src/jalview/api/AlignViewportI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.CigarArray;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  31 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36 import jalview.viewmodel.ViewportPositionProps;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map;
  42
  43 /**
  44  * @author jimp
  45  *
  46  */
  47 public interface AlignViewportI extends ViewStyleI
  48 {
  49
  50   ViewportPositionProps getPosProps();
  51
  52   int getEndRes();
  53
  54   int getStartRes();
  55
  56   /**
  57    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
  58    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
  59    *
  60    * @return total height of annotation
  61    */
  62   public int calcPanelHeight();
  63
  64   /**
  65    * Answers true if the viewport has at least one column selected
  66    *
  67    * @return
  68    */
  69   boolean hasSelectedColumns();
  70
  71   /**
  72    * Answers true if the viewport has at least one hidden column
  73    *
  74    * @return
  75    */
  76   boolean hasHiddenColumns();
  77
  78   boolean isValidCharWidth();
  79
  80   boolean isShowConsensusHistogram();
  81
  82   boolean isShowSequenceLogo();
  83
  84   boolean isNormaliseSequenceLogo();
  85
  86   ColourSchemeI getGlobalColourScheme();
  87
  88   /**
  89    * Returns an object that describes colouring (including any thresholding or
  90    * fading) of the alignment
  91    *
  92    * @return
  93    */
  94   ResidueShaderI getResidueShading();
  95
  96   AlignmentI getAlignment();
  97
  98   ColumnSelection getColumnSelection();
  99
 100   ProfilesI getSequenceConsensusHash();
 101
 102   /**
 103    * Get consensus data table for the cDNA complement of this alignment (if any)
 104    *
 105    * @return
 106    */
 107   Hashtable[] getComplementConsensusHash();
 108
 109   Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash();
 110
 111   boolean isIgnoreGapsConsensus();
 112
 113   boolean isCalculationInProgress(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
 114
 115   AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot();
 116
 117   AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation();
 118
 119   /**
 120    * get the container for alignment consensus annotation
 121    *
 122    * @return
 123    */
 124   AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation();
 125
 126   /**
 127    * get the container for cDNA complement consensus annotation
 128    *
 129    * @return
 130    */
 131   AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation();
 132
 133   /**
 134    * Test to see if viewport is still open and active
 135    *
 136    * @return true indicates that all references to viewport should be dropped
 137    */
 138   boolean isClosed();
 139
 140   /**
 141    * Dispose of all references or resources held by the viewport
 142    */
 143   void dispose();
 144
 145   /**
 146    * get the associated calculation thread manager for the view
 147    *
 148    * @return
 149    */
 150   AlignCalcManagerI getCalcManager();
 151
 152   /**
 153    * get the percentage gaps allowed in a conservation calculation
 154    *
 155    */
 156   public int getConsPercGaps();
 157
 158   /**
 159    * set the consensus result object for the viewport
 160    *
 161    * @param hconsensus
 162    */
 163   void setSequenceConsensusHash(ProfilesI hconsensus);
 164
 165   /**
 166    * Set the cDNA complement consensus for the viewport
 167    *
 168    * @param hconsensus
 169    */
 170   void setComplementConsensusHash(Hashtable[] hconsensus);
 171
 172   /**
 173    *
 174    * @return the alignment annotation row for the structure consensus
 175    *         calculation
 176    */
 177   AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 178
 179   /**
 180    * set the Rna structure consensus result object for the viewport
 181    *
 182    * @param hStrucConsensus
 183    */
 184   void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus);
 185
 186   /**
 187    * Sets the colour scheme for the background alignment (as distinct from
 188    * sub-groups, which may have their own colour schemes). A null value is used
 189    * for no residue colour (white).
 190    *
 191    * @param cs
 192    */
 193   void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs);
 194
 195   Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences();
 196
 197   void setHiddenRepSequences(
 198           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
 199
 200   /**
 201    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and group and
 202    * alignment associated auto-annotation state flags apply the current
 203    * group/autoannotation settings to the alignment view. Usually you should
 204    * call the AlignmentViewPanel.adjustAnnotationHeight() method afterwards to
 205    * ensure the annotation panel bounds are set correctly.
 206    *
 207    * @param applyGlobalSettings
 208    *          - apply to all autoannotation rows or just the ones associated
 209    *          with the current visible region
 210    * @param preserveNewGroupSettings
 211    *          - don't apply global settings to groups which don't already have
 212    *          group associated annotation
 213    */
 214   void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
 215           boolean preserveNewGroupSettings);
 216
 217   void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col);
 218
 219   Color getSequenceColour(SequenceI seq);
 220
 221   void updateSequenceIdColours();
 222
 223   SequenceGroup getSelectionGroup();
 224
 225   /**
 226    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
 227    * alignment. TODO: change to List<>
 228    *
 229    * @return array of references to sequence objects
 230    */
 231   SequenceI[] getSequenceSelection();
 232
 233   void clearSequenceColours();
 234
 235   /**
 236    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 237    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 238    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 239    * columns.
