src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;\r
  30 \r
  31 public class APopupMenu\r
  32     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  33 {\r
  34   Menu groupMenu = new Menu();\r
  35   MenuItem editGroupName = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  42   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  43   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  44   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  45   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  46   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  47   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  48   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  49   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  50 \r
  51   final AlignmentPanel ap;\r
  52   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  53   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  54   Menu colourMenu = new Menu();\r
  55   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  56   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  57   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  58   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  59   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  60   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  61   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  62   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  63   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  64   Menu outputmenu = new Menu();\r
  65   Menu seqMenu = new Menu();\r
  66   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  67   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  68   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  69   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");\r
  70 \r
  71   Sequence seq;\r
  72   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  73   Menu menu1 = new Menu();\r
  74 \r
  75   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  76   {\r
  77     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  78     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  79     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  80     //\r
  81     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  82     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  83 \r
  84     this.ap = apanel;\r
  85     this.seq = seq;\r
  86 \r
  87     try\r
  88     {\r
  89       jbInit();\r
  90     }\r
  91     catch (Exception e)\r
  92     {\r
  93       e.printStackTrace();\r
  94     }\r
  95 \r
  96     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  97     {\r
  98       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  99 \r
 100       item.addActionListener(this);\r
 101       outputmenu.add(item);\r
 102     }\r
 103 \r
 104     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 105 \r
 106     if (sg != null && sg.getSize()>0)\r
 107     {\r
 108       editGroupName.setLabel(sg.getName());\r
 109       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 110       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 111       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 112       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 113       {\r
 114         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 115       }\r
 116 \r
 117     }\r
 118     else\r
 119     {\r
 120       remove(hideSeqs);\r
 121       remove(groupMenu);\r
 122     }\r
 123 \r
 124     if (links!=null)\r
 125     {\r
 126       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 127       MenuItem item;\r
 128       String link;\r
 129       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 130       {\r
 131         link = links.elementAt(i).toString();\r
 132         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 133         item = new MenuItem(target);\r
 134 \r
 135         final String url;\r
 136 \r
 137         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 138         {\r
 139           String id = seq.getName();\r
 140           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 141             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 142 \r
 143           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 144                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 145               + id +\r
 146               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 147         }\r
 148         else\r
 149           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 150 \r
 151            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 152            {\r
 153                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 154                {\r
 155                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 156                }\r
 157            });\r
 158           linkMenu.add(item);\r
 159       }\r
 160       if(seq!=null)\r
 161         seqMenu.add(linkMenu);\r
 162       else\r
 163         add(linkMenu);\r
 164     }\r
 165     if(seq!=null)\r
 166     {\r
 167       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 168       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 169     }\r
 170     else\r
 171       remove(seqMenu);\r
 172 \r
 173     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 174       remove(revealAll);\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 178   {\r
 179     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 180       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 181     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 182       showColourText_itemStateChanged();\r
 183     else if(evt.getSource()==showText)\r
 184       showText_itemStateChanged();\r
 185     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 186        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 190   {\r
 191     Object source = evt.getSource();\r
 192     if(source==clustalColour)\r
 193       clustalColour_actionPerformed();\r
 194     else if(source==zappoColour)\r
 195       zappoColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==taylorColour)\r
 197       taylorColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 199       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==helixColour)\r
 201       helixColour_actionPerformed();\r
 202     else if(source==strandColour)\r
 203       strandColour_actionPerformed();\r
 204     else if(source==turnColour)\r
 205       turnColour_actionPerformed();\r
 206     else if(source==buriedColour)\r
 207       buriedColour_actionPerformed();\r
 208     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 209       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 210 \r
 211     else if (source == userDefinedColour)\r
 212       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 213     else if (source == PIDColour)\r
 214       PIDColour_actionPerformed();\r
 215     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 216       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 217     else if (source == noColourmenuItem)\r
 218       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 219     else if (source == conservationMenuItem)\r
 220       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 221     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 222       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 223 \r
 224     else if(source == sequenceName)\r
 225       editName();\r
 226     else if(source == pdb)\r
 227       addPDB();\r
 228     else if(source == hideSeqs)\r
 229       hideSequences(false);\r
 230     else if(source == repGroup)\r
 231       hideSequences(true);\r
 232     else if(source == revealAll)\r
 233     {\r
 234         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 235     }\r
 236 \r
 237     else if(source==editGroupName)\r
 238     {\r
 239       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 240           getGroup().getName(),\r
 241           getGroup().getDescription(),\r
 242           "       Group Name",\r
 243           "Group Description",\r
 244           ap,\r
 245           "Edit Group Name / Description");\r
 246 \r
