src/jalview/analysis/scoremodels/SimilarityScoreModel.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   4 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   6 import jalview.math.MatrixI;
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   8 public abstract class SimilarityScoreModel implements ScoreModelI
   9 {
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  11   /**
  12    * Computed similarity scores are converted to distance scores by subtracting
  13    * every value from the maximum value. That is, maximum similarity corresponds
  14    * to zero distance, and smaller similarities to larger distances.
  15    */
  16   @Override
  17   public MatrixI findDistances(AlignmentView seqData,
  18           SimilarityParamsI options)
  19   {
  20     MatrixI result = findSimilarities(seqData, options);
  21
  22     /*
  23      * reverse the range of the scores mapping the maximum to zero
  24      */
  25     result.reverseRange(true);
  26
  27     return result;
  28   }
  29
  30 }