src/jalview/analysis/scoremodels/SmithWatermanModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  25 import jalview.api.analysis.SimilarityScoreModelI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.math.Matrix;
  29 import jalview.math.MatrixI;
  30 import jalview.util.Comparison;
  31
  32 /**
  33  * A class that computes pairwise similarity scores using the Smith-Waterman
  34  * alignment algorithm
  35  */
  36 public class SmithWatermanModel implements SimilarityScoreModelI
  37 {
  38   private static final String NAME = "Smith Waterman Score";
  39
  40   @Override
  41   public MatrixI findSimilarities(AlignmentView seqData,
  42           SimilarityParamsI options)
  43   {
  44     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  45             Comparison.GAP_SPACE).getSequencesArray();
  46     int noseqs = sequenceString.length;
  47     double[][] distances = new double[noseqs][noseqs];
  48
  49     double max = -1;
  50
  51     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  52     {
  53       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  54       {
  55         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  56                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  57         as.calcScoreMatrix();
  58         as.traceAlignment();
  59         as.printAlignment(System.out);
  60         distances[i][j] = as.maxscore;
  61
  62         if (max < distances[i][j])
  63         {
  64           max = distances[i][j];
  65         }
  66       }
  67     }
  68
  69     return new Matrix(distances);
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public String getName()
  74   {
  75     return NAME;
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public boolean isDNA()
  80   {
  81     return true;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public boolean isProtein()
  86   {
  87     return true;
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public String toString()
  92   {
  93     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  94   }
  95 }