src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.net.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.analysis.*;\r
  30 import jalview.commands.*;\r
  31 import jalview.datamodel.*;\r
  32 import jalview.io.*;\r
  33 import jalview.schemes.*;\r
  34 \r
  35 public class AlignFrame\r
  36     extends Frame implements ActionListener,\r
  37     ItemListener, KeyListener, MouseListener\r
  38 {\r
  39   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  40   public AlignViewport viewport;\r
  41   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  42   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
  43 \r
  44   String jalviewServletURL;\r
  45 \r
  46   public AlignFrame(AlignmentI al,\r
  47                     jalview.bin.JalviewLite applet,\r
  48                     String title,\r
  49                     boolean embedded)\r
  50   {\r
  51 \r
  52     if (applet != null)\r
  53     {\r
  54       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
  55     }\r
  56 \r
  57     try\r
  58     {\r
  59       jbInit();\r
  60     }\r
  61     catch (Exception ex)\r
  62     {\r
  63       ex.printStackTrace();\r
  64     }\r
  65 \r
  66     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
  67     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  68 \r
  69     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
  70     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
  71 \r
  72     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
  73 \r
  74     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
  75 \r
  76     if (applet != null)\r
  77     {\r
  78       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
  79       if (param != null)\r
  80       {\r
  81         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
  82         {\r
  83           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
  84         }\r
  85         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
  86         {\r
  87           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
  88         }\r
  89       }\r
  90 \r
  91       param = applet.getParameter("wrap");\r
  92       if (param != null)\r
  93       {\r
  94         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
  95         {\r
  96           wrapMenuItem.setState(true);\r
  97           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
  98         }\r
  99       }\r
 100 \r
 101       try\r
 102       {\r
 103         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 104         if (param != null)\r
 105         {\r
 106           int width = Integer.parseInt(param);\r
 107           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 108         }\r
 109         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 110         if (param != null)\r
 111         {\r
 112           int height = Integer.parseInt(param);\r
 113           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 114         }\r
 115       }\r
 116       catch (Exception ex)\r
 117       {}\r
 118 \r
 119     }\r
 120 \r
 121     //Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 122     //Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for now\r
 123     this.addKeyListener(this);\r
 124     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 125     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 126     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 127     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 128 \r
 129     if (embedded)\r
 130     {\r
 131       setEmbedded();\r
 132     }\r
 133     else\r
 134     {\r
 135       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 136       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
 137                                        DEFAULT_HEIGHT);\r
 138     }\r
 139     alignPanel.validate();\r
 140     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 144   {\r
 145     return viewport;\r
 146   }\r
 147 \r
 148   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 149   {\r
 150     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   /**\r
 154    * DOCUMENT ME!\r
 155    *\r
 156    * @param String DOCUMENT ME!\r
 157    */\r
 158 \r
 159   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 160   {\r
 161     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 162     boolean featuresFile = false;\r
 163     try\r
 164     {\r
 165       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file,\r
 166           type).parse(viewport.alignment,\r
 167                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.\r
 168                       getFeatureRenderer().featureColours,\r
 169                       featureLinks,\r
 170                       true);\r
 171     }\r
 172     catch (Exception ex)\r
 173     {\r
 174       ex.printStackTrace();\r
 175     }\r
 176 \r
 177     if (featuresFile)\r
 178     {\r
 179       if (featureLinks.size() > 0)\r
 180       {\r
 181         alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
 182             .getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 183       }\r
 184       viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 185       sequenceFeatures.setState(true);\r
 186       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 187     }\r
 188 \r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 192   {\r
 193     if (viewport.cursorMode\r
 194         && evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0\r
 195         && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9)\r
 196     {\r
 197       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 198     }\r
 199 \r
 200     switch (evt.getKeyCode())\r
 201     {\r
 202       case 27: // escape key\r
 203         deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 204         break;\r
 205       case KeyEvent.VK_X:\r
 206         if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 207         {\r
 208           cut_actionPerformed();\r
 209         }\r
 210         break;\r
 211       case KeyEvent.VK_C:\r
 212         if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 213         {\r
 214           alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 215         }\r
 216         if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 217         {\r
 218           copy_actionPerformed();\r
 219         }\r
 220         break;\r
 221       case KeyEvent.VK_V:\r
 222         if (evt.isControlDown())\r
 223         {\r
 224           paste(evt.isShiftDown());\r
 225         }\r
 226         break;\r
 227       case KeyEvent.VK_A:\r
 228         if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 229         {\r
 230           selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 231         }\r
 232         break;\r
 233       case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 234         if (viewport.cursorMode)\r
 235         {\r
 236           alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 237         }\r
 238         else\r
 239         {\r
 240           moveSelectedSequences(false);\r
 241         }\r
 242         break;\r
 243 \r
 244       case KeyEvent.VK_UP:\r
 245         if (viewport.cursorMode)\r
 246         {\r
 247           alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 248         }\r
 249         else\r
 250         {\r
 251           moveSelectedSequences(true);\r
 252         }\r
 253         break;\r
 254 \r
 255       case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 256         if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 257           slideSequences(false,\r
 258                          alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 259         else\r
 260           alignPanel.seqPanel.moveCursor( -1, 0);\r
 261         break;\r
 262 \r
 263       case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 264         if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 265           slideSequences(true,\r
 266                          alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 267         else\r
 268           alignPanel.seqPanel.moveCursor( 1, 0);\r
 269             break;\r
 270 \r
 271       case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 272         if (viewport.cursorMode)\r
 273         {\r
 274           alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 275                                                 || evt.isShiftDown()\r
 276                                                 || evt.isAltDown()\r
 277               );\r
 278         }\r
 279         break;\r
 280 \r
 281       case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 282       case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 283         if (viewport.cursorMode)\r
 284         {\r
 285           alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 286                                                 || evt.isShiftDown()\r
 287                                                 || evt.isAltDown());\r
 288         }\r
 289         else\r
 290         {\r
 291           cut_actionPerformed();\r
 292           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 293         }\r
 294         break;\r
 295 \r
 296       case KeyEvent.VK_S:\r
 297         if (viewport.cursorMode)\r
 298         {\r
 299           alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 300         }\r
 301         break;\r
 302       case KeyEvent.VK_P:\r
 303         if (viewport.cursorMode)\r
 304         {\r
 305           alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 306         }\r
 307         break;\r
 308 \r
 309       case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 310       case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 311         if (viewport.cursorMode)\r
 312         {\r
 313           alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 314         }\r
 315         break;\r
 316 \r
 317       case KeyEvent.VK_Q:\r
 318         if (viewport.cursorMode)\r
 319         {\r
 320           alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 321         }\r
 322         break;\r
 323       case KeyEvent.VK_M:\r
 324         if (viewport.cursorMode)\r
 325         {\r
 326           alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 327         }\r
 328         break;\r
 329 \r
 330       case KeyEvent.VK_F2:\r
 331         viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 332         statusBar.setText("Keyboard editing mode is " +\r
 333                           (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 334         if (viewport.cursorMode)\r
 335         {\r
 336           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 337           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 338         }\r
 339         break;\r
 340 \r
 341       case KeyEvent.VK_F:\r
 342         if (evt.isControlDown())\r
 343         {\r
 344           findMenuItem_actionPerformed();\r
 345         }\r
 346         break;\r
 347 \r
 348       case KeyEvent.VK_H:\r
 349       {\r
 350         boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 351         boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 352         boolean hide = false;\r
 353         SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 354 \r
 355         if (toggleSeqs)\r
 356         {\r
 357           if (sg != null && sg.getSize() != viewport.alignment.getHeight())\r
 358           {\r
 359             hide = true;\r
 360             viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 361           }\r
 362           else if (! (toggleCols && viewport.colSel.getSelected().size() > 0))\r
 363           {\r
 364             viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 365           }\r
 366         }\r
 367 \r
 368         if (toggleCols)\r
 369         {\r
 370           if (viewport.colSel.getSelected().size() > 0)\r
 371           {\r
 372             viewport.hideSelectedColumns();\r
 373             if (!toggleSeqs)\r
 374             {\r
 375               viewport.selectionGroup = sg;\r
 376             }\r
 377           }\r
 378           else if (!hide)\r
 379           {\r
 380             viewport.showAllHiddenColumns();\r
 381           }\r
 382         }\r
 383         break;\r
 384       }\r
 385 \r
 386       case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 387         if (viewport.wrapAlignment)\r
 388         {\r
 389           alignPanel.scrollUp(true);\r
 390         }\r
 391         else\r
 392         {\r
 393           alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes,\r
 394                                      viewport.startSeq\r
 395                                      - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 396         }\r
 397         break;\r
 398 \r
 399       case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 400         if (viewport.wrapAlignment)\r
 401         {\r
 402           alignPanel.scrollUp(false);\r
 403         }\r
 404         else\r
 405         {\r
 406           alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes,\r
 407                                      viewport.startSeq\r
