src/jalview/analysis/AAFrequency.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.Annotation;
  27 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
  28 import jalview.datamodel.Profile;
  29 import jalview.datamodel.ProfileI;
  30 import jalview.datamodel.Profiles;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.datamodel.ResidueCount;
  33 import jalview.datamodel.ResidueCount.SymbolCounts;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.ext.android.SparseIntArray;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.util.Comparison;
  38 import jalview.util.Format;
  39 import jalview.util.MappingUtils;
  40 import jalview.util.QuickSort;
  41
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.util.Arrays;
  44 import java.util.Hashtable;
  45 import java.util.List;
  46
  47 /**
  48  * Takes in a vector or array of sequences and column start and column end and
  49  * returns a new Hashtable[] of size maxSeqLength, if Hashtable not supplied.
  50  * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes that
  51  * depend on the amount of conservation in each alignment column.
  52  *
  53  * @author $author$
  54  * @version $Revision$
  55  */
  56 public class AAFrequency
  57 {
  58   public static final String PROFILE = "P";
  59
  60   private static final String AMINO = "amino";
  61
  62   private static final String DNA = "DNA";
  63
  64   private static final String RNA = "RNA";
  65
  66   /*
  67    * Quick look-up of String value of char 'A' to 'Z'
  68    */
  69   private static final String[] CHARS = new String['Z' - 'A' + 1];
  70
  71   static
  72   {
  73     for (char c = 'A'; c <= 'Z'; c++)
  74     {
  75       CHARS[c - 'A'] = String.valueOf(c);
  76     }
  77   }
  78
  79   public static final ProfilesI calculate(List<SequenceI> list, int start,
  80           int end)
  81   {
  82     return calculate(list, start, end, false);
  83   }
  84
  85   public static final ProfilesI calculate(List<SequenceI> sequences,
  86           int start, int end, boolean profile)
  87   {
  88     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sequences.size()];
  89     int width = 0;
  90     synchronized (sequences)
  91     {
  92       for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
  93       {
  94         seqs[i] = sequences.get(i);
  95         int length = seqs[i].getLength();
  96         if (length > width)
  97         {
  98           width = length;
  99         }
 100       }
 101
 102       if (end >= width)
 103       {
 104         end = width;
 105       }
 106
 107       ProfilesI reply = calculate(seqs, width, start, end, profile);
 108       return reply;
 109     }
 110   }
 111
 112
 113
 114   /**
 115    * Calculate the consensus symbol(s) for each column in the given range.
 116    *
 117    * @param sequences
 118    * @param width
 119    *          the full width of the alignment
 120    * @param start
 121    *          start column (inclusive, base zero)
 122    * @param end
 123    *          end column (exclusive)
 124    * @param saveFullProfile
 125    *          if true, store all symbol counts
 126    */
 127   public static final ProfilesI calculate(final SequenceI[] sequences,
 128           int width, int start, int end, boolean saveFullProfile)
 129   {
 130     // long now = System.currentTimeMillis();
 131     int seqCount = sequences.length;
 132     boolean nucleotide = false;
 133     int nucleotideCount = 0;
 134     int peptideCount = 0;
 135
 136     ProfileI[] result = new ProfileI[width];
 137
 138     for (int column = start; column < end; column++)
 139     {
 140       /*
 141        * Apply a heuristic to detect nucleotide data (which can
 142        * be counted in more compact arrays); here we test for
 143        * more than 90% nucleotide; recheck every 10 columns in case
 144        * of misleading data e.g. highly conserved Alanine in peptide!
 145        * Mistakenly guessing nucleotide has a small performance cost,
 146        * as it will result in counting in sparse arrays.
 147        * Mistakenly guessing peptide has a small space cost,
 148        * as it will use a larger than necessary array to hold counts.
