src/jalview/analysis/AAFrequency.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 /**
  25  * Takes in a vector or array of sequences and column start and column end and
  26  * returns a new Hashtable[] of size maxSeqLength, if Hashtable not supplied.
  27  * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes that
  28  * depend on the amount of conservation in each alignment column.
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class AAFrequency
  34 {
  35   // No need to store 1000s of strings which are not
  36   // visible to the user.
  37   public static final String MAXCOUNT = "C";
  38
  39   public static final String MAXRESIDUE = "R";
  40
  41   public static final String PID_GAPS = "G";
  42
  43   public static final String PID_NOGAPS = "N";
  44
  45   public static final String PROFILE = "P";
  46
  47   public static final Hashtable[] calculate(List<SequenceI> list,
  48           int start, int end)
  49   {
  50     return calculate(list, start, end, false);
  51   }
  52
  53   public static final Hashtable[] calculate(List<SequenceI> sequences,
  54           int start, int end, boolean profile)
  55   {
  56     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sequences.size()];
  57     int width = 0;
  58     synchronized (sequences)
  59     {
  60       for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
  61       {
  62         seqs[i] = sequences.get(i);
  63         if (seqs[i].getLength() > width)
  64         {
  65           width = seqs[i].getLength();
  66         }
  67       }
  68
  69       Hashtable[] reply = new Hashtable[width];
  70
  71       if (end >= width)
  72       {
  73         end = width;
  74       }
  75
  76       calculate(seqs, start, end, reply, profile);
  77       return reply;
  78     }
  79   }
  80
  81   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
  82           int end, Hashtable[] result)
  83   {
  84     calculate(sequences, start, end, result, false);
  85   }
  86
  87   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
  88           int end, Hashtable[] result, boolean profile)
  89   {
  90     Hashtable residueHash;
  91     int maxCount, nongap, i, j, v, jSize = sequences.length;
  92     String maxResidue;
  93     char c;
  94     float percentage;
  95
  96     int[] values = new int[255];
  97
  98     char[] seq;
  99
 100     for (i = start; i < end; i++)
 101     {
 102       residueHash = new Hashtable();
 103       maxCount = 0;
 104       maxResidue = "";
 105       nongap = 0;
 106       values = new int[255];
 107
 108       for (j = 0; j < jSize; j++)
 109       {
 110         if (sequences[j] == null)
 111         {
 112           System.err
 113                   .println("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
 114           continue;
 115         }
 116         seq = sequences[j].getSequence();
 117         if (seq.length > i)
 118         {
 119           c = seq[i];
 120
 121           if (c == '.' || c == ' ')
 122           {
 123             c = '-';
 124           }
 125
 126           if (c == '-')
 127           {
 128             values['-']++;
 129             continue;
 130           }
 131           else if ('a' <= c && c <= 'z')
 132           {
 133             c -= 32; // ('a' - 'A');
 134           }
 135
 136           nongap++;
 137           values[c]++;
 138
 139         }
 140         else
 141         {
 142           values['-']++;
 143         }
 144       }
 145
 146       for (v = 'A'; v < 'Z'; v++)
 147       {
 148         if (values[v] < 2 || values[v] < maxCount)
 149         {
 150           continue;
 151         }
 152
 153         if (values[v] > maxCount)
 154         {
 155           maxResidue = String.valueOf((char) v);
 156         }
 157         else if (values[v] == maxCount)
 158         {
 159           maxResidue += String.valueOf((char) v);
 160         }
 161         maxCount = values[v];
 162       }
 163
 164       if (maxResidue.length() == 0)
 165       {
 166         maxResidue = "-";
 167       }
 168       if (profile)
 169       {
 170         residueHash.put(PROFILE, new int[][]
 171         { values, new int[]
 172         { jSize, nongap } });
 173       }
 174       residueHash.put(MAXCOUNT, new Integer(maxCount));
 175       residueHash.put(MAXRESIDUE, maxResidue);
 176
 177       percentage = ((float) maxCount * 100) / jSize;
 178       residueHash.put(PID_GAPS, new Float(percentage));
 179
 180       percentage = ((float) maxCount * 100) / nongap;
 181       residueHash.put(PID_NOGAPS, new Float(percentage));
 182       result[i] = residueHash;
 183     }
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Compute all or part of the annotation row from the given consensus
 188    * hashtable
 189    *
 190    * @param consensus
 191    *          - pre-allocated annotation row
 192    * @param hconsensus
 193    * @param iStart
 194    * @param width
 195    * @param ignoreGapsInConsensusCalculation
 196    * @param includeAllConsSymbols
 197    * @param nseq
 198    */
 199   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 200           Hashtable[] hconsensus, int iStart, int width,
 201           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation,