 408                                      + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 409         }\r
 410         break;\r
 411 \r
 412       case KeyEvent.VK_Z:\r
 413         if (evt.isControlDown())\r
 414         {\r
 415           undoMenuItem_actionPerformed();\r
 416         }\r
 417         break;\r
 418 \r
 419       case KeyEvent.VK_Y:\r
 420         if (evt.isControlDown())\r
 421         {\r
 422           redoMenuItem_actionPerformed();\r
 423         }\r
 424         break;\r
 425 \r
 426       case KeyEvent.VK_L:\r
 427         if (evt.isControlDown())\r
 428         {\r
 429           trimAlignment(true);\r
 430         }\r
 431         break;\r
 432 \r
 433       case KeyEvent.VK_R:\r
 434         if (evt.isControlDown())\r
 435         {\r
 436           trimAlignment(false);\r
 437         }\r
 438         break;\r
 439 \r
 440       case KeyEvent.VK_E:\r
 441         if (evt.isControlDown())\r
 442         {\r
 443           if (evt.isShiftDown())\r
 444           {\r
 445             this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 446           }\r
 447           else\r
 448           {\r
 449             removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 450           }\r
 451         }\r
 452         break;\r
 453       case KeyEvent.VK_I:\r
 454         if (evt.isControlDown())\r
 455         {\r
 456           if (evt.isAltDown())\r
 457           {\r
 458             viewport.invertColumnSelection();\r
 459           }\r
 460           else\r
 461           {\r
 462             this.invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 463           }\r
 464         }\r
 465         break;\r
 466 \r
 467       case KeyEvent.VK_U:\r
 468         if (evt.isControlDown())\r
 469         {\r
 470           this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 471         }\r
 472         break;\r
 473 \r
 474       case KeyEvent.VK_T:\r
 475         if (evt.isControlDown())\r
 476         {\r
 477           newView();\r
 478         }\r
 479         break;\r
 480 \r
 481     }\r
 482     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 483   }\r
 484 \r
 485   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 486   {}\r
 487 \r
 488   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 489   {}\r
 490 \r
 491   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 492   {\r
 493     if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 494     {\r
 495       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 496     }\r
 497     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 498     {\r
 499       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 500     }\r
 501     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 502     {\r
 503       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 504     }\r
 505     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 506     {\r
 507       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 508     }\r
 509     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 510     {\r
 511       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 512     }\r
 513     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 514     {\r
 515       seqLimits_itemStateChanged();\r
 516     }\r
 517     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 518     {\r
 519       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 520     }\r
 521     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 522     {\r
 523       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 524     }\r
 525     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 526     {\r
 527       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 528     }\r
 529     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 530     {\r
 531       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 532       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 533     }\r
 534     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 535     {\r
 536       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 537       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 538     }\r
 539     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 540     {\r
 541       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 542     }\r
 543     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 544     {\r
 545       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 546     }\r
 547     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 548     {\r
 549       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 550     }\r
 551     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 552     {\r
 553       viewport.autocalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 554     }\r
 555 \r
 556     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 557   }\r
 558 \r
 559   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 560   {\r
 561     Object source = evt.getSource();\r
 562 \r
 563     if (source == inputText)\r
 564     {\r
 565       inputText_actionPerformed();\r
 566     }\r
 567     else if (source == loadTree)\r
 568     {\r
 569       loadTree_actionPerformed();\r
 570     }\r
 571     else if (source == loadApplication)\r
 572     {\r
 573       launchFullApplication();\r
 574     }\r
 575     else if (source == loadAnnotations)\r
 576     {\r
 577       loadAnnotations();\r
 578     }\r
 579     else if (source == outputAnnotations)\r
 580     {\r
 581       outputAnnotations(true);\r
 582     }\r
 583     else if (source == outputFeatures)\r
 584     {\r
 585       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 586     }\r
 587     else if (source == closeMenuItem)\r
 588     {\r
 589       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 590     }\r
 591     else if (source == copy)\r
 592     {\r
 593       copy_actionPerformed();\r
 594     }\r
 595     else if (source == undoMenuItem)\r
 596     {\r
 597       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 598     }\r
 599     else if (source == redoMenuItem)\r
 600     {\r
 601       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 602     }\r
 603     else if (source == inputText)\r
 604     {\r
 605       inputText_actionPerformed();\r
 606     }\r
 607     else if (source == closeMenuItem)\r
 608     {\r
 609       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 610     }\r
 611     else if (source == undoMenuItem)\r
 612     {\r
 613       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 614     }\r
 615     else if (source == redoMenuItem)\r
 616     {\r
 617       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 618     }\r
 619     else if (source == copy)\r
 620     {\r
 621       copy_actionPerformed();\r
 622     }\r
 623     else if (source == pasteNew)\r
 624     {\r
 625       pasteNew_actionPerformed();\r
 626     }\r
 627     else if (source == pasteThis)\r
 628     {\r
 629       pasteThis_actionPerformed();\r
 630     }\r
 631     else if (source == cut)\r
 632     {\r
 633       cut_actionPerformed();\r
 634     }\r
 635     else if (source == delete)\r
 636     {\r
 637       delete_actionPerformed();\r
 638     }\r
 639     else if (source == deleteGroups)\r
 640     {\r
 641       deleteGroups_actionPerformed();\r
 642     }\r
 643     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 644     {\r
 645       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 646     }\r
 647     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 648     {\r
 649       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 650     }\r
 651     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 652     {\r
 653       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 654     }\r
 655     else if (source == invertColSel)\r
 656     {\r
 657       viewport.invertColumnSelection();\r
 658       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 659     }\r
 660     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 661     {\r
 662       trimAlignment(true);\r
 663     }\r
 664     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 665     {\r
 666       trimAlignment(false);\r
 667     }\r
 668     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 669     {\r
 670       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 671     }\r
 672     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 673     {\r
 674       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 675     }\r
 676     else if (source == findMenuItem)\r
 677     {\r
 678       findMenuItem_actionPerformed();\r
 679     }\r
 680     else if (source == font)\r
 681     {\r
 682       new FontChooser(alignPanel);\r
 683     }\r
 684     else if (source == newView)\r
 685     {\r
 686       newView();\r
 687     }\r
 688     else if (source == showColumns)\r
 689     {\r
 690       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 691       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 692     }\r
 693     else if (source == showSeqs)\r
 694     {\r
 695       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 696     }\r
 697     else if (source == hideColumns)\r
 698     {\r
 699       viewport.hideSelectedColumns();\r
 700       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 701     }\r
 702     else if (source == hideSequences && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 703     {\r
 704       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 705     }\r
 706     else if (source == featureSettings)\r
 707     {\r
 708       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 709     }\r
 710     else if (source == overviewMenuItem)\r
 711     {\r
 712       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 713     }\r
 714     else if (source == noColourmenuItem)\r
 715     {\r
 716       changeColour(null);\r
 717     }\r
 718     else if (source == clustalColour)\r
 719     {\r
 720       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 721       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.alignment.getSequences(),\r
 722                                             viewport.alignment.getWidth()));\r
 723     }\r
 724     else if (source == zappoColour)\r
 725     {\r
 726       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 727     }\r
 728     else if (source == taylorColour)\r
 729     {\r
 730       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 731     }\r
 732     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 733     {\r
 734       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 735     }\r
 736     else if (source == helixColour)\r
 737     {\r
 738       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 739     }\r
 740     else if (source == strandColour)\r
 741     {\r
 742       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 743     }\r
 744     else if (source == turnColour)\r
 745     {\r
 746       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 747     }\r
 748     else if (source == buriedColour)\r
 749     {\r
 750       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 751     }\r
 752     else if (source == nucleotideColour)\r
 753     {\r
 754       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 755     }\r
 756     else if (source == modifyPID)\r
 757     {\r
 758       modifyPID_actionPerformed();\r
 759     }\r
 760     else if (source == modifyConservation)\r
 761     {\r
 762       modifyConservation_actionPerformed();\r
 763     }\r
 764     else if (source == userDefinedColour)\r
 765     {\r
 766       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 767     }\r
 768     else if (source == PIDColour)\r
 769     {\r
 770       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 771     }\r
 772     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 773     {\r
 774       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 775     }\r
 776     else if (source == annotationColour)\r
 777     {\r
 778       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 779     }\r
 780     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
 781     {\r
 782       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == sortIDMenuItem)\r
 785     {\r
 786       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
 789     {\r
 790       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
 793     {\r
 794       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
 795     }\r
 796     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
 797     {\r
 798       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
 799     }\r
 800     else if (source == PCAMenuItem)\r
 801     {\r
 802       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
 803     }\r
 804     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
 805     {\r
 806       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 807     }\r
 808     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
 809     {\r
 810       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 811     }\r
 812     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
 813     {\r
 814       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 815     }\r