 149        */
 150       if (nucleotideCount > 100 && column % 10 == 0)
 151       {
 152         nucleotide = (9 * peptideCount < nucleotideCount);
 153       }
 154       ResidueCount residueCounts = new ResidueCount(nucleotide);
 155
 156       for (int row = 0; row < seqCount; row++)
 157       {
 158         if (sequences[row] == null)
 159         {
 160           System.err
 161                   .println("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
 162           continue;
 163         }
 164         char[] seq = sequences[row].getSequence();
 165         if (seq.length > column)
 166         {
 167           char c = seq[column];
 168           residueCounts.add(c);
 169           if (Comparison.isNucleotide(c))
 170           {
 171             nucleotideCount++;
 172           }
 173           else if (!Comparison.isGap(c))
 174           {
 175             peptideCount++;
 176           }
 177         }
 178         else
 179         {
 180           /*
 181            * count a gap if the sequence doesn't reach this column
 182            */
 183           residueCounts.addGap();
 184         }
 185       }
 186
 187       int maxCount = residueCounts.getModalCount();
 188       String maxResidue = residueCounts.getResiduesForCount(maxCount);
 189       int gapCount = residueCounts.getGapCount();
 190       ProfileI profile = new Profile(seqCount, gapCount, maxCount,
 191               maxResidue);
 192
 193       if (saveFullProfile)
 194       {
 195         profile.setCounts(residueCounts);
 196       }
 197
 198       result[column] = profile;
 199     }
 200     return new Profiles(result);
 201     // long elapsed = System.currentTimeMillis() - now;
 202     // System.out.println(elapsed);
 203   }
 204
 205   public static ProfilesI calculateInformation(final HiddenMarkovModel hmm,
 206           int width, int start, int end, boolean saveFullProfile,
 207           boolean removeBelowBackground)
 208   {
 209     ProfileI[] result = new ProfileI[width];
 210     int symbolCount = hmm.getNumberOfSymbols();
 211     String alph = hmm.getAlphabetType();
 212     for (int column = start; column < end; column++)
 213     {
 214       ResidueCount counts = new ResidueCount();
 215       for (char symbol : hmm.getSymbols())
 216       {
 217         int value = getAnalogueCount(hmm, column, removeBelowBackground,
 218                 alph, symbol);
 219         counts.put(symbol, value);
 220       }
 221       int maxCount = counts.getModalCount();
 222       String maxResidue = counts.getResiduesForCount(maxCount);
 223       int gapCount = counts.getGapCount();
 224       ProfileI profile = new Profile(symbolCount, gapCount, maxCount,
 225               maxResidue);
 226
 227       if (saveFullProfile)
 228       {
 229         profile.setCounts(counts);
 230       }
 231
 232       result[column] = profile;
 233     }
 234     return new Profiles(result);
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Make an estimate of the profile size we are going to compute i.e. how many
 239    * different characters may be present in it. Overestimating has a cost of
 240    * using more memory than necessary. Underestimating has a cost of needing to
 241    * extend the SparseIntArray holding the profile counts.
 242    *
 243    * @param profileSizes
 244    *          counts of sizes of profiles so far encountered
 245    * @return
 246    */
 247   static int estimateProfileSize(SparseIntArray profileSizes)
 248   {
 249     if (profileSizes.size() == 0)
 250     {
 251       return 4;
 252     }
 253
 254     /*
 255      * could do a statistical heuristic here e.g. 75%ile
 256      * for now just return the largest value
 257      */
 258     return profileSizes.keyAt(profileSizes.size() - 1);
 259   }
 260
 261   /**
 262    * Derive the consensus annotations to be added to the alignment for display.
 263    * This does not recompute the raw data, but may be called on a change in
 264    * display options, such as 'ignore gaps', which may in turn result in a
 265    * change in the derived values.
 266    *
 267    * @param consensus
 268    *          the annotation row to add annotations to
 269    * @param profiles
 270    *          the source consensus data
 271    * @param startCol
 272    *          start column (inclusive)
 273    * @param endCol
 274    *          end column (exclusive)
 275    * @param ignoreGaps
 276    *          if true, normalise residue percentages ignoring gaps
 277    * @param showSequenceLogo
 278    *          if true include all consensus symbols, else just show modal
 279    *          residue
 280    * @param nseq
 281    *          number of sequences
 282    */
 283   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 284           ProfilesI profiles, int startCol, int endCol, boolean ignoreGaps,
 285           boolean showSequenceLogo, long nseq)
 286   {
 287     // long now = System.currentTimeMillis();
 288     if (consensus == null || consensus.annotations == null
 289             || consensus.annotations.length < endCol)
 290     {
 291       /*
 292        * called with a bad alignment annotation row
 293        * wait for it to be initialised properly
 294        */
 295       return;
 296     }
 297
 298     for (int i = startCol; i < endCol; i++)
 299     {
 300       ProfileI profile = profiles.get(i);
 301       if (profile == null)
 302       {
 303         /*
 304          * happens if sequences calculated over were
 305          * shorter than alignment width
 306          */
 307         consensus.annotations[i] = null;
 308         return;
 309       }
 310
 311       final int dp = getPercentageDp(nseq);
 312
 313       float value = profile.getPercentageIdentity(ignoreGaps);
 314
 315       String description = getTooltip(profile, value, showSequenceLogo,
 316               ignoreGaps, dp);
 317
 318       String modalResidue = profile.getModalResidue();
 319       if ("".equals(modalResidue))
 320       {
 321         modalResidue = "-";
 322       }
 323       else if (modalResidue.length() > 1)
 324       {
 325         modalResidue = "+";
 326       }
 327       consensus.annotations[i] = new Annotation(modalResidue, description,
 328               ' ', value);
 329     }
 330     // long elapsed = System.currentTimeMillis() - now;
 331     // System.out.println(-elapsed);
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Derive the information annotations to be added to the alignment for
 336    * display. This does not recompute the raw data, but may be called on a
 337    * change in display options, such as 'ignore below background frequency',
 338    * which may in turn result in a change in the derived values.
