src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70 \r
  71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  72   {\r
  73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  76     //\r
  77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  79 \r
  80     this.ap = apanel;\r
  81     this.seq = seq;\r
  82 \r
  83     try\r
  84     {\r
  85       jbInit();\r
  86     }\r
  87     catch (Exception e)\r
  88     {\r
  89       e.printStackTrace();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.formats.size()-2; i++)\r
  93     {\r
  94       MenuItem item = new MenuItem( (String) jalview.io.AppletFormatAdapter.formats.\r
  95                                      elementAt(\r
  96                                          i));\r
  97       item.addActionListener(this);\r
  98       outputmenu.add(item);\r
  99     }\r
 100 \r
 101     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 102 \r
 103     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 104     {\r
 105       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 106       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 107       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 108       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 109       {\r
 110         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 111       }\r
 112 \r
 113     }\r
 114     else\r
 115     {\r
 116       remove(hideSeqs);\r
 117       remove(groupMenu);\r
 118     }\r
 119 \r
 120     if (links!=null)\r
 121     {\r
 122       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 123       MenuItem item;\r
 124       String link;\r
 125       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 126       {\r
 127         link = links.elementAt(i).toString();\r
 128         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 129         item = new MenuItem(target);\r
 130 \r
 131         final String url;\r
 132 \r
 133         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 134         {\r
 135           String id = seq.getName();\r
 136           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 137             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 138 \r
 139           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 140                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 141               + id +\r
 142               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 143         }\r
 144         else\r
 145           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 146 \r
 147         System.out.println("add "+url +" "+target);\r
 148            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 149            {\r
 150                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151                {\r
 152                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 153                }\r
 154            });\r
 155           linkMenu.add(item);\r
 156       }\r
 157       if(seq!=null)\r
 158         seqMenu.add(linkMenu);\r
 159       else\r
 160         add(linkMenu);\r
 161     }\r
 162     if(seq!=null)\r
 163     {\r
 164       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 165       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 166     }\r
 167     else\r
 168       remove(seqMenu);\r
 169 \r
 170     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 171       remove(revealAll);\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 175   {\r
 176     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 177       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 178     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 179       showColourText_itemStateChanged();\r
 180     else if(evt.getSource()==showText)\r
 181       showText_itemStateChanged();\r
 182     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 183        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 187   {\r
 188     Object source = evt.getSource();\r
 189     if(source==clustalColour)\r
 190       clustalColour_actionPerformed();\r
 191     else if(source==zappoColour)\r
 192       zappoColour_actionPerformed();\r
 193     else if(source==taylorColour)\r
 194       taylorColour_actionPerformed();\r
 195     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 196       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 197     else if(source==helixColour)\r
 198       helixColour_actionPerformed();\r
 199     else if(source==strandColour)\r
 200       strandColour_actionPerformed();\r
 201     else if(source==clustalColour)\r
 202       turnColour_actionPerformed();\r
 203     else if(source==buriedColour)\r
 204       buriedColour_actionPerformed();\r
 205     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 206       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 207 \r
 208     else if (source == userDefinedColour)\r
 209       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 210     else if (source == PIDColour)\r
 211       PIDColour_actionPerformed();\r
 212     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 213       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 214     else if (source == noColourmenuItem)\r
 215       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 216     else if (source == conservationMenuItem)\r
 217       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 218     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 219       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 220 \r
 221     else if(source == pdb)\r
 222       addPDB();\r
 223     else if(source == hideSeqs)\r
 224       hideSequences(false);\r
 225     else if(source == repGroup)\r
 226       hideSequences(true);\r
 227     else if(source == revealAll)\r
 228     {\r
 229         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 230         ap.repaint();\r
 231     }\r
 232 \r
 233     else if(source==copy)\r
 234       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 235     else if(source==cut)\r
 236       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 237     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 238     {\r
 239       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 240       if (sg != null)\r
 241       {\r
 242         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 243         {\r
 244           if (source == toggleCase)\r
 245            ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 246           .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 247           else\r
 248             ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 249                 .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 250                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 251         }\r