 816     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
 817     {\r
 818       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 819     }\r
 820     else if (source == documentation)\r
 821     {\r
 822       documentation_actionPerformed();\r
 823     }\r
 824     else if (source == about)\r
 825     {\r
 826       about_actionPerformed();\r
 827     }\r
 828 \r
 829   }\r
 830 \r
 831   public void inputText_actionPerformed()\r
 832   {\r
 833     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 834     Frame frame = new Frame();\r
 835     frame.add(cap);\r
 836     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
 837   }\r
 838 \r
 839   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 840   {\r
 841     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 842     Frame frame = new Frame();\r
 843     frame.add(cap);\r
 844     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 845                                      "Alignment output - " + e.getActionCommand(),\r
 846                                      600, 500);\r
 847     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 848         viewport.getAlignment(),\r
 849         viewport.showJVSuffix));\r
 850   }\r
 851 \r
 852   public void loadAnnotations()\r
 853   {\r
 854     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 855     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
 856     cap.setAnnotationImport();\r
 857     Frame frame = new Frame();\r
 858     frame.add(cap);\r
 859     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
 860 \r
 861   }\r
 862 \r
 863   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
 864   {\r
 865     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 866         viewport.showAnnotation ? viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() : null,\r
 867         viewport.alignment.getGroups());\r
 868 \r
 869     if (displayTextbox)\r
 870     {\r
 871       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 872       Frame frame = new Frame();\r
 873       frame.add(cap);\r
 874       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 875                                        "Annotations",\r
 876                                        600, 500);\r
 877       cap.setText(annotation);\r
 878     }\r
 879 \r
 880     return annotation;\r
 881   }\r
 882 \r
 883   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
 884   {\r
 885     String features;\r
 886     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 887     {\r
 888       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 889           viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
 890           viewport.featuresDisplayed);\r
 891     }\r
 892     else\r
 893     {\r
 894       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 895           viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
 896           viewport.featuresDisplayed);\r
 897     }\r
 898 \r
 899     if (displayTextbox)\r
 900     {\r
 901       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 902       Frame frame = new Frame();\r
 903       frame.add(cap);\r
 904       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 905                                        "Features",\r
 906                                        600, 500);\r
 907 \r
 908       cap.setText(features);\r
 909     }\r
 910 \r
 911     return features;\r
 912   }\r
 913 \r
 914   void launchFullApplication()\r
 915   {\r
 916     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
 917 \r
 918     url.append("?open=" +\r
 919                appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
 920 \r
 921     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
 922     {\r
 923       url.append("&features=");\r
 924       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
 925     }\r
 926 \r
 927     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
 928     {\r
 929       url.append("&annotations=");\r
 930       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
 931     }\r
 932 \r
 933     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
 934     {\r
 935       url.append("&annotations=");\r
 936       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
 937     }\r
 938 \r
 939     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
 940     {\r
 941       url.append("&colour=" +\r
 942                  removeWhiteSpace(viewport.applet.getParameter("defaultColour"))\r
 943           );\r
 944     }\r
 945 \r
 946     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
 947     {\r
 948       url.append("&colour=" +\r
 949                  removeWhiteSpace(viewport.applet.getParameter(\r
 950           "userDefinedColour"))\r
 951           );\r
 952     }\r
 953 \r
 954     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
 955   }\r
 956 \r
 957   String removeWhiteSpace(String colour)\r
 958   {\r
 959     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 960     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
 961     {\r
 962       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
 963       {\r
 964         sb.append("%20");\r
 965       }\r
 966       else\r
 967       {\r
 968         sb.append(colour.charAt(i));\r
 969       }\r
 970     }\r
 971 \r
 972     return sb.toString();\r
 973   }\r
 974 \r
 975   String appendProtocol(String url)\r
 976   {\r
 977     try\r
 978     {\r
 979       new URL(url);\r
 980     }\r
 981     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
 982     {\r
 983       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
 984     }\r
 985     return url;\r
 986   }\r
 987 \r
 988   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
 989   {\r
 990     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
 991     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
 992     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
 993 \r
 994     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
 995     {\r
 996       System.exit(0);\r
 997     }\r
 998 \r
 999     this.dispose();\r
1000   }\r
1001 \r
1002   /**\r
1003    * DOCUMENT ME!\r
1004    */\r
1005   void updateEditMenuBar()\r
1006   {\r
1007 \r
1008     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1009     {\r
1010       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1011       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1012       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1013     }\r
1014     else\r
1015     {\r
1016       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1017       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1018     }\r
1019 \r
1020     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1021     {\r
1022       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1023 \r
1024       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1025       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1026     }\r
1027     else\r
1028     {\r
1029       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1030       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1031     }\r
1032   }\r
1033 \r
1034   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1035   {\r
1036     if (command.getSize() > 0)\r
1037     {\r
1038       viewport.historyList.push(command);\r
1039       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1040       updateEditMenuBar();\r
1041       viewport.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1042     }\r
1043   }\r
1044 \r
1045   /**\r
1046    * DOCUMENT ME!\r
1047    *\r
1048    * @param e DOCUMENT ME!\r
1049    */\r
1050   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1051   {\r
1052     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1053     {\r
1054       return;\r
1055     }\r
1056 \r
1057     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1058     viewport.redoList.push(command);\r
1059     command.undoCommand();\r
1060 \r
1061     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1062 \r
1063     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1064     updateEditMenuBar();\r
1065     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1066                                       originalSource.alignment.getSequences());\r
1067   }\r
1068 \r
1069   /**\r
1070    * DOCUMENT ME!\r
1071    *\r
1072    * @param e DOCUMENT ME!\r
1073    */\r
1074   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1075   {\r
1076     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1077     {\r
1078       return;\r
1079     }\r
1080 \r
1081     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1082     viewport.historyList.push(command);\r
1083     command.doCommand();\r
1084 \r
1085     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1086     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1087 \r
1088     updateEditMenuBar();\r
1089     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1090                                       originalSource.alignment.getSequences());\r
1091   }\r
1092 \r
1093   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1094   {\r
1095     AlignViewport originalSource = null;\r
1096     //For sequence removal and addition, we need to fire\r
1097     //the property change event FROM the viewport where the\r
1098     //original alignment was altered\r
1099     AlignmentI al = null;\r
1100     if (command instanceof EditCommand)\r
1101     {\r
1102       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1103       al = editCommand.getAlignment();\r
1104       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components\r
1105           .get(viewport.getSequenceSetId());\r
1106       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1107       {\r
1108         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1109         {\r
1110           if (al == ( (AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.alignment)\r
1111           {\r
1112             originalSource = ( (AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1113             break;\r
1114           }\r
1115         }\r
1116       }\r
1117     }\r
1118 \r
1119     if (originalSource == null)\r
1120     {\r
1121       //The original view is closed, we must validate\r
1122       //the current view against the closed view first\r
1123       if (al != null)\r
1124       {\r
1125         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.alignment);\r
1126       }\r
1127 \r
1128       originalSource = viewport;\r
1129     }\r
1130 \r
1131     return originalSource;\r
1132   }\r
1133 \r
1134   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1135   {\r
1136     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1137     if (sg == null)\r
1138     {\r
1139       return;\r
1140     }\r
1141 \r
1142     if (up)\r
1143     {\r
1144       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1145       {\r
1146         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1147         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1148         {\r
1149           continue;\r
1150         }\r
1151 \r
1152         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
1153         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1154         {\r
1155           continue;\r
1156         }\r
1157 \r
1158         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1159         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1160       }\r
1161     }\r
1162     else\r
1163     {\r
1164       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1165       {\r
1166         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1167         if (!sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(seq))\r
1168         {\r
1169           continue;\r
1170         }\r
1171 \r
1172         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
1173         if (sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(temp))\r
1174         {\r
1175           continue;\r
1176         }\r
1177 \r
1178         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1179         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1180       }\r
1181     }\r
1182 \r
1183     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1184   }\r
1185 \r
1186   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1187   {\r
1188     if(viewport.hasHiddenColumns)\r
1189     {\r
1190       System.out.println("Slide Sequences not available with hidden columns");\r
1191       return;\r
1192     }\r
1193     Vector sg = new Vector();\r
1194     if(viewport.cursorMode)\r
1195     {\r
1196       sg.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(\r
1197           alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1198     }\r
1199     else if(viewport.getSelectionGroup()!=null\r
1200         && viewport.getSelectionGroup().getSize()!=viewport.alignment.getHeight())\r
1201    {\r
1202      sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1203          viewport.hiddenRepSequences);\r
1204    }\r
1205 \r
1206     if(sg.size()<1)\r
1207     {\r
1208       return;\r
1209     }\r
1210 \r
1211     Vector invertGroup = new Vector();\r
1212 \r