 339    *
 340    * @param information
 341    *          the annotation row to add annotations to
 342    * @param profiles
 343    *          the source information data
 344    * @param startCol
 345    *          start column (inclusive)
 346    * @param endCol
 347    *          end column (exclusive)
 348    * @param ignoreGaps
 349    *          if true, normalise residue percentages
 350    * @param showSequenceLogo
 351    *          if true include all information symbols, else just show modal
 352    *          residue
 353    * @param nseq
 354    *          number of sequences
 355    */
 356   public static void completeInformation(AlignmentAnnotation information,
 357           ProfilesI profiles, int startCol, int endCol,
 358           boolean ignoreBelowBackground,
 359           boolean showSequenceLogo, long nseq)
 360   {
 361     // long now = System.currentTimeMillis();
 362     if (information == null || information.annotations == null
 363             || information.annotations.length < endCol)
 364     {
 365       /*
 366        * called with a bad alignment annotation row
 367        * wait for it to be initialised properly
 368        */
 369       return;
 370     }
 371
 372     Float max = 0f;
 373
 374     for (int i = startCol; i < endCol; i++)
 375     {
 376       ProfileI profile = profiles.get(i);
 377       if (profile == null)
 378       {
 379         /*
 380          * happens if sequences calculated over were
 381          * shorter than alignment width
 382          */
 383         information.annotations[i] = null;
 384         return;
 385       }
 386
 387       HiddenMarkovModel hmm;
 388
 389       SequenceI hmmSeq = information.sequenceRef;
 390
 391       hmm = hmmSeq.getHMM();
 392
 393       Float value = getInformationContent(i, hmm);
 394
 395       if (value > max)
 396       {
 397         max = value;
 398       }
 399
 400       String description = value + " bits";
 401       information.annotations[i] = new Annotation(
 402               Character.toString(hmm.getConsensusAtAlignColumn(i)),
 403               description, ' ', value);
 404     }
 405     information.graphMax = max;
 406     // long elapsed = System.currentTimeMillis() - now;
 407     // System.out.println(-elapsed);
 408   }
 409
 410   /**
 411    * Derive the gap count annotation row.
 412    *
 413    * @param gaprow
 414    *          the annotation row to add annotations to
 415    * @param profiles
 416    *          the source consensus data
 417    * @param startCol
 418    *          start column (inclusive)
 419    * @param endCol
 420    *          end column (exclusive)
 421    */
 422   public static void completeGapAnnot(AlignmentAnnotation gaprow,
 423           ProfilesI profiles, int startCol, int endCol, long nseq)
 424   {
 425     if (gaprow == null || gaprow.annotations == null
 426             || gaprow.annotations.length < endCol)
 427     {
 428       /*
 429        * called with a bad alignment annotation row
 430        * wait for it to be initialised properly
 431        */
 432       return;
 433     }
 434     // always set ranges again
 435     gaprow.graphMax = nseq;
 436     gaprow.graphMin = 0;
 437     double scale = 0.8/nseq;
 438     for (int i = startCol; i < endCol; i++)
 439     {
 440       ProfileI profile = profiles.get(i);
 441       if (profile == null)
 442       {
 443         /*
 444          * happens if sequences calculated over were
 445          * shorter than alignment width
 446          */
 447         gaprow.annotations[i] = null;
 448         return;
 449       }
 450
 451       final int gapped = profile.getNonGapped();
 452
 453       String description = "" + gapped;
 454
 455       gaprow.annotations[i] = new Annotation("", description,
 456               '\0', gapped, jalview.util.ColorUtils.bleachColour(
 457                       Color.DARK_GRAY, (float) scale * gapped));
 458     }
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Returns a tooltip showing either
 463    * <ul>
 464    * <li>the full profile (percentages of all residues present), if
 465    * showSequenceLogo is true, or</li>
 466    * <li>just the modal (most common) residue(s), if showSequenceLogo is false</li>
 467    * </ul>
 468    * Percentages are as a fraction of all sequence, or only ungapped sequences
 469    * if ignoreGaps is true.