 240    *
 241    * @return String[]
 242    */
 243   CigarArray getViewAsCigars(boolean selectedRegionOnly);
 244
 245   /**
 246    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 247    * to an analysis function
 248    *
 249    * @param selectedOnly
 250    *          boolean true to just return the selected view
 251    * @return AlignmentView
 252    */
 253   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly);
 254
 255   /**
 256    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 257    * to an analysis function
 258    *
 259    * @param selectedOnly
 260    *          boolean true to just return the selected view
 261    * @param markGroups
 262    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the
 263    *          alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly
 264    *          is true)
 265    * @return AlignmentView
 266    */
 267   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly, boolean markGroups);
 268
 269   /**
 270    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 271    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 272    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 273    * columns. This method doesn't exclude hidden sequences from the output.
 274    *
 275    * @param selectedRegionOnly
 276    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
 277    *          exported
 278    * @return String[]
 279    */
 280   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly);
 281
 282   /**
 283    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 284    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 285    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 286    * columns.
 287    *
 288    * @param selectedRegionOnly
 289    *          - determines if only the selected region or entire alignment is
 290    *          exported
 291    * @param isExportHiddenSeqs
 292    *          - determines if hidden sequences would be exported or not.
 293    *
 294    * @return String[]
 295    */
 296   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly,
 297           boolean isExportHiddenSeqs);
 298
 299   void setSelectionGroup(SequenceGroup sg);
 300
 301   char getGapCharacter();
 302
 303   void setColumnSelection(ColumnSelection cs);
 304
 305   void setConservation(Conservation cons);
 306
 307   /**
 308    * get a copy of the currently visible alignment annotation
 309    *
 310    * @param selectedOnly
 311    *          if true - trim to selected regions on the alignment
 312    * @return an empty list or new alignment annotation objects shown only
 313    *         visible columns trimmed to selected region only
 314    */
 315   List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
 316           boolean selectedOnly);
 317
 318   FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed();
 319
 320   String getSequenceSetId();
 321
 322   boolean areFeaturesDisplayed();
 323
 324   void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI);
 325
 326   void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap);
 327
 328   /**
 329    * @return the padGaps
 330    */
 331   boolean isPadGaps();
 332
 333   /**
 334    * @param padGaps
 335    *          the padGaps to set
 336    */
 337   void setPadGaps(boolean padGaps);
 338
 339   /**
 340    * return visible region boundaries within given column range
 341    *
 342    * @param min
 343    *          first column (inclusive, from 0)
 344    * @param max
 345    *          last column (exclusive)
 346    * @return int[][] range of {start,end} visible positions
 347    */
 348   List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max);
 349
 350   /**
 351    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
 352    * whole alignment or just the current selection with start and end points
 353    * adjusted
 354    *
 355    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
 356    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
 357    * @return selection as new sequenceI objects
 358    */
 359   SequenceI[] getSelectionAsNewSequence();
 360
 361   void invertColumnSelection();
 362
 363   /**
 364    * broadcast selection to any interested parties
 365    */
 366   void sendSelection();
 367
 368   /**
 369    * calculate the row position for alignmentIndex if all hidden sequences were
 370    * shown
 371    *
 372    * @param alignmentIndex
 373    * @return adjusted row position
 374    */
 375   int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex);
 376
 377   boolean hasHiddenRows();
 378
 379   /**
 380    *
 381    * @return a copy of this view's current display settings
 382    */
 383   public ViewStyleI getViewStyle();
 384
 385   /**
 386    * update the view's display settings with the given style set
 387    *
 388    * @param settingsForView
 389    */
 390   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView);
 391
 392   /**
 393    * Returns a viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa,
 394    * or null if none is set.
 395    *
 396    * @return
 397    */
 398   AlignViewportI getCodingComplement();
 399
 400   /**
 401    * Sets the viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa.
 402    * Implementation should guarantee that the reciprocal relationship is always
 403    * set, i.e. each viewport is the complement of the other.
 404    */
 405   void setCodingComplement(AlignViewportI sl);
 406
 407   /**
 408    * Answers true if viewport hosts DNA/RNA, else false.
 409    *
 410    * @return
 411    */
 412   boolean isNucleotide();
 413
 414   /**
 415    * Returns an id guaranteed to be unique for this viewport.
 416    *
 417    * @return
 418    */
 419   String getViewId();
 420
 421   /**
 422    * Return true if view should scroll to show the highlighted region of a
 423    * sequence
 424    *
 425    * @return
 426    */
 427   boolean isFollowHighlight();
 428
 429   /**
 430    * Set whether view should scroll to show the highlighted region of a sequence
 431    */
 432   void setFollowHighlight(boolean b);
 433
 434   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings);
 435
 436   /**
 437    * check if current selection group is defined on the view, or is simply a
 438    * temporary group.
 439    *
 440    * @return true if group is defined on the alignment
 441    */
 442   boolean isSelectionDefinedGroup();
 443
 444   /**
 445    *
 446    * @return true if there are search results on the view
 447    */
 448   boolean hasSearchResults();
 449
 450   /**
 451    * set the search results for the view
 452    *
 453    * @param results
 454    *          - or null to clear current results
 455    */
 456   void setSearchResults(SearchResultsI results);
 457
 458   /**
 459    * get search results for this view (if any)
 460    *
 461    * @return search results or null
 462    */
 463   SearchResultsI getSearchResults();
 464
 465   int getStartSeq();
 466
 467   int getEndSeq();
 468 }