1213     for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1214     {\r
1215       if(!sg.contains(viewport.alignment.getSequenceAt(i)))\r
1216          invertGroup.add(viewport.alignment.getSequenceAt(i));\r
1217     }\r
1218 \r
1219     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1220     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1221       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1222 \r
1223     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1224     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1225       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1226 \r
1227     SlideSequencesCommand ssc;\r
1228     if (right)\r
1229       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences",\r
1230                                       seqs2, seqs1, size,\r
1231                                       viewport.getGapCharacter()\r
1232           );\r
1233     else\r
1234       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences",\r
1235                                       seqs1, seqs2, size,\r
1236                                       viewport.getGapCharacter()\r
1237           );\r
1238 \r
1239     int groupAdjustment = 0;\r
1240     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1241     {\r
1242       if (viewport.cursorMode)\r
1243         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1244       else\r
1245         groupAdjustment = size;\r
1246     }\r
1247     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1248     {\r
1249       if (viewport.cursorMode)\r
1250         alignPanel.seqPanel.moveCursor( -size, 0);\r
1251       else\r
1252         groupAdjustment = -size;\r
1253     }\r
1254 \r
1255     if (groupAdjustment != 0)\r
1256     {\r
1257       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1258           viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1259       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1260           viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1261     }\r
1262 \r
1263 \r
1264     boolean appendHistoryItem = false;\r
1265     if(viewport.historyList!=null\r
1266        && viewport.historyList.size()>0\r
1267       && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1268     {\r
1269       appendHistoryItem = ssc.appendSlideCommand(\r
1270           (SlideSequencesCommand)viewport.historyList.peek())\r
1271           ;\r
1272     }\r
1273 \r
1274     if(!appendHistoryItem)\r
1275       addHistoryItem(ssc);\r
1276 \r
1277     repaint();\r
1278   }\r
1279 \r
1280   static StringBuffer copiedSequences;\r
1281   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1282   protected void copy_actionPerformed()\r
1283   {\r
1284     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1285     {\r
1286       return;\r
1287     }\r
1288 \r
1289     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1290     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1291     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1292     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1293     {\r
1294       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1295       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
1296       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1297     }\r
1298 \r
1299     int index = 0, startRes, endRes;\r
1300     char ch;\r
1301 \r
1302     if (viewport.hasHiddenColumns && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1303     {\r
1304       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1305       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1306       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
1307            i++)\r
1308       {\r
1309         int[] region = (int[])\r
1310             viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1311 \r
1312         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1313                                        {region[0] - hiddenOffset,\r
1314                                        region[1] - hiddenOffset});\r
1315       }\r
1316     }\r
1317     else\r
1318     {\r
1319       copiedHiddenColumns = null;\r
1320     }\r
1321 \r
1322     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1323     {\r
1324       SequenceI seq = null;\r
1325 \r
1326       while (seq == null)\r
1327       {\r
1328         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1329         {\r
1330           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1331           index++;\r
1332 \r
1333           break;\r
1334         }\r
1335         else\r
1336         {\r
1337           index++;\r
1338         }\r
1339       }\r
1340 \r
1341       //FIND START RES\r
1342       //Returns residue following index if gap\r
1343       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1344 \r
1345       //FIND END RES\r
1346       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
1347       endRes = 0;\r
1348 \r
1349       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1350       {\r
1351         ch = seq.getCharAt(j);\r
1352         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
1353         {\r
1354           endRes++;\r
1355         }\r
1356       }\r
1357 \r
1358       if (endRes > 0)\r
1359       {\r
1360         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1361       }\r
1362 \r
1363       copiedSequences.append(seq.getName() + "\t" +\r
1364                              startRes + "\t" +\r
1365                              endRes + "\t" +\r
1366                              seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1367           sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1368     }\r
1369 \r
1370   }\r
1371 \r
1372   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1373   {\r
1374     paste(true);\r
1375   }\r
1376 \r
1377   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1378   {\r
1379     paste(false);\r
1380   }\r
1381 \r
1382   void paste(boolean newAlignment)\r
1383   {\r
1384     try\r
1385     {\r
1386 \r
1387       if (copiedSequences == null)\r
1388       {\r
1389         return;\r
1390       }\r
1391 \r
1392       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1393       Vector seqs = new Vector();\r
1394       while (st.hasMoreElements())\r
1395       {\r
1396         String name = st.nextToken();\r
1397         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1398         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1399         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1400       }\r
1401       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1402       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1403       {\r
1404         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1405       }\r
1406 \r
1407       if (newAlignment)\r
1408       {\r
1409         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1410         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1411         {\r
1412           newtitle = getTitle();\r
1413         }\r
1414         else\r
1415         {\r
1416           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1417         }\r
1418         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1419                                        viewport.applet,\r
1420                                        newtitle,\r
1421                                        false);\r
1422         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1423         {\r
1424           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1425           {\r
1426             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1427             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1428           }\r
1429         }\r
1430 \r
1431         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1432                                          DEFAULT_HEIGHT);\r
1433       }\r
1434       else\r
1435       {\r
1436         addSequences(newSeqs);\r
1437       }\r
1438 \r
1439     }\r
1440     catch (Exception ex)\r
1441     {} // could be anything being pasted in here\r
1442 \r
1443   }\r
1444 \r
1445   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1446   {\r
1447     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1448     {\r
1449       viewport.alignment.addSequence(seqs[i]);\r
1450     }\r
1451 \r
1452     //!newAlignment\r
1453     addHistoryItem(new EditCommand(\r
1454         "Add sequences",\r
1455         EditCommand.PASTE,\r
1456         seqs,\r
1457         0,\r
1458         viewport.alignment.getWidth(),\r
1459         viewport.alignment)\r
1460         );\r
1461 \r
1462     viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
1463     viewport.alignment.getWidth();\r
1464     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1465                                 viewport.alignment.getSequences());\r
1466 \r
1467   }\r
1468 \r
1469   protected void cut_actionPerformed()\r
1470   {\r
1471     copy_actionPerformed();\r
1472     delete_actionPerformed();\r
1473   }\r
1474 \r
1475   protected void delete_actionPerformed()\r
1476   {\r
1477 \r
1478     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1479     if (sg == null)\r
1480     {\r
1481       return;\r
1482     }\r
1483 \r
1484     Vector seqs = new Vector();\r
1485     SequenceI seq;\r
1486     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1487     {\r
1488       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1489       seqs.addElement(seq);\r
1490     }\r
1491 \r
1492     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1493     if (sg.getSize() == viewport.alignment.getHeight())\r
1494     {\r
1495       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1496           sg.getEndRes() + 1);\r
1497     }\r
1498 \r
1499     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1500     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1501     {\r
1502       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1503     }\r
1504 \r
1505     /*\r
1506          //ADD HISTORY ITEM\r
1507      */\r
1508     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences",\r
1509                                    EditCommand.CUT,\r
1510                                    cut,\r
1511                                    sg.getStartRes(),\r
1512                                    sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1513                                    viewport.alignment));\r
1514 \r
1515     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1516     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1517 \r
1518     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1519                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
1520 \r
1521     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1522     {\r
1523       this.setVisible(false);\r
1524     }\r
1525   }\r
1526 \r
1527   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1528   {\r
1529     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1530     viewport.sequenceColours = null;\r
1531     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1532 \r
1533     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1534   }\r
1535 \r
1536   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1537   {\r
1538     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1539     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1540     {\r
1541       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1542     }\r
1543     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1544     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1545     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1546     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1547   }\r
1548 \r
1549   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1550   {\r
1551     if (viewport.cursorMode)\r
1552     {\r
1553       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1554       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1555     }\r
1556     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1557     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1558     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1559     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1560     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1561     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1562     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1563   }\r
1564 \r
1565   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1566   {\r
1567     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1568     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1569     {\r
1570       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1571     }\r
1572 \r
1573     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1574   }\r
1575 \r
1576   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1577   {\r
1578     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1579     int column;\r
1580 \r
1581     if (colSel.size() > 0)\r
1582     {\r
1583       if (trimLeft)\r
1584       {\r
1585         column = colSel.getMin();\r
1586       }\r
1587       else\r
1588       {\r
1589         column = colSel.getMax();\r