 252         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 253       }\r
 254     }\r
 255     else\r
 256       outputText(evt);\r
 257 \r
 258   }\r
 259 \r
 260   void outputText(ActionEvent e)\r
 261   {\r
 262     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 263     Vector vseqs = new Vector();\r
 264 \r
 265       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 266       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 267       if (selection != null)\r
 268       {\r
 269         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 270         {\r
 271           Sequence seq = new Sequence(\r
 272               seqs[i].getName(),\r
 273               selection[i],\r
 274               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 275           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 276           vseqs.addElement( seq );\r
 277       }\r
 278     }\r
 279 \r
 280     Frame frame = new Frame();\r
 281     frame.add(cap);\r
 282     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 283                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 284                                      600, 500);\r
 285 \r
 286     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 287         e.getActionCommand(),\r
 288         vseqs,\r
 289         ap.av.showJVSuffix));\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   void addPDB()\r
 294   {\r
 295     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 296     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 297     cap.setPDBImport(seq);\r
 298     Frame frame = new Frame();\r
 299     frame.add(cap);\r
 300     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 301   }\r
 302 \r
 303   private void jbInit()\r
 304       throws Exception\r
 305   {\r
 306     groupMenu.setLabel("Group");\r
 307     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 308 \r
 309     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 310     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 311 \r
 312     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 313     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 314     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 315     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 316     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 317     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 318     showBoxes.setState(true);\r
 319     showBoxes.addItemListener(this);\r
 320 \r
 321     showText.setLabel("Text");\r
 322     showText.addItemListener(this);\r
 323     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 324     showColourText.addItemListener(this);\r
 325     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 326     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 327     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 328     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 329     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 330     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 331 \r
 332     add(groupMenu);\r
 333     this.add(seqMenu);\r
 334     this.add(hideSeqs);\r
 335     this.add(revealAll);\r
 336     groupMenu.add(editMenu);\r
 337     groupMenu.add(outputmenu);\r
 338     groupMenu.addSeparator();\r
 339     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 340     groupMenu.add(colourMenu);\r
 341     groupMenu.add(showBoxes);\r
 342     groupMenu.add(showText);\r
 343     groupMenu.add(showColourText);\r
 344     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 345     colourMenu.add(clustalColour);\r
 346     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 347     colourMenu.add(PIDColour);\r
 348     colourMenu.add(zappoColour);\r
 349     colourMenu.add(taylorColour);\r
 350     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 351     colourMenu.add(helixColour);\r
 352     colourMenu.add(strandColour);\r
 353     colourMenu.add(turnColour);\r
 354     colourMenu.add(buriedColour);\r
 355     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 356     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 357     colourMenu.addSeparator();\r
 358     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 359     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 360 \r
 361     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 362     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 363 \r
 364     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 365     clustalColour.addActionListener(this);\r
 366     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 367     zappoColour.addActionListener(this);\r
 368     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 369     taylorColour.addActionListener(this);\r
 370     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 371     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 372     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 373     helixColour.addActionListener(this);\r
 374     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 375     strandColour.addActionListener(this);\r
 376     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 377     turnColour.addActionListener(this);\r
 378     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 379     buriedColour.addActionListener(this);\r
 380     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 381 \r
 382     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 383     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 384     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 385     PIDColour.addActionListener(this);\r
 386     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 387     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 388     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 389 \r
 390     editMenu.add(copy);\r
 391     copy.addActionListener(this);\r
 392     editMenu.add(cut);\r
 393     cut.addActionListener(this);\r
 394     editMenu.add(toUpper);\r
 395     toUpper.addActionListener(this);\r
 396     editMenu.add(toLower);\r
 397     toLower.addActionListener(this);\r
 398     editMenu.add(toggleCase);\r
 399     seqMenu.add(pdb);\r
 400     seqMenu.add(repGroup);\r
 401     toggleCase.addActionListener(this);\r
 402     pdb.addActionListener(this);\r
 403     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 404     repGroup.addActionListener(this);\r
 405     revealAll.addActionListener(this);\r
 406 \r
 407   }\r
 408 \r
 409   void refresh()\r
 410   {\r
