src/jalview/analysis/AlignmentUtil.java

   1 package jalview.analysis;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 \r
   7 public class AlignmentUtil {\r
   8 \r
   9   private AlignmentUtil() {\r
  10   }\r
  11 \r
  12   public static int[][] percentIdentity2(AlignmentI align) {\r
  13     return percentIdentity2(align,0,align.getWidth()-1);\r
  14   }\r
  15 \r
  16   public static int[][] percentIdentity2(AlignmentI align, int start, int end) {\r
  17     int [][] cons2 = new int[align.getWidth()][24];\r
  18     // Initialize the array\r
  19     for (int j=0;j<24;j++) {\r
  20       for (int i=0; i < align.getWidth();i++) {\r
  21         cons2[i][j] = 0;\r
  22       }\r
  23     }\r
  24 \r
  25     return cons2;\r
  26   }\r
  27   public static int getPixelHeight(int i, int j,int charHeight) {\r
  28     int h=0;\r
  29     while (i < j) {\r
  30       h += charHeight;\r
  31       i++;\r
  32     }\r
  33     return h;\r
  34   }\r
  35 \r
  36 \r
  37     public static Vector substitution_rates (AlignmentI align, int start, int end) {\r
  38 \r
  39         Vector rates = new Vector();\r
  40 \r
  41         int len = (end-start+1);\r
  42 \r
  43         // Turn seqs into char arrays\r
  44 \r
  45         int[][] seqint = new int[align.getHeight()][len];\r
  46 \r
  47 \r
  48         for (int j = 0; j < align.getHeight(); j++) {\r
  49 \r
  50             SequenceI seq = align.getSequenceAt(j);\r
  51 \r
  52             for (int i = 0 ; i < len; i++) {\r
  53                 char c = seq.getCharAt(start + i - 1);\r
  54 \r
  55                 if (c == 'A') {\r
  56                     seqint[j][i] = 0;\r
  57                 } else if (c == 'C') {\r
  58                     seqint[j][i] = 1;\r
  59                 } else if (c == 'T') {\r
  60                     seqint[j][i] = 2;\r
  61                 } else if (c == 'G') {\r
  62                     seqint[j][i] = 3;\r
  63                 } else {\r
  64                     seqint[j][i] = -1;\r
  65                 }\r
  66 \r
  67             }\r
  68 \r
  69         }\r
  70 \r
  71 \r
  72         //      print_matrix(seqint,2,len);     for (int j = 0; j < align.getHeight(); j++) {\r
  73 \r
  74             for (int j = 0; j < align.getHeight(); j++) {\r
  75 \r
  76                 for (int k = 0; k < align.getHeight(); k++) {\r
  77 \r
  78                 int counts[][] = new int[4][4];\r
  79                 int tot  = 0;\r
  80                 int tots[] = new int[4];\r
  81                 int fulltot = 0;\r
  82                 int fulltots[] = new int[4];\r
  83 \r
  84                 for (int i = 0 ; i < len; i++) {\r
  85 \r
  86                     if (k != j) {\r
  87 \r
  88                         //                      System.out.println("Seq " + j + " " + k + " " + i + " " + seqint[j][i] + " " + seqint[k][i]);\r
  89                         if (seqint[j][i] >= 0 &&\r
  90                             seqint[k][i] >= 0) {\r
  91                             counts[seqint[k][i]][seqint[j][i]]++;\r
  92 \r
  93                             //  print_matrix(counts,4,4);\r
  94                             tots[seqint[j][i]]++;\r
  95                             tot++;\r
  96                         }\r
  97                         if (seqint[j][i] != -1) {\r
  98                             fulltots[seqint[j][i]]++;\r
  99                             fulltot++;\r
 100                         }\r
 101                     }\r
 102                 }\r
 103 \r
 104                 if (k != j) {\r
 105 \r
 106                     System.out.println();\r
 107 \r
 108                     System.out.println("Sequence " + align.getSequenceAt(j).getName() + " "  + align.getSequenceAt(k).getName());\r
 109 \r
 110                     System.out.println();\r
 111                     print_matrix(counts,4,4);\r
 112                     System.out.println();\r
 113 \r
 114 \r
 115 \r
 116                     double[][] out = new double[4][4];// = constant_multiply_matrix(counts,1.0/tot,4,4);\r
 117 \r