1590       }\r
1591 \r
1592       SequenceI[] seqs;\r
1593       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1594       {\r
1595         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(viewport.\r
1596             hiddenRepSequences);\r
1597       }\r
1598       else\r
1599       {\r
1600         seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1601       }\r
1602 \r
1603       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1604       if (trimLeft)\r
1605       {\r
1606         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1607                                            TrimRegionCommand.TRIM_LEFT,\r
1608                                            seqs,\r
1609                                            column,\r
1610                                            viewport.alignment,\r
1611                                            viewport.colSel,\r
1612                                            viewport.selectionGroup);\r
1613         viewport.setStartRes(0);\r
1614       }\r
1615       else\r
1616       {\r
1617         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1618                                            TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT,\r
1619                                            seqs,\r
1620                                            column,\r
1621                                            viewport.alignment,\r
1622                                            viewport.colSel,\r
1623                                            viewport.selectionGroup);\r
1624       }\r
1625 \r
1626       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1627 \r
1628       addHistoryItem(trimRegion);\r
1629 \r
1630       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1631 \r
1632       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1633       {\r
1634         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1635 \r
1636         if ( (trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1637             || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1638         {\r
1639           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1640         }\r
1641       }\r
1642 \r
1643       viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1644                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
1645     }\r
1646   }\r
1647 \r
1648   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1649   {\r
1650     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1651 \r
1652     SequenceI[] seqs;\r
1653     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1654     {\r
1655       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(viewport.\r
1656           hiddenRepSequences);\r
1657       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1658       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1659     }\r
1660     else\r
1661     {\r
1662       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1663     }\r
1664 \r
1665     RemoveGapColCommand removeGapCols =\r
1666         new RemoveGapColCommand("Remove Gapped Columns",\r
1667                                 seqs,\r
1668                                 start, end,\r
1669                                 viewport.alignment);\r
1670 \r
1671     addHistoryItem(removeGapCols);\r
1672 \r
1673     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize() + " empty columns.");\r
1674 \r
1675     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1676     //of first sequence\r
1677     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1678     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1679     // ShiftList shifts;\r
1680     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
1681     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
1682     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
1683     //   viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
1684     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1685     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1686                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
1687 \r
1688   }\r
1689 \r
1690   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
1691   {\r
1692     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1693 \r
1694     SequenceI[] seqs;\r
1695     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1696     {\r
1697       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(viewport.\r
1698           hiddenRepSequences);\r
1699       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1700       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1701     }\r
1702     else\r
1703     {\r
1704       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1705     }\r
1706 \r
1707     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1708     //of first sequence\r
1709     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1710     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1711 \r
1712     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps",\r
1713                                          seqs,\r
1714                                          start, end,\r
1715                                          viewport.alignment));\r
1716 \r
1717     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1718 \r
1719     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1720                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
1721 \r
1722   }\r
1723 \r
1724   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
1725   {\r
1726     new Finder(alignPanel);\r
1727   }\r
1728 \r
1729   public void newView()\r
1730   {\r
1731     AlignmentI newal;\r
1732     if (viewport.hasHiddenRows)\r
1733     {\r
1734       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().\r
1735                             getHiddenSequences()\r
1736                             .getFullAlignment().\r
1737                             getSequencesArray());\r
1738     }\r
1739     else\r
1740     {\r
1741       newal = new Alignment(viewport.alignment.getSequencesArray());\r
1742     }\r
1743 \r
1744     if (viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() != null)\r
1745     {\r
1746       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
1747       {\r
1748         if (!viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
1749         {\r
1750           newal.addAnnotation(viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i]);\r
1751         }\r
1752       }\r
1753     }\r
1754 \r
1755     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal,\r
1756                                       viewport.applet,\r
1757                                       "",\r
1758                                       false);\r
1759 \r
1760     newaf.viewport.sequenceSetID = alignPanel.av.getSequenceSetId();\r
1761     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1762     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
1763                             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1764 \r
1765     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
1766                             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1767     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
1768                             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
1769 \r
1770     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport.\r
1771         getSequenceSetId());\r
1772     int viewSize = -1;\r
1773     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1774     {\r
1775       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1776       {\r
1777         viewSize++;\r
1778       }\r
1779     }\r
1780 \r
1781     String title = new String(this.getTitle());\r
1782     if (title.indexOf("(View") > -1)\r
1783     {\r
1784       title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
1785     }\r
1786 \r
1787     title += "(View " + viewSize + ")";\r
1788 \r
1789     newaf.setTitle(title.toString());\r
1790 \r
1791     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
1792     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
1793 \r
1794   }\r
1795 \r
1796   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
1797   {\r
1798     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
1799     alignPanel.fontChanged();\r
1800     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1801   }\r
1802 \r
1803   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
1804   {\r
1805     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
1806     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1807   }\r
1808 \r
1809   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
1810   {\r
1811     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
1812     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
1813     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
1814     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
1815     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
1816     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1817   }\r
1818 \r
1819   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
1820   {\r
1821     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1822     {\r
1823       return;\r
1824     }\r
1825 \r
1826     Frame frame = new Frame();\r
1827     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1828     frame.add(overview);\r
1829     // +50 must allow for applet frame window\r
1830     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1831                                      overview.getPreferredSize().width,\r
1832                                      overview.getPreferredSize().height + 50);\r
1833 \r
1834     frame.pack();\r
1835     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
1836     {\r
1837       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
1838       {\r
1839         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1840       };\r
1841     });\r
1842 \r
1843     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1844 \r
1845   }\r
1846 \r
1847   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1848   {\r
1849     int threshold = 0;\r
1850 \r
1851     if (cs != null)\r
1852     {\r
1853       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1854       {\r
1855         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs, "Background");\r
1856 \r
1857         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1858 \r
1859         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1860       }\r
1861       else\r
1862       {\r
1863         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1864       }\r
1865 \r
1866       if (viewport.getConservationSelected())\r
1867       {\r
1868 \r
1869         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1870         Conservation c = new Conservation("All",\r
1871                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1872                                           al.getSequences(), 0,\r
1873                                           al.getWidth() - 1);\r
1874 \r
1875         c.calculate();\r
1876         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1877 \r
1878         cs.setConservation(c);\r
1879 \r
1880         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1881             "Background"));\r
1882 \r
1883       }\r
1884       else\r
1885       {\r
1886         cs.setConservation(null);\r
1887       }\r
1888 \r
1889       cs.setConsensus(viewport.hconsensus);\r
1890 \r
1891     }\r
1892     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1893 \r
1894     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1895     {\r
1896       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1897       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1898       {\r
1899         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1900 \r
1901         if (cs == null)\r
1902         {\r
1903           sg.cs = null;\r
1904           continue;\r
1905         }\r
1906         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1907         {\r
1908           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
1909               sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences),\r
1910               sg.getWidth());\r
1911         }\r
1912         else\r
1913         {\r
1914           try\r
1915           {\r
1916             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1917           }\r
1918           catch (Exception ex)\r
1919           {\r
1920             ex.printStackTrace();\r
1921             sg.cs = cs;\r
1922           }\r
1923         }\r
1924 \r
1925         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1926             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1927             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1928         {\r
1929           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1930           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
1931               sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0, sg.getWidth()));\r
1932         }\r
1933         else\r
1934         {\r
