src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;\r
  30 \r
  31 public class APopupMenu\r
  32     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  33 {\r
  34   Menu groupMenu = new Menu();\r
  35   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  43   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  44   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  46   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  47   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  48   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  49 \r
  50   final AlignmentPanel ap;\r
  51   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  52   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  53   Menu colourMenu = new Menu();\r
  54   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  57   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  58   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  60   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  61   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  62   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  63   Menu outputmenu = new Menu();\r
  64   Menu seqMenu = new Menu();\r
  65   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  66   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  67   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  68   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  69 \r
  70   Sequence seq;\r
  71   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  72   Menu menu1 = new Menu();\r
  73 \r
  74   Dialog editNameDialog;\r
  75   Button okDialog = new Button("Accept");\r
  76   Button cancelDialog = new Button("Cancel");;\r
  77 \r
  78   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  79   {\r
  80     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  81     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  82     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  83     //\r
  84     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  85     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  86 \r
  87     this.ap = apanel;\r
  88     this.seq = seq;\r
  89 \r
  90     try\r
  91     {\r
  92       jbInit();\r
  93     }\r
  94     catch (Exception e)\r
  95     {\r
  96       e.printStackTrace();\r
  97     }\r
  98 \r
  99     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
 100     {\r
 101       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
 102 \r
 103       item.addActionListener(this);\r
 104       outputmenu.add(item);\r
 105     }\r
 106 \r
 107     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 108 \r
 109     if (sg != null && sg.getSize()>0)\r
 110     {\r
 111       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 112       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 113       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 114       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 115       {\r
 116         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 117       }\r
 118 \r
 119     }\r
 120     else\r
 121     {\r
 122       remove(hideSeqs);\r
 123       remove(groupMenu);\r
 124     }\r
 125 \r
 126     if (links!=null)\r
 127     {\r
 128       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 129       MenuItem item;\r
 130       String link;\r
 131       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 132       {\r
 133         link = links.elementAt(i).toString();\r
 134         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 135         item = new MenuItem(target);\r
 136 \r
 137         final String url;\r
 138 \r
 139         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 140         {\r
 141           String id = seq.getName();\r
 142           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 143             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 144 \r
 145           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 146                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 147               + id +\r
 148               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 149         }\r
 150         else\r
 151           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 152 \r
 153            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 154            {\r
 155                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 156                {\r
 157                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 158                }\r
 159            });\r
 160           linkMenu.add(item);\r
 161       }\r
 162       if(seq!=null)\r
 163         seqMenu.add(linkMenu);\r
 164       else\r
 165         add(linkMenu);\r
 166     }\r
 167     if(seq!=null)\r
 168     {\r
 169       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 170       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 171     }\r
 172     else\r
 173       remove(seqMenu);\r
 174 \r
 175     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 176       remove(revealAll);\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 180   {\r
 181     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 182       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 183     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 184       showColourText_itemStateChanged();\r
 185     else if(evt.getSource()==showText)\r
 186       showText_itemStateChanged();\r
 187     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 188        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 192   {\r
 193     Object source = evt.getSource();\r
 194     if(source==clustalColour)\r
 195       clustalColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==zappoColour)\r
 197       zappoColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==taylorColour)\r
 199       taylorColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 201       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 202     else if(source==helixColour)\r
 203       helixColour_actionPerformed();\r
 204     else if(source==strandColour)\r
 205       strandColour_actionPerformed();\r
 206     else if(source==turnColour)\r
 207       turnColour_actionPerformed();\r
 208     else if(source==buriedColour)\r
 209       buriedColour_actionPerformed();\r
 210     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 211       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 212 \r