 470    *
 471    * @param profile
 472    * @param pid
 473    * @param showSequenceLogo
 474    * @param ignoreGaps
 475    * @param dp
 476    *          the number of decimal places to format percentages to
 477    * @return
 478    */
 479   static String getTooltip(ProfileI profile, float pid,
 480           boolean showSequenceLogo, boolean ignoreGaps, int dp)
 481   {
 482     ResidueCount counts = profile.getCounts();
 483
 484     String description = null;
 485     if (counts != null && showSequenceLogo)
 486     {
 487       int normaliseBy = ignoreGaps ? profile.getNonGapped() : profile
 488               .getHeight();
 489       description = counts.getTooltip(normaliseBy, dp);
 490     }
 491     else
 492     {
 493       StringBuilder sb = new StringBuilder(64);
 494       String maxRes = profile.getModalResidue();
 495       if (maxRes.length() > 1)
 496       {
 497         sb.append("[").append(maxRes).append("]");
 498       }
 499       else
 500       {
 501         sb.append(maxRes);
 502       }
 503       if (maxRes.length() > 0)
 504       {
 505         sb.append(" ");
 506         Format.appendPercentage(sb, pid, dp);
 507         sb.append("%");
 508       }
 509       description = sb.toString();
 510     }
 511     return description;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Returns the sorted profile for the given consensus data. The returned array
 516    * contains
 517    *
 518    * <pre>
 519    *    [profileType, numberOfValues, nonGapCount, charValue1, percentage1, charValue2, percentage2, ...]
 520    * in descending order of percentage value
 521    * </pre>
 522    *
 523    * @param profile
 524    *          the data object from which to extract and sort values
 525    * @param ignoreGaps
 526    *          if true, only non-gapped values are included in percentage
 527    *          calculations
 528    * @return
 529    */
 530   public static int[] extractProfile(ProfileI profile, boolean ignoreGaps)
 531   {
 532     int[] rtnval = new int[64];
 533     ResidueCount counts = profile.getCounts();
 534     if (counts == null)
 535     {
 536       return null;
 537     }
 538
 539     SymbolCounts symbolCounts = counts.getSymbolCounts();
 540     char[] symbols = symbolCounts.symbols;
 541     int[] values = symbolCounts.values;
 542     QuickSort.sort(values, symbols);
 543     int nextArrayPos = 2;
 544     int totalPercentage = 0;
 545     final int divisor = ignoreGaps ? profile.getNonGapped() : profile
 546             .getHeight();
 547
 548     /*
 549      * traverse the arrays in reverse order (highest counts first)
 550      */
 551     for (int i = symbols.length - 1; i >= 0; i--)
 552     {
 553       int theChar = symbols[i];
 554       int charCount = values[i];
 555
 556       rtnval[nextArrayPos++] = theChar;
 557       final int percentage = (charCount * 100) / divisor;
 558       rtnval[nextArrayPos++] = percentage;
 559       totalPercentage += percentage;
 560     }
 561     rtnval[0] = symbols.length;
 562     rtnval[1] = totalPercentage;
 563     int[] result = new int[rtnval.length + 1];
 564     result[0] = AlignmentAnnotation.SEQUENCE_PROFILE;
 565     System.arraycopy(rtnval, 0, result, 1, rtnval.length);
 566
 567     return result;
 568   }
 569
 570
 571   /**
 572    * Extract a sorted extract of cDNA codon profile data. The returned array
 573    * contains
 574    *
 575    * <pre>
 576    *    [profileType, numberOfValues, totalCount, charValue1, percentage1, charValue2, percentage2, ...]