 247       if (dialog.accept)\r
 248       {\r
 249 \r
 250         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
 251         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());\r
 252       }\r
 253 \r
 254     }\r
 255     else if(source==copy)\r
 256       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 257     else if(source==cut)\r
 258       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 259     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 260     {\r
 261     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 262     Vector regions = new Vector();\r
 263     if (sg != null)\r
 264     {\r
 265       int start = sg.getStartRes();\r
 266       int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 267 \r
 268       do\r
 269       {\r
 270         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 271         {\r
 272           if(start==0)\r
 273             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
 274 \r
 275           end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 276           if (start == end)\r
 277             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 278           if (end > sg.getEndRes())\r
 279             end = sg.getEndRes() + 1;\r
 280         }\r
 281 \r
 282         regions.addElement(new int[]\r
 283                            {start, end});\r
 284 \r
 285         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 286         {\r
 287           start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 288           start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 289         }\r
 290       }\r
 291       while (end < sg.getEndRes());\r
 292 \r
 293       int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
 294       for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 295       {\r
 296         startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 297       }\r
 298 \r
 299 \r
 300       String description;\r
 301       int caseChange;\r
 302 \r
 303       if(source==toggleCase)\r
 304       {\r
 305         description = "Toggle Case";\r
 306         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 307       }\r
 308       else if(source==toUpper)\r
 309       {\r
 310         description = "To Upper Case";\r
 311         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 312       }\r
 313       else\r
 314       {\r
 315         description = "To Lower Case";\r
 316         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 317       }\r
 318 \r
 319       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
 320           description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd, caseChange\r
 321           );\r
 322 \r
 323       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
 324 \r
 325 \r
 326       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 327                                 ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 328 \r
 329     }\r
 330     }\r
 331     else\r
 332       outputText(evt);\r
 333 \r
 334   }\r
 335 \r
 336   void outputText(ActionEvent e)\r
 337   {\r
 338     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 339 \r
 340     Frame frame = new Frame();\r
 341     frame.add(cap);\r
 342     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 343                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 344                                      600, 500);\r
 345 \r
 346     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 347         e.getActionCommand(),\r
 348       new Alignment( ap.av.getSelectionAsNewSequence() ),\r
 349         ap.av.showJVSuffix));\r
 350 \r
 351   }\r
 352 \r
 353   void editName()\r
 354   {\r
 355     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(\r
 356         seq.getName(),\r
 357         seq.getDescription(),\r
 358         "       Sequence Name",\r
 359         "Sequence Description",\r
 360         ap,\r
 361         "Edit Sequence Name / Description");\r
 362 \r
 363     if (dialog.accept)\r
 364     {\r
 365       seq.setName(dialog.getName());\r
 366       seq.setDescription(dialog.getDescription());\r
 367       ap.repaint();\r
 368     }\r
 369   }\r
 370 \r
 371   void addPDB()\r
 372   {\r
 373     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 374     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 375     cap.setPDBImport(seq);\r
 376     Frame frame = new Frame();\r
 377     frame.add(cap);\r
 378     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 379   }\r
 380 \r
 381   private void jbInit()\r
 382       throws Exception\r
 383   {\r
 384     groupMenu.setLabel("Group");\r
 385     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 386 \r
 387     editGroupName.addActionListener(this);\r
 388     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 389     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 390 \r
 391     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 392     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 393     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 394     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 395     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 396     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 397     showBoxes.setState(true);\r
 398     showBoxes.addItemListener(this);\r
 399     sequenceName.addActionListener(this);\r
 400 \r
 401     showText.setLabel("Text");\r
 402     showText.addItemListener(this);\r
 403     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 404     showColourText.addItemListener(this);\r
 405     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 406     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 407     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 408     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 409     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 410     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 411     menu1.setLabel("Group");\r
 412     add(groupMenu);\r
 413     this.add(seqMenu);\r
 414     this.add(hideSeqs);\r
 415     this.add(revealAll);\r
 416     groupMenu.add(editGroupName);\r
 417     groupMenu.add(editMenu);\r
 418     groupMenu.add(outputmenu);\r
 419     groupMenu.add(menu1);\r
 420     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 421     colourMenu.add(clustalColour);\r
 422     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 423     colourMenu.add(PIDColour);\r
 424     colourMenu.add(zappoColour);\r
 425     colourMenu.add(taylorColour);\r
 426     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 427     colourMenu.add(helixColour);\r
 428     colourMenu.add(strandColour);\r
 429     colourMenu.add(turnColour);\r
 430     colourMenu.add(buriedColour);\r
 431     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 432     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 433     colourMenu.addSeparator();\r
 434     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 435     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 436 \r
 437     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 438     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 439 \r
 440     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 441     clustalColour.addActionListener(this);\r
 442     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 443     zappoColour.addActionListener(this);\r
 444     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 445     taylorColour.addActionListener(this);\r
 446     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 447     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 448     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 449     helixColour.addActionListener(this);\r
 450     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 451     strandColour.addActionListener(this);\r
 452     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 453     turnColour.addActionListener(this);\r
 454     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 455     buriedColour.addActionListener(this);\r
 456     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 457 \r