 213     else if (source == userDefinedColour)\r
 214       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 215     else if (source == PIDColour)\r
 216       PIDColour_actionPerformed();\r
 217     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 218       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 219     else if (source == noColourmenuItem)\r
 220       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 221     else if (source == conservationMenuItem)\r
 222       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 223     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 224       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 225 \r
 226     else if(source == sequenceName)\r
 227       editName();\r
 228     else if (source==okDialog || source==cancelDialog)\r
 229     {\r
 230       editNameDialog.setVisible(false);\r
 231       if(source==cancelDialog)\r
 232         editNameDialog = null;\r
 233     }\r
 234     else if(source == pdb)\r
 235       addPDB();\r
 236     else if(source == hideSeqs)\r
 237       hideSequences(false);\r
 238     else if(source == repGroup)\r
 239       hideSequences(true);\r
 240     else if(source == revealAll)\r
 241     {\r
 242         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 243     }\r
 244 \r
 245     else if(source==copy)\r
 246       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 247     else if(source==cut)\r
 248       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 249     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 250     {\r
 251     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 252     Vector regions = new Vector();\r
 253     if (sg != null)\r
 254     {\r
 255       int start = sg.getStartRes();\r
 256       int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 257 \r
 258       do\r
 259       {\r
 260         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 261         {\r
 262           if(start==0)\r
 263             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 264 \r
 265           end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 266           if (start == end)\r
 267             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 268           if (end > sg.getEndRes())\r
 269             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 270         }\r
 271 \r
 272         regions.addElement(new int[]\r
 273                            {start, end});\r
 274 \r
 275         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 276         {\r
 277           start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 278           start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 279         }\r
 280       }\r
 281       while (end < sg.getEndRes());\r
 282 \r
 283       int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 284       for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 285       {\r
 286         startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 287       }\r
 288 \r
 289 \r
 290       String description;\r
 291       int caseChange;\r
 292 \r
 293       if(source==toggleCase)\r
 294       {\r
 295         description = "Toggle Case";\r
 296         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 297       }\r
 298       else if(source==toUpper)\r
 299       {\r
 300         description = "To Upper Case";\r
 301         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 302       }\r
 303       else\r
 304       {\r
 305         description = "To Lower Case";\r
 306         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 307       }\r
 308 \r
 309       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 310           description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd, caseChange\r
 311           );\r
 312 \r
 313       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 314 \r
 315 \r
 316       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 317                                 ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 318 \r
 319     }\r
 320     }\r
 321     else\r
 322       outputText(evt);\r
 323 \r
 324   }\r
 325 \r
 326   void outputText(ActionEvent e)\r
 327   {\r
 328     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 329     Vector vseqs = new Vector();\r
 330 \r
 331       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 332       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 333       if (selection != null)\r
 334       {\r
 335         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 336         {\r
 337           Sequence seq = new Sequence(\r
 338               seqs[i].getName(),\r
 339               selection[i],\r
 340               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 341           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 342           vseqs.addElement( seq );\r
 343       }\r
 344     }\r
 345 \r
 346     Frame frame = new Frame();\r
 347     frame.add(cap);\r
 348     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 349                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 350                                      600, 500);\r
 351 \r
 352     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 353         e.getActionCommand(),\r
 354         vseqs,\r
 355         ap.av.showJVSuffix));\r
 356 \r
 357   }\r
 358 \r
 359   void editName()\r
 360   {\r
 361     TextField id = new TextField(seq.getName(), 40);\r
 362     TextField description = new TextField(seq.getDescription(), 40);\r
 363     Panel panel = new Panel(new BorderLayout());\r
 364     Panel panel2 = new Panel(new BorderLayout());\r
 365     panel2.add(new Label("       Sequence Name "), BorderLayout.WEST);\r
 366     panel2.add(id, BorderLayout.CENTER);\r
 367     panel.add(panel2, BorderLayout.NORTH);\r
 368     panel2 = new Panel(new BorderLayout());\r
 369     panel2.add(new Label("Sequence Description "), BorderLayout.WEST);\r
 370     panel2.add(description, BorderLayout.CENTER);\r
 371     panel.add(panel2, BorderLayout.CENTER);\r
 372 \r
 373     panel2 = new Panel(new FlowLayout());\r
 374 \r
 375     panel2.add(okDialog);\r
 376     panel2.add(cancelDialog);\r
 377 \r
 378     panel.add(panel2, BorderLayout.SOUTH);\r
 379 \r
 380     editNameDialog = new Dialog(ap.alignFrame,\r
 381       "Edit Sequence Name / Description",\r
 382       true);\r
 383 \r
 384     editNameDialog.add(panel, BorderLayout.NORTH);\r
