src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeModel;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.bin.JalviewLite;
  27 import jalview.commands.CommandI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.datamodel.SearchResults;
  33 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  34 import jalview.datamodel.Sequence;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.renderer.ResidueShader;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  39 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  40 import jalview.structure.SelectionSource;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.structure.VamsasSource;
  43 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  44
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47
  48 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  49         SelectionSource
  50 {
  51   boolean cursorMode = false;
  52
  53   Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);
  54
  55   boolean validCharWidth = true;
  56
  57   TreeModel currentTree = null;
  58
  59   public jalview.bin.JalviewLite applet;
  60
  61   boolean MAC = false;
  62
  63   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  64
  65   @Override
  66   public void finalize()
  67   {
  68     applet = null;
  69     quality = null;
  70     alignment = null;
  71     colSel = null;
  72   }
  73
  74   public AlignViewport(AlignmentI al, JalviewLite applet)
  75   {
  76     super(al);
  77     calculator = new jalview.workers.AlignCalcManager();
  78     this.applet = applet;
  79
  80     // we always pad gaps
  81     this.setPadGaps(true);
  82
  83     if (applet != null)
  84     {
  85       // get the width and height scaling factors if they were specified
  86       String param = applet.getParameter("widthScale");
  87       if (param != null)
  88       {
  89         try
  90         {
  91           widthScale = new Float(param).floatValue();
  92         } catch (Exception e)
  93         {
  94         }
  95         if (widthScale <= 1.0)
  96         {
  97           System.err
  98                   .println("Invalid alignment character width scaling factor ("
  99                           + widthScale + "). Ignoring.");
 100           widthScale = 1;
 101         }
 102         if (JalviewLite.debug)
 103         {
 104           System.err
 105                   .println("Alignment character width scaling factor is now "
 106                           + widthScale);
 107         }
 108       }
 109       param = applet.getParameter("heightScale");
 110       if (param != null)
 111       {
 112         try
 113         {
 114           heightScale = new Float(param).floatValue();
 115         } catch (Exception e)
 116         {
 117         }
 118         if (heightScale <= 1.0)
 119         {
 120           System.err
 121                   .println("Invalid alignment character height scaling factor ("
 122                           + heightScale + "). Ignoring.");
 123           heightScale = 1;
 124         }
 125         if (JalviewLite.debug)
 126         {
 127           System.err
 128                   .println("Alignment character height scaling factor is now "
 129                           + heightScale);
 130         }
 131       }
 132     }
 133     setFont(font, true);
 134
 135     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 136
 137     if (applet != null)
 138     {
 139       setShowJVSuffix(applet.getDefaultParameter("showFullId",
 140               getShowJVSuffix()));
 141
 142       setShowAnnotation(applet.getDefaultParameter("showAnnotation",
 143               isShowAnnotation()));
 144
 145       showConservation = applet.getDefaultParameter("showConservation",
 146               showConservation);
 147
 148       showQuality = applet.getDefaultParameter("showQuality", showQuality);
 149
 150       showConsensus = applet.getDefaultParameter("showConsensus",
 151               showConsensus);
 152
 153       showOccupancy = applet.getDefaultParameter("showOccupancy",
 154               showOccupancy);
 155
 156       setShowUnconserved(applet.getDefaultParameter("showUnconserved",
 157               getShowUnconserved()));
 158
 159       setScaleProteinAsCdna(applet.getDefaultParameter(
 160               "scaleProteinAsCdna", isScaleProteinAsCdna()));
 161
 162       String param = applet.getParameter("upperCase");
 163       if (param != null)
 164       {
 165         if (param.equalsIgnoreCase("bold"))
 166         {
 167           setUpperCasebold(true);
 168         }
 169       }
 170       sortByTree = applet.getDefaultParameter("sortByTree", sortByTree);
 171
 172       setFollowHighlight(applet.getDefaultParameter("automaticScrolling",
 173               isFollowHighlight()));
 174       followSelection = isFollowHighlight();
 175
 176       showSequenceLogo = applet.getDefaultParameter("showSequenceLogo",
 177               showSequenceLogo);
 178
 179       normaliseSequenceLogo = applet.getDefaultParameter(
 180               "normaliseSequenceLogo", applet.getDefaultParameter(
 181                       "normaliseLogo", normaliseSequenceLogo));
 182
 183       showGroupConsensus = applet.getDefaultParameter("showGroupConsensus",
 184               showGroupConsensus);
 185
 186       showGroupConservation = applet.getDefaultParameter(
 187               "showGroupConservation", showGroupConservation);
 188
 189       showConsensusHistogram = applet.getDefaultParameter(
 190               "showConsensusHistogram", showConsensusHistogram);
 191
 192     }
 193
 194     if (applet != null)
 195     {
 196       String colour = al.isNucleotide() ? applet
 197               .getParameter("defaultColourNuc") : applet
 198               .getParameter("defaultColourProt");
 199       if (colour == null)
 200       {
 201         colour = applet.getParameter("defaultColour");
 202       }
 203       if (colour == null)
 204       {
 205         colour = applet.getParameter("userDefinedColour");
 206         if (colour != null)
 207         {
 208           colour = "User Defined";
 209         }
 210       }
 211
 212       if (colour != null)
 213       {
 214         residueShading = new ResidueShader(
 215                 ColourSchemeProperty.getColourScheme(alignment, colour));
 216         if (residueShading != null)
 217         {
 218           residueShading.setConsensus(hconsensus);
 219         }
 220       }
 221
 222       if (applet.getParameter("userDefinedColour") != null)
 223       {
 224         residueShading = new ResidueShader(
 225                 new UserColourScheme(
 226                         applet.getParameter("userDefinedColour")));
 227       }
 228     }
 229     initAutoAnnotation();
 230
 231   }
 232
 233   /**
 234    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 235    * row.
