src/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4
   5 import jalview.analysis.AlignSeq;
   6 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   7 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   9 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  10 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.util.Comparison;
  13
  14 public class FeatureScoreModel implements ScoreModelI,ViewBasedAnalysisI
  15 {
  16   jalview.api.FeatureRenderer fr;
  17
  18   @Override
  19   public boolean configureFromAlignmentView(jalview.api.AlignmentViewPanel view)
  20   {
  21     fr = view.cloneFeatureRenderer();
  22     return true;
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  27   {
  28
  29     SequenceI[] sequenceString = seqData
  30             .getVisibleAlignment(Comparison.GapChars.charAt(0)).getSequencesArray();
  31     int noseqs = sequenceString.length;
  32     int cpwidth = seqData.getWidth();
  33     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  34     float max=0;
  35     for (int cpos = 0;cpos<cpwidth;cpos++)
  36     {
  37       // get visible features at cpos under view's display settings and compare them
  38       for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  39       {
  40         SequenceFeature[] sf = fr.getVisible(sequenceString[i],cpos);
  41         for (int j=i+1;j<noseqs;j++)
  42         {
  43           SequenceFeature[] jsf = fr.getVisible(sequenceString[i],cpos);
  44
  45
  46         if (max < distance[i][j])
  47         {
  48           max = distance[i][j];
  49         }
  50       }
  51     }
  52     }
  53
  54     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  55     {
  56       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  57       {
  58         distance[i][j] = max - distance[i][j];
  59         distance[j][i] = distance[i][j];
  60       }
  61     }
  62
  63     return distance;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String getName()
  68   {
  69     return "Smith Waterman Score";
  70   }
  71   @Override
  72   public boolean isDNA()
  73   {
  74     return true;
  75   }
  76   @Override
  77   public boolean isProtein()
  78   {
  79     return true;
  80   }
  81   public String toString() {
  82     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  83   }
  84 }