 385 \r
 386     editNameDialog.setBounds(ap.alignFrame.getBounds().x\r
 387                              +(ap.alignFrame.getSize().width-500)/2 ,\r
 388                              ap.alignFrame.getBounds().y\r
 389                              +(ap.alignFrame.getSize().height-120)/2,\r
 390                              500, 120);\r
 391 \r
 392     editNameDialog.show();\r
 393 \r
 394     if (editNameDialog != null)\r
 395     {\r
 396       seq.setName(id.getText());\r
 397       seq.setDescription(description.getText());\r
 398       ap.repaint();\r
 399     }\r
 400   }\r
 401 \r
 402   void addPDB()\r
 403   {\r
 404     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 405     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 406     cap.setPDBImport(seq);\r
 407     Frame frame = new Frame();\r
 408     frame.add(cap);\r
 409     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 410   }\r
 411 \r
 412   private void jbInit()\r
 413       throws Exception\r
 414   {\r
 415     groupMenu.setLabel("Group");\r
 416     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 417 \r
 418     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 419     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 420 \r
 421     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 422     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 423     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 424     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 425     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 426     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 427     showBoxes.setState(true);\r
 428     showBoxes.addItemListener(this);\r
 429     sequenceName.addActionListener(this);\r
 430 \r
 431     showText.setLabel("Text");\r
 432     showText.addItemListener(this);\r
 433     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 434     showColourText.addItemListener(this);\r
 435     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 436     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 437     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 438     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 439     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 440     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 441     menu1.setLabel("Group");\r
 442     add(groupMenu);\r
 443     this.add(seqMenu);\r
 444     this.add(hideSeqs);\r
 445     this.add(revealAll);\r
 446     groupMenu.add(editMenu);\r
 447     groupMenu.add(outputmenu);\r
 448     groupMenu.add(menu1);\r
 449     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 450     colourMenu.add(clustalColour);\r
 451     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 452     colourMenu.add(PIDColour);\r
 453     colourMenu.add(zappoColour);\r
 454     colourMenu.add(taylorColour);\r
 455     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 456     colourMenu.add(helixColour);\r
 457     colourMenu.add(strandColour);\r
 458     colourMenu.add(turnColour);\r
 459     colourMenu.add(buriedColour);\r
 460     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 461     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 462     colourMenu.addSeparator();\r
 463     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 464     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 465 \r
 466     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 467     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 468 \r
 469     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 470     clustalColour.addActionListener(this);\r
 471     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 472     zappoColour.addActionListener(this);\r
 473     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 474     taylorColour.addActionListener(this);\r
 475     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 476     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 477     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 478     helixColour.addActionListener(this);\r
 479     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 480     strandColour.addActionListener(this);\r
 481     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 482     turnColour.addActionListener(this);\r
 483     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 484     buriedColour.addActionListener(this);\r
 485     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 486 \r
 487     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 488     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 489     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 490     PIDColour.addActionListener(this);\r
 491     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 492     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 493     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 494 \r
 495     editMenu.add(copy);\r
 496     copy.addActionListener(this);\r
 497     editMenu.add(cut);\r
 498     cut.addActionListener(this);\r
 499     editMenu.add(toUpper);\r
 500     toUpper.addActionListener(this);\r
 501     editMenu.add(toLower);\r
 502     toLower.addActionListener(this);\r
 503     editMenu.add(toggleCase);\r
 504     seqMenu.add(sequenceName);\r
 505     seqMenu.add(pdb);\r
 506     seqMenu.add(repGroup);\r
 507     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 508     menu1.add(colourMenu);\r
 509     menu1.add(showBoxes);\r
 510     menu1.add(showText);\r
 511     menu1.add(showColourText);\r
 512     toggleCase.addActionListener(this);\r
 513     pdb.addActionListener(this);\r
 514     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 515     repGroup.addActionListener(this);\r
 516     revealAll.addActionListener(this);\r
 517     okDialog.addActionListener(this);\r
 518     cancelDialog.addActionListener(this);\r
 519 \r
 520   }\r
 521 \r
 522   void refresh()\r
 523   {\r
 524     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 525     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 526       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 527   }\r
 528 \r
 529   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 530   {\r
 531     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 532     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 533                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 534     refresh();\r