1935           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1936         }\r
1937 \r
1938         if (viewport.getConservationSelected())\r
1939         {\r
1940           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1941                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1942                                             sg.getSequences(viewport.\r
1943               hiddenRepSequences), 0,\r
1944                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1945           c.calculate();\r
1946           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1947           sg.cs.setConservation(c);\r
1948         }\r
1949         else\r
1950         {\r
1951           sg.cs.setConservation(null);\r
1952           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1953         }\r
1954 \r
1955       }\r
1956     }\r
1957 \r
1958     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1959     {\r
1960       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1961     }\r
1962 \r
1963     jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
1964         .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
1965 \r
1966     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1967   }\r
1968 \r
1969   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
1970   {\r
1971     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme != null)\r
1972     {\r
1973       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1974                                      "Background");\r
1975       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1976     }\r
1977   }\r
1978 \r
1979   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
1980   {\r
1981     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme != null)\r
1982     {\r
1983       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, viewport.globalColourScheme,\r
1984                                         "Background");\r
1985       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1986     }\r
1987   }\r
1988 \r
1989   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
1990   {\r
1991     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
1992 \r
1993     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1994     abovePIDThreshold.setState(false);\r
1995 \r
1996     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1997 \r
1998     modifyConservation_actionPerformed();\r
1999   }\r
2000 \r
2001   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2002   {\r
2003     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2004 \r
2005     conservationMenuItem.setState(false);\r
2006     viewport.setConservationSelected(false);\r
2007 \r
2008     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2009 \r
2010     modifyPID_actionPerformed();\r
2011   }\r
2012 \r
2013   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2014   {\r
2015     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2016     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
2017                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
2018     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2019                                     viewport.alignment));\r
2020     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2021   }\r
2022 \r
2023   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2024   {\r
2025     //  addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
2026     //                                HistoryItem.SORT));\r
2027     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2028     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2029   }\r
2030 \r
2031   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2032   {\r
2033     //  addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
2034     //                                 HistoryItem.SORT));\r
2035     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2036     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2037 \r
2038   }\r
2039 \r
2040   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2041   {\r
2042     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2043   }\r
2044 \r
2045   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2046   {\r
2047     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2048         && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2049     {\r
2050       Frame frame = new Frame();\r
2051       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2052       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
2053     }\r
2054   }\r
2055 \r
2056   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2057   {\r
2058     //are the sequences aligned?\r
2059     if (!viewport.alignment.isAligned())\r
2060     {\r
2061       SequenceI current;\r
2062       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2063 \r
2064       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
2065            i++)\r
2066       {\r
2067         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2068 \r
2069         if (current.getLength() < Width)\r
2070         {\r
2071           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2072         }\r
2073       }\r
2074       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2075     }\r
2076 \r
2077     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null &&\r
2078           viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 &&\r
2079           viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2080         || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2081     {\r
2082       return;\r
2083     }\r
2084 \r
2085     try\r
2086     {\r
2087       new PCAPanel(viewport);\r
2088     }\r
2089     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2090     {\r
2091     }\r
2092 \r
2093   }\r
2094 \r
2095   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2096   {\r
2097     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2098   }\r
2099 \r
2100   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2101   {\r
2102     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2103   }\r
2104 \r
2105   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2106   {\r
2107     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2108   }\r
2109 \r
2110   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2111   {\r
2112     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2113   }\r
2114 \r
2115   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2116   {\r
2117     //are the sequences aligned?\r
2118     if (!viewport.alignment.isAligned())\r
2119     {\r
2120       SequenceI current;\r
2121       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2122 \r
2123       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
2124            i++)\r
2125       {\r
2126         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2127 \r
2128         if (current.getLength() < Width)\r
2129         {\r
2130           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2131         }\r
2132       }\r
2133       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2134 \r
2135     }\r
2136 \r
2137     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null &&\r
2138           viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2139         || (viewport.getSelectionGroup() == null\r
2140             && viewport.alignment.getHeight() > 1))\r
2141     {\r
2142       final TreePanel tp = new TreePanel(viewport,\r
2143                                          type,\r
2144                                          pwType);\r
2145 \r
2146       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2147 \r
2148       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2149     }\r
2150   }\r
2151 \r
2152   void loadTree_actionPerformed()\r
2153   {\r
2154     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2155     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2156     cap.setTreeImport();\r
2157     Frame frame = new Frame();\r
2158     frame.add(cap);\r
2159     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2160   }\r
2161 \r
2162   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2163   {\r
2164     TreePanel tp = new TreePanel(viewport,\r
2165                                  treeFile,\r
2166                                  "From File - ",\r
2167                                  tree);\r
2168     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2169     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2170   }\r
2171 \r
2172   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
2173   {\r
2174     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2175     sortByTreeMenu.add(item);\r
2176     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2177     {\r
2178       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2179       {\r
2180         //  addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2181         //                                 HistoryItem.SORT));\r
2182         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2183         alignPanel.paintAlignment(true);\r
2184       }\r
2185     });\r
2186 \r
2187     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2188     {\r
2189       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2190       {\r
2191         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2192       };\r
2193     });\r
2194   }\r
2195 \r
2196   protected void documentation_actionPerformed()\r
2197   {\r
2198     showURL("http://www.jalview.org/help.html", "HELP");\r
2199   }\r
2200 \r
2201   protected void about_actionPerformed()\r
2202   {\r
2203 \r
2204     class AboutPanel\r
2205         extends Canvas\r
2206     {\r
2207       String version;\r
2208       public AboutPanel(String version)\r
2209       {\r
2210         this.version = version;\r
2211       }\r
2212 \r
2213       public void paint(Graphics g)\r
2214       {\r
2215         g.setColor(Color.white);\r
2216         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2217         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2218         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2219         int fh = fm.getHeight();\r
2220         int y = 5, x = 7;\r
2221         g.setColor(Color.black);\r
2222         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2223         g.drawString("Jalview - Release " + version, 200, y += fh);\r
2224         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2225         g.drawString("Authors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton.",\r
2226                      x, y += fh * 2);\r
2227         g.drawString("Current development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee.",\r
2228                      x, y += fh);\r
2229         g.drawString(\r
2230             "For any issues relating to Jalview, email help@jalview.org", x,\r
2231             y += fh);\r
2232         g.drawString("If  you use JalView, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2233         g.drawString("\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"",\r
2234                      x, y += fh);\r
2235         g.drawString("Bioinformatics,  2004 20;426-7.", x, y += fh);\r
2236       }\r
2237     }\r
2238 \r
2239     String version = "test";\r
2240     java.net.URL url = getClass().getResource("/.build_properties");\r
2241     if (url != null)\r
2242     {\r
2243       try\r
2244       {\r
2245         BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(\r
2246             url.openStream()));\r
2247         String line;\r
2248         while ( (line = reader.readLine()) != null)\r
2249         {\r
2250           if (line.indexOf("VERSION") > -1)\r
2251           {\r
2252             version = line.substring(line.indexOf("=") + 1);\r
2253           }\r
2254         }\r
2255       }\r
2256       catch (Exception ex)\r
2257       {\r
2258         ex.printStackTrace();\r
2259       }\r
2260     }\r
2261 \r
2262     Frame frame = new Frame();\r
2263     frame.add(new AboutPanel(version));\r
2264     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 200);\r
2265 \r
2266   }\r
2267 \r
2268   public void showURL(String url, String target)\r
2269   {\r
2270     if (viewport.applet == null)\r
2271     {\r
2272       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2273     }\r
2274     else\r
2275     {\r
2276       try\r
2277       {\r
2278         System.out.println("Show url: " + url);\r
2279         viewport.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),\r
2280             target);\r
2281       }\r
2282       catch (Exception ex)\r
2283       {\r
2284         ex.printStackTrace();\r
2285       }\r
2286     }\r
2287   }\r
2288 \r
2289   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2290   //JBuilder Graphics here\r
2291 \r
2292   protected MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2293   protected Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2294   protected MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2295   protected MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2296   protected MenuItem loadAnnotations = new MenuItem(\r
2297       "Load Features/Annotations ...");\r
