src/jalview/analysis/CompareAlignments.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.analysis;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public class CompareAlignments {\r
  29     Vector align;\r
  30     String refId;\r
  31     Vector ids;\r
  32 \r
  33     public CompareAlignments(Vector align) {\r
  34         this.align = align;\r
  35 \r
  36         ids = new Vector();\r
  37 \r
  38         Alignment al0 = (Alignment) align.elementAt(0);\r
  39 \r
  40         for (int i = 0; i < al0.getHeight(); i++) {\r
  41             SequenceI seq = al0.getSequenceAt(i);\r
  42 \r
  43             ids.addElement(seq.getName());\r
  44 \r
  45             if (i == 0) {\r
  46                 setReferenceId(seq.getName());\r
  47             }\r
  48         }\r
  49     }\r
  50 \r
  51     public void compare() {\r
  52         Hashtable positions = new Hashtable();\r
  53 \r
  54         for (int k = 0; k < ids.size(); k++) {\r
  55             String id = (String) ids.elementAt(k);\r
  56 \r
  57             System.out.println("Ids " + id + " " + refId);\r
  58 \r
  59             if (!id.equals(refId)) {\r
  60                 Hashtable fullhash = new Hashtable();\r
  61 \r
  62                 for (int i = 0; i < align.size(); i++) {\r
  63                     System.out.println("Alignment " + i);\r
  64 \r
  65                     Alignment al = (Alignment) align.elementAt(i);\r
  66 \r
  67                     SequenceI refseq = null;\r
  68 \r
  69                     for (int j = 0; j < al.getHeight(); j++) {\r
  70                         if (((SequenceI) al.getSequenceAt(j)).getName().equals(refId)) {\r
  71                             refseq = (SequenceI) al.getSequenceAt(j);\r
  72                         }\r
  73                     }\r
  74 \r
  75                     if (refseq != null) {\r
  76                         System.out.println("Refseq " + refseq.getName());\r
  77 \r
  78                         for (int jj = 0; jj < al.getHeight(); jj++) {\r
  79                             SequenceI seq = (SequenceI) al.getSequenceAt(jj);\r
  80 \r
  81                             if (seq.getName().equals(id)) {\r
  82                                 Hashtable hash = getAlignPositions(seq, refseq);\r
  83 \r
  84                                 Enumeration keys = hash.keys();\r
  85 \r
  86                                 while (keys.hasMoreElements()) {\r
  87                                     Integer key = (Integer) keys.nextElement();\r
  88 \r
  89                                     //                          System.out.println(key + " " + hash.get(key));\r
  90                                     if (fullhash.get(key) == null) {\r
  91                                         fullhash.put(key, new Vector());\r
  92                                     }\r
  93 \r
  94                                     Vector tmp = (Vector) fullhash.get(key);\r
  95 \r
  96                                     tmp.addElement(hash.get(key));\r
  97                                 }\r
  98                             }\r
  99                         }\r
 100                     }\r
 101                 }\r
 102 \r
 103                 System.out.println("\nId " + id);\r
 104 \r
 105                 Enumeration keys = fullhash.keys();\r
 106 \r
 107                 int totdiff = 0;\r
 108 \r
 109                 while (keys.hasMoreElements()) {\r
 110                     Integer key = (Integer) keys.nextElement();\r
 111 \r
 112                     Vector tmp = (Vector) fullhash.get(key);\r
 113 \r
 114                     int diff0 = ((Integer) tmp.elementAt(0)).intValue();\r
 115                     ;\r
 116 \r
 117                     int diff = 0;\r
 118 \r
 119                     for (int l = 1; l < tmp.size(); l++) {\r
 120                         diff += Math.abs(diff0 -\r
 121                             ((Integer) tmp.elementAt(l)).intValue());\r
 122                     }\r
 123 \r
 124                     if (diff > 0) {\r
 125                         totdiff++;\r
 126                         System.out.print(id + " Ref pos " + key + " : " +\r
 127                             diff0 + " " + diff + " : ");\r
 128 \r
 129                         for (int l = 1; l < tmp.size(); l++) {\r
 130                             System.out.print(diff0 -\r
 131                                 ((Integer) tmp.elementAt(l)).intValue() + " ");\r
 132                         }\r
 133 \r
 134                         System.out.println();\r
 135                     }\r
 136                 }\r
 137 \r
 138                 System.out.println("Total " + id + " " + totdiff);\r
 139             }\r
 140         }\r
 141     }\r
 142 \r
 143     public void setReferenceId(String id) {\r
 144         this.refId = id;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     public Hashtable getAlignPositions(SequenceI seq1, SequenceI seq2) {\r
 148         Hashtable hash = new Hashtable();\r
 149 \r
 150         int i = 0;\r
 151 \r
 152         int pos1 = 0;\r
 153         int pos2 = 0;\r
 154 \r
 155         while (i < seq1.getLength()) {\r
 156             char c1 = seq1.getCharAt(i);\r
 157             char c2 = seq2.getCharAt(i);\r
 158 \r
 159             if (c1 != '-') {\r
 160                 pos1++;\r
 161             }\r
 162 \r
 163             if (c2 != '-') {\r
 164                 pos2++;\r
 165             }\r
 166 \r
 167             if (c1 != '-') {\r
 168                 hash.put(new Integer(pos1), new Integer(pos2));\r
 169             }\r
 170 \r
 171             i++;\r
 172         }\r
 173 \r
 174         return hash;\r
 175     }\r
 176 }\r