src/jalview/appletgui/#OverviewPanel.java#

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.Frame;
  31 import java.awt.Graphics;
  32 import java.awt.Image;
  33 import java.awt.Panel;
  34 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  35 import java.awt.event.ComponentEvent;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  39
  40 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,
  41         MouseMotionListener, MouseListener
  42 {
  43   private OverviewDimensions od;
  44
  45   private Image miniMe;
  46
  47   private Image offscreen;
  48
  49   private AlignViewport av;
  50
  51   private AlignmentPanel ap;
  52
  53   private boolean resizing = false;
  54
  55   // This is set true if the user resizes whilst
  56   // the overview is being calculated
  57   private boolean resizeAgain = false;
  58
  59   // Can set different properties in this seqCanvas than
  60   // main visible SeqCanvas
  61   private SequenceRenderer sr;
  62
  63   private FeatureRenderer fr;
  64
  65   private Frame nullFrame;
  66
  67   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  68   {
  69     this.av = alPanel.av;
  70     this.ap = alPanel;
  71     setLayout(null);
  72     nullFrame = new Frame();
  73     nullFrame.addNotify();
  74
  75     sr = new SequenceRenderer(av);
  76     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();
  77     sr.renderGaps = false;
  78     sr.forOverview = true;
  79     fr = new FeatureRenderer(av);
  80
  81     od = new OverviewDimensions(av.getRanges(), av.isShowAnnotation());
  82
  83     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
  84     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  85     {
  86
  87       @Override
  88       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  89       {
  90         if ((getWidth() != od.getWidth())
  91                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
  92         {
  93           updateOverviewImage();
  94         }
  95       }
  96     });
  97
  98     addMouseMotionListener(this);
  99
 100     addMouseListener(this);
 101
 102     updateOverviewImage();
 103
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 108   {
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 113   {
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 118   {
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 123   {
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 128   {
 129     mouseAction(evt);
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 134   {
 135     mouseAction(evt);
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 140   {
 141     mouseAction(evt);
 142   }
 143
 144   private void mouseAction(MouseEvent evt)
 145   {
 146     od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av.getAlignment()
 147             .getHiddenSequences(), av.getColumnSelection(), av
 148             .getRanges());
 149     ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
 150     ap.paintAlignment(false);
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 155    */
 156   public void updateOverviewImage()
 157   {
 158     if (resizing)
 159     {
 160       resizeAgain = true;
 161       return;
 162     }
 163
 164     if (av.isShowSequenceFeatures())
 165     {
 166       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.fr);
 167     }
 168
 169     resizing = true;
 170
 171     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 172     {
 173       od.setWidth(getSize().width);
 174       od.setHeight(getSize().height);
 175     }
 176     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 177
 178     Thread thread = new Thread(this);
 179     thread.start();
 180     repaint();
 181   }
 182
 183   @Override
 184   public void run()
 185   {
 186     miniMe = null;
 187
 188     if (av.isShowSequenceFeatures())
 189     {
 190       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 191     }
 192
 193     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)
 194     {
 195       od.setWidth(getSize().width);
 196       od.setHeight(getSize().height);
 197     }
 198
 199     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 200
 201     miniMe = nullFrame.createImage(od.getWidth(), od.getHeight());
 202     offscreen = nullFrame.createImage(od.getWidth(), od.getHeight());
 203
 204     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 205 <<<<<<< HEAD
 206
 207     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
 208     int alheight = av.getAlignment().getAbsoluteHeight();
 209     float sampleCol = alwidth / (float) od.getWidth();
 210     float sampleRow = alheight / (float) od.getSequencesHeight();
 211 =======
 212     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;
 213     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;
 214
 215     int lastcol = 0, lastrow = 0;
 216     int xstart = 0, ystart = 0;
 217     Color color = Color.yellow;
 218     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;
 219     jalview.datamodel.SequenceI seq;
 220     final boolean hasHiddenRows = av.hasHiddenRows(), hasHiddenCols = av
 221             .hasHiddenColumns();
 222     boolean hiddenRow = false;
 223     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 224
 225     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 226     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)
 227     {
 228       if (resizeAgain)
 229       {
 230         break;
 231       }
 232       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 233       {
 234         sameRow++;
 235         continue;
 236       }
 237
 238       hiddenRow = false;
 239       if (hasHiddenRows)
 240       {
 241         seq = alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);
 242         if (seq == null)
 243         {
 244           int index = alignment.getHiddenSequences()
 245                   .findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);
 246
 247           seq = alignment.getSequenceAt(index);