2298   protected MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2299   protected MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2300 \r
2301   protected MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2302   protected Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2303   protected Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2304   protected Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2305   protected Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2306   protected MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2307   protected MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2308   protected MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2309   protected MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2310   protected MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2311   protected MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2312   protected MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2313   protected CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2314   protected CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2315   protected MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2316   protected MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2317   protected MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2318   protected MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2319   protected MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2320   protected MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2321   protected MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2322   protected MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2323   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2324   public Label statusBar = new Label();\r
2325   protected Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2326   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2327   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2328   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2329   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2330   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2331   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2332   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2333   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2334   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2335   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2336   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2337   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2338   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2339   protected CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2340   protected CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2341   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2342   protected MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2343   protected MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2344   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2345   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2346   protected CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2347   protected CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2348   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2349   protected CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2350   protected MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2351   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2352   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2353   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2354   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2355   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2356   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2357   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2358   protected CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2359   protected MenuItem font = new MenuItem();\r
2360   protected CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2361   protected CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2362   protected CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2363   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2364   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2365   protected CheckboxMenuItem autoCalculate\r
2366       = new CheckboxMenuItem("Autocalculate Consensus", true);\r
2367   protected Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2368   Menu sort = new Menu();\r
2369   Menu calculate = new Menu();\r
2370   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2371   Menu helpMenu = new Menu();\r
2372   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2373   MenuItem about = new MenuItem();\r
2374   protected CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2375   Panel embeddedMenu;\r
2376   Label embeddedEdit;\r
2377   Label embeddedSelect;\r
2378   Label embeddedView;\r
2379   Label embeddedFormat;\r
2380   Label embeddedColour;\r
2381   Label embeddedFile;\r
2382   Label embeddedHelp;\r
2383   Label embeddedCalculate;\r
2384   FlowLayout flowLayout1;\r
2385 \r
2386   private void jbInit()\r
2387       throws Exception\r
2388   {\r
2389 \r
2390     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2391 \r
2392     MenuItem item;\r
2393 \r
2394     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2395     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length;\r
2396          i++)\r
2397     {\r
2398 \r
2399       item = new MenuItem(jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2400 \r
2401       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2402       {\r
2403         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2404         {\r
2405           outputText_actionPerformed(e);\r
2406         }\r
2407       });\r
2408 \r
2409       outputTextboxMenu.add(item);\r
2410     }\r
2411     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2412     loadApplication.addActionListener(this);\r
2413 \r
2414     loadTree.addActionListener(this);\r
2415     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2416     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2417     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2418     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2419     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2420     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2421     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2422     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2423     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2424     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2425     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2426     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2427     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2428     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2429     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2430     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2431     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2432     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2433     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2434     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2435     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2436     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2437     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2438     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2439     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2440     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2441     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2442     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2443     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2444     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2445     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2446     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2447     averageDistanceTreeMenuItem.setLabel(\r
2448         "Average Distance Using % Identity");\r
2449     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2450     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2451     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2452     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2453     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2454     statusBar.setText("Status bar");\r
2455     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2456     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2457 \r
2458     clustalColour.addActionListener(this);\r
2459     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2460     zappoColour.addActionListener(this);\r
2461     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2462     taylorColour.addActionListener(this);\r
2463     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2464     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2465     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2466     helixColour.addActionListener(this);\r
2467     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2468     strandColour.addActionListener(this);\r
2469     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2470     turnColour.addActionListener(this);\r
2471     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2472     buriedColour.addActionListener(this);\r
2473     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2474     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2475     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2476     PIDColour.addActionListener(this);\r
2477     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2478     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2479     avDistanceTreeBlosumMenuItem.setLabel(\r
2480         "Average Distance Using BLOSUM62");\r
2481     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2482     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2483     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2484     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2485     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2486     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2487     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2488     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2489     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2490     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2491     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2492     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
2493     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
2494     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
2495     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
2496     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
2497     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
2498     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
2499     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
2500     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
2501     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
2502     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
2503     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
2504     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
2505     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
2506     findMenuItem.addActionListener(this);\r
2507     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
2508     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
2509     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
2510     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
2511     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
2512     deleteGroups.addActionListener(this);\r
2513     copy.setLabel("Copy");\r
2514     copy.addActionListener(this);\r
2515     cut.setLabel("Cut");\r
2516     cut.addActionListener(this);\r
2517     delete.setLabel("Delete");\r
2518     delete.addActionListener(this);\r
2519     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
2520     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
2521     pasteNew.addActionListener(this);\r
2522     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
2523     pasteThis.addActionListener(this);\r
2524     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
2525     applyToAllGroups.setState(true);\r
2526     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
2527     font.setLabel("Font...");\r
2528     font.addActionListener(this);\r
2529     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
2530     scaleAbove.setState(true);\r
2531     scaleAbove.setEnabled(false);\r
2532     scaleAbove.addItemListener(this);\r
2533     scaleLeft.setEnabled(false);\r
2534     scaleLeft.setState(true);\r
2535     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
2536     scaleLeft.addItemListener(this);\r
2537     scaleRight.setEnabled(false);\r
2538     scaleRight.setState(true);\r
2539     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
2540     scaleRight.addItemListener(this);\r
