src/jalview/api/ComplexAlignFile.java

   1 package jalview.api;
   2
   3 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6
   7 /**
   8  * This interface should be implemented by complex file parser with the ability
   9  * to store linked data and complex view states in addition to alingment data
  10  *
  11  * @author tcnofoegbu
  12  *
  13  */
  14 public interface ComplexAlignFile
  15 {
  16   /**
  17    * Determines if Sequence features should be shown
  18    *
  19    * @return
  20    */
  21   public boolean isShowSeqFeatures();
  22
  23   /**
  24    * Obtains the colour scheme from a complex file parser
  25    *
  26    * @return
  27    */
  28   public ColourSchemeI getColourScheme();
  29
  30   /**
  31    * Retrieves the Column selection/hidden column from a complex file parser
  32    *
  33    * @return
  34    */
  35   public ColumnSelection getColumnSelection();
  36
  37   /**
  38    * Retrieves hidden sequences from a complex file parser
  39    *
  40    * @return
  41    */
  42   public SequenceI[] getHiddenSequences();
  43
  44 }