src/jalview/analysis/scoremodels/DistanceScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   6 import jalview.math.MatrixI;
   7
   8 public abstract class DistanceScoreModel implements ScoreModelI
   9 {
  10   /**
  11    * A similarity score is calculated by first computing a distance score, and
  12    * then reversing the min-max range of the score values
  13    */
  14   @Override
  15   public MatrixI findSimilarities(AlignmentView seqData,
  16           SimilarityParamsI options)
  17   {
  18     MatrixI result = findDistances(seqData, options);
  19
  20     /*
  21      * reverse the range of score values so that
  22      * max becomes min and vice versa
  23      */
  24     result.reverseRange(false);
  25
  26     return result;
  27   }
  28 }