 118                     for (int i = 0; i < 4; i++) {\r
 119                         for (int jj = 0; jj < 4; jj++) {\r
 120                             out[i][jj] = (double)counts[i][jj]/tots[jj];\r
 121                         }\r
 122                     }\r
 123 \r
 124                     print_matrix(out,4,4);\r
 125                     System.out.println();\r
 126 \r
 127 \r
 128                     System.out.print("RATES\t");\r
 129                     System.out.print(align.getSequenceAt(j).getName() + "\t"  + align.getSequenceAt(k).getName() + "\t");\r
 130 \r
 131                     for (int i = 0; i < 4; i++) {\r
 132                         for (int jj = 0; jj < 4; jj++) {\r
 133                             Format.print(System.out,"%4.3f\t",out[i][jj]);\r
 134                         }\r
 135                     }\r
 136                     System.out.println();\r
 137 \r
 138                     for (int i = 0; i < 4; i++) {\r
 139                         Format.print(System.out,"%4.3f\t",(double)fulltots[i]*1.0/fulltot);\r
 140                     }\r
 141 \r
 142                     System.out.println();\r
 143                     System.out.print("\nGC ");\r
 144 \r
 145                     Format.print(System.out,"%4.3f\t",(double)(100*fulltots[1]+fulltots[3])/fulltot);\r
 146 \r
 147                     System.out.print((fulltots[1]+fulltots[3]) + "\t" + fulltot);\r
 148 \r
 149 \r
 150                     System.out.println();\r
 151 \r
 152                     rates.addElement(out);\r
 153                 }\r
 154 \r
 155             }\r
 156         }\r
 157         return rates;\r
 158     }\r
 159 \r
 160     public static double[][]  constant_multiply_matrix(int[][] matrix, double c,int n, int m) {\r
 161         double[][] out = new double[n][m];\r
 162 \r
 163         for (int i = 0; i < n; i++) {\r
 164             for (int j = 0; j < m; j++) {\r
 165 \r
 166                 out[i][j] = matrix[i][j]*c;\r
 167             }\r
 168         }\r
 169         return out;\r
 170     }\r
 171 \r
 172 \r
 173     public static void print_matrix(int[][] matrix, int n, int m) {\r
 174 \r
 175 \r
 176         for (int i = 0; i < n; i++) {\r
 177             for (int j = 0; j < m; j++) {\r
 178 \r
 179                 System.out.print(matrix[i][j] + "\t");\r
 180             }\r
 181             System.out.println();\r
 182         }\r
 183     }\r
 184     public static void print_matrix(double[][] matrix, int n, int m) {\r
 185 \r
 186 \r
 187         for (int i = 0; i < n; i++) {\r
 188             for (int j = 0; j < m; j++) {\r
 189 \r
 190                 Format.print(System.out,"%4.3f\t",matrix[i][j]);\r
 191 \r
 192             }\r
 193             System.out.println();\r
 194         }\r
 195     }\r
 196 \r
 197     public static Hashtable findKmers(SequenceI seq, int start, int end, Vector kmers) {\r
 198 \r
 199          Hashtable pos = new Hashtable();\r
 200 \r
 201          for (int j = 0; j < kmers.size(); j++) {\r
 202 \r
 203            String   kmer    = ((Sequence)kmers.elementAt(j)).getSequence();\r
 204            Sequence kmerseq = (Sequence)kmers.elementAt(j);\r
 205 \r
 206            if (end < seq.getLength()) {\r
 207 \r
 208                String str = seq.getSequence(start,end);\r
 209 \r
 210                int i = 0;\r
 211 \r
 212                while (str.indexOf(kmer,i) != -1) {\r
 213 \r
 214                //               System.out.println("STring " + str + " " + i);\r
 215                    int coord = str.indexOf(kmer,i);\r
 216 \r
 217                    pos.put(new Integer(coord),new Integer(kmerseq.getLength()));\r
 218 \r
 219                    i  = coord + 1;\r
 220 \r
 221                }\r
 222            }\r
 223          }\r
 224          return pos;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     public static void fetchSequenceFeatures(AlignmentI al, jalview.gui.AlignmentPanel ap)\r
 228     {\r
 229       SequenceFeatureFetcher sft = new SequenceFeatureFetcher(al, ap);\r
 230     }\r
 231 \r
 232 }\r