src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener\r
  28 {\r
  29 \r
  30   AlignViewport av;\r
  31   OverviewPanel overviewPanel;\r
  32   SeqPanel seqPanel;\r
  33   IdPanel idPanel;\r
  34   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  35   public AlignFrame alignFrame;\r
  36   ScalePanel scalePanel;\r
  37   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  38   AnnotationLabels alabels;\r
  39 \r
  40   // this value is set false when selection area being dragged\r
  41   boolean fastPaint = true;\r
  42 \r
  43   boolean MAC = false;\r
  44 \r
  45   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  46   {\r
  47     this.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  48     {\r
  49       public void keyPressed(KeyEvent ke)\r
  50       {\r
  51         System.out.println("Align Panel "+ke);\r
  52       }\r
  53     });\r
  54 \r
  55     try\r
  56     {\r
  57       jbInit();\r
  58     }\r
  59     catch (Exception e)\r
  60     {\r
  61       e.printStackTrace();\r
  62     }\r
  63 \r
  64     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  65       MAC = true;\r
  66 \r
  67     alignFrame = af;\r
  68     this.av = av;\r
  69     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  70     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  71     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  72     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  73     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  74     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  75 \r
  76     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  77     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  78     annotationScroller.add(annotationPanel);\r
  79     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  80     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  81     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  82 \r
  83     fontChanged();\r
  84     setScrollValues(0, 0);\r
  85 \r
  86     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  87     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  88 \r
  89     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  90     {\r
  91       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  92       {\r
  93         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  94         repaint();\r
  95       }\r
  96     });\r
  97 \r
  98     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  99     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 100 \r
 101     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 102     annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
 103 \r
 104     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 105     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 106                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 107     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 108 \r
 109   }\r
 110 \r
 111 \r
 112   public void fontChanged()\r
 113   {\r
 114     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 115     // to prevent drawing old image\r
 116     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 117 \r
 118     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 119     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 120 \r
 121     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 122     annotationPanel.repaint();\r
 123     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 124     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 125     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 126     hscrollFillerPanel.setSize(d);\r
 127 \r
 128     alignFrame.pack();\r
 129 \r
 130     if(overviewPanel!=null)\r
 131           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void setIdWidth(int w, int h)\r
 135   {\r
 136     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);\r
 137     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);\r
 138     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);\r
 139     validate();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   Dimension calculateIdWidth()\r
 143   {\r
 144     Frame frame = new Frame();\r
 145     frame.addNotify();\r
 146     Graphics g = frame.getGraphics();\r
 147     if (g == null)\r
 148     {\r
 149       Frame f = new Frame();\r
 150       f.addNotify();\r
 151       g = f.getGraphics();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 155     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 156 \r
 157     int i = 0;\r
 158     int idWidth = 0;\r
 159     String id;\r
 160     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 161     {\r
 162       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 163       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 164 \r
 165       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 166       {\r
 167         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 168       }\r
 169       i++;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     // Also check annotation label widths\r
 173     i = 0;\r
 174     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 175     {\r
 176       fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
 177       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 178       {\r
 179         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 180         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 181         {\r
 182           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 183         }\r
 184         i++;\r
 185       }\r
 186     }\r
 187 \r
 188     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);\r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 192   {\r
 193     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 194 \r
 195     // do we need to scroll the panel?\r
 196     if (results != null)\r
 197     {\r
 198       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 199       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 200       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 201       if (av.getStartRes() > start\r
 202           || av.getEndRes() < end\r
 203           || (av.getStartSeq() > results[0]\r
 204               || av.getEndSeq() < results[0]))\r
 205       {\r
 206         setScrollValues(start, results[0]);\r
 207       }\r
 208     }\r
 209 \r
 210   }\r
 211 \r
 212   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 213   {\r
 214     return overviewPanel;\r
 215   }\r
 216 \r
 217   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 218   {\r
 219     overviewPanel = op;\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 223   {\r
 224     if (!av.wrapAlignment)\r
 225     {\r
 226       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 227       annotationScroller.setVisible(b);\r
 228     }\r
 229     validate();\r
 230     repaint();\r
 231   }\r
 232 \r
 233   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 234   {\r
 235     av.startSeq = 0;\r
 236     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 237     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 238     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 239 \r
 240     if (wrap)\r
 241     {\r
 242       annotationScroller.setVisible(false);\r
 243       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 244     }\r
 245     else if (av.showAnnotation)\r
 246     {\r
 247       annotationScroller.setVisible(true);\r
 248       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 249     }\r
 250 \r
 251     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 252 \r
 253     validate();\r
 254     repaint();\r
 255 \r
 256   }\r
 257 \r
 258 \r
 259   int hextent = 0;\r
 260   int vextent = 0;\r
 261 \r
 262   // return value is true if the scroll is valid\r
 263   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 264   {\r
 265     if (up)\r
 266     {\r
 267       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 268       {\r
 269         return false;\r
 270       }\r
 271       fastPaint = false;\r
 272       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 273     }\r
 274     else\r
 275     {\r
 276       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 277       {\r
 278         return false;\r
 279       }\r
 280       fastPaint = false;\r
 281       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 282     }\r
 283     fastPaint = true;\r
 284     return true;\r
 285   }\r
 286 \r
 287   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 288   {\r
 289 \r
 290     if (right)\r
 291     {\r
 292       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 293       {\r
 294         return false;\r
 295       }\r
 296       fastPaint = false;\r
 297       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 298     }\r
 299     else\r
 300     {\r
 301       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 302       {\r