 535   }\r
 536 \r
 537   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 538   {\r
 539     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 540     refresh();\r
 541   }\r
 542 \r
 543   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 544   {\r
 545     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 546     refresh();\r
 547   }\r
 548 \r
 549   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 550   {\r
 551     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 552     refresh();\r
 553   }\r
 554 \r
 555   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 556   {\r
 557     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 558     refresh();\r
 559   }\r
 560 \r
 561   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 562   {\r
 563     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 564     refresh();\r
 565   }\r
 566 \r
 567   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 568   {\r
 569     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 570     refresh();\r
 571   }\r
 572 \r
 573   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 574   {\r
 575     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 576     refresh();\r
 577   }\r
 578 \r
 579   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 580   {\r
 581     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 582     refresh();\r
 583   }\r
 584 \r
 585   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 586   {\r
 587     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 588     if(sg.cs==null)\r
 589           return;\r
 590 \r
 591     if (abovePIDColour.getState())\r
 592     {\r
 593       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 594                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 595       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 596           getGroup().getName());\r
 597 \r
 598       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 599 \r
 600       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 601 \r
 602     }\r
 603     else // remove PIDColouring\r
 604     {\r
 605       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 606     }\r
 607 \r
 608     refresh();\r
 609 \r
 610   }\r
 611 \r
 612   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 613   {\r
 614     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 615   }\r
 616 \r
 617   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 618   {\r
 619     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 620     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 621     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 622                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 623     refresh();\r
 624   }\r
 625 \r
 626   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 627   {\r
 628     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 629 \r
 630     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 631 \r
 632     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 633                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 634 \r
 635     refresh();\r
 636   }\r
 637 \r
 638   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 639   {\r
 640     getGroup().cs = null;\r
 641     refresh();\r
 642   }\r
 643 \r
 644   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 645   {\r
 646     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 647     if(sg.cs==null)\r
 648           return;\r
 649 \r
 650     if (conservationMenuItem.getState())\r
 651     {\r
 652 \r
 653       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 654                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 655                                         sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 656                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 657 \r
 658       c.calculate();\r
 659       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 660 \r
 661       sg.cs.setConservation(c);\r
 662 \r
 663       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 664       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 665     }\r
 666     else // remove ConservationColouring\r
 667     {\r
 668       sg.cs.setConservation(null);\r
 669     }\r
 670 \r
 671     refresh();\r
 672   }\r
 673 \r
 674 \r
 675   SequenceGroup getGroup()\r
 676   {\r
 677     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 678 \r
 679     // this method won't add a new group if it already exists\r
 680     if(sg!=null)\r
 681       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 682 \r
 683     return sg;\r
 684   }\r
 685 \r
 686   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 687   {\r
 688     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 689     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 690     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 691     ap.repaint();\r
 692   }\r
 693 \r
 694   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 695   {\r
 696     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 697     refresh();\r
 698   }\r
 699 \r
 700   public void showText_itemStateChanged()\r
 701   {\r
 702     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 703     refresh();\r
 704   }\r
 705 \r
 706   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 707   {\r
 708     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 709     refresh();\r
 710   }\r
 711 \r
 712   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 713   {\r
 714     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 715     if(sg==null || sg.getSize()<1)\r
 716     {\r
 717       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 718       return;\r
 719     }\r
 720 \r
 721     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 722 \r
 723     if (representGroup)\r
 724     {\r
 725       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 726 \r
 727       return;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     int gsize = sg.getSize();\r
 731     SequenceI[] hseqs;\r
 732 \r
 733     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 734 \r
 735     int index = 0;\r
 736     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 737     {\r
 738       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 739     }\r
 740 \r
 741     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 742     }\r
 743 \r
 744 }\r