 577    * in descending order of percentage value, where the character values encode codon triplets
 578    * </pre>
 579    *
 580    * @param hashtable
 581    * @return
 582    */
 583   public static int[] extractCdnaProfile(Hashtable hashtable,
 584           boolean ignoreGaps)
 585   {
 586     // this holds #seqs, #ungapped, and then codon count, indexed by encoded
 587     // codon triplet
 588     int[] codonCounts = (int[]) hashtable.get(PROFILE);
 589     int[] sortedCounts = new int[codonCounts.length - 2];
 590     System.arraycopy(codonCounts, 2, sortedCounts, 0,
 591             codonCounts.length - 2);
 592
 593     int[] result = new int[3 + 2 * sortedCounts.length];
 594     // first value is just the type of profile data
 595     result[0] = AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
 596
 597     char[] codons = new char[sortedCounts.length];
 598     for (int i = 0; i < codons.length; i++)
 599     {
 600       codons[i] = (char) i;
 601     }
 602     QuickSort.sort(sortedCounts, codons);
 603     int totalPercentage = 0;
 604     int distinctValuesCount = 0;
 605     int j = 3;
 606     int divisor = ignoreGaps ? codonCounts[1] : codonCounts[0];
 607     for (int i = codons.length - 1; i >= 0; i--)
 608     {
 609       final int codonCount = sortedCounts[i];
 610       if (codonCount == 0)
 611       {
 612         break; // nothing else of interest here
 613       }
 614       distinctValuesCount++;
 615       result[j++] = codons[i];
 616       final int percentage = codonCount * 100 / divisor;
 617       result[j++] = percentage;
 618       totalPercentage += percentage;
 619     }
 620     result[2] = totalPercentage;
 621
 622     /*
 623      * Just return the non-zero values
 624      */
 625     // todo next value is redundant if we limit the array to non-zero counts
 626     result[1] = distinctValuesCount;
 627     return Arrays.copyOfRange(result, 0, j);
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Compute a consensus for the cDNA coding for a protein alignment.
 632    *
 633    * @param alignment
 634    *          the protein alignment (which should hold mappings to cDNA
 635    *          sequences)
 636    * @param hconsensus
 637    *          the consensus data stores to be populated (one per column)
 638    */
 639   public static void calculateCdna(AlignmentI alignment,
 640           Hashtable[] hconsensus)
 641   {
 642     final char gapCharacter = alignment.getGapCharacter();
 643     List<AlignedCodonFrame> mappings = alignment.getCodonFrames();
 644     if (mappings == null || mappings.isEmpty())
 645     {
 646       return;
 647     }
 648
 649     int cols = alignment.getWidth();
 650     for (int col = 0; col < cols; col++)
 651     {
 652       // todo would prefer a Java bean for consensus data
 653       Hashtable<String, int[]> columnHash = new Hashtable<>();
 654       // #seqs, #ungapped seqs, counts indexed by (codon encoded + 1)
 655       int[] codonCounts = new int[66];
 656       codonCounts[0] = alignment.getSequences().size();
 657       int ungappedCount = 0;
 658       for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 659       {
 660         if (seq.getCharAt(col) == gapCharacter)
 661         {
 662           continue;
 663         }
 664         List<char[]> codons = MappingUtils
 665                 .findCodonsFor(seq, col, mappings);
 666         for (char[] codon : codons)
 667         {
 668           int codonEncoded = CodingUtils.encodeCodon(codon);
 669           if (codonEncoded >= 0)
 670           {
 671             codonCounts[codonEncoded + 2]++;
 672             ungappedCount++;
 673           }
 674         }
 675       }
 676       codonCounts[1] = ungappedCount;
 677       // todo: sort values here, save counts and codons?
 678       columnHash.put(PROFILE, codonCounts);
 679       hconsensus[col] = columnHash;
 680     }
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Derive displayable cDNA consensus annotation from computed consensus data.