 303         return false;\r
 304       }\r
 305       fastPaint = false;\r
 306       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 307     }\r
 308     fastPaint = true;\r
 309     return true;\r
 310   }\r
 311 \r
 312   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 313   {\r
 314 \r
 315     av.setStartRes(x);\r
 316     av.setStartSeq(y);\r
 317     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
 318 \r
 319     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;\r
 320     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;\r
 321 \r
 322     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 323     {\r
 324       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 325     }\r
 326     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 327     {\r
 328       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 329     }\r
 330 \r
 331     if (hextent + x > av.getAlignment().getWidth())\r
 332     {\r
 333       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 334     }\r
 335 \r
 336     if (vextent + y > av.getAlignment().getHeight())\r
 337     {\r
 338       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 339     }\r
 340 \r
 341     if (y < 0)\r
 342     {\r
 343       y = 0;\r
 344     }\r
 345 \r
 346     if (x < 0)\r
 347     {\r
 348       x = 0;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     int endSeq = y + vextent;\r
 352     if (endSeq > av.alignment.getHeight())\r
 353     {\r
 354       endSeq = av.alignment.getHeight();\r
 355     }\r
 356 \r
 357     av.setEndSeq(endSeq);\r
 358     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 359     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 360 \r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 364   {\r
 365     int oldX = av.getStartRes();\r
 366     int oldY = av.getStartSeq();\r
 367 \r
 368     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 369     {\r
 370       int x = hscroll.getValue();\r
 371       av.setStartRes(x);\r
 372       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() -\r
 373                    1);\r
 374     }\r
 375 \r
 376     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 377     {\r
 378       int offy = vscroll.getValue();\r
 379       if (av.getWrapAlignment())\r
 380       {\r
 381         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 382             seqCanvas.getSize().width);\r
 383         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 384         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 385       }\r
 386       else\r
 387       {\r
 388         av.setStartSeq(offy);\r
 389         av.setEndSeq(offy +\r
 390                      seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight());\r
 391       }\r
 392     }\r
 393 \r
 394     if (overviewPanel != null)\r
 395     {\r
 396       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 397     }\r
 398 \r
 399     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || MAC)\r
 400     {\r
 401       repaint();\r
 402     }\r
 403     else\r
 404     {\r
 405       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 406       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 407                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 408 \r
 409       scalePanel.repaint();\r
 410       if (av.getShowAnnotation())\r
 411       {\r
 412         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 413       }\r
 414     }\r
 415 \r
 416   }\r
 417 \r
 418   public void update(Graphics g)\r
 419   {\r
 420     paint(g);\r
 421   }\r
 422 \r
 423   public void paint(Graphics g)\r
 424   {\r
 425     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
 426     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
 427     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
 428                                         annotationPanel.getSize().height);\r
 429 \r
 430     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
 431 \r
 432     if (av.getWrapAlignment())\r
 433     {\r
 434       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 435           seqPanel.seqCanvas.\r
 436           getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width) +1;\r
 437       vscroll.setMaximum(max);\r
 438       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 439       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 440     }\r
 441     else\r
 442     {\r
 443       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 444     }\r
 445 \r
 446     alabels.repaint();\r
 447 \r
 448     seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 449     scalePanel.repaint();\r
 450     annotationPanel.repaint();\r
 451     idPanel.idCanvas.repaint();\r
 452 \r
 453     if (getBounds() == g.getClipBounds())\r
 454     {\r
 455       if (overviewPanel != null)\r
 456         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 457     }\r
 458 \r
 459   }\r
 460 \r
 461   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();\r
 462   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();\r
 463   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();\r
 464   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();\r
 465   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 466   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();\r
 467   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();\r
 468   protected Panel idPanelHolder = new Panel();\r
 469   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();\r
 470   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();\r
 471   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();\r
 472   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();\r
 473   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();\r
 474   Panel hscrollHolder = new Panel();\r
 475   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();\r
 476   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();\r
 477   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();\r
 478   public Panel annotationScroller = new Panel();\r
 479   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
 480   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 481 \r
 482   private void jbInit() throws Exception {\r
 483       //  idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 484       this.setLayout(borderLayout7);\r
 485 \r
 486       //   sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));\r
 487       sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);\r
 488       seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);\r
 489       scalePanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 490 \r
 491       // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 492       scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);\r
 493       idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);\r
 494       idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);\r
 495 \r
 496       //  idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));\r
 497       idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);\r
 498       annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);\r
 499 \r
 500       //  annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 501       annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);\r
 502       hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);\r
 503       hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);\r
 504       hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);\r
 505 \r
 506       //  hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));\r
 507       hscrollHolder.setBackground(Color.white);\r
 508 \r
 509       //    annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));\r
 510       //  this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));\r
 511       seqPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 512       idPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
 513       annotationScroller.setLayout(borderLayout2);\r
 514       sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);\r
 515       sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);\r
 516       seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);\r
 517       sequenceHolderPanel.add(annotationScroller, BorderLayout.SOUTH);\r
 518 \r
 519       //  Panel3.add(secondaryPanelHolder,  BorderLayout.SOUTH);\r
 520       this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);\r
 521       idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);\r
 522       idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 523       this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);\r
 524       hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);\r
 525       hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);\r
 526       this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 527   }\r
 528 \r
 529 }\r