 248         }
 249         else
 250         {
 251           hiddenRow = true;
 252         }
 253       }
 254       else
 255       {
 256         seq = alignment.getSequenceAt(lastrow);
 257       }
 258
 259       for (col = 0; col < width; col++)
 260       {
 261         if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 262                 && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 263         {
 264           sameCol++;
 265           continue;
 266         }
 267
 268         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 269
 270         if (seq.getLength() > lastcol)
 271         {
 272           color = sr.getResidueColour(seq, lastcol, finder);
 273         }
 274         else
 275         {
 276           color = Color.white;
 277         }
 278
 279         if (hiddenRow
 280                 || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection().isVisible(
 281                         lastcol)))
 282         {
 283           color = color.darker().darker();
 284         }
 285
 286         mg.setColor(color);
 287         if (sameCol == 1 && sameRow == 1)
 288         {
 289           mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);
 290         }
 291         else
 292         {
 293           mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 294         }
 295 >>>>>>> bug/JAL-2436featureRendererThreading
 296
 297     buildImage(sampleRow, sampleCol, mg);
 298
 299     if (av.isShowAnnotation())
 300     {
 301       for (int col = 0; col < od.getWidth() && !resizeAgain; col++)
 302       {
 303         mg.translate(col, od.getSequencesHeight());
 304         ap.annotationPanel.renderer.drawGraph(mg,
 305                 av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 306                 av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 307                 (int) (sampleCol) + 1, od.getGraphHeight(),
 308                 (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 309         mg.translate(-col, -od.getSequencesHeight());
 310       }
 311     }
 312     System.gc();
 313
 314     resizing = false;
 315
 316     setBoxPosition();
 317
 318     if (resizeAgain)
 319     {
 320       resizeAgain = false;
 321       updateOverviewImage();
 322     }
 323   }
 324
 325   /*
 326    * Build the overview panel image
 327    */
 328   private void buildImage(float sampleRow, float sampleCol, Graphics mg)
 329   {
 330     int lastcol = 0;
 331     int lastrow = 0;
 332     int xstart = 0;
 333     int ystart = 0;
 334     Color color = Color.yellow;
 335     int sameRow = 0;
 336     int sameCol = 0;
 337
 338     SequenceI seq = null;
 339
 340     final boolean hasHiddenCols = av.hasHiddenColumns();
 341     boolean hiddenRow = false;
 342
 343     for (int row = 0; row <= od.getSequencesHeight() && !resizeAgain; row++)
 344     {
 345       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 346       {
 347         sameRow++;
 348       }
 349       else
 350       {
 351         // get the sequence which would be at alignment index 'lastrow' if no
 352         // columns were hidden, and determine whether it is hidden or not
 353         hiddenRow = av.getAlignment().isHidden(lastrow);
 354         seq = av.getAlignment().getSequenceAtAbsoluteIndex(lastrow);
 355
 356         for (int col = 0; col < od.getWidth(); col++)
 357         {
 358           if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 359                   && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 360           {
 361             sameCol++;
 362           }
 363           else
 364           {
 365             lastcol = (int) (col * sampleCol);
 366
 367             color = getColumnColourFromSequence(seq, hiddenRow,
 368                     hasHiddenCols, lastcol);
 369
 370             mg.setColor(color);
 371             if (sameCol == 1 && sameRow == 1)
 372             {
 373               mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);
 374             }
 375             else
 376             {
 377               mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 378             }
 379
 380             xstart = col;
 381             sameCol = 1;
 382           }
 383         }
 384         lastrow = (int) (row * sampleRow);
 385         ystart = row;
 386         sameRow = 1;
 387       }
 388     }
 389   }
 390
 391   /*
 392    * Find the colour of a sequence at a specified column position
 393    */
 394   private Color getColumnColourFromSequence(
 395           jalview.datamodel.SequenceI seq, boolean hiddenRow,
 396           boolean hasHiddenCols, int lastcol)
 397   {
 398     Color color;
 399     if (seq.getLength() > lastcol)
 400     {
 401       color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol);
 402
 403       if (av.isShowSequenceFeatures())
 404       {
 405         color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 406       }
 407     }
 408     else
 409     {
 410       color = Color.white;
 411     }
 412
 413     if (hiddenRow
 414             || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection()
 415                     .isVisible(lastcol)))
 416     {
 417       color = color.darker().darker();
 418     }
 419     return color;
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 424    * changed
 425    *
 426    */
 427   public void setBoxPosition()
 428   {
 429     od.setBoxPosition(av.getAlignment()
 430             .getHiddenSequences(), av.getColumnSelection(), av.getRanges());
 431     repaint();
 432   }
 433
 434   @Override
 435   public void update(Graphics g)
 436   {
 437     paint(g);
 438   }
 439
 440   @Override
 441   public void paint(Graphics g)
 442   {
 443     Graphics og = offscreen.getGraphics();
 444     if (miniMe != null)
 445     {
 446       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 447       og.setColor(Color.red);
 448       od.drawBox(og);
 449       g.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 450     }
 451   }
 452
 453 }