 685    *
 686    * @param consensusAnnotation
 687    *          the annotation row to be populated for display
 688    * @param consensusData
 689    *          the computed consensus data
 690    * @param showProfileLogo
 691    *          if true show all symbols present at each position, else only the
 692    *          modal value
 693    * @param nseqs
 694    *          the number of sequences in the alignment
 695    */
 696   public static void completeCdnaConsensus(
 697           AlignmentAnnotation consensusAnnotation,
 698           Hashtable[] consensusData, boolean showProfileLogo, int nseqs)
 699   {
 700     if (consensusAnnotation == null
 701             || consensusAnnotation.annotations == null
 702             || consensusAnnotation.annotations.length < consensusData.length)
 703     {
 704       // called with a bad alignment annotation row - wait for it to be
 705       // initialised properly
 706       return;
 707     }
 708
 709     // ensure codon triplet scales with font size
 710     consensusAnnotation.scaleColLabel = true;
 711     for (int col = 0; col < consensusData.length; col++)
 712     {
 713       Hashtable hci = consensusData[col];
 714       if (hci == null)
 715       {
 716         // gapped protein column?
 717         continue;
 718       }
 719       // array holds #seqs, #ungapped, then codon counts indexed by codon
 720       final int[] codonCounts = (int[]) hci.get(PROFILE);
 721       int totalCount = 0;
 722
 723       /*
 724        * First pass - get total count and find the highest
 725        */
 726       final char[] codons = new char[codonCounts.length - 2];
 727       for (int j = 2; j < codonCounts.length; j++)
 728       {
 729         final int codonCount = codonCounts[j];
 730         codons[j - 2] = (char) (j - 2);
 731         totalCount += codonCount;
 732       }
 733
 734       /*
 735        * Sort array of encoded codons by count ascending - so the modal value
 736        * goes to the end; start by copying the count (dropping the first value)
 737        */
 738       int[] sortedCodonCounts = new int[codonCounts.length - 2];
 739       System.arraycopy(codonCounts, 2, sortedCodonCounts, 0,
 740               codonCounts.length - 2);
 741       QuickSort.sort(sortedCodonCounts, codons);
 742
 743       int modalCodonEncoded = codons[codons.length - 1];
 744       int modalCodonCount = sortedCodonCounts[codons.length - 1];
 745       String modalCodon = String.valueOf(CodingUtils
 746               .decodeCodon(modalCodonEncoded));
 747       if (sortedCodonCounts.length > 1
 748               && sortedCodonCounts[codons.length - 2] == sortedCodonCounts[codons.length - 1])
 749       {
 750         /*
 751          * two or more codons share the modal count
 752          */
 753         modalCodon = "+";
 754       }
 755       float pid = sortedCodonCounts[sortedCodonCounts.length - 1] * 100
 756               / (float) totalCount;
 757
 758       /*
 759        * todo ? Replace consensus hashtable with sorted arrays of codons and
 760        * counts (non-zero only). Include total count in count array [0].
 761        */
 762
 763       /*
 764        * Scan sorted array backwards for most frequent values first. Show
 765        * repeated values compactly.
 766        */
 767       StringBuilder mouseOver = new StringBuilder(32);
 768       StringBuilder samePercent = new StringBuilder();
 769       String percent = null;
 770       String lastPercent = null;
 771       int percentDecPl = getPercentageDp(nseqs);
 772
 773       for (int j = codons.length - 1; j >= 0; j--)
 774       {
 775         int codonCount = sortedCodonCounts[j];
 776         if (codonCount == 0)
 777         {
 778           /*
 779            * remaining codons are 0% - ignore, but finish off the last one if
 780            * necessary
 781            */
 782           if (samePercent.length() > 0)
 783           {
 784             mouseOver.append(samePercent).append(": ").append(percent)
 785                     .append("% ");
 786           }
 787           break;
 788         }
 789         int codonEncoded = codons[j];
 790         final int pct = codonCount * 100 / totalCount;
 791         String codon = String
 792                 .valueOf(CodingUtils.decodeCodon(codonEncoded));
 793         StringBuilder sb = new StringBuilder();
 794         Format.appendPercentage(sb, pct, percentDecPl);
 795         percent = sb.toString();
 796         if (showProfileLogo || codonCount == modalCodonCount)
 797         {
 798           if (percent.equals(lastPercent) && j > 0)
 799           {
 800             samePercent.append(samePercent.length() == 0 ? "" : ", ");
 801             samePercent.append(codon);
 802           }
 803           else
 804           {
 805             if (samePercent.length() > 0)
 806             {
 807               mouseOver.append(samePercent).append(": ")
 808                       .append(lastPercent).append("% ");
 809             }
 810             samePercent.setLength(0);
 811             samePercent.append(codon);
 812           }
 813           lastPercent = percent;
 814         }
 815       }
 816
 817       consensusAnnotation.annotations[col] = new Annotation(modalCodon,
 818               mouseOver.toString(), ' ', pid);
 819     }
 820   }
 821
 822   /**
 823    * Returns the number of decimal places to show for profile percentages. For
 824    * less than 100 sequences, returns zero (the integer percentage value will be
 825    * displayed). For 100-999 sequences, returns 1, for 1000-9999 returns 2, etc.
