src/jalview/analysis/scoremodels/SWDistanceModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.DistanceScoreModelI;
  25 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.math.Matrix;
  29 import jalview.math.MatrixI;
  30 import jalview.util.Comparison;
  31
  32 public class SWDistanceModel implements DistanceScoreModelI
  33 {
  34
  35   @Override
  36   public MatrixI findDistances(AlignmentView seqData,
  37           SimilarityParamsI options)
  38   {
  39     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  40             Comparison.GAP_SPACE).getSequencesArray();
  41     int noseqs = sequenceString.length;
  42     double[][] distances = new double[noseqs][noseqs];
  43
  44     double max = -1;
  45
  46     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  47     {
  48       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  49       {
  50         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  51                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  52         as.calcScoreMatrix();
  53         as.traceAlignment();
  54         as.printAlignment(System.out);
  55         distances[i][j] = as.maxscore;
  56
  57         if (max < distances[i][j])
  58         {
  59           max = distances[i][j];
  60         }
  61       }
  62     }
  63
  64     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  65     {
  66       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  67       {
  68         distances[i][j] = max - distances[i][j];
  69         distances[j][i] = distances[i][j];
  70       }
  71     }
  72
  73     return new Matrix(distances);
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public String getName()
  78   {
  79     return "Smith Waterman Score";
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public boolean isDNA()
  84   {
  85     return true;
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public boolean isProtein()
  90   {
  91     return true;
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public String toString()
  96   {
  97     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  98   }
  99 }