r
 539     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3,3);\r
 540     objmat.setIdentity();\r
 541 \r
 542     if ((evt.getModifiers()  & Event.META_MASK) != 0) {\r
 543       objmat.rotatez((float)((mx-omx)));\r
 544     } else {\r
 545       objmat.rotatex((float)((my-omy)));\r
 546       objmat.rotatey((float)((omx-mx)));\r
 547     }\r
 548 \r
 549     //Alter the bonds\r
 550     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 551       Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 552 \r
 553       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 554 \r
 555         Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 556 \r
 557         //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 558         tmpBond.translate(-centre[0],-centre[1],-centre[2]);\r
 559 \r
 560         //Now apply the rotation matrix\r
 561         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 562         tmpBond.end   = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 563 \r
 564         //Now translate back again\r
 565         tmpBond.translate(centre[0],centre[1],centre[2]);\r
 566       }\r
 567     }\r
 568 \r
 569     objmat = null;\r
 570 \r
 571     omx    = mx;\r
 572     omy    = my;\r
 573 \r
 574     redrawneeded = true;\r
 575 \r
 576     paint(this.getGraphics());\r
 577 \r
 578     dragging = true;\r
 579     return;\r
 580   }\r
 581 \r
 582   public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 583     int x = evt.getX();\r
 584     int y = evt.getY();\r
 585 \r
 586     if (!dragging) {\r
 587       myAtom tmp = findAtom(x,y);\r
 588     }\r
 589     drawLabels();\r
 590     return;\r
 591   }\r
 592 \r
 593   public void drawLabels() {\r
 594     redrawneeded = true;\r
 595     paint(this.getGraphics());\r
 596 \r
 597     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 598 \r
 599       PDBChain chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii);\r
 600 \r
 601       if (chain.isVisible) {\r
 602 \r
 603         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 604 \r
 605         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 606           Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 607 \r
 608           if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 609             labelAtom(img.getGraphics(),tmpBond,1);\r
 610           }\r
 611 \r
 612           if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 613             labelAtom(img.getGraphics(),tmpBond,2);\r
 614           }\r
 615 \r
 616         }\r
 617       }\r
 618     }\r
 619 \r
 620     this.getGraphics().drawImage(img,0,0,this);\r
 621 \r
 622     dragging = false;\r
 623 \r
 624   }\r
 625 \r
 626   public void labelAtom(Graphics g,Bond b, int n) {\r
 627 \r
 628     g.setFont(font);\r
 629 \r
 630     if (n ==1) {\r
 631 \r
 632       int xstart = (int)((b.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 633       int ystart = (int)((b.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 634 \r
 635       g.setColor(Color.red);\r
 636       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber,xstart,ystart);\r
 637     }\r
 638 \r
 639     if (n ==2) {\r
 640 \r
 641       int xstart = (int)((b.end[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 642       int ystart = (int)((b.end[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 643 \r
 644       g.setColor(Color.red);\r
 645       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber,xstart,ystart);\r
 646     }\r
 647   }\r
 648 \r
 649 \r
 650   public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 651     myAtom fatom = null;\r
 652 \r
 653     int foundchain = -1;\r
 654 \r
 655     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 656 \r
 657       PDBChain chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii);\r
 658 \r
 659       if (chain.isVisible) {\r
 660 \r
 661         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 662 \r
 663         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 664           Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 665 \r
 666           int truex = (int)((tmpBond.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 667 \r
 668           if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 669 \r
 670             int truey = (int)((tmpBond.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 671 \r
 672             if (Math.abs(truey - y) <= 2) {\r
 673 \r
 674               System.out.println("Found match");\r
 675               System.out.println(x + " " + y);\r
 676               System.out.println(truex + " " + truey);\r
 677               System.out.println(tmpBond.start[0] + " " + tmpBond.start[1]);\r
 678               System.out.println("Atom 1 = " + tmpBond.at1.resName + " " +\r
 679                                  tmpBond.at1.resNumber + " " + tmpBond.at1.chain);\r
 680               fatom = tmpBond.at1;\r
 681               fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 682               foundchain = ii;\r
 683             }\r
 684           }\r
 685         }\r
 686       }\r
 687 \r
 688       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 689       {\r
 690         chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 691         // SMJS TODO\r
 692         // int tmp = chain.ds.seqstart + fatom.resNumber - chain.offset;\r
 693         // int pos = chain.ds.findIndex(tmp);\r
 694         // System.out.println("Found seq " + chain.ds.name + " "  + tmp + " " + pos);\r
 695       }\r
 696 \r
 697     }\r
 698     return fatom;\r
 699   }\r
 700 \r
 701   public void update(Graphics g) {\r
 702     paint(g);\r
 703   }\r
 704 \r
 705 }\r