 826    *
 827    * @param nseq
 828    * @return
 829    */
 830   protected static int getPercentageDp(long nseq)
 831   {
 832     int scale = 0;
 833     while (nseq >= 100)
 834     {
 835       scale++;
 836       nseq /= 10;
 837     }
 838     return scale;
 839   }
 840
 841   /**
 842    * Returns the information content at a specified column.
 843    *
 844    * @param column
 845    *          Index of the column, starting from 0.
 846    * @return
 847    */
 848   public static float getInformationContent(int column,
 849           HiddenMarkovModel hmm)
 850   {
 851     float informationContent = 0f;
 852
 853     for (char symbol : hmm.getSymbols())
 854     {
 855       float freq = 0f;
 856       freq = ResidueProperties.backgroundFrequencies
 857               .get(hmm.getAlphabetType()).get(symbol);
 858       Double hmmProb = hmm.getMatchEmissionProbability(column, symbol);
 859       float prob = hmmProb.floatValue();
 860       informationContent += prob * (Math.log(prob / freq) / Math.log(2));
 861
 862     }
 863
 864     return informationContent;
 865   }
 866
 867   /**
 868    * Produces a HMM profile for a column in an alignment
 869    *
 870    * @param aa
 871    *          Alignment annotation for which the profile is being calculated.
 872    * @param column
 873    *          Column in the alignment the profile is being made for.
 874    * @param removeBelowBackground
 875    *          Boolean indicating whether to ignore residues with probabilities
 876    *          less than their background frequencies.
 877    * @return
 878    */
 879   public static int[] extractHMMProfile(HiddenMarkovModel hmm, int column,
 880           boolean removeBelowBackground)
 881   {
 882
 883     if (hmm != null)
 884     {
 885       String alph = hmm.getAlphabetType();
 886       int size = hmm.getNumberOfSymbols();
 887       char symbols[] = new char[size];
 888       int values[] = new int[size];
 889       List<Character> charList = hmm.getSymbols();
 890       Integer totalCount = 0;
 891
 892       for (int i = 0; i < size; i++)
 893       {
 894         char symbol = charList.get(i);
 895         symbols[i] = symbol;
 896         int value = getAnalogueCount(hmm, column, removeBelowBackground,
 897                 alph, symbol);
 898         values[i] = value;
 899         totalCount += value;
 900       }
 901
 902       QuickSort.sort(values, symbols);
 903
 904       int[] profile = new int[3 + size * 2];
 905
 906       profile[0] = AlignmentAnnotation.SEQUENCE_PROFILE;
 907       profile[1] = size;
 908       profile[2] = 100;
 909
 910       if (totalCount != 0)
 911       {
 912         int arrayPos = 3;
 913         for (int k = size - 1; k >= 0; k--)
 914         {
 915           Float percentage;
 916           Integer value = values[k];
 917           if (removeBelowBackground)
 918           {
 919             percentage = (value.floatValue() / totalCount.floatValue())
 920                     * 100;
 921           }
 922           else
 923           {
 924             percentage = value.floatValue() / 100f;
 925           }
 926           int intPercent = Math.round(percentage);
 927           profile[arrayPos] = symbols[k];
 928           profile[arrayPos + 1] = intPercent;
 929           arrayPos += 2;
 930         }
 931       }
 932       return profile;
 933     }
 934     return null;
 935   }
 936
 937   private static int getAnalogueCount(HiddenMarkovModel hmm, int column,
 938           boolean removeBelowBackground, String alph, char symbol)
 939   {
 940     Double value;
 941
 942     value = hmm.getMatchEmissionProbability(column, symbol);
 943     double freq;
 944
 945     freq = ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alph).get(symbol);
 946     if (value < freq && removeBelowBackground)
 947     {
 948       return 0;
 949     }
 950
 951     value = value * 10000;
 952     return Math.round(value.floatValue());
 953   }
 954 }