 411     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 412     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 413       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 414   }\r
 415 \r
 416   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 417   {\r
 418     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 419     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 420     refresh();\r
 421   }\r
 422 \r
 423   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 424   {\r
 425     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 426     refresh();\r
 427   }\r
 428 \r
 429   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 430   {\r
 431     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 432     refresh();\r
 433   }\r
 434 \r
 435   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 436   {\r
 437     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 438     refresh();\r
 439   }\r
 440 \r
 441   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 442   {\r
 443     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 444     refresh();\r
 445   }\r
 446 \r
 447   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 448   {\r
 449     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 450     refresh();\r
 451   }\r
 452 \r
 453   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 454   {\r
 455     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 456     refresh();\r
 457   }\r
 458 \r
 459   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 460   {\r
 461     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 462     refresh();\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 466   {\r
 467     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 468     refresh();\r
 469   }\r
 470 \r
 471   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 472   {\r
 473     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 474     if(sg.cs==null)\r
 475           return;\r
 476 \r
 477     if (abovePIDColour.getState())\r
 478     {\r
 479       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 480                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 481       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 482           getGroup().getName());\r
 483 \r
 484       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 485 \r
 486       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 487 \r
 488     }\r
 489     else // remove PIDColouring\r
 490     {\r
 491       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 492     }\r
 493 \r
 494     refresh();\r
 495 \r
 496   }\r
 497 \r
 498   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 499   {\r
 500     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 501   }\r
 502 \r
 503   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 504   {\r
 505     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 506     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 507     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 508                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 509     refresh();\r
 510   }\r
 511 \r
 512   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 513   {\r
 514     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 515 \r
 516     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 517 \r
 518     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 519                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 520 \r
 521     refresh();\r
 522   }\r
 523 \r
 524   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 525   {\r
 526     getGroup().cs = null;\r
 527     refresh();\r
 528   }\r
 529 \r
 530   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 531   {\r
 532     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 533     if(sg.cs==null)\r
 534           return;\r
 535 \r
 536     if (conservationMenuItem.getState())\r
 537     {\r
 538 \r
 539       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 540                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 541                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 542                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 543 \r
 544       c.calculate();\r
 545       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 546 \r
 547       sg.cs.setConservation(c);\r
 548 \r
 549       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 550       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 551     }\r
 552     else // remove ConservationColouring\r
 553     {\r
 554       sg.cs.setConservation(null);\r
 555     }\r
 556 \r
 557     refresh();\r
 558   }\r
 559 \r
 560 \r
 561   SequenceGroup getGroup()\r
 562   {\r
 563     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 564 \r
 565     // this method won't add a new group if it already exists\r
 566     if(sg!=null)\r
 567       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 568 \r
 569     return sg;\r
 570   }\r
 571 \r
 572   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 573   {\r
 574     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 575     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 576     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 577     ap.repaint();\r
 578   }\r
 579 \r
 580   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 581   {\r
 582     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 583     refresh();\r
 584   }\r
 585 \r
 586   public void showText_itemStateChanged()\r
 587   {\r
 588     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 589     refresh();\r
 590   }\r
 591 \r
 592   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 593   {\r
 594     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 595     refresh();\r
 596   }\r
 597 \r
 598   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 599   {\r
 600     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 601     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 602     {\r
 603       ap.av.hideSequence(seq);\r
 604       return;\r
 605     }\r
 606 \r
 607       int index = 0;\r
 608       while(index < sg.getSize(false))\r
 609       {\r
 610         if(representGroup && sg.getSequenceAt(index)!=seq)\r
 611         {\r
 612           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 613           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 614         }\r
 615         else if(!representGroup)\r
 616         {\r
 617           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 618         }\r
 619         index ++;\r
 620       }\r
 621 \r
 622       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 623       ap.repaint();\r
 624       refresh();\r
 625     }\r
 626 \r
 627 }\r