 458     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 459     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 460     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 461     PIDColour.addActionListener(this);\r
 462     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 463     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 464     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 465 \r
 466     editMenu.add(copy);\r
 467     copy.addActionListener(this);\r
 468     editMenu.add(cut);\r
 469     cut.addActionListener(this);\r
 470     editMenu.add(toUpper);\r
 471     toUpper.addActionListener(this);\r
 472     editMenu.add(toLower);\r
 473     toLower.addActionListener(this);\r
 474     editMenu.add(toggleCase);\r
 475     seqMenu.add(sequenceName);\r
 476     seqMenu.add(pdb);\r
 477     seqMenu.add(repGroup);\r
 478     menu1.add(unGroupMenuItem);\r
 479     menu1.add(colourMenu);\r
 480     menu1.add(showBoxes);\r
 481     menu1.add(showText);\r
 482     menu1.add(showColourText);\r
 483     toggleCase.addActionListener(this);\r
 484     pdb.addActionListener(this);\r
 485     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 486     repGroup.addActionListener(this);\r
 487     revealAll.addActionListener(this);\r
 488   }\r
 489 \r
 490   void refresh()\r
 491   {\r
 492     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 493     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 494       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 495   }\r
 496 \r
 497   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 498   {\r
 499     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 500     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 501                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 502     refresh();\r
 503   }\r
 504 \r
 505   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 506   {\r
 507     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 508     refresh();\r
 509   }\r
 510 \r
 511   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 512   {\r
 513     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 514     refresh();\r
 515   }\r
 516 \r
 517   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 518   {\r
 519     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 520     refresh();\r
 521   }\r
 522 \r
 523   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 524   {\r
 525     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 526     refresh();\r
 527   }\r
 528 \r
 529   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 530   {\r
 531     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 532     refresh();\r
 533   }\r
 534 \r
 535   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 536   {\r
 537     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 538     refresh();\r
 539   }\r
 540 \r
 541   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 542   {\r
 543     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 544     refresh();\r
 545   }\r
 546 \r
 547   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 548   {\r
 549     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 550     refresh();\r
 551   }\r
 552 \r
 553   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 554   {\r
 555     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 556     if(sg.cs==null)\r
 557           return;\r
 558 \r
 559     if (abovePIDColour.getState())\r
 560     {\r
 561       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 562                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 563       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 564           getGroup().getName());\r
 565 \r
 566       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 567 \r
 568       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 569 \r
 570     }\r
 571     else // remove PIDColouring\r
 572     {\r
 573       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 574     }\r
 575 \r
 576     refresh();\r
 577 \r
 578   }\r
 579 \r
 580   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 581   {\r
 582     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 583   }\r
 584 \r
 585   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 586   {\r
 587     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 588     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 589     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 590                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 591     refresh();\r
 592   }\r
 593 \r
 594   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 595   {\r
 596     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 597 \r
 598     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 599 \r
 600     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 601                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 602 \r
 603     refresh();\r
 604   }\r
 605 \r
 606   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 607   {\r
 608     getGroup().cs = null;\r
 609     refresh();\r
 610   }\r
 611 \r
 612   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 613   {\r
 614     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 615     if(sg.cs==null)\r
 616           return;\r
 617 \r
 618     if (conservationMenuItem.getState())\r
 619     {\r
 620 \r
 621       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 622                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 623                                         sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,\r
 624                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 625 \r
 626       c.calculate();\r
 627       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 628 \r
 629       sg.cs.setConservation(c);\r
 630 \r
 631       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 632       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 633     }\r
 634     else // remove ConservationColouring\r
 635     {\r
 636       sg.cs.setConservation(null);\r
 637     }\r
 638 \r
 639     refresh();\r
 640   }\r
 641 \r
 642 \r
 643   SequenceGroup getGroup()\r
 644   {\r
 645     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 646 \r
 647     // this method won't add a new group if it already exists\r
 648     if(sg!=null)\r
 649       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 650 \r
 651     return sg;\r
 652   }\r
 653 \r
 654   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 655   {\r
 656     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 657     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 658     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 659     ap.repaint();\r
 660   }\r
 661 \r
 662   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 663   {\r
 664     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 665     refresh();\r
 666   }\r
 667 \r
 668   public void showText_itemStateChanged()\r
 669   {\r
 670     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 671     refresh();\r
 672   }\r
 673 \r
 674   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 675   {\r
 676     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 677     refresh();\r
 678   }\r
 679 \r
 680   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 681   {\r
 682     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 683     if(sg==null || sg.getSize()<1)\r
 684     {\r
 685       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 686       return;\r
 687     }\r
 688 \r
 689     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 690 \r
 691     if (representGroup)\r
 692     {\r
 693       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);\r
 694 \r
 695       return;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     int gsize = sg.getSize();\r
 699     SequenceI[] hseqs;\r
 700 \r
 701     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
 702 \r
 703     int index = 0;\r
 704     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
 705     {\r
 706       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 707     }\r
 708 \r
 709     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 710     }\r
 711 \r
 712 }\r