src/jalview/api/JalviewApp.java

   1 package jalview.api;
   2
   3 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.NewickFile;
   7
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.net.URL;
  10
  11 public interface JalviewApp
  12 {
  13   public String getParameter(String name);
  14
  15   public boolean getDefaultParameter(String name, boolean def);
  16
  17   public URL getDocumentBase();
  18
  19   public URL getCodeBase();
  20
  21   public void setAlignPdbStructures(boolean defaultParameter);
  22
  23   public void newStructureView(PDBEntry pdb, SequenceI[] seqs,
  24           String[] chains, DataSourceType protocol);
  25
  26   public void alignedStructureView(PDBEntry[] pdb, SequenceI[][] seqs,
  27           String[][] chains, String[] protocols);
  28
  29   public void updateForAnnotations();
  30
  31   public AlignViewportI getViewport();
  32
  33   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state);
  34
  35   public boolean parseFeaturesFile(String param, DataSourceType protocol);
  36
  37   public void newFeatureSettings();
  38
  39   public boolean loadScoreFile(String sScoreFile) throws IOException;
  40
  41   public void loadTree(NewickFile fin, String treeFile) throws IOException;
  42
  43 }