2541     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
2542     modifyPID.addActionListener(this);\r
2543     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
2544     modifyConservation.addActionListener(this);\r
2545     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
2546     sort.setLabel("Sort");\r
2547     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
2548     autoCalculate.addItemListener(this);\r
2549     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
2550     inputText.addActionListener(this);\r
2551 \r
2552     helpMenu.setLabel("Help");\r
2553     documentation.setLabel("Documentation");\r
2554     documentation.addActionListener(this);\r
2555 \r
2556     about.setLabel("About...");\r
2557     about.addActionListener(this);\r
2558     seqLimits.setState(true);\r
2559     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
2560     seqLimits.addItemListener(this);\r
2561     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
2562     featureSettings.addActionListener(this);\r
2563     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
2564     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
2565     sequenceFeatures.setState(false);\r
2566     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
2567     annotationColour.addActionListener(this);\r
2568     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
2569     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
2570     menu1.setLabel("Show");\r
2571     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
2572     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
2573     menu2.setLabel("Hide");\r
2574     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
2575     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
2576     invertColSel.addActionListener(this);\r
2577     showColumns.addActionListener(this);\r
2578     showSeqs.addActionListener(this);\r
2579     hideColumns.addActionListener(this);\r
2580     hideSequences.addActionListener(this);\r
2581     formatMenu.setLabel("Format");\r
2582     selectMenu.setLabel("Select");\r
2583     newView.setLabel("New View");\r
2584     newView.addActionListener(this);\r
2585     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
2586     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
2587     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
2588     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
2589     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
2590     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
2591     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
2592     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
2593 \r
2594     fileMenu.add(inputText);\r
2595     fileMenu.add(loadTree);\r
2596     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
2597 \r
2598     fileMenu.addSeparator();\r
2599     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
2600     fileMenu.add(outputFeatures);\r
2601     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
2602 \r
2603     if (jalviewServletURL != null)\r
2604     {\r
2605       fileMenu.add(loadApplication);\r
2606     }\r
2607 \r
2608     fileMenu.addSeparator();\r
2609     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
2610 \r
2611     editMenu.add(undoMenuItem);\r
2612     editMenu.add(redoMenuItem);\r
2613     editMenu.add(cut);\r
2614     editMenu.add(copy);\r
2615     editMenu.add(pasteMenu);\r
2616     editMenu.add(delete);\r
2617     editMenu.addSeparator();\r
2618     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
2619     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
2620     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
2621     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
2622     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
2623     viewMenu.add(newView);\r
2624     viewMenu.addSeparator();\r
2625     viewMenu.add(menu1);\r
2626     viewMenu.add(menu2);\r
2627     viewMenu.addSeparator();\r
2628     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
2629     viewMenu.addSeparator();\r
2630     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
2631     viewMenu.add(featureSettings);\r
2632     viewMenu.addSeparator();\r
2633     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
2634     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
2635     colourMenu.addSeparator();\r
2636     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
2637     colourMenu.add(clustalColour);\r
2638     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
2639     colourMenu.add(PIDColour);\r
2640     colourMenu.add(zappoColour);\r
2641     colourMenu.add(taylorColour);\r
2642     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
2643     colourMenu.add(helixColour);\r
2644     colourMenu.add(strandColour);\r
2645     colourMenu.add(turnColour);\r
2646     colourMenu.add(buriedColour);\r
2647     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
2648     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
2649     colourMenu.addSeparator();\r
2650     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
2651     colourMenu.add(modifyConservation);\r
2652     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
2653     colourMenu.add(modifyPID);\r
2654     colourMenu.add(annotationColour);\r
2655     calculateMenu.add(sort);\r
2656     calculateMenu.add(calculate);\r
2657     calculateMenu.addSeparator();\r
2658     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
2659     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
2660     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
2661     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
2662     pasteMenu.add(pasteNew);\r
2663     pasteMenu.add(pasteThis);\r
2664     sort.add(sortIDMenuItem);\r
2665     sort.add(sortByTreeMenu);\r
2666     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
2667     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
2668     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
2669     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
2670     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
2671     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
2672     helpMenu.add(documentation);\r
2673     helpMenu.add(about);\r
2674     menu1.add(showColumns);\r
2675     menu1.add(showSeqs);\r
2676     menu2.add(hideColumns);\r
2677     menu2.add(hideSequences);\r
2678     formatMenu.add(font);\r
2679     formatMenu.add(seqLimits);\r
2680     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
2681     formatMenu.add(scaleAbove);\r
2682     formatMenu.add(scaleLeft);\r
2683     formatMenu.add(scaleRight);\r
2684     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
2685     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
2686     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
2687     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
2688     selectMenu.add(findMenuItem);\r
2689     selectMenu.addSeparator();\r
2690     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
2691     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
2692     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
2693     selectMenu.add(invertColSel);\r
2694     selectMenu.add(deleteGroups);\r
2695   }\r
2696 \r
2697   public void setEmbedded()\r
2698   {\r
2699 \r
2700     embeddedMenu = new Panel();\r
2701     embeddedEdit = new Label("Edit");\r
2702     embeddedSelect = new Label("Select");\r
2703     embeddedView = new Label("View");\r
2704     embeddedFormat = new Label("Format");\r
2705     embeddedColour = new Label("Colour");\r
2706     embeddedFile = new Label("File");\r
2707     embeddedHelp = new Label("Help");\r
2708     embeddedCalculate = new Label("Calculate");\r
2709     flowLayout1 = new FlowLayout();\r
2710     embeddedMenu.setBackground(Color.lightGray);\r
2711     embeddedMenu.setLayout(flowLayout1);\r
2712     embeddedEdit.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2713     embeddedSelect.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2714     embeddedView.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2715     embeddedFormat.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2716     embeddedColour.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2717     embeddedFile.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2718     embeddedHelp.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2719     embeddedCalculate.setFont(new java.awt.Font("Arial", Font.PLAIN, 10));\r
2720     embeddedMenu.add(embeddedFile);\r
2721     embeddedMenu.add(embeddedEdit);\r
2722     embeddedMenu.add(embeddedSelect);\r
2723     embeddedMenu.add(embeddedView);\r
2724     embeddedMenu.add(embeddedFormat);\r
2725     embeddedMenu.add(embeddedColour);\r
2726     embeddedMenu.add(embeddedCalculate);\r
2727     embeddedMenu.add(embeddedHelp);\r
2728     flowLayout1.setAlignment(FlowLayout.LEFT);\r
2729     flowLayout1.setHgap(2);\r
2730     flowLayout1.setVgap(0);\r
2731     embeddedFile.addMouseListener(this);\r
2732     embeddedEdit.addMouseListener(this);\r
2733     embeddedSelect.addMouseListener(this);\r
2734     embeddedView.addMouseListener(this);\r
2735     embeddedFormat.addMouseListener(this);\r
2736     embeddedColour.addMouseListener(this);\r
2737     embeddedCalculate.addMouseListener(this);\r
2738     embeddedHelp.addMouseListener(this);\r
2739 \r
2740     fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
2741     fileMenu.remove(3); // Seperator\r
2742 \r
2743     viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
2744     viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
2745     viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
2746 \r
2747     alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
2748                        viewport.applet.getSize().height\r
2749                        - embeddedMenu.HEIGHT - statusBar.HEIGHT);\r
2750 \r
2751     viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
2752     viewport.applet.validate();\r
2753 \r
2754   }\r
2755 \r
2756   PopupMenu filePopup, editPopup, searchPopup,\r
2757   viewPopup, formatPopup, colourPopup, calculatePopup, helpPopup;\r
2758   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
2759   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
2760   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
2761   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
2762   Menu menu1 = new Menu();\r
2763   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
2764   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
2765   Menu menu2 = new Menu();\r
2766   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
2767   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
2768   Menu formatMenu = new Menu();\r
2769   Menu selectMenu = new Menu();\r
2770   MenuItem newView = new MenuItem();\r
2771 \r
2772   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
2773   {\r
2774     PopupMenu popup = null;\r
2775     Label source = (Label) evt.getSource();\r
2776     if (source == embeddedFile)\r
2777     {\r
2778       popup = filePopup = genPopupMenu(filePopup, fileMenu);\r
2779     }\r
2780     else if (source == embeddedEdit)\r
2781     {\r
2782       popup = editPopup = genPopupMenu(editPopup, editMenu);\r
2783     }\r
2784     else if (source == embeddedSelect)\r
2785     {\r
2786       popup = searchPopup = genPopupMenu(searchPopup, selectMenu);\r
2787     }\r
2788     else if (source == embeddedView)\r
2789     {\r
2790       popup = viewPopup = genPopupMenu(viewPopup, viewMenu);\r
2791     }\r
2792     else if (source == embeddedFormat)\r
2793     {\r
2794       popup = formatPopup = genPopupMenu(formatPopup, formatMenu);\r
2795     }\r
2796     else if (source == embeddedColour)\r
2797     {\r
2798       popup = colourPopup = genPopupMenu(colourPopup, colourMenu);\r
2799     }\r
2800     else if (source == embeddedCalculate)\r
2801     {\r
2802       popup = calculatePopup = genPopupMenu(calculatePopup, calculateMenu);\r
2803     }\r
2804     else if (source == embeddedHelp)\r
2805     {\r
2806       popup = helpPopup = genPopupMenu(helpPopup, helpMenu);\r
2807     }\r
2808 \r
2809     embeddedMenu.add(popup);\r
2810     popup.show(embeddedMenu,\r
2811                source.getBounds().x,\r
2812                source.getBounds().y + source.getBounds().getSize().height);\r
2813   }\r
2814 \r
2815   PopupMenu genPopupMenu(PopupMenu popup, Menu original)\r
2816   {\r
2817     if (popup != null)\r
2818     {\r
2819       return popup;\r
2820     }\r
2821     popup = new PopupMenu();\r
2822     int m, mSize = original.getItemCount();\r
2823     for (m = 0; m < mSize; m++)\r
2824     {\r
2825       popup.add(original.getItem(m));\r
2826       mSize--;\r
2827       m--;\r
2828     }\r
2829 \r
2830     return popup;\r
2831   }\r
2832 \r
2833   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
2834   {}\r
2835 \r
2836   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
2837   {}\r
2838 \r
2839   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
2840   {}\r
2841 \r
2842   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
2843   {}\r
2844 \r
2845 }\r