 202           boolean includeAllConsSymbols, long nseq)
 203   {
 204     completeConsensus(consensus, hconsensus, iStart, width,
 205             ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, null, nseq); // new
 206                                                                             // char[]
 207     // { 'A', 'C', 'G', 'T', 'U' });
 208   }
 209
 210   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 211           Hashtable[] hconsensus, int iStart, int width,
 212           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation,
 213           boolean includeAllConsSymbols, char[] alphabet, long nseq)
 214   {
 215     float tval, value;
 216     if (consensus == null || consensus.annotations == null
 217             || consensus.annotations.length < width)
 218     {
 219       // called with a bad alignment annotation row - wait for it to be
 220       // initialised properly
 221       return;
 222     }
 223     for (int i = iStart; i < width; i++)
 224     {
 225       Hashtable hci;
 226       if (i >= hconsensus.length || ((hci = hconsensus[i]) == null))
 227       {
 228         // happens if sequences calculated over were shorter than alignment
 229         // width
 230         consensus.annotations[i] = null;
 231         continue;
 232       }
 233
 234       value = 0;
 235       Float fv;
 236       if (ignoreGapsInConsensusCalculation)
 237       {
 238         fv = (Float) hci.get(AAFrequency.PID_NOGAPS);
 239       }
 240       else
 241       {
 242         fv = (Float) hci.get(AAFrequency.PID_GAPS);
 243       }
 244       if (fv == null)
 245       {
 246         consensus.annotations[i] = null;
 247         // data has changed below us .. give up and
 248         continue;
 249       }
 250       value = fv.floatValue();
 251       String maxRes = hci.get(AAFrequency.MAXRESIDUE).toString();
 252       String mouseOver = hci.get(AAFrequency.MAXRESIDUE) + " ";
 253       if (maxRes.length() > 1)
 254       {
 255         mouseOver = "[" + maxRes + "] ";
 256         maxRes = "+";
 257       }
 258       int[][] profile = (int[][]) hci.get(AAFrequency.PROFILE);
 259       if (profile != null && includeAllConsSymbols)
 260       {
 261         mouseOver = "";
 262         if (alphabet != null)
 263         {
 264           for (int c = 0; c < alphabet.length; c++)
 265           {
 266             tval = profile[0][alphabet[c]] * 100f
 267                     / profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1 : 0];
 268             mouseOver += ((c == 0) ? "" : "; ") + alphabet[c] + " "
 269                     + ((int) tval) + "%";
 270           }
 271         }
 272         else
 273         {
 274           Object[] ca = new Object[profile[0].length];
 275           float[] vl = new float[profile[0].length];
 276           for (int c = 0; c < ca.length; c++)
 277           {
 278             ca[c] = new char[]
 279             { (char) c };
 280             vl[c] = profile[0][c];
 281           }
 282           ;
 283           jalview.util.QuickSort.sort(vl, ca);
 284           for (int p = 0, c = ca.length - 1; profile[0][((char[]) ca[c])[0]] > 0; c--)
 285           {
 286             if (((char[]) ca[c])[0] != '-')
 287             {
 288               tval = profile[0][((char[]) ca[c])[0]]
 289                       * 100f
 290                       / profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1 : 0];
 291               mouseOver += ((p == 0) ? "" : "; ") + ((char[]) ca[c])[0]
 292                       + " " + ((int) tval) + "%";
 293               p++;
 294
 295             }
 296           }
 297
 298         }
 299       }
 300       else
 301       {
 302         mouseOver += ((int) value + "%");
 303       }
 304       consensus.annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ',
 305               value);
 306     }
 307   }
 308
 309   /**
 310    * get the sorted profile for the given position of the consensus
 311    *
 312    * @param hconsensus
 313    * @return
 314    */
 315   public static int[] extractProfile(Hashtable hconsensus,
 316           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation)
 317   {
 318     int[] rtnval = new int[64];
 319     int[][] profile = (int[][]) hconsensus.get(AAFrequency.PROFILE);
 320     if (profile == null)
 321       return null;
 322     Object[] ca = new Object[profile[0].length];
 323     float[] vl = new float[profile[0].length];
 324     for (int c = 0; c < ca.length; c++)
 325     {
 326       ca[c] = new char[]
 327       { (char) c };
 328       vl[c] = profile[0][c];
 329     }
 330     ;
 331     jalview.util.QuickSort.sort(vl, ca);
 332     rtnval[0] = 2;
 333     rtnval[1] = 0;
 334     for (int c = ca.length - 1; profile[0][((char[]) ca[c])[0]] > 0; c--)
 335     {
 336       if (((char[]) ca[c])[0] != '-')
 337       {
 338         rtnval[rtnval[0]++] = ((char[]) ca[c])[0];
 339         rtnval[rtnval[0]] = (int) (profile[0][((char[]) ca[c])[0]] * 100f / profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 340                 : 0]);
 341         rtnval[1] += rtnval[rtnval[0]++];
 342       }
 343     }
 344     return rtnval;
 345   }
 346 }