src/jalview/api/AlignViewportI.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.api;
   5
   6 import java.util.Hashtable;
   7
   8 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   9 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  10 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  11 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  12
  13 /**
  14  * @author jimp
  15  *
  16  */
  17 public interface AlignViewportI
  18 {
  19
  20   int getCharWidth();
  21
  22   int getEndRes();
  23
  24   int getCharHeight();
  25
  26   boolean hasHiddenColumns();
  27
  28   boolean isValidCharWidth();
  29
  30   boolean isShowConsensusHistogram();
  31
  32   boolean isShowSequenceLogo();
  33
  34   boolean isNormaliseSequenceLogo();
  35
  36   ColourSchemeI getGlobalColourScheme();
  37
  38   AlignmentI getAlignment();
  39
  40   ColumnSelection getColumnSelection();
  41
  42   Hashtable[] getSequenceConsensusHash();
  43
  44   Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash();
  45
  46   boolean getIgnoreGapsConsensus();
  47
  48   boolean getCentreColumnLabels();
  49
  50   boolean isCalculationInProgress(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
  51
  52   AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot();
  53
  54   AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation();
  55
  56   /**
  57    * Test to see if viewport is still open and active
  58    * @return true indicates that all references to viewport should be dropped
  59    */
  60   boolean isClosed();
  61   /**
  62    * get the associated calculation thread manager for the view
  63    * @return
  64    */
  65   AlignCalcManagerI getCalcManager();
  66
  67   /**
  68    * get the percentage gaps allowed in a conservation calculation
  69    *
  70    */
  71   public int getConsPercGaps();
  72 }