 236    *
 237    * @return consensus sequence as a new sequence object
 238    */
 239   public SequenceI getConsensusSeq()
 240   {
 241     if (consensus == null)
 242     {
 243       updateConsensus(null);
 244     }
 245     if (consensus == null)
 246     {
 247       return null;
 248     }
 249     StringBuilder seqs = new StringBuilder(consensus.annotations.length);
 250     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 251     {
 252       if (consensus.annotations[i] != null)
 253       {
 254         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 255         {
 256           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 257         }
 258         else
 259         {
 260           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 261         }
 262       }
 263     }
 264     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 265     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 266             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 267     return sq;
 268   }
 269
 270   java.awt.Frame nullFrame;
 271
 272   protected FeatureSettings featureSettings = null;
 273
 274   private float heightScale = 1, widthScale = 1;
 275
 276   /**
 277    * {@inheritDoc}
 278    */
 279   @Override
 280   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 281   {
 282     font = f;
 283     if (nullFrame == null)
 284     {
 285       nullFrame = new java.awt.Frame();
 286       nullFrame.addNotify();
 287     }
 288
 289     if (setGrid)
 290     {
 291       FontMetrics fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(font);
 292       setCharHeight((int) (heightScale * fm.getHeight()));
 293       setCharWidth((int) (widthScale * fm.charWidth('M')));
 294     }
 295
 296     if (isUpperCasebold())
 297     {
 298       Font f2 = new Font(f.getName(), Font.BOLD, f.getSize());
 299       FontMetrics fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(f2);
 300       setCharWidth((int) (widthScale * (fm.stringWidth("MMMMMMMMMMM") / 10)));
 301     }
 302   }
 303
 304   public Font getFont()
 305   {
 306     return font;
 307   }
 308
 309   public void resetSeqLimits(int height)
 310   {
 311     ranges.setEndSeq(height / getCharHeight());
 312   }
 313
 314   public void setCurrentTree(TreeModel tree)
 315   {
 316     currentTree = tree;
 317   }
 318
 319   public TreeModel getCurrentTree()
 320   {
 321     return currentTree;
 322   }
 323
 324   boolean centreColumnLabels;
 325
 326   public boolean getCentreColumnLabels()
 327   {
 328     return centreColumnLabels;
 329   }
 330
 331   public boolean followSelection = true;
 332
 333   /**
 334    * @return true if view selection should always follow the selections
 335    *         broadcast by other selection sources
 336    */
 337   public boolean getFollowSelection()
 338   {
 339     return followSelection;
 340   }
 341
 342   @Override
 343   public void sendSelection()
 344   {
 345     getStructureSelectionManager().sendSelection(
 346             new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 347             new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 348             new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()), this);
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Returns an instance of the StructureSelectionManager scoped to this applet
 353    * instance.
 354    *
 355    * @return
 356    */
 357   @Override
 358   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 359   {
 360     return jalview.structure.StructureSelectionManager
 361             .getStructureSelectionManager(applet);
 362   }
 363
 364   @Override
 365   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 366   {
 367     return normaliseSequenceLogo;
 368   }
 369
 370   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 371   {
 372     normaliseSequenceLogo = state;
 373   }
 374
 375   /**
 376    *
 377    * @return true if alignment characters should be displayed
 378    */
 379   @Override
 380   public boolean isValidCharWidth()
 381   {
 382     return validCharWidth;
 383   }
 384
 385   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 386   {
 387     return annotationColumnSelectionState;
 388   }
 389
 390   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 391           AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState)
 392   {
 393     this.annotationColumnSelectionState = annotationColumnSelectionState;
 394   }
 395
 396   @Override
 397   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 398           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 399   {
 400     // TODO refactor so this can be pulled up to superclass or controller
 401     /*
 402      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 403      * with direct calls not via SSM.
 404      */
 405     if (source instanceof AlignViewportI
 406             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 407     {
 408       // ok to continue;
 409     }
 410     else
 411     {
 412       return;
 413     }
 414
 415     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 416             getGapCharacter());
 417     if (mappedCommand != null)
 418     {
 419       mappedCommand.doCommand(null);
 420       firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 421
 422       // ap.scalePanelHolder.repaint();
 423       // ap.repaint();
 424     }
 425   }
 426
 427   @Override
 428   public VamsasSource getVamsasSource()
 429   {
 430     return this;
 431   }
 432
 433   /**
 434    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 435    * complementary alignment to match this one.
 436    */
 437   public void scrollComplementaryAlignment(AlignmentPanel complementPanel)
 438   {
 439     if (complementPanel == null)
 440     {
 441       return;
 442     }
 443
 444     /*
 445      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 446      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 447      * is found, the result will be empty.
 448      */
 449     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 450     int seqOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 451     if (!sr.isEmpty())
 452     {
 453       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 454       complementPanel.scrollToCentre(sr, seqOffset);
 455       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 456     }
 457   }
 458
 459   /**
 460    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 461    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 462    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 463    * way using the Feature Settings dialogue.
 464    *
 465    * @param featureSettings
 466    */
 467   @Override
 468   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 469   {
 470     // TODO implement for applet
 471   }
 472
 473   @Override
 474   public boolean isNormaliseHMMSequenceLogo()
 475   {
 476     // TODO Auto-generated method stub
 477     return normaliseHMMSequenceLogo;
 478   }
 479
 480   @Override
 481   public ProfilesI getSequenceInformationHash()
 482   {
 483     // TODO Auto-generated method stub
 484     return null;
 485   }
 486
 487   @Override
 488   public void setSequenceInformationHash(ProfilesI hinformation)
 489   {
 490     // TODO Auto-generated method stub
 491
 492   }
 493
 494 }