src/jalview/api/DBRefEntryI.java

   1 package jalview.api;
   2
   3 import jalview.datamodel.Mapping;
   4
   5
   6 public interface DBRefEntryI
   7 {
   8   public boolean equalRef(DBRefEntryI entry);
   9
  10   /**
  11    *
  12    * @return Source DB name for this entry
  13    */
  14   public String getSource();
  15
  16   /**
  17    *
  18    * @return Accession Id for this entry
  19    */
  20   public String getAccessionId();
  21
  22   /**
  23    *
  24    * @param accessionId
  25    *          Accession Id for this entry
  26    */
  27   public void setAccessionId(String accessionId);
  28
  29   /**
  30    *
  31    * @param source
  32    *          Source DB name for this entry
  33    */
  34   public void setSource(String source);
  35
  36   /**
  37    *
  38    * @return Source DB version for this entry
  39    */
  40   public String getVersion();
  41
  42   /**
  43    *
  44    * @param version
  45    *          Source DB version for this entry
  46    */
  47   public void setVersion(String version);
  48
  49   /**
  50    *
  51    * @param startRes
  52    *          index of start residue in the source DB
  53    */
  54   public void setStartRes(int startRes);
  55
  56   /**
  57    *
  58    * @return index of start residue in the source DB
  59    */
  60   public int getStartRes();
  61
  62   /**
  63    *
  64    * @param endRes
  65    *          index of end residue in the source DB
  66    */
  67   public void setEndRes(int endRes);
  68
  69   /**
  70    *
  71    * @return index of end residue in the source DB
  72    */
  73   public int getEndRes();
  74
  75   public Mapping getMap();
  76 }